CONCLUSÃO E PERSPECTIVAS

A ferramenta CoRINs pode ser utilizada como ferramenta para auxiliar na comparação de redes de interação de resíduos (RINs) como uma forma de avaliar a variação conformacional de proteínas, de suas proteínas homólogas e mutações. A partir da necessidade da criação de uma ferramenta de comparação de RINs e da verificação dos efeitos de variação conformacional, observados pelo número de interações químicas entre os resíduos, foi desenvolvida uma ferramenta eficaz para realizar essa tarefa. Os dados adicionais gerados pelo CoRINs são pertinentes para diversas análises downstream da variação genética em regiões codificantes para proteínas, que incluem o estudo da importância e conservação das interações não-covalentes, e o efeito de mudanças de aminoácidos na sequência primária.

Com o objetivo de realizar a validação da ferramenta CoRINs, foi proposto um problema biológico para avaliar a relação entre a variação conformacional e a ocorrência de mutações do tipo missense, na qual, concluímos que os dados obtidos apresentam uma considerável evidência da existência de uma relação entre a presença de mutações associadas ao câncer e sítios protéicos que apresentam maior variação no número de interações químicas com outros resíduos na proteína, especialmente nos genes do tipo oncogenes.

A obtenção de uma maior amostra de oncogenes, supressores tumorais e seus respectivos confôrmeros, com a inclusão de modelos de NMR será o próximo passo dessa análise, para verificar se tal tendência se repete. Objetivamos também fazer tal análise com todos os pools de estruturas de proteínas associadas ao câncer presentes no banco CoDNAs, utilizando as saídas da ferramenta CoRINs.

No futuro, esperamos contribuir mais com a comunidade cientifica, apresentando atualizações nos métodos de análise do CoRINs, bem como, disponibilizar pacotes, para a realização local desse tipo de avaliação.

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ANEXOS

Anexo 1 – Artigo resultante desta dissertação publicado na plataforma de preprints BioRxiv. Link:

Anexo 2 – Exemplo de arquivo de saída com dados sobre nodes do CoRINs. Contém informações sobre os aminoácidos exclusivos de cada cadeia e trocas de aminoácidos de mesma posição. Ref erente a comparação dos pdbs 1T45 cadeia A e 1T46 cadeia A. Arquivo denominado report_dif_nodes_1T45(A)-1T46(A).txt. Fonte: (Obtida através do software CoRINs 0.5)

Anexo 3 – Exemplo de arquivo de saída com dados sobre edges do CoRINs. Contém informações sobre as interações químicas exclusivas de cada cadeia. Referente a comparação dos pdbs 1T45 cadeia A e 1T46 cadeia A. Arquivo denominado report_dif_edges_1T45(A)-1T46(A).txt. Fonte: (Obtida através do software CoRINs 0.5)

Anexo 4 – Exemplo de arquivo de saída com dados sobre mudanças no degree de aminoácidos do CoRINs. Contém inf ormações sobre os aminoácidos semelhantes que sof rerão alterações do degree, onde cada resíduo é representado por duas linhas, uma para cada cadeia da comparação. Ref erente a comparação dos pdbs 1T45 cadeia A e 1T46 cadeia A. Arquivo denominado report_dif_degree_1T45(A)-1T46(A).txt. Fonte: (Obtida através do software CoRINs 0.5)

Anexo 5 – Exemplo de arquivo de saída com dados sobre degree do CoRINs. Contém informações sobre a variação de todos os degrees de todas as comparações. Referente a comparação de todos os pdbs do gene KIT. Arquivo denominado df _degree_analysis.txt. Fonte: (Obtida através do software CoRINs 0.5)

Anexo 6 – Exemplo de arquivo de saída com dados sobre os parâmetros da rede da RIN. Contém inf ormações sobre a clusterização e betweenness de cada posição. Referente ao pdb 1T45. Arquivo denominado Result_node_1T45.txt. Fonte: (Obtida através do software CoRINs 0.5)