Segundo o NCBI, na biblioteca SM
secao filo predominante foi Proteobacteria
(376 sequências, nas quais, 53% α, 2% β, 6% δ e 5% γ), seguido de Spirochaetes (18
sequências), Firmicutes (3 sequências), Chlorobi (1 sequência). Seiscentos e noventa
e três sequências foram classificadas como não cultivadas utilizando-se o banco do
NCBI. Segundo o RDP, na biblioteca SM
secao filo predominante também foi
Proteobacteria (555 sequências, na qual, 55% α, 4% β, 5% δ e 5% γ), seguido de
Cyanobacteria (51 sequências), Firmicutes (3 sequências) e Verrucomicrobia (uma
sequência). Quatrocentos e oitenta e duas 482 sequências não culltivadas utilizando
o banco do RDP (Figura 6).
De acordo com o NCBI foram encontradas 10 espécies, Spirochaeta aurantia
(18 sequências), Bradyrhizobium japonicum (15 sequências), Desulfovibrio
magneticus
(6
sequências),
Halorhodospira
halophila
(6
sequências),
Syntrophobacter fumaroxidans (4 sequências), Desulfovibrio putealis (3 sequências),
Chloroherpeton thalassium (1 sequência), Clostridium tyrobutyricum (1 sequência),
Thiocapsa roseopersicina (1 sequência) e Celerinatantimonas diazotrophic (1
sequência) (Apêndice B).
Segundo o RDP, 13 espécies foram encontradas, a mais abundante foi
Bradyrhizobium japonicum (132 sequências), seguido de Calothrix sp. LEGE 06100
(50 sequências),
Halorhodospira halophila
(12 sequências),
Burkholderia
vietnamiensis (10 sequências),
Desulfovibrio magneticus (9 sequências),
Azorhizobium caulinodans (5 sequências), Desulfatibacillum alkenivorans (3
sequências), Desulfovibrio gigas (3 sequências). Rhizobium rosettiformans,
Desulfovibrio africanus, Thiocapsa roseopersicina, Azotobacter chroococcum,
Celerinatantimonas diazotrophica apresentaram apenas uma sequência classificada
Figura 5 – Classificação taxonômica das sequências em nível de filo para a amostra SMseca
Legenda:O eixo y indica o número absoluto de sequências e o eixo x mostra os táxons identificados,
com base no banco do NCBI e RDP.A cor azul representa a classificação NCBI e vermelha a
classificação RDP.
Fonte: Autor.
Para SM
chuvosapredominaram apenas dois filos, Proteobacteria com 172
sequências classificadas pelo NCBI (α 54%, β 0%, δ 1% e γ 1%) e 121 pelo RDP (α
73%, β 0%, δ 5% e γ 3%), seguido de Cyanobacteria com 5 sequências pelo NCBI e
14 pelo RDP (Figura 7).
Segundo o NCBI, foram encontradas três espécies, Syntrophobacter
fumaroxidans com 6 sequências, seguido de Bradyrhizobium japonicum com 4
sequências e Halorhodospira halophila com apenas uma sequência. Para o RDP a
espécie com o maior número de sequências classificadas foi Bradyrhizobium.
japonicum com 53 sequências, seguido de Azorhizobium caulinodans com 10
sequências, Calothrix sp. LEGE 06100 com 9 sequências e Halorhodospira halophila
com apenas uma sequência. As não cultivadas em nível de filo somaram 174 pelo
NCBI e 216 pelo RDP (Apêndice B).
0 200 400 600 800 1000 1200 1400
Se
q
u
ên
cias
Filo
NCBI RDPFigura 6 - Classificação taxonômica das sequências em nível de filo para a amostra SMchuvosa.
Legenda: O eixo y indica o número absoluto de sequências e o eixo x mostra os táxons identificados,
com base no bando do NCBI e RDP. A cor azul representa a classificação NCBI e vermelha a
classificação RDP.
Fonte: Autor.
Em SP
seca, de acordo com o NCBI o filo predominante foi Proteobacteria com
329 sequências classificadas (α 50%, β 4%, δ 6% e γ 9%), seguido de Spirochaetes
com apenas 14 sequências, Cyanobacteria com 4 sequências e Firmicutes com 2
sequências, Bacteroidetes e Chlorobi apenas uma sequência cada. Não cultivadas
536 sequências. Segundo o RDP o filo predominante também foi Proteobacteria, com
446 (α 42%, β 5%, δ 4% e γ 8%), seguido de Cyanobacteria com 36 e Firmicutes com
4 sequências, não cultivadas 401 sequências (Figura 8).
Em nível de espécie, foram encontradas 10 espécies segundo o NCBI, dentre
elas Bradyrhizobium japonicum (29 sequências), seguido de Halorhodospira halophila
(14 sequências), Spirochaeta aurantia (13 sequências), Desulfovibrio magneticus (3
sequências), as demais espécies (Chloroherpeton thalassium, Desulfomicrobium
baculatum, Desulfovibrio africanus, Desulfovibrio salexigens, Desulfobulbus sp. Tol-
0 50 100 150 200 250 300 350 400 450
Se
q
u
ên
cias
Filo
NCBI RDPSR e Spirochaeta cellobiosiphila) foram classificadas para apenas uma sequência
cada (Apêndice B).
Segundo o RDP, foram encontradas 12 espécies, a mais expressiva foi
Bradyrhizobium japonicum (96 sequências), seguida de Calothrix sp. LEGE 06100 (33
sequências), Halorhodospira halophila (25 sequências), Desulfovibrio magneticus (5
sequências), Azorhizobium caulinodans (4 sequências), Burkholderia vietnamiensis (4
sequências), Clostridium acetobutylicum (2 sequências), Desulfovibrio gigas (2
sequências). As espécies Azoarcus communis, Azonexus hydrophilus, Desulfovibrio
africanus e Celerinatantimonas diazotrophica tiveram apenas uma sequência
classificada em cada (Apêndice B).
Figura 7 - Classificação taxonômica das sequências em nível de Filo para a amostra SPseca
Legenda: O eixo y indica o número absoluto de sequências e o eixo x mostra os táxons identificados,
com base no bando do NCBI e RDP. A cor azul representa a classificação NCBI e vermelha a
classificação RDP.
Fonte: Autor.
Em SP
chuvosa, para o filo Proteobacteria foram classificadas 179 sequências de
acordo com o NCBI (α 43%, β 4%, δ 3% e γ 3%) e 237 de acordo com RDP (α 51%,
β 4%, δ 4% e γ 5%), seguida de Cyanobacteria com 8 sequências pelo NCBI e 30 pelo
0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000
Se
q
u
ên
cias
Filo
NCBI RDPRDP, Firmicutes com 2 sequências pelo NCBI e apenas uma pelo RDP e Spirochaetes
com 2 sequências apenas com o NCBI. Segundo o NCBI 411 sequências não
cultivadas e segundo o RDP 334 sequências (Figura 9).
De acordo com o NCBI, a espécie mais representativa foi Bradyrhizobium
japonicum (9 sequências), seguida de Halorhodospira halophila (6 sequências) e
Spirochaeta aurantia (2 sequências) (Apêndice B).
Segundo o RDP, a espécie com o maior número de sequências foi
Bradyrhizobium japonicum (50 sequências) seguida de Calothrix sp. LEGE 06100 (22
sequências), Halorhodospira halophila (11 sequências), Azorhizobium caulinodans (6
sequências), Burkholderia vietnamiensis (5 sequências), Geobacter uraniireducens (2
sequências) e Pseudomonas stutzeri apenas uma sequência (Apêndice B).
Figura 8 - Classificação taxonômica das sequências em nível de Filo para a amostra SPchuvosa
Legenda: O eixo y indica o número absoluto de sequências e o eixo x mostra os táxons
identificados, com base no bando do NCBI e RDP. A cor azul representa a classificação NCBI e
vermelha a classificação RDP.
Fonte: Autor.
Em TP
secaos filos predominantes foram Proteobacteria com 365 sequências
classificadas de acordo com o NCBI (α 50%, β 4%, δ 6% e γ 9%) e 575 de acordo
0 100 200 300 400 500 600 700 800
Se
q
u
ên
cia
Filo
NCBI RDPcom RDP (α 42%, β 5%, δ 4% e γ 8%), seguido de Spirochaetes 25 sequências pelo
NCBI e apenas uma sequência pelo RDP, Firmicutes com 22 sequências pelo NCBI
e 22 pelo RDP, Cyanobacteria com 8 sequências pelo NCBI e 43 pelo RDP e
Actinobacteria com 4 sequências pelo NCBI e 4 pelo RDP. Segundo o NCBI 676
sequências não cultivadas e segundo o RDP 455 sequências (Figura 10).
Segundo NCBI, foram encontradas 9 espécies, dentre elas Halorhodospira
halophila (26 sequências), Spirochaeta aurantia (25 sequências), Bradyrhizobium
japonicum (22 sequências), Desulfovibrio magneticus (16 sequências), as demais
espécies (Frankia sp. CjJ14, Desulfovibrio putealis, Syntrophobacter fumaroxidans,
Halorhodospira halochloris e Celerinatantimonas diazotrophica) foram classificadas
para apenas uma sequência cada (Apêndice B).
De acordo com o RDP, Bradyrhizobium japonicum (45 sequências) foi a
espécie mais representativa em TP
seca, seguida de Calothrix sp. LEGE 06100 (36
sequências), Halorhodospira halophila (33 sequências), Desulfovibrio magneticus (16
sequências), Desulfovibrio gigas (15 sequências), Azorhizobium caulinodans (4
sequências), Methylovirgula ligni (2 sequências), Geobacter uraniireducens (2
sequências), Celerinatantimonas diazotrophica (2 sequências) e Bradyrhizobium
elkanii, Rhodomicrobium vannielii, Sphingomonas paucimobilis e Spirochaeta
aurantia com apenas uma sequência cada (Apêndice B).
Figura 9 - Classificação taxonômica das sequências em nível de Filo para a amostra TPseca.
Legenda: O eixo y indica o número absoluto de sequências e o eixo x mostra os táxons identificados,
com base no bando do NCBI e RDP. A cor azul representa a classificação NCBI e vermelha a
classificação RDP.
Fonte: Autor.
Em TP
chuvosa, o filo mais representativo foi, assim como nas demais bibliotecas,
Proteobacteria com 302 sequências classificadas segundo o NCBI (α 59%, β 1%, δ
7% e γ 3%) e 359 segundo o RDP (α 38%, β 1%, δ 13% e γ 2%), seguido de
Cyanobacteria com 11 sequências pelo NCBI e 39 pelo RDP, Firmicutes com 10
sequências pelo NCBI e 11 pelo RDP, Spirochaetes com 3 sequências apenas pelo
NCBI, Actinobacteria com apenas uma sequências para NCBI e uma para RDP e
Bacteroidetes com uma sequência pelo NCBI. Não cultivadas somaram 492
sequências segundo o NCBI e 410 segundo o RDP (Figura 11).
De acordo com o NCBI, 9 espécies foram identificadas, sendo Bradyrhizobium
japonicum (19 sequências) a espécie mais representativa, seguida de
Thermochromatium tepidum (3 sequências), Spirochaeta aurantia (3 sequências),
Halorhodospira halophila (2 sequências), Arcticibacter svalbardensis, Desulfobulbus
0 200 400 600 800 1000 1200
Se
q
u
ên
cias
Filo
NCBI RDPsp. Tol-SR, Desulfonatronovibrio halophilus, Desulfovibrio africanus e Desulfovibrio
termitidis classificaram apenas uma sequência cada (Apêndice B).
Segundo o RDP, Bradyrhizobium japonicum (40 sequências) foi a espécie mais
representativa, seguida de Calothrix sp. LEGE 06100 (35 sequências), Geobacter
uraniireducens (10 sequências), Syntrophobacter fumaroxidans (6 sequências),
Azorhizobium caulinodans (5 sequências), Halorhodospira halophila (3 sequências),
Burkholderia vietnamiensis (2 sequências) e Methylovirgula ligni, Zymomonas mobilis,
Desulfovibrio africanus e Azotobacter chroococcum com apenas uma sequência cada
(Apêndice B).
Figura 10 - Classificação taxonômica das sequências em nível de filo para a amostra TPchuvosa.
Legenda: O eixo y indica o número absoluto de sequências e o eixo x mostra os táxons identificados,
com base no banco do NCBI e RDP. A cor azul representa a classificação NCBI e vermelha a
classificação RDP.
Fonte: Autor.
Estudos baseados no gene 16S rRNA mostraram que os solos ácidos são
dominados por bactérias do Filo Acidobacteria, seguido de Proteobacteria (AUSEC;
KRAIGHER; MANDIC-MULEC, 2009; DEDYSH et al., 2006; ETTO et al., 2014;
0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000
Se
q
u
ên
cias
FILO
NCBI RDPFAORO, 2010; HARTMAN et al., 2008; JUOTTONEN et al., 2005; MORALES et al.,
2006; PANKRATOV et al., 2011). Nesse trabalho nos utilizamos o gene nifH como
marcador molecular e verificamos que a comunidade de diazotrofos dos organossolos
do estado Paraná é dominada por bactérias da classe alfaproteobacterias (20,67%).
Esses resultados são congruentes com os resultados obtidos por Zadorina e
colaboradores (2009), que analisaram a diversidade de diazotrofos em solos de turfa
na Rússia, onde as classes alfa, delta, gama e beta representantes do filo
Proteobacteria foram predominantes (ZADORINA et al., 2009).
O fato da maioria de organismos identificados com a função biológica de fixar
nitrogênio pertencer ao filo Proteobacteria pode ser explicado devido a quantidade de
bactérias classificadas taxonomicamente pertencentes a cada filo e disponíveis para
estudos em bases de dados públicas (Figura 2).
O
grande
número
de
organismos
que
não
foram
classificados
taxonomicamente confirma a alta diversidade bacteriana nos organossolos
paranaenses , indicando que há muitos microrganismos a serem descobertos, ou seja,
um ambiente com forte potencial biotecnológico (ETTO, 2011; ETTO et al., 2012,
2014).
No documento
ANÁLISE METAGENÔMICA DE BACTÉRIAS DIAZOTRÓFICAS DE SOLOS ORGÂNICOS DO ESTADO DO PARANÁ
(páginas 30-39)