Comparac¸˜ao com os outros bancos de dados

Nesta sec¸˜ao, n´os comparamos o HTRIdb com outros dois bancos de dados de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional com caracter´ısticas semelhantes aos do HTRIdb: Transcriptional Regulatory Element Database (TRED) (JIANG et al., 2007) e Oreganno (MONTGOMERY et al., 2006). Esses bancos possuem interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional experimentalmente verificadas em seres humanos e podem ser acessados gratuitamente.

O HTRIdb comparado com o TRED, demonstra mais facilidade e clareza no uso de seu mecanismo de pesquisa, al´em de permitir uma busca mais r´apida e eficiente por interac¸˜oes ex- perimentalmente verificadas entre FTs e GAs em humanos. Para demonstrar essa facilidade em

comparac¸˜ao ao TRED, vamos utilizar como exemplo a busca pelo FT TP53, o mesmo utilizado na descric¸˜ao do HTRIdb na sec¸˜ao anterior.

Logo no in´ıcio da pesquisa de informac¸˜oes de interac¸˜oes FTs-GAs no TRED, os usu´arios se confrontam com duas opc¸˜oes de busca: a qualidade do promotor e a qualidade da ligac¸˜ao, con- forme mostrado na Figura 5.17. O HTRIdb n˜ao exige esse conhecimento por parte do usu´ario, pois todos os dados presentes no banco de dados s˜ao de interac¸˜oes j´a conhecidas pelos cientistas e que j´a foram experimentalmente verificadas. Outra opc¸˜ao que n˜ao est´a presente no HTRIdb ´e a escolha da esp´ecie que se deseja pesquisar informac¸˜oes sobre as interac¸˜oes FTs-GAs, pois o HTRIdbcont´em apenas dados de seres humanos, o que permite uma busca mais r´apida e f´acil por dados de interac¸˜oes FTs-GAs dessa esp´ecie.

Figura 5.17: P´agina de busca por genes alvos no TRED.

Assim que a busca pelo TP53 ´e feita, surge a p´agina com os resultados. Podemos notar que essa p´agina (Figura 5.18) possui, em an´alise preliminar, apenas uma informac¸˜ao relevante que s˜ao os GAs. Para mais informac¸˜oes tais como as t´ecnicas utilizadas para verificar a existˆencia dessa interac¸˜ao ou a referˆencia do artigo cient´ıfico que prova a utilizac¸˜ao dessa t´ecnica com- provando a interac¸˜ao FT-GA, ´e necess´ario acessar a p´agina de cada interac¸˜ao, e extrair essas informac¸˜oes dessa p´agina (Figura 5.19). J´a no HTRIdb, essas informac¸˜oes est˜ao presentes logo na p´agina de resultados, n˜ao exigindo que os usu´arios as procurem pelas p´aginas, o que pro- move uma maior eficiˆencia para os pesquisadores no momento da pesquisa de informac¸˜oes sobre interac¸˜oes FTs-GAs experimentalmente verificadas de seres humanos.

Figura 5.18: P´agina de resultados das informac¸˜oes sobre as interac¸˜oes do fator de transcric¸˜ao TP53 no TRED.

Figura 5.19: P´agina de resultados das informac¸˜oes da interac¸˜ao entre um determinado gene alvo com o TP53 no TRED.

Em relac¸˜ao ao OREGANNO, o mecanismo de busca ´e parecido com o do HTRIdb. O HTRIdbapresenta os dados de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional de uma maneira mais f´acil e clara, como demonstrado anteriormente os dados do FT TP53, j´a que eles s˜ao apresentados de forma tabular. No caso do OREGANNO, esses dados est˜ao apresentados em blocos (Figura 5.20), o que dificulta a acessibilidade da busca por informac¸˜oes de um determinado GA.

Figura 5.20: P´agina de resultados do FT TP53 no OREGANNO.

Outra dificuldade encontrada est´a relacionada com a obtenc¸˜ao dos dados de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional humanas. O OREGANNO permite o usu´ario obter todos os dados ou apenas os dados dos FTs ou GAs desejados, semelhante ao HTRIdb. Por´em, como o ORE- GANNOretorna todos os dados de todas as esp´ecies em um arquivo ´unico, ´e necess´ario realizar um processo de filtragem para a obtenc¸˜ao dos dados de seres humanos. No HTRIdb isso n˜ao ´e necess´ario j´a que ele ´e um banco de dados de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional humana.

Outra desvantagem ´e que os dados s˜ao oferecidos apenas no formato “txt” e os dados par- ciais (Figura 5.21) apenas demonstrados na p´agina do OREGANNO (Figura 5.22). No HTRIdb al´em do usu´ario encontrar um mecanismo de extrac¸˜ao que permite a extrac¸˜ao dos dados de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional e de interac¸˜oes f´ısicas entre prote´ınas, tamb´em encontra diferentes opc¸˜oes de arquivos (“txt”, “csv” e “xls”) para obter os dados presentes no HTRIdb, tanto dados parciais quanto todos os dados presentes.

Figura 5.21: P´agina de resultados parciais para extrac¸˜ao de dados do FT TP53 no OREGANNO.

Figura 5.22: P´agina de resultados parciais dos dados do FT TP53 no OREGANNO.

Al´em dos obst´aculos descritos anteriormente, existe a necessidade de uma filtragem nos dados obtidos atrav´es do mecanismo de extrac¸˜ao do OREGANNO, pois al´em dos arquivos con- terem os dados de todas as esp´ecies, algumas dessas interac¸˜oes est˜ao com informac¸˜oes incom- pletas.

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Conclus˜ao

Neste trabalho, n´os desenvolvemos a vers˜ao 2.0 do Human Transcriptional Regulation Interaction Database (HTRIdb) que centraliza uma grande quantidade de informac¸˜oes sobre interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional em humanos e as disponibilizam de maneira gratuita por meio de uma interface Web simples de utilizar e com diferentes funcionalidades. Toda esta base de dados e os meios de busca do sistema comp˜oem uma ferramenta capaz de auxiliar na gest˜ao de informac¸˜ao para pesquisadores biom´edicos e outros pesquisadores da ´area. Esse banco de dados permite que estes pesquisadores encontrem informac¸˜oes sobre interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional em humanos de maneira mais eficiente promovendo, com isso, o aumento da produtividade em suas pesquisas e o desenvolvimento de novos trabalhos sobre os processos de transcric¸˜ao gˆenica. Possibilita, tamb´em, um maior entendimento sobre a rede de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional que controlam todos os processos celulares, promovendo novas des- cobertas que podem resultar na criac¸˜ao de novos medicamentos e tratamentos de dist´urbios ou doenc¸as relacionadas aos processos de transcric¸˜ao gˆenicas anormais.

O HTRIdb ainda possui muitas possibilidades de expans˜ao. Dentre essas possibilidades, po- demos citar a inserc¸˜ao de novos dados, como dados de microRNAs, o desenvolvimento de meca- nismo automatizado de busca de interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional na literatura biom´edica e a integrac¸˜ao com outros bancos de dados de regulac¸˜ao transcricional. A futura adic¸˜ao des- ses novos dados e funcionalidades ao HTRIdb tem o potencial de tornar esse banco ainda mais robusto, completo e atualizado, e, consequentemente, transform´a-lo em uma referˆencia sobre interac¸˜oes de regulac¸˜ao transcricional para a comunidade cient´ıfica