UNIVERSIDADE FEDERAL DO PARÁ UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS
MINISTÉRIO DA CIÊNCIA E TECNOLOGIA CONSELHO NACIONAL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA
PLATAFORMA DE SEQUENCIAMENTO DE NOVA GERAÇÃO “NGS-SOLID”: SEQUENCIAMENTO, MONTAGEM E ANOTAÇÃO DE UM GENOMA BACTERIANO
COORDENAÇÃO:
DR. VASCO ARISTON DE CARVALHO AZEVEDO DR. ARTUR LUIZ DA COSTA DA SILVA DRA. MARIA PAULA CRUZ SCHNEIDER
REALIZAÇÃO FINANCIAMENTO CERTIFICAÇÃO APOIO
30/08 – 10/09/2010
Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração
“NGS-SOLiD”: Sequenciamento, montagem e anotação de genomas bacterianos
PROGRAMAÇÃO
LOCAIS:
AUDITÓRIO RIO GUAMÁ - PRÉDIO DO CENTRO DE CAPACITAÇÃO - CAPACIT - (www.ufpa.br/capacit) CAMPUS BÁSICO DA UFPA – BLOCO M – LABORATÓRIO DE INFORMÁTICA MB
• SEGUNDA-FEIRA (30/08/2010)
Manhã (Auditório Rio Guamá)
08:00-09:00 Credenciamento dos alunos do curso Entrega de material
09:00-09:40 Abertura Prof. Artur Silva (Prof. Dr. Associado, Universidade Federal do Pará, UFPA) Secretário de Ciência e Tecnologia, Reitor, Vice reitor, Coordenador PPGBM e coordenadores do curso. 9:40-10:10 Coffee break
10:10-11:00 Palestra Dra. Ana Guaraldi (Profa. Dra. Adjunto, Universidade Estadual do Rio de Janeiro, UERJ) “Corinebacterioses”
11:00-11:50 Palestra Dr. Raphael Hirata Junior (Prof. Dr. Adjunto, Universidade Estadual do Rio de Janeiro, UERJ) “Mecanismos de Virulência do gênero Corynebacterium”
12:00-14:00 Almoço
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00-14:50 Palestra Dr. Andreas Tauch (PD Dr. Universidade de Bielefeld, CeBiTech - Alemanha) - “Genomics of pathogenic Corynebacteria from human infections”
14:50-15:20 Palestra Msc. Eva Trost (Universidade de Bielefeld, CeBiTech - Alemanha) - “Pangenomics of Corynebacterium diphtheria”
15:20-16:10 Palestra Dr. Mohammad Salah (Biólogo Molecular, PhD, Biotechnology Center for Services & Researches (BCSR), Veterinary College, Cairo University) “OSD in Buffaloes”
16:10-16:30 Intervalo
16:30-17:20 Palestra Dr. Andreas Tauch (PD Dr. Universidade de Bielefeld, CeBiTech - Alemanha) “The transcriptional regulatory network of Corynebacterium glutamicum: regulators, modules and interactions”
17:20-18:10 Palestra Msc. Eva Trost (Universidade de Bielefeld, CeBitech - Alemanha) “Genome sequence analysis of Corynebacteria from the humna microflora, a natural source of (fatal) infections” 18:10-19:00 Palestra Dr. Artur Silva (Prof. Dr. Associado, Universidade Federal do Pará, UFPA) “De Sanger a SOLiD”
19:00 Coquetel
• TERÇA-FEIRA (31/08/2010)
Manhã (Auditório Rio Guamá)
09:00-09:50 Palestra Dr. Prof. Dr. Luis Pacheco (Prof. Adjunto, Universidade Federal da Bahia, UFBA) “Estrutura e Plasticidade do Genoma Bacteriano” 09:50-10:40 Palestra Prof Dr. John McCulloch (Prof. Dr. Adjunto, Universidade Federal do Pará, UFPA) “Estratégias de Sequenciamento Automático de DNA de Nova Geração (Principais Tecnologias NGS)” 10:40-11:10 Intervalo
11:10-12:00 Palestra Dr. Rodrigo Benevides (The Life Technologies) “Plataforma SOLiD System: Panorama e Aplicações”
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00-14:50 Palestra Prof. Dr. Luis Pacheco (Prof. Adjunto, Universidade Federal da Bahia, UFBA) “Metodologias de Construção de Bibliotecas” 14:50-19:00 Prática: Laboratório LPDNA Utilização da plataforma SOLiD
Preparação de bibliotecas pareadas (Fragmentação de DNA) e início do Sequenciamento utilizando a plataforma SOLiD (Silvanira). (3:40 horas)
16:00-16:30 Intervalo
• QUARTA-FEIRA (01/09/2010)
Manhã (Auditório Rio Guamá)
09:00-10:30 Palestra Prof. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Análises automáticas de nova geração” 10:30-11:00 Intervalo
11:00-12:00 Prática Laboratório de Bioinfomática Prof. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Fundamentos de Informática – Conceitos básicos de Linux e hardware” (1:00 hora)
12:00-14:00 Almoço
Tarde (Laboratório de Bioinfomática)
14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinfomática Prof. Dr. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Uso do sistema operacional Linux em análises biológicas.” (4:30 horas)
16:00-16: 30 Intervalo
• QUINTA-FEIRA (02/09/2010) Manhã (Auditório Rio Guamá)
09:00-10:15 Prática Laboratório LPDNA Silvanira Barbosa “Sequenciamento de um genoma bacteriano utilizando a plataforma SOLiD”
10:15-10:55 Palestra Prof. Dra. Sylvia Cardoso Leão (Profa. Associada, Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP) “O gênero Mycobacterium pré- e pós-genoma”
10:55-11:10 Intervalo
11:10-12:00 Palestra Prof. Dr. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Bancos de dados de genomas”
12:00-14:00 Almoço
Tarde (Laboratório de Bioinfomática)
14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinfomática Prof. Dr. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Alinhamento de sequências e análises de genomas” (4:30 horas) 16:00-16:30 Intervalo
• SEXTA-FEIRA (03/09/2010) Manhã (Auditório Rio Guamá)
09:0-09:50 Palestra Dr. Todd Michael (Rutgers University, Piscataway, New Jersey) “Bioinformatics tools (filtering and de novo)”
09:50-10:40 Palestra Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) “Montagem de Genomas utilizando dados de NGS” 10:40 -11:10 Intervalo
11:10-12:00 Palestra Dr. Todd Michael (Rutgers University, Piscataway, New Jersey) “RNA-seq in Maize”
12:00 -14:00 Almoço
Tarde (Prática Laboratório de Bioinformática)
14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof. Dr. Miguel Ortega (Prof. Adjunto, Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Banco de dados biológicos: utilização em análise de genomas” (4:30 horas)
16:00-16: 30 Intervalo
• SÁBADO (04/09/2010)
09:00-13:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) “Montagem de Genomas utilizando dados de NGS” (4:00 horas)
• SEGUNDA-FEIRA (06/09/2010) Manhã (Auditório Rio Guamá)
09:00-09:50 Palestra Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) “Pipelines de Anotação Automática de genomas bacterianos”
09:50-10:40 Palestra Msc. Anderson Rodrigues dos Santos (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Bancos de dados relacionais para Montagem e Anotação de Genomas”
10:40-11:10 Intervalo
11:10-11:35 Palestra Louise Teixeira Cerdeira (Universidade Federal do Pará, UFPA) “Montagem de novo NGS utilizando biblioteca mate-pair”
11:35-12:00 Palestra Rommel Thiago Jucá Ramos (Universidade Federal do Pará, UFPA) “Tratamento de sequências genômicas e finalização de montagens utilizando NGS”
12:00-14:00 Almoço
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00-19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Msc. Anderson Rodrigues dos Santos (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Montagem e Anotação de Genomas (Anotação Automática de Genomas)” (4:30 horas)
16:00-16: 30 Intervalo
• TERÇA-FEIRA (07/09/2010) Manhã (Auditório Rio Guamá)
09:00-09:50 Palestra Dra. Syeda Marriam Bakhtiar, (Wilhelm Johannsen Centre for Funcional Genome Research, Universidade de Copenhague, Dinamarca) “Genome Sequencing by SOLEXA and Affymetrix SNP6”
09:50-10:40 Palestra Dr. Jan Baumbach (Max Planck Institute for Informatics, Alemanha) “Identification of functionally related proteins with Transitivity Clustering”
10:40-11:10 Intervalo
11:10-12:10 Prática Laboratório de Bioinformática
Dr. Jan Baumbach (Max Planck Institute for Informatics, Alemanha) "On the detection of functionally related proteins with Cytoscape & Transitivity Clustering" (1:00 hora)
12:10 -14:00 Almoço
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00 – 19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Msc. Vívian D’Afonseca da Silva (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Workshop Montagem e Anotação de Genomas (Anotação Funcional de Genomas)” (4:30 horas)
16:00 – 16: 30 Intervalo
• QUARTA-FEIRA (08/09/2010) Manhã Prática
09:00 – 12:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) “Workshop Montagem e Anotação de Genomas (Anotação Funcional de Genomas)” (3:00 horas)
12:00 -14:00 Almoço
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00 – 15:00 Palestra Dr. Jan Baumbach (Max Planck Institute for Informatics, Alemanha) “Inter-species transfer of bacterial gene regulatory networks - On the power of evolutionary conservation”
15:00 – 16:00 Palestra Msc. Siomar de Castro Soares (Pós-Graduação em Genética UFMG) “Predição de ilhas de Patogenicidade em genomas bacterianos” 16:00 – 16: 30 Intervalo
16:30 – 19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) “Workshop Montagem de Genomas (Anotação Funcional de Genomas)” (2:30 horas)
• QUINTA-FEIRA (09/09/2010) Manhã Laboratório de Bioinformática
09:00 – 12:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof. Dr. Ariel Amadio (Institute of Microbiology and Agricultural Zoology - Argentina) “Workshop Montagem de Genomas (Anotação Funcional de Genomas)” (3:00 horas)
12:00 -14:00 Almoço
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00 – 15:00 Palestra Prof Dr. Horácio Schneider (Vice-reitor, Universidade Federal do Pará) “XXXXXXXXX”
16:00 – 16: 30 Intervalo
16:30 – 19:00 Prática Laboratório de Bioinformática Prof Dr. Horácio Schneider (Vice-reitor, Universidade Federal do Pará) “Workshop Montagem de Genomas (Análises Filogenéticas / Anotação Funcional de Genomas)” (2:30 horas)
• SEXTA-FEIRA (10/09/2010) Manhã Laboratório de Bioinformática
09:00-09:50 Palestra Profa. Dra. Tereza Cristina Corvelo (Profa. Associada, Universidade Federal do Pará, UFPA) “MHC”
09:50 – 12:00 Prática Laboratório de Bioinformática Profa. Dra. Tereza Cristina Corvelo (Profa. Associada, Universidade Federal do Pará, UFPA) “Workshop Montagem de Genomas (Predição insilico de epítopos imunogênicos / Submissão de genomas ao NCBI)”
12:00 -14:00 Almoço
Tarde (Auditório Rio Guamá)
14:00 – 16:00 Prática Laboratório de Bioinformática Msc. Síntia Silva de Almeida (Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG) “Workshop Montagem de Genomas (Predição insilico de epítopos imunogênicos / Submissão de genomas ao NCBI)” 16:00 – 16: 30 Intervalo
16:30 – 17:30 Palestra Dr. Artur Silva (Prof. Dr. Associado, Pós Graduação em Genética UFPA) “Direções futuras na pesquisa Genômica”
