A ideia de que graves violações de direitos humanos deveriam ser da competência da Justiça Federal surgiu no início de 1990, segundo a Procuradora da República Ela Wiecko V. de Castilho (s.a, p.1) que assim expõe:
A ideia da federalização dos crimes contra os Direitos Humanos, isto é, de incluir na competência da Justiça Federal o processo e julgamento de condutas violadoras de Direitos Humanos mantidas impunes no âmbito das agências penais dos estados- membros, começa a se desenvolver no início dos anos 90. A primeira expressão dessa ideia é encontrada no anteprojeto de lei de reformulação do Conselho de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana, elaborado por uma Comissão Especial constituída pelo Ministro da Justiça.
Em 1991 Miguel Reale Junior, jurista renomado, manifestou-se a favor da proposta de intervenção federal no Mato Grosso intentada pelo Procurador-Geral da República em um caso em que três assaltantes foram torturados, feridos e queimados vivos em público por agentes da Polícia Militar.
Transcorrido pouco mais de dez anos deste ocorrido, tramitava no Congresso Nacional a proposta de intervenção federal, que contou novamente com o apoio de Miguel Reale, agora como ministro da Justiça no Espírito Santo. A Ordem dos Advogados do Brasil, diante de denúncias de corrupção no legislativo e executivo e envolvimento da polícia com corrupção e grupos de extermínio, solicitou a intervenção junto ao Ministério da Justiça, que foi aprovado pelo Conselho de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana-CDDPH, do qual o Procurador-Geral da República fazia parte, decidindo assim dar prosseguimento ao caso.
No entanto, o então presidente Fernando Henrique Cardoso convenceu o Procurador-Geral Geraldo Brindeiro a desistir da intervenção com argumentos de que era politicamente e juridicamente inviável e deu como alternativa a montagem de uma operação especial onde a Policia Federal atuaria naquele Estado. “A posição do presidente foi possivelmente o motivo da renúncia de Miguel Reale Júnior.” (ASTOLFI; LAGATTA; HILDEBRAND OI, 2014, p. 22).
Especialistas e doutrinadores de Direitos Humanos defendiam por um instrumento que fosse capaz de obstar as graves violações de direitos humanos no país.
Na mesma época, a reforma do judiciário ganhava corpo no aguardo de uma revisão constitucional. O deputado Helio Bicudo, então, em 30 de abril de 1992 apresentou o Projeto de Emenda Constitucional nº 96 junto a Câmara dos Deputados que ficou conhecida como “PEC da Reforma do Judiciário”. Trazia modificações, dentre outras, nas carreiras de juízes e na composição dos Tribunais, mas ainda não abordava sobre as graves violações de direitos humanos.
Nesta época, as discussões sobre a Constituição eram frequentes, visto que, com o fim do regime ditatorial houve promulgação da Constituição cidadã.
Somente após dois anos da apresentação da proposta da emenda constitucional e integração à revisão constitucional é que entrou em pauta o tema da federalização das graves violações de direitos humanos.
Foi aí então que o deputado Nelson Jobim realizou várias propostas para o capítulo que tratava do Poder Judiciário, entre elas a indicação de que caberia à Justiça Federal julgar as graves violações de direitos humanos.
Em setembro de 1995, mais especificamente no dia 09, o jornal Folha de São Paulo noticiou sobre a criação do Programa Nacional de Direitos Humanos no governo de Fernando Henrique Cardoso apontando que a responsabilidade das investigações de graves violações de direitos humanos seria transferida dos Estados para a União.
Em 1996, foi instituído o primeiro Programa Nacional de Direitos Humanos (PNDH), através do Decreto presidencial nº 1904. Segundo a pesquisa da Secretaria da Reforma do Judiciário do Ministério da Justiça (2014, p. 24):
No item intitulado ‘Luta contra a impunidade’ está relacionada, entre outras, a seguinte proposta de ação governamental em curto prazo: ‘Atribuir à Justiça Federal a competência para julgar: (a) os crimes praticados em detrimento de bens ou interesses sob a tutela de órgão federal de proteção a direitos humanos; (b) as causas civis ou criminais nas quais o referido órgão ou procurador-geral da República manifeste interesse’. (ASTOLFI;
LAGATTA; HILDEBRAND OI, 2014, p. 24).
O governo federal apresentou uma nova proposta, a PEC 368/96, talvez pela demora no processo de reforma constitucional, porém agora mais específica, prevendo a atribuição para julgamento das graves violações de direitos humanos à Justiça Federal. No entanto, ela não foi bem aceita causando reações de 25 desembargadores que registraram repúdio a esta PEC em plenário do Tribunal de Justiça do Estado de São Paulo, entendendo que a federalização seria um desrespeito do pacto federativo.
A Comissão Interamericana dos Direitos Humanos, no ano posterior, fez recomendação ao Brasil, para proceder à federalização dos crimes envolvendo violações de direitos humanos, in verbis:
Transferência para a competência da justiça federal do julgamento dos crimes que envolvam violações dos direitos humanos, devendo o Governo Federal assumir a responsabilidade direta pela instauração de processo e pelo devido estimulo processual quando se trate de tais crimes. (Comissão Interamericana De Direitos Humanos. Relatório Sobre O Brasil, 1997. Cap.
3, Parágrafo 95)
Em algumas de suas versões, a proposta previa que a provocação ao STJ poderia ser feita pelo Procurador-Geral da República, e também por
Procuradores Gerais dos Estados ou pelo CDDPH. Com isso, surgiram discussões a respeito da necessidade de condicionar a federalização de tais violações à dificuldade da Justiça Estadual para processá-los e julgá-los.
Em 2003 Luiz Inácio Lula da Silva toma posse como o novo Presidente da República e com isso retoma a agenda da reforma do judiciário com mais contundência ganhando fôlego no final do referido ano, quando o governo federal decide “fatiar” a emenda para que pudessem ser aprovados os pontos prioritários, sendo a criação do Conselho Nacional de Justiça um deles que culminou no impulsionamento da proposta da federalização entre outras.
No mesmo ano, Nelson Jobim assume a presidência do STF e com isso as negociações em relação à PEC começam a caminhar com mais agilidade.
Porém, em um texto publicado na IX Conferência Nacional de Direitos Humanos em 2004 manifesta resistência a aprovação do IDC.
No dia 18 de novembro de 2004 ocorreu a votação final e a PEC de número 45 foi aprovada contando com o apoio dos partidos PT e PSDB e de membros de seus aliados principais (PLF/DEM e PMDB) que já vinham apoiando anteriormente aprovação do projeto.
No ano de 2005 foram interpostas junto aos STF duas Ações Diretas de Inconstitucionalidade (ADI), a de número 3486 ajuizada pela Associação dos Magistrados Brasileiros (AMB) e a de número 3493 ajuizada pela Associação Nacional dos Magistrados Estaduais (ANAMAGES), que ainda aguarda julgamento.
A primeira ADI contém o pedido de inconstitucionalidade do art. 1º da emenda 45 que, dentre outros assuntos, trata do incidente deslocamento de competência com os argumentos de que viola requisitos constitucionais, quais sejam, o Princípio do Juiz Natural, a alta discricionariedade concedida ao Procurador-Geral da República para a decisão dos casos que deverão ser federalizados e a última refere-se ao termo vago “graves violações de direitos humanos”. A ADI 3493 tramita em apenso à ADI 3486, visto se tratar do mesmo assunto e com a mesma finalidade. Consta ainda, em ambas as ações um pedido de improcedência das referidas ações, formuladas pela Conectas Direitos Humanos na qualidade de amicus curiae.
De 2006 para cá, houve diversos projetos de lei e propostas de emendas constitucionais com o fim de especificar os casos em que poderá ser utilizado o IDC e também para alargar o rol de competência para a propositura do
pedido de deslocamento junto ao STJ. A exemplo, o Projeto de lei 6.647 que pretende estender o IDC para casos cíveis.