Distribuição geográfica, identificação e número de acesso no GenBank das

No documento Análise filogenética do circovírus suíno tipo 2 no Brasil (páginas 112-127)

Distribuição geográfica, identificação e número de acesso no GenBank das 89 amostras com histórico da SACS identificadas no estudo da ORF3 do CVS-2

Número de acesso

GenBank Ano Idade (dias) Estado do Brasil Genogrupo da ORF3

GU017329 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017330 2007 75 a 110 Mato Grosso SG2D GU017331 2007 75 a 110 Mato Grosso SG2A GU017332 2007 93 a 108 Mato Grosso do Sul SG2A GU017333 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017334 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017335 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017336 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017337 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017338 2007 75 a 110 Mato Grosso SG3B GU017339 2006 90 a 100 Mato Grosso SG3B

GU017353 2007 90 a 100 Goiás SG2A

GU017354 2007 90 a 100 Goiás SG2D

GU017355 2006 90 a 100 Goiás SG3B

GU017356 2007 40 Goiás SG3B

GU017357 2007 90 a 100 Goiás SG3A

GU017358 2007 90 a 100 Goiás SG3B

GU017359 2007 40 a 90 Goiás SG3A

GU017365 2007 90 a 100 Espírito Santo SG2C GU017366 2007 75 a 115 Espírito Santo SG3B GU017367 2007 75 a 110 Espírito Santo SG3B GU017392 2007 90 a 110 Espírito Santo SG3A

GU017346 2007 90 a 100 São Paulo SG1

GU017347 2007 90 a 100 São Paulo SG2A

GU017348 2006 90 a 100 São Paulo SG2C

GU017349 2007 72 São Paulo SG3B

GU017350 2007 88 a 94 São Paulo SG3B

GU017351 2007 75 a 110 São Paulo SG3B

GU017352 2007 75 a 110 São Paulo SG3B

GU017340 2007 75 a 110 Santa Catarina SG1

GU017341 2007 90 Santa Catarina SG1

GU017342 2007 60 Santa Catarina SG2B

GU017343 2007 90 a 110 Santa Catarina SG3A GU017344 2007 75 a 110 Santa Catarina SG3B GU017345 2007 75 a 110 Santa Catarina SG3B GU017368 2007 75 a 110 Santa Catarina SG2A

GU017326 2007 75 a 110 Paraná SG3B

GU017327 2007 75 a 110 Paraná SG3B

GU017328 2007 90 a 120 Paraná SG3B

GU017360 2007 75 a 110 Rio Grande do Sul SG3A GU017361 2007 75 a 110 Rio Grande do Sul SG3A GU017362 2007 75 a 110 Rio Grande do Sul SG3B GU017363 2007 75 a 110 Rio Grande do Sul SG3B GU017364 2007 90 a 120 Rio Grande do Sul SG3B

[continuação] Anexo 6

Distribuição geográfica, identificação e número de acesso no GenBank das 89 amostras com histórico da SACS identificadas no estudo da ORF3 do CVS-2

Número de acesso

GenBank Ano Idade (dias) Estado do Brasil Genogrupo da ORF3

GU017369 2007 100 Minas Gerais SG2A

GU017370 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B

GU017371 2007 90 Minas Gerais SG3B

GU017372 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B

GU017373 2007 130 Minas Gerais SG3B

GU017374 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017375 2006 70 a 110 Minas Gerais SG3B GU017376 2006 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017377 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017378 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017379 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017380 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017381 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B

GU017382 2007 63 Minas Gerais SG3B

GU017383 2006 90 a 110 Minas Gerais SG3B GU017384 2007 90 a 120 Minas Gerais SG3B GU017385 2006 80 a 130 Minas Gerais SG3B GU017386 2006 90 a 110 Minas Gerais SG3B GU017387 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3B GU017388 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3B GU017389 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3B

GU017390 2006 90 Minas Gerais SG3B

GU017391 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3A GU017393 2007 70 a 90 Minas Gerais SG3A

GU017394 2006 110 Minas Gerais SG3A

GU017395 2007 63 Minas Gerais SG3A

GU017396 2007 70 a 110 Minas Gerais SG3A GU017397 2006 70 a 110 Minas Gerais SG3A GU017398 2006 70 a 110 Minas Gerais SG3A GU017399 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3A GU017400 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3A

GU017401 2007 85 Minas Gerais SG3A

GU017402 2007 78 Minas Gerais SG3B

GU017403 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017404 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017405 2007 75 a 110 Minas Gerais SG3B GU017406 2007 100 a 117 Minas Gerais SG3B GU017407 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3B GU017408 2007 80 a 90 Minas Gerais SG3B GU017409 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3B GU017410 2007 40 a 100 Minas Gerais SG3B GU017411 2006 50 a 70 Minas Gerais SG3B

GU017412 2006 54 Minas Gerais SG3B

GU017413 2007 90 a 110 Minas Gerais SG3B

Anexo 7

Análise estatística realizada pelo Teste Exato de Fisher entre os grupos de extratos de pulmões com isolamento bacteriano (n=37) e sem isolamento bacteriano (n=34)

O valor de P é 0,6944, considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,7778

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,3428 – 1,765 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Médio Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,4444 Porção Média da fileira (Médio) Fração na coluna da esquerda: 0,5714

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,3405 - 0,7818 Diferença entre as frações: 0,1270

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Sem Isolamento Bacteriano Com isolamento Bacteriano Total

Alto 4 5 9 13% 17% 30% Médio 12 9 21 40% 30% 70% Total 16 14 30 53% 47% 100%

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,8677

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,3941 - 1,911 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Baixo Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,4444 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,5122

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,3512 – 0,6712 Diferença entre as frações: 0,06775

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Sem Isolamento Bacteriano Com isolamento Bacteriano Total

Alto 4 5 9 8% 10% 18% Baixo 21 20 41 42% 40% 82% Total 25 25 50 50% 50% 100%

O valor de P é 0,7895 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 1,116

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,6931 - 1,796 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio)

Fração na coluna da esquerda: 0,5714

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,3405 - 0,7818 Porção Baixa da fileira (Baixo)

Fração na coluna da esquerda: 0,5122

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,3512 - 0,6712 Diferença entre as frações: 0,05923

Erro padrão da diferença: 0,1339

Intervalo de Confiança de 95% da diferença: -0,2033 – 0,3217

Análise de dados

Sem Isolamento Bacteriano Com isolamento Bacteriano Total

Médio 12 9 21 19% 15% 34% Baixo 21 20 41 34% 32% 66% Total 33 29 62 53% 47% 100%

RELAÇÃO INTER GRUPOS SEM E COM ISOLAMENTO BACTERIANO SEM ISOLAMENTO BACTERIANO

Discreta x Moderada Alto x Médio

Uma fileira está preenchida com zeros. Nesta situação a análise de Qui-quadrado é impossível. Pelo menos um dos valores deve ser positivo

* * * Discreta x Moderada

Alto x Baixo

Uma fileira está preenchida com zeros. Nesta situação a análise de Qui-quadrado é impossível. Pelo menos um dos valores deve ser positivo

* * * Discreta x Moderada

Médio x Baixo

O valor de P é 1,6000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 1,000

Intervalo de Confiança de 95% da fração: 0,1040 – 9,619 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio)

Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Diferença entre as frações: 0,000

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Moderada Total

Médio 1 2 3 17% 33% 50% Baixo 1 2 3 17% 33% 50% Total 33 29 62 33% 67% 100%

Discreta x Severa Alto x Médio

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0.000

Intervalo de Confiança de 95%: -Infinito a Infinito (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Médio Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0.000 Porção Média da fileira (Médio) Fração na coluna da esquerda: 1.000 Diferença entre as frações: 1.000

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Severa Total

Alto 0 1 1 0% 50% 50% Médio 1 0 1 50% 0% 50% Total 1 1 2 50% 50% 100% Discreta x Severa Alto x Baixo

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,000

Intervalo de Confiança de 95%: -Infinito a Infinito (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Baixo Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,000 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,1667 Diferença entre as frações: 0,1667

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta x Severa Médio x Baixo

O valor de P é 0,2857 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 6,000

Intervalo de Confiança de 95%:1,002 – 35,924 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio):

Fração na coluna da esquerda: 1,000 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,1667 Diferença entre as frações: 0.8333

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Severa Total

Médio 1 0 1 14% 0% 14% Baixo 1 5 6 14% 71% 86% Total 2 5 7 29% 71% 100%

Discreta Severa Total

Alto 0 1 1 0% 14% 14% Baixo 1 5 6 14% 71% 86% Total 1 6 7 14% 86% 100%

Moderada x Severa Alto x Médio

O valor de P é 0,3333 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,000

Intervalo de Confiança de 95%: -Infinito a Infinito (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Médio Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,000 Porção Média da fileira (Médio): Fração na coluna da esquerda: 1,000 Diferença entre as frações: 1,000

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Moderada Severa Total

Alto 0 1 1 0% 33% 33% Médio 2 0 2 67% 0% 67% Total 2 1 3 67% 33% 100% Moderada x Severa Alto x Baixo

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,000

Intervalo de Confiança de 95%: -Infinito a Infinito (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Baixo Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,000 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,2857 Diferença entre as frações: 0,2857

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Moderada Severa Total

Alto 0 1 1 0% 13% 13% Baixo 2 5 7 25% 63% 88% Total 2 6 8 25% 75% 100% Moderada x Severa Médio x Baixo

O valor de P é 0,1667 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 3,500

Intervalo de Confiança de 95%: 1,085 – 11,295 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio)

Fração na coluna da esquerda: 1,000 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,2857 Diferença entre as frações: 0,7143

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Moderada Severa Total

Médio 2 0 2 22% 0% 22% Baixo 2 5 7 22% 56% 78% Total 4 5 9 44% 56% 100%

COM ISOLAMENTO BACTERIANO Discreta x Moderada

Alto x Médio

O valor de P é 0,2262 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,4000

Intervalo de Confiança de 95%: 0,07757 – 2,063 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Médio Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Porção Média da fileira (Médio) Fração na coluna da esquerda: 0,8333 Diferença entre as frações: 0,5000

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Moderada Total

1 2 3 Alto 11% 22% 33% Médio 5 1 6 56% 11% 67% Total 6 3 9 67% 33% 100% Discreta x Moderada Alto x Baixo

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,8889

Intervalo de Confiança de 95%: 0,1590 - 4,970 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Baixo Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Porção Baixa da fileira (Baixo)

Fração na coluna da esquerda: 0,3750

Intervalo de Confiança de 95% de cada fração: 0,1520 to 0,6459 Diferença entre as frações: 0,04167

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Moderada Total

1 2 3 Alto 5% 11% 16% Baixo 6 10 16 32% 53% 84% Total 7 12 19 37% 63% 100% Discreta x Moderada Médio x Baixo

O valor de P é 0,1486 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 2,222

Intervalo de Confiança de 95%: 1,074 to 4,597 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio)

Fração na coluna da esquerda: 0,8333 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,3750

Intervalo de Confiança de 95% de cada fração: 0,1520 – 0,6459 Diferença entre as frações: 0,4583

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Moderada Total

5 1 6 Médio 23% 5% 27% Baixo 6 10 16 27% 45% 73% Total 11 11 22 50% 50% 100% Discreta x Severa Alto x Médio

O valor de P é 0,5000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,4667

Intervalo de Confiança de 95%: 0,08803 – 2,474 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Médio Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Porção Média da fileira (Médio) Fração na coluna da esquerda: 0,7143 Diferença entre as frações:0,3810

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Severa Total

Alto 1 2 3 10% 20% 30% Médio 5 2 7 50% 20% 70% Total 6 4 10 60% 40% 100% Discreta x Severa Alto x Baixo

O valor de P é 0,5227 considerado não significativo.

Risco Relativo = 0,5000

Intervalo de Confiança de 95%: 0,09449 – 2,646 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Baixo Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,6667 Diferença entre as frações: 0,3333

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Severa Total

Alto 1 2 3 8% 17% 25% Baixo 6 3 9 50% 25% 75% Total 7 5 12 58% 42% 100% Discreta x Severa Médio x Baixo

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 1,071

Intervalo de Confiança de 95%: 0,5548 - 2,069 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio)

Fração na coluna da esquerda: 0,7143 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,6667 Diferença entre as frações: 0,04762

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Discreta Severa Total

Médio 5 2 7 31% 13% 44% Baixo 6 3 9 38% 19% 56% Total 7 5 12 69% 31% 100% Moderada x Severa Alto x Medio

O valor de P é 1,0000 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 1,500

Intervalo de Confiança de 95%: 0,2296 - 9,801 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Médio Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,5000 Porção Média da fileira (Médio) Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Diferença entre as frações: 0,1667

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Moderada Severa Total

Alto 2 2 4 29% 29% 57% Médio 1 2 3 14% 29% 43% Total 3 4 7 43% 57% 100% Moderada x Severa Alto x Baixo

O valor de P é 0,5378 considerado não significativo.

Risco Relativo = 0,6500

Intervalo de Confiança de 95%: 0,2333 – 1,811 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Alto x Baixo Topo da fileira (Alto)

Fração na coluna da esquerda: 0,5000 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,7692 Diferença entre as frações: 0.2692

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Moderada Severa Total

Alto 2 2 4 12% 12% 24% Baixo 10 3 13 59% 18% 76% Total 12 5 17 71% 29% 100% Moderada x Severa Médio x Baixo

O valor de P é 0,2143 considerado não significativo.

A associação entre fileira/coluna não é estatisticamente significante. Risco Relativo = 0,4333

Intervalo de Confiança de 95%: 0,08506 - 2,208 (usando a aproximação de Katz)

Diferença entre duas proporções: Médio x Baixo Porção Média da fileira (Médio)

Fração na coluna da esquerda: 0,3333 Porção Baixa da fileira (Baixo) Fração na coluna da esquerda: 0,7692 Diferença entre as frações: 0,4359

O erro padrão e o intervalo de confiança da diferença entre proporções apenas pode ser calculado quando cada célula for maior que cinco.

Análise de dados

Moderada Severa Total

Médio 1 2 3 6% 13% 19% Baixo 10 3 13 63% 19% 81% Total 11 5 16 69% 31% 100%

No documento Análise filogenética do circovírus suíno tipo 2 no Brasil (páginas 112-127)