Cepas, plasmídios e oligonucleotídios

As linhagens bacterianas utilizadas estão descritas na Tabela 1, os plasmídios na Tabela 2 e os oligonucleotídeos na Tabela 3.

Tabela 1 – Linhagens de bactérias.

Linhagem Genótipo Fonte

BS1 MG1655 phoB23 proC::Tn10 Coleção do laboratório BS10 MG1655 pstS1::Tn5 (KmR_{) Coleção do laboratório} BS16 MG1655 rpoS::Tn10 Coleção do laboratório BS7 MG1655 Δ(pstSCAB–phoU)

560::KmR

Spira et al. (1995)

BS8 MG1655 proC::Tn10 Transdução de proC::Tn10 a partir de RW3390 com P1 vir

BW10200 Δlac-169 phoB519::Tn5 creB510

thi

Steed e Wanner (1993)

C3T Hfr relA1 pit-10 spoT1 tonA22

phoR69

Echols et al. (1961)

CF12489 CF1649 argA::Tn10 relA+ _{Michael Cashel}

CFP1 E2348/69 rpoS::Tn10 Transdução de rpoS::Tn10 a partir de BS6 com P1 clr100

E2348/69 EPEC O127:H6 Levine et al. (1985)

GMF175 E2348/69 Δ(pstSCAB–phoU) 560::KmR

Transdução de Δ(pstSCAB–phoU) 560::KmR _{a partir de BS7 com P1 vir} GMF195 LRT9 Δ(pstSCAB–phoU)

560::KmR

Transdução de Δ(pstSCAB–phoU) 560::KmR _{a partir de BS7 com P1 vir}

GMF197 KM32 pstS::KmR _{Este estudo}

GMF199 E2348/69 phoB::CmR _{Este estudo}

GMF200 pBS1 em GMF199 Este estudo

GMF201 pGM2 em GMF195 Este estudo

GMF202 pGM2 em GMF175 Este estudo

GMF204 LRT9 ΔrelA::KmR Transdução de ΔrelA::KmR partir de NP52 com P1 vir

Tabela 1 – Linhagens de bactérias (continuação).

Linhagem Genótipo Fonte

GMF205 LRT9 ΔrelA ::KmR _ΔspoT::CmR Transdução de ΔspoT::Cm

R _{a partir} de NP52 com P1 vir em GMF204

GMF210 pBS1 em JC1 Este estudo

GMF211 LRT9 pstS1::Tn5 Transdução de pstS1::Tn5 a partir de BS10 com P1 vir

GMF236 LRT9 phoB23 proC::Tn10 Transdução de phoB23 proC::Tn10 a partir de BS1 com P1 vir

GMF246 pNP5 em CFP1 Este estudo

GMF247 LRT9 Δ(pstSCAB–phoU) 560::KmR _{phoB23 proC::Tn10}

Transdução de phoB23 proC::Tn10 partir de BS1 em GMF195 com P1

vir

GMF248 pBS16 em GMF211 Este estudo

GMF257 LRT9 phoR69 Transdução de proC::Tn10 a partir

de BS8 seguida de transdução de

phoR69 proC+ _{a partir de C3T com} P1 vir GMF260 pGM22 em GMF205 Este estudo GMF262 pGM24 em GMF204 Este estudo GMF264 pBS1 em GMF257 Este estudo GMF269 pGB2 em GMF195 Este estudo GMF275 LRT9 pstS::KmR _{Transdução de pstS::Km}R _{a partir de} GMF197 com P1 vir GNF276 pBS16 em GMF275 Este estudo GMF288 pBS11 em LRT9 Este estudo

GMF290 LRT9 rpoS::Tn10 Transdução de rpoS::Tn10 a partir de BS16 com P1 vir

GMF293 pNP5 em GMF290 Este estudo

GMF295 pNP5 em E2348/69 Este estudo

GMF296 LRT9 ΔrelA::KmR _zib563::Tn10

spoT+

Transdução a partir de MC4100TF

spoT1655 com P1 vir em GMF205

GMF302 LRT9 argA::Tn10 relA+ _{Transdução de argA::Tn10 relA}+ _a partir de CF12489 com P1 vir em GMF204

(continua)

Tabela 1 – Linhagens de bactérias (continuação).

Linhagem Genótipo Fonte

GMF46 E2348/69 pstS1::Tn5 Transdução de pstS1::Tn5 a partir de BS10 com P1vir

GMF49 pGM2 em GMF46 Este estudo

JC1 LRT9 phoB519::Tn5 Transdução de phoB519::Tn5 de BW10200 com P1 vir

JPN15 EPEC E2348/69 curada de pEAF

Levine et al. (1985)

KM32 ΔrecBCD::Ptac-gam-bet-exo cat Murphy e Campellone (2003)

LRT9 EPEC O111:abH2 L. R. Trabulsi

MC4100TF

spoT1655

MC4100TF spoT+ _{zib563 ::Tn10 Spira et al., 2008}

MG1655 E. coli K-12 selvagem Xiao et al. (1991) NP52 MG1655 ΔrelA::KmR _ΔspoT::CmR _{Coleção do laboratório} RW3390 Δ[lacU169] proC::Tn10 leu thi

strR

R. Weisberg

Tabela 2 – Vetores e plasmídios.

Plasmídio Característica Fonte

pACT3 Vetor de clonagem, promotor lac, lacIq _{Thomas Linn}

pBS1 phoBR de E. coli K-12 clonado em pBR322 Spira e Yagil (1998)

pBS11 promotor de pstS clonado em pKK232-8 Taschner et al. (2004)

pBS16 pstS clonado em pKK232-8 Aguena et al. (2009)

pGB2 vetor de clonagem Churchward et al.

(1984) pGEM T-

easy Vetor de clonagem

Promega

pGM14 promotor de bfpA clonado em pRKlacZ290 Este estudo pGM17 promotor de perA clonado em pRKlacZ290 Este estudo pGM18 promotor de LEE5 clonado em pRKlacZ290 Este estudo

pGM2 pstSCAB-phoU de E2348/69 clonado em pGB2

Este estudo

pGM21 cassete de resistência à espectinomicina (SpR_{) de pJL74 inserido em pUC19}

Este estudo

pGM22 spoT clonado em pGM21 Este estudo

pGM24 relA clonado em pGM21 Este estudo

pGM29 promotor de perABC clonado em pRKlacZ290 contendo um cassete SpR

Este estudo

pGM4 Fragmento truncado de phoB clonado em pKNOCK-Cm

Este estudo

pGM7 KmR _{inserido em pstS de pBS16 Este estudo}

pJL74 Plasmídio contendo cassete SpR _{LeDeaux e Grossman} (1995)

pKK232-8 Vetor de clonagem contendo o gene cat sem promotor

Amersham Biosciences

pKNOCK-

Cm vetor suicida

Alexeyev (1999)

pNP5 rpoS+ _{de MG1655 clonado em pACT3 Coleção do laboratório} pRKlacZ290 Vetor de poucas cópias contendo o gene

lacZ sem promotor

Gober e Shapiro (1992)

prpoD rpoD+ clonado em pBR322 K. Makino

pUC19 Vetor de clonagem Yanisch-Perron et al.

(1985) pUC4K pUC19 contendo cassete de resistência à

canamicina (KmR₎

Tabela 3 – Oligonucleotídeos.

Oligonucleotídeo Sequência

bfp-A 5’ - AAT GGT GCT TGC GCT TGC TGC

bfp-B 5’ - GCC GCT TTA TCC AAC CTG GT

bfp-P1 5’ - GCACTGGTCATGGATACAGTT

bfp-P2 5’ - TCA GAC GCA GAC TGG TAG TAA

eae-A 5’ - ACG TTG CAG CAT GGG TAA CTC

eae-B 5’ - GAT CGG CAA CAG TTT CAC CTG

lacZ-1391 5’ - CCT CTT CGC TAT TAC GCC AG

per-P1 5' - CTT AGC CGC GTG TCC ACT AT

per-P2 5' - TTC GGT GAA TTC TTT CTT GTT TC

phoB-4821 5’ - TCA AAC ACC TCA AGC GCG AG phoB-5430 5’ - GCA AAG TAG AAG CTT CAG CAC C

pst1 5’ - TCC TGC GAA TTC CAT GTG AC

pst2 5’ - GAC CAT GCC TGC AGT TAT TA

relA-A 5’ - AGC AGA ATG CGC GTC TTA AT

relA-B 5’ - TGC TGA CCA GTT CAG CAA G

rpoD1 5’ - GCC GAA GCA GTT TGA CTA CC

rpoD2 5’ - GCC ACG GTT GGT GTA TTT CT

spoT-A 5' - ATT GCT GAA GGT CGT CGT TAA T

spoT-B 5' - ACG TTA TGA GGT TTG TGG ACC T

tir-P1 5’ - AGT GGA TCC CAT TAC ACG TTT T

tir-P2 5’ - CCG TCT GTT TGT GAA GGT AGT G