O modelo

É comum projetos de bioinformática e de genômica, por implementarem novas estratégias computacionais para superar os desafios que a genômica e a bioinformática possuem, acabarem por ter como resultado a análise dos dados bem como a implementação de uma ferramenta. A utilização de XP para planejar e gerenciar o desenvolvimento de software foi discutida anteriormente (Beck, 2000; Beck & Fowler, 2001; McBreen, 2003; Silva, 2005; Franco, 2007; Sato, 2007; Bassi Filho, 2008). Frente ao enorme volume de dados que os projetos de larga escala de microarray trazem, surge a necessidade de se planejar e gerenciar uma análise de microarray de forma mais organizada. Assim, propomos a aplicação de XP no planejamento e gerenciamento de projeto desta natureza.

Conforme explicado anteriormente (seção 2.2.4) vários valores, práticas, papeis e responsabilidades podem ser colocados em prática em um projeto que adota XP como metodologia de desenvolvimento de software. Aqui, propomos usar tais conceitos não só para desenvolver código, como se faz necessário para a plataforma R acoplada com pacotes, mas também para planejar e gerenciar um projeto de análise de expressão, organizar e direcionar as hipóteses biológicas.

No modelo proposto entendemos que há duas principais equipes de especialistas: especialistas da área de biológicas/biologia molecular e especialistas da área de computação e estatística. Entendemos também que há profissionais da área de bioinformática envolvidos no projeto, que devem dominar as duas áreas e com isso assumir o papel de planejadores e gerenciadores. A Tabela 3 mostra nossa proposta de alocação dos profissionais frente aos papéis e responsabilidades.

Tabela 3. Alocação dos profissionais conforme papel, responsabilidades e área de

especialidade.

Papel Responsabilidades Área do profissional

Monitor (Tracker em inglês)

Organiza as reuniões, gráficos de acompanhamento, gerencia reuniões. Bioinformática ou computação Treinador (Coach em inglês) Especialista em XP. Responsável pela equipe e sucesso de XP na mesma.

Bioinformática ou computação

Desenvolvedor Escreve código, scripts. Especialista em computação.

Computação ou Bionformática Colaborador Especialista no problema

biológico. É quem interpreta os resultados da análise e surge com novas idéias de análises.

Biológicas ou Bioinformática

Líder dos colaboradores Especialista em biológicas com forte conhecimento do problema. Responsável pelo projeto na área de biológicas.

Biológicas ou Bioinformática

Líder dos

desenvolvedores

pelo projeto/sistema na área de exatas (computação, estatística).

Bioinformática, Computação, Estatística ou áreas afins

Entendemos que todos os quatro valores básicos de XP são essenciais para que a metodologia funcione, logo propomos que todos sejam implementados: comunicação, simplicidade, retro-alimentação e coragem. E consideramos que os cinco princípios básicos (retro-alimentação rápida, assumir simplicidade, mudanças incrementais, abraçar as mudanças e trabalho de qualidade) também são essenciais para que XP funcione associado a um projeto de análise de dados de microarray.

Consideramos também que as doze práticas devem ser colocadas em prática, sempre que possível, ainda que talvez algumas sejam mais difíceis de funcionar (Beck, 2000; McBreen, 2003; Cusumano, 2007; Bassi Filho, 2008). Michael A. Cusumano, por exemplo, ao comparar XP com o método de desenvolvimento iterativo Microsoft-style, sugere que as práticas de design simples e propriedade coletiva de código não poderiam ser implementadas em grandes projetos da Microsoft (Cusumano, 2007).

Um exemplo de como um cartão deveria ser criado neste modelo está mostrado na Figura 3. Nele fica explícito o foco na pergunta biológica, sendo ela colocada como a “história”, exatamente como exposta pelo colaborador.

O modelo que propomos (Figura 4) focaliza as questões biológicas, colocando- as em evidência.

Figura 4: Modelo proposto de planejamento e gerenciamento de análises de dados de microarranjos de DNA.

A aplicação do modelo na análise de dados de microarranjos de DNA faz-se pela criação do meta-objeto, que é a representação conceitual/cognitiva do conjunto de dados (Figura 5). O meta-objeto deve ser criado de forma que todos os componentes da equipe entendam o dado e suas reentrâncias: como as amostras e suas variáveis clínicas se relacionam; quais são os genes e as diversas anotações e como eles se relacionam entre si, em vias e grupos; e ainda qual é o estimador para a expressão gênica e como ele deve ser usado. O meta-objeto faz-se fundamental por toda a análise, pois ele que evitará erros de implementação e compreensão da análise e resultados.

Figura 5: Meta-objeto. O meta-objeto é a representação conceitual/cognitiva do

projeto como um todo, de como as amostras e suas variáveis clínicas se relacionam; de quais são os genes e as diversas anotações e de como eles se relacionam entre si, em vias e grupos; e ainda de qual é o estimador para a expressão gênica e de como ele deve ser usado.

Após a fase de criação do meta-objeto tem-se a fase zero, em que a carga inicial dos dados é feita no ambiente computacional de escolha. Nesta mesma etapa tem-se a anotação dos dados, isto é, a anotação da plataforma de microarranjos de DNA. Nessa mesma iteração devem ser feitos testes de qualidade nos dados, para verificar se não houve erros na carga e se o dado possui qualidade mínima para ser analisado.

No início de cada uma das iterações subseqüentes novas perguntas biológicas passam a ser consideradas para a análise, sendo que elas são então priorizadas e cada uma tem seu tempo de implementação e execução estimados. Faz-se então o jogo de planejamento, que consiste em definir quando deverá ser a próxima entrega de resultados e quais cartões, isto é, perguntas biológicas, serão investigados. Há três possibilidades para as perguntas biológicas em análise: ou elas continuam sob investigação, ou não levaram a resultados relevantes ou os resultados podem ser considerados tão relevantes que serão validados experimentalmente.

É interessante notar que geralmente as primeiras perguntas a serem investigadas são as que instigaram a construção do experimento, mas que em iterações subseqüentes são aprofundadas ou mesmo incorporadas a outras perguntas biológicas.