Bioquímica – LOT2004 Profª. Eleonora
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ESTUDO DIRIGIDO (1)
Aminoácido, proteína, enzima, cinética enzimática, inibidores
1. Desenhe a estrutura de um aminoácido e mostre os seguintes aspectos que são comuns a todos eles: grupos funcionais, cadeia lateral e formas iônicas.
2. Classifique cada um dos vinte aminoácidos de acordo com a cadeia lateral do carbono alfa como alifáticos, aromáticos, contendo enxofre, hidroxila alifática, básicos, ácidos ou derivados amida.
3. Desenhe uma ligação peptídica e descreva o seu papel em seqüências polipeptídicas.
Indique as seqüências N e C-terminais em peptídeos.
4. Examine os aminoácidos:
(A) (B) (C) (D)
Indique quais destes aminoácidos estão associados com as seguintes propriedades:
a) cadeia lateral alifática b) cadeia lateral básica c) três grupos ionizáveis d) carga +1 em pH 7,0
e) pK próximo de 10 em proteínas f) grupo amino secundário
g) designado pelo símbolo K h) mesma classe da fenilalanina i) mais hidrofóbico dos quatro
j) cadeia lateral capaz de formar pontes de hidrogênio k) nome dos 4 aminoácidos
l) nome de outros aminoácidos da mesma classe de D
5. Em pH igual ao ponto isoelétrico, a carga líquida da alanina é zero. Duas estruturas podem conter carga líquida zero, a forma não carregada e a zwiteriônica, mas a forma predominante da alanina no seu pI é zwiteriônica.
C H3
C C O
O- H3N
+
H H
H2 O
C C C H3
O H N
Zw iterion N ão carregada
H 2 N C H
H 2 C C H 2 +
-
C H 2 C O O
C O O
H 3 N C H
C H 2 +
- C O O
C H C H 2 C H
C H 3 H 3
C N +
-
H 3
C O O C H
C H 2 C H 2 C H 2 C H 2
N H 3 H 3 N +
-
+
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Explique porque a forma da alanina no seu pI é zwiteriônica ao invés de completamente descarregada.
6. Dada a tabela abaixo, calcule os pIs dos seguintes aminoácidos:
Aminoácido pK (α COOH) pK (α NH3) pKR
ALA 2,34 9,69
LEU 2,36 9,60
TRE 2,63 10,43
ASP 2,09 9,82 3,86
GLU 2,19 9,67 4,25
TIR 2,20 9,11 10,07
LIS 2,18 8,95 10,53
ARG 2,17 9,04 12,48
Se os aminoácidos acima fossem submetidos à eletroforese em pH 6; em direção a que pólo cada um migraria?
7. Pepsina do suco gástrico (pH=1,5) tem ponto isoelétrico próximo a 1, muito menor que o de outras proteínas. Quais grupos funcionais devem estar presentes em número relativamente grande para dar à pepsina um ponto isoelétrico tão baixo? Que aminoácidos podem fornecer tais grupos?
8. Supondo que os dados mostrados são obtidos para uma reação catalisada por enzima, determine KM e Vmax a partir de um gráfico de duplos-recíprocos (Lineweaver- Burk).
[S] (mM) v (mmol.ml-1.min-1)
0,1 3,33
0,2 5,00
0,5 7,14
0,8 8,00
1,0 8,33
2,0 9,09
9. Desenhe num gráfico 1/v versus 1/[S] o perfil esperado para os dados de reações enzimáticas, na ausência de inibidor e na presença de inibidor competitivo, não competitivo e acompetitivo.
10. Desenhe num gráfico v versus [S] o perfil esperado para os dados de reações enzimáticas, na ausência de inibidor e na presença de inibidor competitivo, não competitivo e acompetitivo.
11. Uma enzima tem velocidade máxima de transformação do substrato igual a 30 µmol/min.mg e KM de 0,0005 M. Em qual concentração do substrato ela mostrará um quarto de sua atividade máxima? Determine a fração de Vmax que será encontrada quando a concentração de substrato for igual a ½ KM, 2 KM e 10 KM.
