As florestas, por serem sistemas com alta diversidade biológica, oferecem uma variedade de habitats para mais de metade das espécies de plantas e animais terrestres conhecidas. Devido às atividades humanas, a área global coberta por florestas naturais diminui cerca de 13 milhões de hectares anualmente (NIE et al., 2011). Considerando-se o importante papel desempenhado pelos fungos para o
funcionamento de ecossistemas florestais, vários estudos têm sido conduzidos no intuito de conhecer a diversidade de fungos em florestas de várias partes do mundo. O estudo pioneiro usando o pirosequenciamento para análise de fungos do solo em florestas foi conduzido por Buée e colaboradores (2009) que analisaram a divrsidade de fungos em solos sob seis tipos de espécies arbóreas em uma floresta na França. A diversidade e a riqueza de UTOs diferiram entre os seis tipos de solos amostrados, sugerindo forte heterogeneidade espacial, influenciada pelas espécies arbóreas e pela matéria orgânica do solo.
Nie e colaboradores (2011) compararam a diversidade de fungos do solo de uma floresta de pinheiros com áreas de florestas plantadas, na região subtropical da China, usando o sequenciamento de Sanger. De acordo com os índices de diversidade de Shannon-Wienner e análises de curvas de rarefação, a floresta natural apresentou maior diversidade e riqueza de espécies de fungos que as florestas plantadas. Basidiomycota e Ascomycota foram os táxons dominantes nos solos de florestas naturais e plantadas, respectivamente.
Um estudo conduzido por Lentendu e colaboradores (2011) analisou o efeito de 11 condições ambientais na diversidade de fungos do solo em florestas de tundra nos Alpes do sul da França, usando o pirosequenciamento da região ITS de fungos. Este estudo mostrou evidências do determinismo do habitat na distribuição da comunidade de fungos do solo e mostrou a existência de uma rara biosfera de fungos.
Christ e colaboradores (2011) estudaram, pelo sequenciamento de Sager, as comunidades de fungos em horizontes superficiais e rochosos do solo de duas florestas na Alemanha, usando como marcadores a região ITS de fungos e genes funcionais codificadores de lacase. Os resultados deste estudo indicaram que o marcador ITS do rDNA revelou comunidades influenciadas principalmente pelo tipo de floresta analisado, enquanto o marcador para lacase identificou uma comunidade de fungos principalmente afetada pelo pH do solo. As comunidades de fungos detectadas pelo marcador funcional apresentaram diferenças significativas entre os horizontes superficiais e rochosos do solo, indicando que os fungos produtores de lacase são especificamente adaptados em degradar matéria orgânica em solos ao invés de atuar no intemperismo de rochas.
Muitos dos estudos sobre fungos em solos de florestas têm focado no conhecimento sobre as comunidades de fungos micorrízicos (KRANABETTER, et
al., 2005; PALFNER; CASANOVA-KATNY; READ, 2005; NILSSON et al., 2007; OPIK et al., 2009; WALLANDER et al., 2010; HUI, et al., 2011).
Apesar da grande quantidade de estudos relacionados às comunidades de fungos do solo, os inventários sobre a diversidade fúngica em solos sob florestas tropicais não são numerosos (VERGHESE, 1972; BETTUCCI; ROQUEBERT, 1995; PERSIANI; CASADO, 1998; BERTUCCI et al., 2002). A maioria das pesquisas sobre fungos do solo, baseadas em dados moleculares, tem sido realizadas em ecossistemas boreais e temperados. Porém, os dados obtidos em florestas de clima temperado não podem ser generalizados para os fungos do solo de florestas tropicais. Florestas tropicais apresentam centenas de espécies de árvores por hectare, que podem ter importante influência nas comunidades de fungos do solo envolvidas na decomposição da liteira. Os fungos degradam grande porção de compostos derivados de plantas, portanto, a mistura de diversos tipos de folhas na liteira do solo das florestas tropicais pode permitir a coexistência de diversos táxons de fungos que compartilham os mesmos recursos (McGUIRE et al., 2011).
Para verificar o efeito de diferentes tipos de liteiras de plantas e da precipitação na diversidade de fungos do solo, McGuire e colaboradores (2011) analisaram a comunidade de fungos do solo de áreas de floresta tropical no Panamá com diferentes espécies de árvores. Neste estudo, o número de táxons de fungos aumentou significativamente com o aumento da média anual de precipitação, mas não aumentou com a riqueza de plantas. Isso sugere que a precipitação pode ser mais importante que a diversidade de plantas ou nutrientes do solo na estruturação das comunidades de fungos do solo de florestas tropicais.
Em relação ao bioma Mata Atlântica, pouco se sabe sobre as comunidades de fungos do solo, uma vez que poucos estudos foram realizados e a maioria deles se concentra na avaliação de grupos específicos de fungos. Um exemplo foi o estudo realizado no Parque Estadual da Serra da Cantareira, um fragmento da Mata Atlântica localizado no estado de São Paulo com a intenção de inventariar a diversidade de oomicetos em amostras de solo e em corpos d’água (MIRANDA, 2007). Neste trabalho, foi utilizada uma metodologia dependente de cultivo que permitiu o isolamento de 213 oomicetos de uma grande variedade de táxons.
Adicionalmente, Pires-Zottarelli e Gomes (2007) fizeram um estudo sobre a diversidade de fungos do filo Chytridiomycota na Reserva Biológica de Paranapiacaba, um fragmento de Mata Atlântica localizado em Santo André, SP.
Foram identificadas 29 espécies de fungos, sendo que uma das espécies foi registrada pela primeira vez no Brasil.
Um dos poucos estudos que investigou a comunidade total de fungos do solo da Mata Atlântica foi realizado no município de Cubatão, SP. Neste estudo as comunidades de fungos de amostras de água, solo e folhedo foram analisadas. Através da metodologia de iscas para isolamento de fungos zoospóricos e metodologia de cultivo para os demais grupos de fungos, foram obtidos 280 taxons de fungos, sendo que 23 espécies deste estudo foram reportadas pela primeira vez no Brasil (SCHOENLEIN-CRUSIUS et al., 2006).
Nenhum dos trabalhos anteriores, porém, utilizou técnicas moleculares para o estudo dos fungos do solo da Mata Atlântica. Além disso, nenhum dos trabalhos estudou a variação da comunidade de fungos em relação a fatores ambientais, como os atributos do solo, frações da matéria orgânica e precipitação ou a influência de espécies de árvores na comunidade de fungos do solo. Portanto, o uso da metodologia de lavagem de solo e cultivo de partículas, juntamente com a análise do perfil de bandas de fragmentos de DNA, obtidos após DGGE, aliados ao pirosequenciamento da região ITS de amostras ambientais, poderá auxiliar no entendimento das comunidades fúngicas do solo da Mata Atlântica e suas relações com os atributos do solo. Além disso, os resultados dessas análises poderão contribuir na descoberta de indicadores de qualidade do solo e colaborar com o