Identificação dos Isolados Ambientais

Os isolados ambientais foram submetidos ao método PRA e ao sequenciamento de parte dos genes RNAr 16S e hsp65 para identificação da espécie.

Dos 46 isolados ambientais, 45 (97,8%) foram identificadas em nível de espécie pelo sequenciamento utilizando os genes hsp65 e RNAr16S. As espécies de MNT identificadas

simiae (n=2;4,3%), M. mucogenicum (n=2;4,3%), Complexo terrae (n=2;4,3%), M. cosmeticum (n=2; 4,3%), M. lentiflavum (n=2;4,3%), M. colombiense (n=2;4,3%), M. heraklionense (n=1;2,2%), M. peregrinum (n=1;2,2%), M. ainchiense (n=1; 2,2%), M. szulgai (n=1;2,2%) e Mycobacterium sp (n=1;2,2%).

Dos 46 isolados, a técnica PRA-hsp65 identificou 11(24%) em nível de espécie, 1(2,3%) isolado apresentou perfil compartilhado com várias espécies, 7(15,2%) apresentaram padrão que não se encontra disponível no prasite (http://app.chuv.ch/prasite/index.html), 13(28,2%) isolados apresentaram digestão parcial das enzimas BstEII e/ou Hae III e em 14 (30,4%) isolados não ocorreu digestão das enzimas.

Os resultados de PRA-hsp65, bem como a comparação com o sequenciamento, estão demonstrados na Tabela 12.

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Tabela 12- Identificação e origem da amostra, velocidade de crescimento, resultado do PRA e sequenciamento dos genes hsp65 e RNAr 16S.

Registro Residência Local Amostra Crescimento BstE II Hae III Identificação Sequenciamento por hsp65* Sequenciamento por RNAr16S*

0114 1 mangueira-Poço Biofilme rápido - 140 120 100 digestão parcial M. fortuitum (99%) M. bribanense 95%

34 A14 1 poço Água rápido 235 120 85 145 135 85 55 perfil diferente M.fortuitum (96%) -

34B14 1 poço Água Lento 235 120 100 150 130 70 perfil diferente M. gordonae (99%) M. gordonae 99%

3114 2 chuveiro Biofilme rápido - 145 130 digestão parcial M.fortuitum (96%) -

05A14 2 torn.coz Biofilme rápido 320 115 140 110 60 perfil diferente M. mucogenicum (97%) M. mucogenicum( 98%)

05B14 2 torn.coz Biofilme rápido - - - - Nocardia nilgatensis (99%)

1014 2 torn.coz. Água Lento 320 115 - digestão parcial MAC (95%) MAC (99%)

32A14 2 Poço Água Lento 235 120 85 - digestão parcial Complexo terrae (97%) -

32B14 2 poço Água Lento 235 120 100 - digestão parcial mycobacterium (98%) M.lentiflavum (100%)

1314 3 torn.cozinha biofilme rápido - - sem digestão - M. cosmeticum (80%)

1514 3 torneira

banheiro

Biofilme rápido 235 130 85 145 125 70 60 perfil diferente M.fortuitum ( 99% ) Mycobacterium (99%)

1414 3 torn.lavanderia Biofilme rápido 235 115 130 115 60 perfil diferente _{M.fortuitum (98%) -}

1214 3 chuveiro Biofilme rápido 235 120 85 145 120 60 55 M.fortuitum 1 - Nocardia

nigatensis/Mycobacterium sp

4014 3 Poço Água rápido 235 120 85 145 120 60 55 M. fortuitum 1 M. fortuitum (99%) Mycobacterium (96%)

2914 4 horta Solo Lento - - sem digestão M. avium (97%) -

3014 4 galinheiro Solo rápido 235 210 - digestão parcial M.peregrinum(98%) Mycobacterium (97%)

2314 4 torneira cozinha Biofilme rápido 440 320 140 120 85 - - Kocuria sp. (99%)

3614 5 mangueira Biofilme rápido 235 120 85 - digestão parcial M. fortuitum (99%) Mycobacterium (96%)

3914 5 plantações Solo rápido 320 115 145 130 M. lentiflavum 2 M. lentiflavum (96%) -

4414 6 torn. banheiro Biofilme rápido - - sem digestão M. fortuitum (99%) -

Registro Residência Local Amostra Crescimento BstE II Hae III Identificação Sequenciamento por hsp65* Sequenciamento por RNAr16S*

45A14 7 chuveiro biofilme rápido 235120 85 145 120 60 55 M. fortuitum 1 M.fortuitum (97%) -

45B14 7 chuveiro biofilme rápido 235 120 100 125 110 70 perfil diferente M. gordonae (99%) -

4714 7 torn.coz. biofilme Lento 235 120 100 130 115 M. gordonae 3 M. gordonae (98%) -

5314 8 poço Água rápido 235 120 85 - digestão parcial M.fortuitum (99%) mycobacterium (99%)

4814 8 Chuveiro Biofilme Lento 235 120 100 130 115 M. gordonae 3 M. gordonae (98%) -

50A14 8 torn coz. Biofilme rápido 320 115 - digestão parcial M.mucogenicum (99%) mycobacterium (99%)

50B14 8 torn.coz. Biofilme rápido 235 120 85 145 120 60 55 M. fortuitum 1 M. fortuitum (96%) Mycobacterium (99%)

4914 8 torn.ban. biofilme Lento 235 120 100 130 115 M. gordonae 3 M. gordonae (98%) M. gordonae (99%)

5814 9 torn. cozinha biofilme rápido - - sem digestão M.fortuitum (98%) -

57A/14 9 torn.banheiro biofilme rápido 320 115 - digestão parcial MAC (95%) -

57B14 9 torn.banheiro biofilme rápido - - sem digestão - Mycobacterium (100%)

57C14 9 torn.banheiro biofilme rápido sem digestão M. aichiense (98%) mycobacterium (99%)

56B14 9 chuveiro biofilme rápido - - - M.fortuitum (95%) -

6114 9 quintal Solo Lento - - sem digestão ComplexoM. simiae (99%) Complexo M. simiae (99%)

6214 9 solo ponte Solo Lento 235 120 85 145 130 70 perfil diferente M.fortuitum (99%) -

5914 9 igarapé casa Água Lento 235 210 140 90 80 sem digestão - M.heraklionense

6014 9 igarapé ponte Água Lento - - sem digestão - M. szulgai

6414 10 mangueira biofilme rápido - - - - Nocardia sp.(99%)

6314 10 chuveiro biofilme rápido 235 120 85 145 120 60 55 M. fortuitum 1 M.fortuitum (100%) M.fortuitum (99%)

7314 10 quintal Solo Lento 235 210 - digestão parcial M.colombiense (99%) M.colombiense (99%)

6614 12 torn.banheiro biofilme Lento 235 120 100 130 115 M.gordonae 3 M.gordonae (99%) -

6814 12 chuveiro biofilme Lento - - sem digestão ComplexoM.simiae (97%) Complexo M. simiae (99%)

76A14 13 torn.ban biofilme rápido 235 120 85 - digestão parcial M. fortuitum (99%) Mycobacterium (99%)

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Registro Residência Local Amostra Crescimento BstE II Hae III Identificação Sequenciamento por hsp65* Sequenciamento por RNAr16S*

76B14 13 torn.ban biofilme rápido - - - Nocardia nigatensis (99%)

8014 13 horta Solo Lento - - sem digestão MAC (96%) MAC (99%)

8114 13 quintal Solo Lento - - sem digestão MAC (99%) M. colombiense (100%)

8314 14 quintal Solo rápido 235 120 85 145 125 60 55 M.fortuitum 1 M.fortuitum (99%) -

8214 14 rio Água Lento 320 115 - digestão parcial - Complexo M. terrae (99%)

8714 15 torn.banheiro biofilme rápido - - sem digestão - M. cosmeticum (99%)

8914 15 quintal Solo rápido - - sem digestão M. fortuitum (97%) -

Nota:*similaridade (%) com sequências obtidas na base de dados do GenBank Continuação da tabela 8

Em nove isolados o gene RNAr 16S identificou apenas o gênero mycobacterium, enquanto o hsp65 identificou 10 isolados em nível de espécie. Entretanto, o gene RNAr 16S em 2 isolados alcançou um maior poder discriminatório com 100% de identidade para as espécies M.colombiense e M. lentiflavum, respectivamente (tabela 13).

Tabela 13- Poder discriminatório entre os genes RNAr 16S e hsp65 Registro Espécie Identidade(%)

hsp65 Espécie Identidade(%) RNAr16S 0114 M.fortuitum 99 M.brisbanense 95 32B14 Mycobacterium 99 M.lentiflavum 99 1514 M. fortuitum 99 Mycobacterium 99 4014 M. fortuitum 99 M.fortuitum 96 3014 M.peregrinum 98 Mycobacterium 97 3614 M. fortuitum 99 Mycobaterium 96 5314 M.fortuitum 99 Mycobaterium 99

50 A14 M. mucogenicum 99 Mycobaterium 99

50B14 M.fortuitum 96 Mycobaterium 99

57C14 M.aichiense 98 Mycobaterium 99

76 A14 M.fortuitum 99 Mycobaterium 99

8114 MAC 99 M.colombiense 100

Anteriormente as sequências foram alinhadas a partir do BioEdit através do software de múltiplos alinhamentos (ClustalW) . A construção da árvore filogenética seguiu o método do “critério otimizado” (máxima parcimônia-MP e máxima probabilidade (likelihood)-ML), já que se trabalhou com caracteres discretos (sequências nucleotídicas), e Neighbor Joining (NJ), utilizando o software Bootstrap em 1000 vezes. O método MP escolhe a árvore que requer as menores mudanças evolutivas, e o ML, escolhe a árvore que, de todas, é a que mais comumente produziu o dado observado. O NJ é um algoritmo usado para construir a árvore mais curta (mínima evolução). A Figura 15 mostra as sequencias alinhadas e abaixo a figura 16 ilustra a árvore mostrando a relação entre as amostras ambientais e as clínicas.

71 Figura 15- Alinhamento das sequências no programa Bioedit das amostras ambientais e clínicas

reunindo as amostras ambientais e clínicas

Nota: (*) amostras clínicas

Os isolados provenientes de coleta do ambiente tiveram as seguintes distribuições em nível de espécies: Biofilmes: M. fortuitum (13), M. gordonae (5), M. cosmeticum (2), M. mucogenicum (2), complexo M. simiae (1), M. aichiense (1) e mycobacterium sp (1). Isolados provenientes de água: M. fortuitum (3), complexo M. terrae (2), MAC (1), M. gordonae (1), M. lentiflavum (1), M. heracklionense (1), M. szulgai (1). Isolados de solo: M. fortuitum (3),

* * * * * * * * * * *

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MAC (3), M. lentiflavum (1), M. colombiense (1), M. peregrinum (1) e complexo M. simiae (1) (Tabela 14).

Tabela 14- Origem dos isolados de Micobactérias identificadas pelo PRA e sequenciamento

Espécies Água Solo Biofilme Total

M. fortuitum 3 3 13 19 M. gordonae 1 - 5 6 MAC 1 3 1 5 M.cosmeticum - - 2 2 M. mucogenicum - - 2 2 M. lentiflavum 1 1 - 2 Complexo terrae 2 - - 2 Complexo simiae - 1 1 2 M. aichiense - - 1 1 M. colombiense - 1 - 1 M. heraklionense 1 - - 1 M. peregrinum - 1 - 1 M. szulgai 1 - - 1 Mycobacterium sp - - 1 1 Total 10 10 26 46

5.4 COMPARAÇÃO DAS ESPÉCIES DE MNT ENTRE OS ISOLADOS CLÍNICOS E AMBIENTAIS

Nas 15 residências onde foram realizadas coletas ambientais, 3 (15%) residências apresentaram as mesmas espécies de MNT tanto no ambiente quanto na infecção do paciente. Na residência 2: M. fortuitum; residência 6: M. fortuitum; residência 7: M. fortuitum (chuveiro) e M. gordonae (dois locais) (Tabela 15).

Tabela 15- Micobactérias isoladas das residências relacionadas com as espécies de infecção dos pacientes infectados

Residência Isolados Ambientais Isolados Clinicos-Pacientes

2 M. fortuitum (1), mucogenicum (1), M. intracellulare (1), M. terrae (1), M.lentiflavum (1), Nocardia sp (1).

M.fortuitum(1),M. bouchedurhonense (1)

6 M. fortuitum (1) M.abscessus subsp. bolleti (3), M. fortuitum (2)

7 M.fortuitum (1), M. gordonae (2) M.fortuitum (2) M.szulgai (1) M.gordonae (1)

das sequências do isolado clínico com a cepa de referência InDRE Guerrero 538DT65 observou-se 98% e 97%, respectivamente, de similaridade. No entanto, em relação ao M. gordonae foi observada 96% de identidade no isolado do chuveiro, 97% no isolado da torneira da cozinha e 100% de identidade em relação à cepa de referência FJ09022. Foi aplicada a técnica PRA nesses isolados, os perfis gerados foram iguais para M. fortuitum tipo 1 nos isolados ambientais e clínicos, em relação a M.gordonae, os perfis apresentado nos isolados ambientais foram M.gordonae tipo 3 e clínico M.gordonae tipo 2.

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DISCUSSÃO

6.1 ASPECTOS CLÍNICOS E EPIDEMIOLÓGICOS

Com o crescente aumento da importância clínica das MNT surgiu a necessidade de aprimorar a identificação e estudar a taxonomia deste gênero. Muitos trabalhos têm sido realizados para melhorar o entendimento da epidemiologia das infecções causadas por micobactérias e o conhecimento do nicho ecológico. Uma vez que cada espécie de MNT apresenta um perfil específico de susceptibilidade aos antimicrobianos, a identificação da espécie de micobactéria é fundamental, visando a adoção de conduta terapêutica adequada (GRIFFITH et al., 2007; TORTOLI, 2009).

A capacidade das micobactérias não causadoras de tuberculose (MNT) em produzirem doenças está claramente documentada na literatura e a sua importância aumentou progressivamente, com isolamentos cada vez mais frequentes, de espécies de MNT em pacientes (FALKINHAM, 2003).

O Estado de Rondônia possui 52 municípios, desconhecemos a situação epidemiológica dos casos de infecção por micobactérias na maioria dos municípios. Há registros de poucos municípios que enviam amostras de escarro para cultura de micobactérias no LACEN/RO.

Em relação à tuberculose, no estado de Rondônia, ainda não é rotina solicitar cultura para os pacientes sintomáticos respiratórios que apresentam baciloscopia negativa em duas ou mais amostras e ou baciloscopia positiva para identificação de espécie. É comum iniciar o tratamento em casos que apresentam baciloscopia positiva, sem confirmação de espécie, tratando pessoas para tuberculose com chances de apresentarem infecção por MNT (MENDES DE LIMA, 2012), no entanto, essa situação não difere da maioria das outras regiões do país. Em Rondônia o maior número de casos de infecção por MNT, está vinculado ao sítio pulmonar (MENDES DE LIMA et al, 2013).

Por apresentarem sintomas semelhantes ao da TB, o diagnóstico de MNT pulmonar está associado ao diagnóstico da tuberculose. O Programa Nacional de Controle da Tuberculose (PNCT) considera o controle da doença como responsabilidade dos municípios brasileiros, como competência da Atenção Básica à Saúde. Sendo assim, atribui aos gestores municipais dar garantia de acesso ao diagnóstico laboratorial de qualidade e tratamento da doença para a população (BRASIL/MS, 2010).

critérios da American Thoracic Society (ATS) e 59 pacientes que não atendem. Após identificação dos isolados, seis pacientes de cultura única apresentaram isolados que não são do grupo das MNT. Sendo, dois isolados do Complexo M. tuberculosis e quatro isolados são de bactérias que podem também provocar doença pulmonar.

O município de Porto Velho apresentou o maior número de isolados (n=70, 50.3%), representando 50% dos isolados. Isto se deve provavelmente ao fato de ser a capital e receber pacientes de todo estado de Rondônia, oferecendo uma maior cobertura de exames. Entretanto, é relevante ressaltar que os municípios com maior população, como Ji-Paraná, Cacoal e Guajará Mirim possuem laboratório de cultura para micobactérias e, além disso, podem estar atendendo os municípios vizinhos ampliando assim a cobertura de exames no interior do Estado.

Os 53 pacientes que apresentaram cultura única para MNT, 40 (75%) não enviaram a segunda amostra para confirmação de infecção por MNT. Dos 57 isolados desses pacientes, 39 (68,4%) isolados apresentaram espécies do grupo de micobactérias potencialmente patogênicas. As espécies mais frequentes foram 16 (28%) M. fortuitum, 9 (15,8%) M. intracellulare, 5 (8%) M. gordonae, 4 (7%) M. avium e 4 (7%) M.abscessus.

Segundo o PNCT, os municípios através do Programa Municipal de Controle da Tuberculose devem realizar a “busca de sintomáticos respiratórios” - busca ativa permanente na unidade de saúde e/ou no domicílio por meio do Programa Saúde da Família (BRASIL/MS,2010). Neste estudo verificamos que todos os casos de MNT confirmados em Rondônia foram por infecção pulmonar, deste modo as ações do Programa Municipal de Controle da Tuberculose são importantíssimas para identificação dos casos de MNT, já que os sintomas são semelhantes para as duas infecções (TB e MNT).

Estudos têm evidenciado a associação de MNT com doenças pulmonares estruturais como doença pulmonar obstrutiva crônica (DPOC), bronquiectasias, fibrose cística, tuberculose prévia, pneumoconioses e proteinose alveolar (PREVOTS et al., 2010; WINTROP et al 2010). Considerando que 33 (62,2%) dos 53 pacientes do grupo de cultura única desse estudo apresentaram histórico prévio de doença pulmonar ou realizaram tratamento para tuberculose, podemos sugerir que esses indivíduos são susceptíveis a desenvolverem infecção pulmonar por MNT. No entanto, não sabemos qual o desfecho e a real situação desses pacientes, além disso, é importante ressaltar que os maiores números de isolados foram de espécies de MNT que não são comuns fazerem parte da colonização transitória no trato respiratório ou contaminação de amostra, exceto para M. gordonae que

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foram isolados em cinco pacientes. É importante que o Programa de Controle de Tuberculose dos municípios realize busca ativa de sintomáticos respiratórios e também a equipe do programa estejam atentos e busquem também os casos em que os pacientes comparecem somente com uma amostra na Unidade de Saúde. Diante dos fatos o que se pode inferir é que o número de casos de doença por MNT no Estado pode estar subestimado.

No entanto, a presença de MNT no ambiente implica que isolados cultivados a partir de um local do corpo não estéril, tal como o trato respiratório, pode resultar de contaminação ou a presença ocasional de MNT em uma amostra. Por isso, é importante distinguir a contaminação da doença verdadeira por MNT. American Thoracic Society (ATS) publicou diretrizes para ajudar nessa distinção.

Considerando os 21 pacientes que atendem os critérios da ATS, 18(85,7%) realizaram tratamento prévio para tuberculose com diagnóstico baseado na baciloscopia do escarro. Em média, os pacientes receberam dois tratamentos para tuberculose antes do diagnóstico de MNT. Semelhantemente, no Estado do Pará, da Costa et al. (2012) observou que a maioria dos pacientes no período de 1999-2010 realizaram tratamento para tuberculose. O mesmo grupo relata que no Brasil, era comum até 2009, quando não era observada nenhuma melhora durante o primeiro tratamento da TB, iniciar tratamento de segunda linha para tuberculose sem realizar exame de cultura para MNT. Castro (2012) afirma que o desconhecimento pelos profissionais de saúde sobre este tipo de infecção leva ao atraso no diagnóstico e ao não reconhecimento do problema.

Quanto ao encerramento dos pacientes segundo critérios ATS, um elevado número de pacientes foi a óbito, 7 (33%) sendo que 4 (57%) apresentavam doença pulmonar causada por M.abscessus. De acordo com estudos realizados por Andreják et al. (2010), na Holanda, verificaram uma taxa de mortalidade de 40% em 5 anos em pacientes portadores de MNT na forma pulmonar, como também estudos relatam que pacientes portadores de doença pulmonar por M. abscessus, a taxa de mortalidade ficou em torno de 15% (GRIFFITH; GIRARD; WALLACE, 1993; JARAND et al. ,2011).

Dos 74 pacientes com isolados para MNT, maior número de indivíduos foram do sexo masculino (66%) e faixa etária média de 50 anos. Dos 21 pacientes segundo critérios ATS, a média de idade foi de 57 anos e 66% foram do sexo masculino. Semelhantemente, estudos realizados nos estados da Bahia, Rio de Janeiro e São Paulo mostraram maior prevalência em homens, com 68%, 62% e 76,1% dos casos, respectivamente (MATOS et al, 2004; MELLO et al, 2013; UEKI et al., 2005). Entretanto, recentes estudos apontam para maior frequência de MNT em mulheres (CASSIDY et al., 2009; da COSTA et al., 2012; PREVOLTS et al., 2010).

mulheres com mais de 50 anos de idade (MIRSAEIDI et al., 2014).

Dois pacientes (2,7%) apresentaram co-infecção com HIV. Sendo um paciente do grupo ATS e um paciente de cultura única. Os dois casos apresentaram co-infecção com M. avium e foram a óbito dentro do período de estudo. Entre os pacientes imunocomprometidos, o MAC (M.avium e M. intracellulare) é um patógeno oportunista de grande preocupação (WHILEY et al., 2012). Nos países desenvolvidos, em adultos HIV positivo a infecção por MAC é a mais comum das bactérias oportunistas, com uma frequência anual de 10-20% (KARAKOUSIS et al., 2004).

Atividades profissionais ou de lazer relacionadas ao solo e água foram pesquisadas nos 80 pacientes, sendo relatadas por 51 % dos pacientes. Do grupo segundo critérios ATS, 81% exerciam atividades com fontes potencialmente reconhecidas como reservatório de MNT (FALKINHAM, 1996; FALKINHAM, 2015). Em 2006, De Groote demonstrou que a terra utilizada em atividades de jardinagem contém um número relativamente grande de MNT e seu manuseio produz partículas inaláveis, suficientemente pequenas, capazes de atingir os alvéolos (DE GROOTE et al, 2006). Atividades relacionadas ao solo também aumentaram o risco relativo de infecção por micobactérias do complexo MAC, detectado através de testes cutâneos (REED et al, 2006). Adicionalmente, a água é um importante reservatório desses organismos, sendo que a transmissão pode ocorrer através da inalação de gotículas de água contendo MNT (FALKINHAM, 2011; VON REYN et al, 1993). O principal grupo dos indivíduos neste estudo exerce ou exerceu atividades relacionados à área rural (52%). De acordo, com estudo no estado do Ceará, Castro (2012), encontrou trinta e sete (62,7%) pacientes que exerciam atividade profissional com risco biológico de contrair MNT, além de Barretto (2013) no Pará, 63% dos 27 pacientes analisados exerciam tais atividades.

6.2 ISOLADOS CLÍNICOS

Considerando os 133 isolados de MNT dos 74 pacientes, durante o período de estudo (2008-2013), a diversidade de espécie foi representada por 25 espécies de MNT. As espécies com maior frequência foram M. fortuitum observada em 16 (21,6%) pacientes, M. abscessus em 13 (17,5%) pacientes, M. intracellulare em 9 (12,1%) pacientes, M. avium em 7 (9,4%) e a espécie M. gordonae foi isolada em 5(6,7%) pacientes. Neste estudo, Rondônia mostrou uma grande variedade de espécies. No Brasil, observou-se que existe diversidade de espécies com diferentes frequências entre os diferentes Estados. Na região sudeste, Zamarioli et al.

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(2008) encontraram em São Paulo 13 espécies em 194 isolados, associadas à infecção pulmonar, com um maior número de isolamentos para M. kansasii, M. avium e M. fortuitum. Na Baixada Santista (São Paulo) M. kansasii e M. fortuitum foram detectadas em indivíduos HIV negativos, enquanto que M. avium foi mais frequente em HIV-positivos (PEDRO et al., 2008). No estado do Rio de Janeiro, quatro espécies de micobactérias foram responsáveis por 85,6% das infecções por MNT: M. kansasii, 59 casos (33,9%), M.avium 53 (30,4%), M. abscessus 23 (13,2%) e M. fortuitum 14 (8%) (MELLO et al, 2013).

Na região Norte do país, DA COSTA et al. (2012), no estado do Pará, descreveram que as espécies mais frequentes nos casos pulmonares foram M. massiliense, M. simiae complex, M. intracellulare e M. avium, no período de 1999 a 2010. Outro estudo, também realizado por DA COSTA et. al., (2013) entre 2010 e 2012, oito espécies de MNT foram identificados a partir dos 29 pacientes, obedecendo aos critérios da ATS, sendo, M. massiliense (n = 13; 44,8%), M. avium (n = 3; 10,3%), M. intracellulare (n = 3; 10,3%), M. abscessus (n = 2; 6,9%), M. bolletii (n = 1; 3,4%), M. moriokaense (n = 1; 3,4%), M. fortuitum (n = 1; 3,4%), M. celatum (n = 1;3,4%) e M. kansasii (n = 1; 3,4%). Na região Nordeste, no estado do Ceará, CASTRO (2012) estudando 59 pacientes com doença pulmonar por MNT observou que as espécies mais frequentes foram M. abscessus 28,5% (17/59); M. lentiflavum 18,6% (11/59) e M. avium, 16,6% (10/59). Ainda no Nordeste, no estado de Pernambuco, LIMA (2014) identificou seis espécies de MNT a partir do isolamento em cultura de amostras clínicas pulmonares de acordo com os critérios da ATS (2007), sendo 12 (57,1%) M. kansasii, 2 (9,5%) M. intracellulare, 2 (9,5%) M. abscessus subsp abscessus, 2 (9,5%) M. abscessus subsp bolleti, 2 (9,5%) M. fortuitum e 1 (4,8%) M. asiaticum.

No estado do Pará em seus estudos com micobactérias, DA COSTA (2009) sugere que as diferentes frequências de espécies em relação à região sudeste podem estar associadas a fatores ambientais, como por exemplo o solo que exerce importante influência na distribuição geográfica de espécies, como relatado por Portaels (1995).

Dos 21 pacientes segundo os critérios ATS, 10 (48%) apresentaram infecção por M. abscessus e entre os 53 pacientes com cultura única 4 (7,5%) apresentaram M. abscessus. A classificação taxonômica da espécie M. abscessus ainda não está definida (GRIFFITH, 2015). Considerando a última taxonomia proposta por LEÃO et al. (2011), definiu M. abscessus subsp. abscessus como padrão PRA, M. abscessus tipo 1 e o M. abscessus subsp. bolletii referente ao padrão PRA como M. abscessus tipo 2. Das 14 cepas identificadas, 10 (71,43%) apresentaram M. abscessus subsp. bolletii (M. abscessus tipo 2) e quatro apresentaram M. abscessus subsp. abscessus (M.abscessus tipo 1).

antimicrobianos e geralmente requer tratamento prolongado (> seis meses) com medicamento intravenoso e antibiótico oral combinado. A infecção é muitas vezes implacável, apesar do tratamento, e se o mesmo é aparentemente eficaz, a recaída é comum (THOMSON et al., 2013a). Durante a coleta dos dados, foi observado que três pacientes com doença pulmonar por M.abscessus não respondiam aos tratamentos. Dois desses pacientes fazem tratamento para MNT há de mais de seis anos. Observamos que nos prontuários dos três pacientes foi comum a presença do macrolídeo claritromicina, dentre as drogas prescritas para o tratamento.

Estudos relatam que as espécies M fortuitum e M abscessus são frequentemente resistentes a macrolídeos por causa da presença do gene ERM (erythromycin ribosome methyltransferase) (GRIFFITH & AKSAMIT, 2012; NASH et al., 2005; VAN INGHEN, 2012). Os genes ERM representam uma família de genes codificadores de metilases, que adicionam um ou mais grupos metil à adenina na posição 2058 do RNAr 23S. Essa modificação impede a ligação dos macrolídeos ao ribossomo, o que reduz a atividade inibitória desse agente antimicrobiano (ROBERTS et al., 2008). Outros mecanismos de resistência do M. abscessus incluem enzimas que inativam ou modificam antibióticos e bombas de efluxo de antibióticos (NESSAR et al. 2012).

Estudos realizados por JEON et al (2009) na Coreia do Sul analisando retrospectivamente 65 pacientes com M. abscessus, observou negativação inicial do escarro em 72% dos pacientes. Porém, a taxa de recaída foi de 19%. Em 28% dos casos, as culturas continuaram positivas.

Nos Estados Unidos, o M. abscessus é responsável por mais de 80% de todas as infecções pulmonares, dentro do grupo das micobactérias de crescimento rápido (MCR) e está associada com uma taxa de mortalidade muito mais elevada do que qualquer outra (MCR) (RIPOLL et al., 2009). Neste estudo, já foi citado que o maior número de pacientes que evoluíram para óbito apresentavam doença pulmonar por M. abscessus.

Isolados de M. fortuitum foram os mais frequentes neste estudo nos pacientes de cultura única. Essa espécie pode provocar infecções de pele, tecidos moles, pulmões e articulações (BROWN-ELLIOTT & WALLACE, 2010; GRIFITH et al., 2007; SETHI et al., 2014) em imunocompetentes e imunossuprimidos. Doenças cutâneas ocorrem por meio de inoculação direta do meio ambiente e estão tipicamente associadas com procedimentos médicos ou lesões traumáticas da pele. Casos recentes de M. fortuitum foram encontrados em pós-operatórios, pós-injeções, cateteres intravenosos de longo prazo, e pós-lipoaspirações.

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(BROWN-ELLIOTT & WALLACE, 2010; GRIFITH et al., 2007). No Brasil, surtos de M. fortuitum em infecções cirúrgicas têm sido reportados, e um dos mais recentes ocorreu na cidade de Campinas, em pacientes submetidas à mamoplastia de aumento (PADOVEZE et al., 2007; SAMPAIO et al., 2006). Em Rondônia, os registros conhecidos de casos por M. fortuitum provem todos do sitio pulmonar.

Neste estudo, as espécies M. avium e M. intracellulare estão entre as mais frequentes. O M. avium foi a segunda espécie mais presente nos pacientes segundo o critério ATS. Entre este grupo diversificado de organismos, o complexo M. avium, que consiste predominantemente de M. avium e M. intracellulare são agente etiológicos das espécies de MNT mais comum em doenças, especialmente pulmonar (LAI et al., 2010; KIM et al., 2014), e que afeta muitos países sobretudo pacientes imunocomprometidos (HAN, et al., 2005).

Dentre os isolados clínicos sem identificação e cultura única, duas espécies de bactérias não pertencentes ao grupo das MNT foram identificadas pelo sequenciamento: