Identificação de peptídeos com maior probabilidade de serem

A primeira análise realizada foi a predição dos possíveis peptídeos apresentados pelas moléculas de HLA. Entre os métodos da abordagem consenso, o único disponível para a predição de peptídeos apresentados pelo HLA-DRB1*13:01 é o Sturniolo (STURNIOLO et al., 1999). Já para a predição de peptídeos apresentados pelo HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01 estão disponíveis os quatro métodos da abordagem consenso. Nesse caso, foram usados os métodos NN_align, SMM_align, e Combinatorial Library. Os peptídeos gerados foram então filtrados para serem selecionados apenas os com percentil rank consenso menor ou igual a 10. Na abordagem de consenso, o percentil rank consenso é a mediana do percentil rank dos três métodos usados (PAUL et al., 2016). No caso específico do HLA-DRB1*13:01, o percentil rank consenso é o próprio percentil rank do método Sturniolo.

Depois, os peptídeos foram ordenados de acordo com a posição inicial na sequência de aminoácidos, a fim de identificar quais regiões têm maior potencial de serem apresentadas pelas moléculas de HLA. A determinação do total de peptídeos subsequentes contidos em um segmento da sequência de aminoácidos das proteínas da mielina é mostrada nas seguintes tabelas: MAG (tabela 3); MBP (tabela 4);

Periaxina (tabela 5); Proteína P0 da mielina (tabela 6); proteína P2 da mielina (tabela 7). O resultado da predição das proteínas do EBV, com os peptídeos filtrados pelo percentil rank, mas sem ordenamento, são mostrados na tabela suplementar 1.

Também são apresentadas as sequências de ancoramento preditas para os peptídeos de cada segmento. No caso da abordagem de consenso, o resultado não especifica qual a região de ancoramento consenso, então optou-se por escolher o nonapeptídeo correspondente ao método ao qual pertence o percentil rank consenso.

Tabela 3. Segmentos da sequência de aminoácidos da proteína MAG cujos peptídeos foram preditos para se ligar aos HLAs DQA1*01:01/DQB1*05:01 ou DRB1*13:01 e os nonapeptídeos preditos (Continua).

Sequência Número de

peptídeos (15 aa) Nonapeptídeos HLA

1-21 7

LTALPLFWI, LPLFWIMIS, PLFWIMISA

DQA1*01:01/DQB1*05:01

6-26 7 IMISASRGG DRB1*13:01

Tabela 3. Segmentos da sequência de aminoácidos da proteína MAG cujos peptídeos foram preditos para se ligar aos HLAs DQA1*01:01/DQB1*05:01 ou DRB1*13:01 e os nonapeptídeos preditos (Conclusão).

Sequência Número de

peptídeos (15 aa) Nonapeptídeos HLA

37-54 4 CRFDFPDEL,

RFDFPDELR DQA1*01:01/DQB1*05:01

44-64 7 LRPAVVHGV DRB1*13:01

52-70 5 GVWYFNSPY DQA1*01:01/DQB1*05:01

66-86 7 VVFKSRTQV DRB1*13:01

91-111 7 LRNCTLLLS DRB1*13:01

124-141 4 SEHSVLDIV,

FSEHSVLDI DQA1*01:01/DQB1*05:01

196-210 1 SLLHFVPTR DQA1*01:01/DQB1*05:01

281-299 5 AESLLLELE,

SLLLELEEV DQA1*01:01/DQB1*05:01

403-418 2 NLSVEFAPV DQA1*01:01/DQB1*05:01

422-442 7 VQCLCVVKS DRB1*13:01

514-534 7 VVAFAILIA DQA1*01:01/DQB1*05:01

514-543 6

VVAFAILIA, ILIAIVCYI, IVCYITQTR

DRB1*13:01

Tabela 4. Segmentos da sequência de aminoácidos da proteína MBP cujos peptídeos foram preditos para se ligar aos HLAs DQA1*01:01/DQB1*05:01 ou DRB1*13:01 e os nonapeptídeos preditos.

Sequência Número de

peptídeos (15 aa) Nonapeptídeos HLA

85-105 7 LIRLFSRDA DRB1*13:01

127-140 7 VMASQKRPS DRB1*13:01

214-234 7 VVHFFKNIV DRB1*13:01

214-233 6 PVVHFFKNI,

VVHFFKNIV DQA1*01:01/DQB1*05:01

Tabela 5. Segmentos da sequência de aminoácidos da proteína Periaxina cujos peptídeos foram preditos para se ligar aos HLAs DQA1*01:01/DQB1*05:01 ou DRB1*13:01 e os nonapeptídeos preditos.

Sequência Número de

peptídeos (15 aa) Nonapeptídeos HLA

5-25 7 LRRAELVEI

DRB1*13:01

6-23 4 LRRAELVEI,

RRAELVEII DQA1*01:01/DQB1*05:01

63-85 9

SARVFFENF, RVFFENFKY, FFENFKYED, FENFKYEDA

DQA1*01:01/DQB1*05:01

75-95 7 LRLLQCAEP DRB1*13:01

86-106 7 VSFCLKRTV DRB1*13:01

184-207 10 LPRLRVREV,

LRVREVAEE DRB1*13:01

347-367 7 VALKMPRLS DRB1*13:01

514-534 7 VQLLKVSEM DRB1*13:01

776-796 7 VQLKATKAE DRB1*13:01

887-905 5 REVGFRVPS,

EVGFRVPSV, DQA1*01:01/DQB1*05:01

1008-1028 7 LKFKGPRFA DRB1*13:01

1199-1219 7 LVGEGVFKM DRB1*13:01

1237-1257 7 LRLKLPTLG DRB1*13:01

1267-1283 3 FCLSLPDVE,

ERTFCLSLP DQA1*01:01/DQB1*05:01

1298-1318 7 LKVRLPRFG DRB1*13:01

1368-1388 7 VRVRLPRVG DRB1*13:01

Tabela 6. Segmentos da sequência de aminoácidos da proteína P0 cujos peptídeos foram preditos para se ligar aos HLAs DQA1*01:01/DQB1*05:01 ou DRB1*13:01 e os nonapeptídeos preditos.

Sequência Número de

peptídeos (15 aa) Nonapeptídeos HLA

40-60 7 VTLHCSFWS DRB1*13:01

44-66 9

CSFWSSEWV, HCSFWSSEW, WSSEWVSDD, SSEWVSDDI

DQA1*01:01/DQB1*05:01

106-126 7 IVIHNLDYS DRB1*13:01

162-187 12

VLGVVLLLL, VLLLLLLFY, VVLLLLLLF, LLLLLLFYV LLLFYVVRY

DQA1*01:01/DQB1*05:01

162-198 23

VVLLLLLLF, LLFYVVRYC, VRYCWLRRQ, LRRQAALQR

DRB1*13:01

Tabela 7. Segmentos da sequência de aminoácidos da proteína P2 cujos peptídeos foram preditos para se ligar aos HLAs DQA1*01:01/DQB1*05:01 ou DRB1*13:01 e os nonapeptídeos preditos.

Sequência Número de

peptídeos (15 aa) Nonapeptídeos HLA

10-24 1 SSENFDDYM DQA1*01:01/DQB1*05:01

99-119 7 IKRKLVNGK DRB1*13:01

4.5 Análise de conservação entre os nonapeptídeos das vinte proteínas do EBV e das cinco proteínas da mielina

Em seguida, os nonapeptídeos de ancoramento das proteínas da mielina e do EBV foram comparados quanto a conservação dos aminoácidos. Para a conservação entre dois nonapeptídeos ser relevante quanto ao potencial de eles ativarem um mesmo receptor TCR é necessário que seja analisada não apenas a identidade, mas também em qual posição os aminoácidos idênticos estão localizados

A identidade entre as sequências dos peptídeos do EBV e proteínas da mielina variou desde o mínimo de quatro aminoácidos idênticos até um máximo de seis. A análise da conservação de nonapeptídeos da proteína MAG retornou oito alinhamentos relevantes, com destaque para o peptídeo LRNCTLLLS que mostrou identidade com três peptídeos diferentes do EBV (tabela 8). A proteína MBP

apresentou seis alinhamentos relevantes e o segmento mais importante foi o 219-228, composto pelos nonapeptídeos PVVHFFKNI e VVHFFKNIV, que teve conservação com três peptídeos do EBV (tabela 9). Um destaque foi a proteína P0 da mielina que teve seis peptídeos com conservação de aproximadamente 66,7% (6 de 9 aminoácidos) (Tabela. 10). A Periaxina, apesar de ser a proteína com mais peptídeos preditos para se ligar às moléculas de HLA, apresentou apenas cinco peptídeos com conservação de acordo com os critérios de seleção, e todos mostraram apenas quatro aminoácidos idênticos (Tabela 11). Apenas dois peptídeos da proteína P2 da mielina tiveram conservação de quatro aminoácidos, porém foram excluídos por não obedecerem aos critérios de seleção.

Tabela 8. Conservação entre nonapeptídeos de proteínas do vírus Epstein-Barr e da proteína MAG.

Proteína EBV Nonapeptídeo

EBV

Nonapeptídeo MAG

Proteína mielina Latent membrane protein 1 LLMITLLLI LRNCTLLLS MAG Latent membrane protein 1 ALLFWLYIV LPLFWIMIS MAG Latent membrane protein 2 LLLAFVLWL SLLHFVPTR MAG

BMRF1 LRFKTKALA LRNCTLLLS MAG

Envelope glycoprotein H MQLLCVFCL VQCLCVVKS MAG Envelope glycoprotein GP350 TNLFLLELL AESLLLELE MAG Epstein-Barr nuclear antigen 3 VVSAVVHMC LRPAVVHGV MAG Latent membrane protein 2 VVSMTLLLL LRNCTLLLS MAG

Tabela 9. Conservação entre nonapeptídeos de proteínas do vírus Epstein-Barr e da proteína MBP.

Proteína EBV

Nonapeptídeo EBV

Nonapeptídeo MBP

Proteína mielina Epstein-Barr nuclear antigen 1 VRRPQKRPS VMASQKRPS MBP Envelope glycoprotein L VVSFFISIL VVHFFKNIV MBP Latent membrane protein 2 AVVTFFAIC PVVHFFKNI MBP Envelope glycoprotein B FISFFKNPF VVHFFKNIV MBP Latent membrane protein 1 IIFIFRRDL LIRLFSRDA MBP Epstein-Barr nuclear antigen 3 YIKSFVSDA LIRLFSRDA MBP

Tabela 10. Conservação entre nonapeptídeos de proteínas do vírus Epstein-Barr e da proteína P0 da mielina (Continua).

Proteína EBV Nonapeptídeo

EBV

Nonapeptídeo P0

Proteína mielina Envelope glycoprotein GP350 AVLTLLLLL VVLLLLLLF P0 Envelope glycoprotein GP350 AVLTLLLLL VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 DLLWLLLFL VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 1 DLLWLLLFL VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 DLLWLLLFL LLLLLLFYV P0 Epstein-Barr nuclear antigen 4 LKLQAALER LRRQAALQR P0 Latent membrane protein 1 LLLALLFWL VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 LLLALLFWL LLLLLLFYV P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF LLLLLFYVV P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF LLLLLLFYV P0 Latent membrane protein 2 MLVLLILAY VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 FFLDLILLI VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 1 FLGIVLFIF VLGVVLLLL P0 Latent membrane protein 2 FLLMLLWTL VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 2 FLLMLLWTL LLLLLLFYV P0 mRNA export factor ICP27 GSLGLFFVP LLLLLFYVV P0

Glycoprotein 42 IVLLLAYFL VVLLLLLLF P0

Glycoprotein 42 IVLLLAYFL VLLLLLLFY P0

Latent membrane protein 2 LLAFVLWLS VLGVVLLLL P0 Latent membrane protein 1 LLFWLYIVM LLLLLFYVV P0 Epstein-Barr nuclear antigen 6 LRGKWQRRY VRYCWLRRQ P0

Glycoprotein 42 LVIVLLLAY VVLLLLLLF P0

Envelope glycoprotein GP350 TNLFLLELL VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 2 WTLVVLLIC VLGVVLLLL P0 Latent membrane protein 1 LLLALLFWL VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 LLLALLFWL LLLLLLFYV P0

Tabela 10. Conservação entre nonapeptídeos de proteínas do vírus Epstein-Barr e da proteína P0 da mielina (Conclusão).

Proteína EBV Nonapeptídeo

EBV

Nonapeptídeo P0

Proteína mielina Latent membrane protein 1 LLLLLALLF VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF LLLLLFYVV P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 LLLLLALLF LLLLLLFYV P0 Latent membrane protein 2 MLVLLILAY VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 1 FFLDLILLI VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 1 FLGIVLFIF VLGVVLLLL P0 Latent membrane protein 2 FLLMLLWTL VLLLLLLFY P0 Latent membrane protein 2 FLLMLLWTL LLLLLLFYV P0 mRNA export factor ICP27 GSLGLFFVP LLLLLFYVV P0

Glycoprotein 42 IVLLLAYFL VVLLLLLLF P0

Glycoprotein 42 IVLLLAYFL VLLLLLLFY P0

Latent membrane protein 2 LLAFVLWLS VLGVVLLLL P0 Latent membrane protein 1 LLFWLYIVM LLLLLFYVV P0 Epstein-Barr nuclear antigen 6 LRGKWQRRY VRYCWLRRQ P0

Glycoprotein 42 LVIVLLLAY VVLLLLLLF P0

Envelope glycoprotein GP350 TNLFLLELL VVLLLLLLF P0 Latent membrane protein 2 WTLVVLLIC VLGVVLLLL P0

Tabela 11. Conservação entre nonapeptídeos de proteínas do vírus Epstein-Barr e da proteína Periaxina.

Proteína EBV Nonapeptídeo

EBV

Nonapeptídeo Periaxina

Proteína mielina Latent membrane protein 2 ARLFLYALA LRLKLPTLG Periaxina Latent membrane protein 2 FCMLLLIVA FCLSLPDVE Periaxina Nuclear egress protein 2 IRRHRTRET LPRLRVREV Periaxina Envelope glycoprotein H LAKSFFELT SARVFFENF Periaxina Envelope glycoprotein H LCVFCLVLL ERTFCLSLP Periaxina