Bioinformática (11857) Apresentação da Unidade Curricular 2020/21

Bioinformática

(11857)

Docentes

• Nuno Pombo, PhD

– [email protected]

– Página pessoal:

– Página disciplina:

– Horário de Atendimento: 6ªs

11h-13h, outro horário a combinar.

Gabinete do docente.

Objectivos Gerais e Resultados da

Aprendizagem

• Familiarização com algoritmos e técnicas computacionais

utilizadas actualmente em Bioinformática e respectiva aplicação

à resolução de problemas em biologia e medicina.

• Exploração de ferramentas computacionais e bases de dados de

interesse para a resolução de problemas em Bioinformática.

• Identificação de direcções para investigação em Bioinformática.

• Aquisição e/ou reforço de soft skills tais como trabalho em

equipa, capacidade analítica e de argumentação, discussão de

ideias inter-pares e com os docentes, …

Programa

Componente Teórica

1.

Conceitos básicos de algoritmos

2.

Algoritmos de análise de sequências

3.

Algoritmos de alinhamento simples

4.

Algoritmos de alinhamento múltiplo

5.

Algoritmos para pesquisa de motivos

6.

Modelos probabilísticos

7.

Algoritmos de clustering

Componente Prática

Critérios de Avaliação

– Em frequência:

• Componente Teórica (10 valores. Nota mínima 5 valores (50%)):

– 2 Provas escritas:

» [F1] 1ª Frequência (5 valores): 05.04.2021, 18h, sala a determinar » [F2] 2ª Frequência (5 valores): 28.05.2021, 14h, sala a determinar

• Componente Prática (10 valores. Nota mínima 5 valores (50%)):

– [BP] 4 Badges a realizar em aulas práticas

Classificação= F1*5/20 + F2*5/20 + BP

– Em exame:

Sistema de Badges

Conceito Realização de actividades que promovam o envolvimento e a participação do aluno em aula

Método Realização de actividades semanais nas aulas teóricas e/ou práticas

Objectivo Potenciar a aquisição de conhecimento através da capacitação do aluno a dois níveis:

Hard skills: conhecimentos relativamente aos conteúdos programáticos da UC Soft skills: pro-actividade, capacidade de comunicação (com o professor e

inter-pares), capacidade analítica, capacidade de argumentação, trabalho em equipa,

e foco na resolução de problemas. “Caderneta” de

Badges

Cada aluno terá acesso ao badge sempre que o requisito de obtenção do mesmo seja verificado após a realização da actividade. Cada aluno poderá consultar os

• Badge#1

Tipo Individual, executado em aula prática, e com efeito “surpresa” Nível de Dificuldade Intermédio

Objectivo Entrega de um exercício sobre algoritmos a ser realizado durante a aula prática Cotação Até 1 valor

Requisitos para a sua obtenção

• Badge#2

Tipo Individual, executado em aula prática, e com efeito “surpresa” Nível de Dificuldade Avançado

Objectivo Entrega de um exercício sobre algoritmos a ser realizado durante a aula prática Cotação Até 2 valores

Requisitos para a sua obtenção

• Badge#3

Tipo Em grupo, haverá seis aulas práticas; por turno, destinadas ao apoio e acompanhamento desta actividade

Nível de Dificuldade Intermédio

Objectivo Realização de um trabalho prático em grupo de 2 elementos com entrega até 23.05.2021

NOTA: O enunciado, regras de realização, e critérios de avaliação serão

divulgados oportunamente. Cotação Até 5 valores

• Badge#4

Tipo Em grupo Nível de Dificuldade Intermédio

Objectivo Apresentação do trabalho prático (Badge#3) em workshops a realizar nas semanas 24.05.2021, 31.05.2021, e 07.06.2021

Cotação Até 2 valores Requisitos para a

sua obtenção

• IMPORTANTE

•

O aluno só poderá ser admitido a exame se a nota final do período de

ensino-aprendizagem for igual ou superior a 6 valores (em vinte possíveis).

•

Os estudantes em regimes especiais estão dispensados deste regime de assiduidade

segundo o disposto nas regras gerais de avaliação de conhecimentos (Despacho Nº

28/2006 - B).

•

Qualquer tipo de fraude num dos momentos de avaliação implica a classificação de

NÃO ADMITIDO/REPROVADO.

•

O aluno que cumpra os critérios de concessão de frequência e cuja nota final do

período ensino-aprendizagem seja igual ou superior a 9.5 valores, em 20, está

dispensado de exame.

•

O aluno que não cumpra os critérios de concessão de frequência terá a classificação

de NÃO ADMITIDO no período de ensino aprendizagem.

Bibliografia

• Lecture notes “Biology Meets Programming: Bioinformatics for Beginners”,

University of California, 2021.

• Bioinformatics with Python Cookbook, 2

_{edition, Tiago Antão, Packt}

Publishing, 2018.

• Bioinformatics: An Introduction, 3th edition, Jeremy Ramsden, Springer-Verlag

London, 2015.