GROMOS e AMBER: estendendo as trajetórias

Figura 20: Imagens correspondentes a determinados instantes de tempo das simulações (criadas com o programa SPDBV): a) GROMOS em t = 0 ns; b) AMBER em t = 0 ns; c) OPLS em t = 0 ns; d) GROMOS em t = 30 ns; e) AMBER em t = 45 ns; f) OPLS em t = 30 ns.

5.1.2 GROMOS e AMBER: estendendo as trajetórias

Como o AMBER foi o campo de força que apresentou o maior acréscimo de folhas-β na região N-terminal e uma vez que esse acréscimo acentuado surgiu somente nos últimos 5 ns, é importante estender a trajetória desta simulação. Com isto pretende-se verificar se o núcleo de folhas-β formado é, de fato, estável e se o conteúdo α-helicoidal permanecerá aumentando ou se retornará ao patamar observado nos primeiros 30 ns de simulação. O campo de força GROMOS, por sua vez, além de apresentar um aumento significativo de folhas-β (embora em menor extensão que o campo de força AMBER) na região N-terminal, também apresentou uma diminuição de conteúdo α-helicoidal nos últimos 10 ns de simulação.

Assim, as trajetórias das simulações dos campos de força AMBER e GROMOS foram estendidas, até 100 ns, com o intuito de verificar se a tendência de formação de folhas-β na região N-terminal seria mantida. O campo de força OPLS não foi incluído nesta etapa de extensão das trajetórias por ter apresentado baixa tendência à formação de uma nova fita-β na região N-terminal. H1 H2 _H3 S1 S2 a) GROMOS 0ns H3 ^H1 H2 b) AMBER 0ns H1 H2 _H3 S1 S2 c) OPLS 0ns

62 Figura 21: Gráficos de RMSD de Cα em função do tempo de simulação para as trajetórias estendidas dos campos de força AMBER e GROMOS.

Analisando o gráfico de RMSD (Cα), Figura 21, observa-se que para o campo de força AMBER o patamar que havia sido alcançado em 50 ns (em torno de 0,57 nm) é basicamente mantido até o final da simulação. No entanto, o campo de força GROMOS que até 50 ns havia apresentado um patamar de convergência (em torno de 0,55 nm) inferior ao do AMBER, termina a simulação com um valor de RMSD (Cα) superior ao de AMBER. De fato, a partir de 60 ns de simulação, a curva de RMSD (Cα) do campo de força GROMOS apresenta um perfil crescente, indicando que a estrutura continua se alterando em relação à estrutura de partida (de 0 ns) e termina a simulação com um valor de cerca de 0,65 nm.

a) RMSF: 50-60ns; b) RMSF: 90-100ns.

Figura 22: Gráficos de RMSF (Cα) em função do resíduo para as simulações estendidas dos campos de força AMBER e GROMOS representando diferentes intervalos de tempo de simulação: a) 50 a 60 ns; b) 90 a 100 ns. No gráfico de RMSF (Cα), as flechas rosas indicam a localização das fitas-β originais (presentes na estrutura inicial de 2PRP) e as caixas azuis indicam a localização das hélices (H1, H2 e H3) nas estruturas proteicas simuladas.

63 Analisando os gráficos de RMSF (Cα), Figura 22, observa-se que o perfil da curva do campo de força AMBER entre 50-60 ns (ver Figura 22a) e 90-100 ns (ver Figura 22b) é basicamente o mesmo. Isto indica que o fragmento protéico simulado por este campo de força não está mais sofrendo significativas mudanças estruturais no intervalo de 50 à 100 ns de simulação.

a) AMBER;

a) GROMOS.

Figura 23: Gráfico de estrutura secundária dos resíduos de aminoácidos em função do tempo de simulação (criados empregando o programa DSSP) para : a) AMBER; b) GROMOS. Para cada cor nos gráficos corresponde uma estrutura secundária, a saber: alça (coil), folha-β (folha-β-sheet), segmento β (β-bridge), dobra (bend), volta (turn), α-hélice (A-helix), 5-hélice (5-helix) e 3-hélice (3-helix).

A curva de RMSF (Cα) do campo de força GROMOS, por outro lado, mostra mobilidades bastante diferentes nos intervalos de 50-60 ns (ver Figura 22a) e 90-100 ns (ver Figura 22b). A Figura 22a mostra que de 50-60 ns o campo de força GROMOS apresenta um pico de alta mobilidade, em torno de 195 aa, em sua curva de RMSF (Cα), o que confere com a maior desestruturação dos resíduos finais da α-hélice 2 (H2) neste intervalo (conforme

64 mostra a Figura 23b). Este pico, no entanto, é visivelmente suavizado na curva de RMSF (Cα) no intervalo de 90-100 ns (Figura 22b), uma vez que nesse intervalo há uma regeneração de resíduos, que voltam a assumir estrutura α-helicoidal. Analisando ainda a curva de GROMOS, Figura 22b, observa-se que a região N-terminal é marcada por um patamar de alta mobilidade, o que confere com o fato de que nos 10 ns finais de simulação ocorre uma perda significativa de conteúdo de folhas-β nessa região (conforme se pode observar pela Figura 23b em torno de 120 aa). Verifica-se ainda, pela Figura 23b, que os resíduos finais da α-hélice 1 (H1) e parte dos resíduos finais da α-hélice 2 (H2) do campo de força GROMOS são reestruturados até o final da simulação.

a) AMBER; b) GROMOS.

Figura 24: Gráficos de número de resíduos envolvidos em tipos de estrutura secundária em função do tempo de simulação para: a) AMBER; b) GROMOS. Para cada cor nos gráficos corresponde uma estrutura secundária, a saber: Structure, alça (coil), folha-β (β-sheet), segmento β (β-bridge), dobra (bend), volta (turn), α-hélice (A-helix), 5-hélice (5-helix) e 3-hélice (3-helix).

Avaliando a Figura 24a, observa-se que o conteúdo de folhas-β do campo de força AMBER é constante ao longo do intervalo de 50-100 ns de simulação, enquanto o seu conteúdo α-helicoidal aumenta ao final desse intervalo. No que diz respeito ao campo de força GROMOS, verifica-se pela Figura 24b que o seu conteúdo de folhas-β decai continuamente no intervalo de 50-100 ns de simulação. Por outro lado, o conteúdo α-helicoidal do campo de

65 força GROMOS aumenta continuamente ao longo desse intervalo de simulação, assim como ocorre com o AMBER.

Figura 25: Imagens correspondentes a determinados instantes de tempo das simulações (criadas com o programa SPDBV) para: a) GROMOS em t = 50 ns; b) GROMOS em t = 80 ns; c) GROMOS em t = 100 ns; d) AMBER em t = 50 ns; e) AMBER em t = 80 ns; f) AMBER em t = 100 ns. Sobreposição de imagens (SPDBV) correspondentes aos instantes de tempos de 50, 60, 70, 80, 90 e 100 ns para: g) GROMOS; h) AMBER.

As imagens da Figura 25 mostram a evolução dos fragmentos protéicos simulados com os diferentes campos de força. Comparativamente, verifica-se pelas imagens (da Figura 25a até a Figura 25f) que o campo de força AMBER apresenta maior conteúdo de folhas-β e

H1 H2 H3 S1 S2 S3 a) GROMOS 50ns H1 H2 H3 S1 S2 S3 b) GROMOS 80ns H1 H2 ^H3 S1 S2 S3 c) GROMOS 100ns H1 H2 H3 S1 S2 S3 d) AMBER 50ns H1 H2 H3 S1 S2 S3 e) AMBER 80ns H1 H2 H3 S1 S3 f) AMBER 100ns g) GROMOS 50-100 ns h) AMBER 50-100 ns

66 de α-hélices, ao longo da simulação, do que o campo de força GROMOS. As Figuras 25g e 25h, por sua vez, mostram imagens sobrepostas coletadas de 50 a 100 ns (a cada 10 ns) de simulação para cada um dos campos de força. Por estas imagens, verifica-se que, de fato, o a estrutura simulada pelo campo de força AMBER oscila muito menos que a simulada pelo GROMOS como havia sido anteriormente discutido nas análises deste capítulo.