Efeito da saturação do genoma na formação dos grupos de ligação

O tamanho de população utilizado para o mapeamento genético é um fator importantíssimo na formação dos grupos de ligação. Mas, o processo de formação de grupos de ligação é também grandemente afetado pelo nível de saturação do genoma por marcadores.

4.1.2.1 Populações com 50 indivíduos

Para as populações de tamanho de 50 indivíduos, obteve-se número de grupos de ligação variando de 11 a 14, 12 a 24 e 8 a 18, para os níveis de saturação de genoma de 5 cM, 10 cM e 20 cM, respectivamente (Figuras 11, 12 e 13). Portanto, para o nível de saturação do genoma de 5 cM foi obtido a menor amplitude de número de grupos de ligação no processo de mapeamento. Além da menor amplitude, o nível de saturação de 5 cM foi o único que proporcionou em 70 repetições, do total de 100 repetições, a formação de 11 grupos de ligação (Quadro 7) e, com a maioria das marcas ligadas (Quadro 8). Para o nível de saturação de 10 cM e tamanho de população de 50 indivíduos nenhuma repetição levou a formação de 11 grupos de ligação (Quadro 7). Para o nível de saturação de 20 cM, como discutido anteriormente, apesar de 12 repetições do total de 100 repetições terem proporcionado a formação de 11 grupos de ligação (Quadro 7), estes apresentaram poucas marcas ligadas, ou seja, a maioria das marcas estava não ligadas (Quadro 8).

4.1.2.2 Populações com 100 indivíduos

Para as populações de tamanho de 100 indivíduos, obteve-se número de grupos de ligação igual a 11, variando de 11 a 12 e 12 a 21, para os níveis de saturação do genoma de 5, 10 e 20 cM, respectivamente (Figuras 11, 12 e 13). O número de repetições, de um total de 100, em que houve a formação de 11 grupos de ligação foi de 100, 98 e 0, para os níveis de saturação do genoma de 5, 10 e 20 cM, respectivamente (Quadro 7). Verifica-se novamente a superioridade de qualidade com a utilização de genomas mais saturados no mapeamento, uma vez que o nível de

saturação do genoma de 5 cM foi o que apresentou melhor resultado em termos de formação de grupos de ligação nas populações com 100 indivíduos, levando à formação de 11 grupos de ligação em todas as repetições (Quadro 7) e, não apresentando nenhuma marca não ligada (Quadro 8). Por outro lado, o nível de saturação do genoma de 20 cM foi o que proporcionou os piores resultados nas populações com 100 indivíduos, não propiciando a formação de 11 grupos de ligação em nenhuma das repetições (Quadro 7) e, apresentando um grande número de marcas não ligadas (Quadro 8).

4.1.2.3 Populações com 154 indivíduos

Para as populações com 154 indivíduos a variação do número de grupos de ligação para o nível de saturação do genoma de 20 cM (66 marcas) foi de 11 a 14 (Figura 13). Além disto, houve, para esta saturação de genoma, a presença de marcas não ligadas em algumas das repetições (Quadro 8). Por outro lado, para os níveis de saturação de 5 (231 marcas) e 10 cM (121 marcas) com não houve variação do número de grupos de ligação nas populações com 154 indivíduos, sendo observado para todas as repetições a formação de 11 grupos de ligação (Figuras 11 e 12 e Quadro 7) e, não houve a presença de marcas não ligadas em nenhuma das repetições (Quadro 8).

Faleiro (2000), utilizou uma população de RIL com 154 indivíduos e 53 locos (10 características de resistência a doenças, o hábito de crescimento e 42 marcadores moleculares) para o mapeamento da espécie Phaseolus vulgaris (2n=2x=22). Adotando LODmín de 4,0 e rmáx de 40%, foram mapeados 43 dos 53 locos em nove grupos de ligação perfazendo uma distância de recombinação total de 247,8 cM, com distância média entre locos de 7,3 cM. A obtenção de número de grupos de ligação inferior ao esperado para a espécie (11 grupos de ligação) e a presença de marcas não ligadas provavelmente foi devido ao reduzido número de locos utilizados. Uma vez que, no trabalho de simulação, população com 154 indivíduos levou a recuperação do número de grupos de ligação do genoma simulado quando foram utilizadas 231 e 121 marcas, mas não recuperou corretamente os grupos de ligação quando foram utilizadas 66 marcas, havendo, inclusive marcas não ligadas.

4.1.2.4 Populações com 200 indivíduos

Para as populações com 200 indivíduos o número de grupos de ligação no nível de saturação de genoma de 20 cM foi de 11, 12 ou 13 (Figura 13). Além disto, houve, para esta saturação de genoma, a presença de marcas não ligadas em algumas das repetições (Quadro 8), que embora tenham sido de poucas marcas, evidencia que este nível de saturação e número de indivíduos é ineficiente na reconstrução do genoma verdadeiro. Por outro lado, para os níveis de saturação de 5 e 10 cM e tamanho de população de 200 indivíduos não houve variação do número de grupos de ligação, sendo observado para todas as repetições a formação de 11 grupos de ligação (Figuras 11 e 12), sem marcas não ligadas, em todas as repetições (Quadro 8).

4.1.2.5 Populações com 300 indivíduos

Para as populações com 300 indivíduos o número de grupos de ligação no nível de saturação de genoma de 20 cM foi de 11 e 12 (Figura 13). Além disto, houve, para esta saturação de genoma, a presença de marcas não ligadas em algumas das repetições (Quadro 8), que embora tenham sido de poucas marcas, evidencia que este nível de saturação e número de indivíduos é ineficiente na reconstrução do genoma verdadeiro. Por outro lado, para os níveis de saturação de 5 e 10 cM e tamanho de população de 300 indivíduos não houve variação do número de grupos de ligação, sendo observado para todas as repetições a formação de 11 grupos de ligação (Figuras 11 e 12), sem marcas não ligadas, em todas as repetições (Quadro 8).

4.1.2.6 Populações com 500 e 800 indivíduos

As populações com 500 e 800 indivíduos, nos três níveis de saturação do genoma, 5, 10 e 20 cM, apresentaram em todas repetições formação de 11 grupos de ligação (Figuras 11, 12 e 13 e Quadro 7), sem marcas não ligadas (Quadro 8).