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A organização do conhecimento, segundo Café e Brascher (2008, p. 6), se aplica às unidades do pensamento (conceitos) e “[...] visa à construção de modelos de mundo que se constituem em abstrações da realidade” e apresenta como produto desse processo, a representação do conhecimento que “[...] é fruto de um processo de análise de domínio e procura refletir uma visão consensual sobre a realidade que se pretende representar”.
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Na organização e representação do conhecimento, o sentido é diferente. A partir de uma determinada área de domínio (campo do conhecimento que se deseja representar), a ontologia se propõe a classificar as coisas em categorias, na perspectiva do sujeito e da linguagem do domínio. Partindo da definição de Gruber (1996, p.1) onde “Uma ontologia é uma especificação explícita de uma conceitualização”, Guarino e Giaretta (1995 apud ALMEIDA; BAX, 2003, p. 2) explicam que:
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