A Mata Atlântica abrangia originalmente, no início do século XVI, uma área equivalente a 1.315.460 km2 distribuída por 17 estados brasileiros: São Paulo, Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná, Goiás, Mato Grosso do Sul, Rio de Janeiro, Minas Gerais, Espírito Santo, Bahia, Alagoas, Sergipe, Paraíba, Pernambuco, Rio Grande do Norte, Ceará e Piauí. Atualmente, a cobertura de suas florestas foi reduzida a pequenos e desconectados fragmentos de remanescentes de vegetação nativa em diferentes estágios de regeneração (PUTZ et al., 2011). Da cobertura original, apenas 7% estão bem conservados em fragmentos acima de 100 hectares e 12% são fragmentos de floresta nativa com área superior a 3 hectares (SOS MATA ATLÂNTICA, 2014).
Apesar da drástica redução do seu bioma, a Mata Atlântica representa uma das áreas mais ricas em biodiversidade do planeta, sendo decretada Reserva da Biosfera pela Unesco, Patrimônio Nacional pela Constituição Federal de 1988 e considerada um "hotspot" mundial para a conservação devido à ameaça que toda sua riqueza faunística e de flora estão sujeitas. Estima-se que cerca de 35% das espécies vegetais do Brasil ocorrem na Mata Atlântica, ou seja, mais de 20.000 espécies, muitas delas endêmicas e ameaçadas de extinção.
No que diz respeito à diversidade de macrofauna, os números também são surpreendentes. Os levantamentos realizados apontam cerca de 2040 espécies, sendo 849 espécies de aves, 370 espécies de anfíbios, 200 espécies de répteis, 270 de mamíferos e 350 de peixes. Das 633 espécies da fauna brasileira ameaçada de extinção, 383 ocorrem na Mata Atlântica. Toda essa riqueza ameaçada coloca a região da Mata Atlântica como altamente prioritária para a conservação da biodiversidade mundial (SOS MATA ATLÂNTICA, 2014).
A composição da vegetação na Mata Atlântica é formada por um mosaico de formações florestais definidas como Floresta Ombrófila Densa, Ombrófila Mista, Estacional Semidecidual, Estacional Decidual, Ombrófila Aberta e alguns ecossistemas associados com os campos de altitude, manguezais e restingas (RODRIGUES, et al. 2009).
A região da Mata Atlântica, além de abrigar uma rica biodiversidade, representa um importante aporte de serviços ambientais essenciais a mais de 62% da população brasileira, tais como regulação do fluxo de mananciais hídricos, proteção da fertilidade do solo, controle do equilíbrio climático, preservação do patrimônio histórico e cultural, belezas cênicas entre outros. São mais de 120 milhões de brasileiros vivendo em 3.284 municípios no domínio deste bioma, onde são gerados aproximadamente 70% do PIB (Produto Interno Bruto) brasileiro (IBGE, 2014).
Neste contexto, foi fundamental a implantação de áreas protegidas, como as Unidades de Conservação, para assegurar a conservação dos remanescentes de vegetação nativa, preservando áreas representativas da diversidade biológica e cultural da Mata Atlântica. As contribuições das esferas federais, estaduais, municipais e privadas do país, permitiram o crescimento das áreas protegidas na Mata Atlântica, apesar da maior parte dos remanescentes naturais ainda estarem sem proteção. No entanto, áreas protegidas envolvem custos de conservação locais, em termos de restrições de uso do solo, ao passo que gera benefícios de conservação tanto locais como globais (RING, 2008).
Apesar do avanço das áreas protegidas, estratégias alternativas para conservação da biodiversidade podem ser adotadas visando à ampliação da conservação e recuperação ambiental na Mata Atlântica. A Lei da Mata Atlântica (Lei 11.428) de 2006, que regulamenta o uso e a exploração de seus remanescentes florestais e recursos naturais, representa um importante instrumento de incentivo ao uso sustentável da biodiversidade. No Brasil já existem mais de 600 RPPNs (Reservas Particulares do Patrimônio Natural) reconhecidas na Mata Atlântica. Outras estratégias como promoção da recuperação de áreas degradadas e incentivo ao pagamento pelos serviços ambientais prestados também podem contribuir de maneira significativa para o implemento de ações de conservação nesse bioma.
O estado de São Paulo, desde o período de colonização do Brasil, passou por intensos processos de devastação que, através de ações antrópicas como desmatamento, exploração de espécies arbóreas e construção de rodovias, resultaram na perda de biodiversidade e na depleção dos recursos genéticos em seus ecossistemas florestais (MYERS et al., 2000).
A Floresta Estacional Semidecídua é uma das principais formações florestais do estado de São Paulo, faz parte da Mata Atlântica e apresenta grande importância social e ambiental (VELOSO et al.,1991). Este tipo de vegetação é caracterizado pela alta diversidade de espécies e alto grau de endemismos, no entanto a ocupação desordenada gerou intensa fragmentação da vegetação (MYERS et al., 2000).
Diversos estudos destacam os impactos negativos da fragmentação dos remanescentes da cobertura vegetal original para a manutenção da diversidade genética (YOUNG et al., 2000; LAURENCE; COCHRANE, 2001; TABARELLI et al., 2004). A maioria destes remanescentes encontra-se em péssimas condições de conservação (DURIGAN et al., 2000). Uma atenção especial deve ser tomada em relação ao manejo adequado dessas áreas naturais e aos processos de restauração florestal de áreas desmatadas.
Esses fragmentos florestais são isolados espacialmente entre si por uma matriz distinta da cobertura original (MADER, 1994; YOUNG et al., 1996). A conservação dos remanescentes florestais é muito importante para que a biodiversidade seja mantida, uma vez que a fragmentação prejudica o fluxo gênico entre os remanescentes, comprometendo o desenvolvimento do processo sucessional (SMITH-RAMÍREZ et al., 2007) e reduzindo a variabilidade genética dessas populações (CASCANTE et al., 2002). A taxa de crescimento das plantas, sucesso reprodutivo, estrutura mutualística entre planta-animal e estrutura demográfica das espécies também podem ser muito prejudicados devido aos processos de fragmentação (ROGRIGUES; NASCIMENTO, 2006; VIDAL, 2007).
Estudos genéticos de populações nessas áreas fragmentadas podem trazer novas perspectivas quanto à sobrevivência da vegetação remanescente ou reflorestada. As populações dessas áreas estão sujeitas a um aumento na taxa de auto fecundação e de cruzamento entre indivíduos aparentados, consequentemente elevando a endogamia (HANSON et al., 2008). A endogamia está associada com a redução da heterozigosidade e da adaptabilidade das espécies, aumentando a probabilidade de extinção dessas populações (MATTHIES et al., 2004; REED, 2005).