A taxa média de polimorfismo nos genótipos aqui investigados considerando todos os marcadores (SSRs e SNPs) foi 36,7%. Essa taxa é maior do que a encontrada em estudos anteriores em P. alata. As taxas foram de 18%, 20% e 35% utilizando AFLP (NUNES, 2010), SSR (PENHA et al., 2013) e SSR, SNP, AFLP e RGA (PEREIRA et al., 2013), respectivamente. Para P. edulis foram de 26,4%, 13,0% e 24,7% com base em RAPD (CARNEIRO; VIEIRA, 2002), AFLP (LOPES et al., 2006) e SSR (OLIVEIRA et al., 2008), respectivamente. No entanto, ainda pode ser considerada baixa para espécies de cruzamento essencialmente aberto. Conforme determinado pela análise de SSRs, níveis mais elevados de polimorfismo foram relatados para outras espécies autoincompatíveis, incluindo a chicória (69,3%; CADALEN et al., 2010), o cacau (52,0%; PUGH et al., 2004) e a maçã (50,5%; CELTON et al. 2009).
O baixo polimorfismo parece ser característico do gênero Passiflora, ao menos para o grupo de espécies que vem sendo analisadas. Em um estudo visando ao desenvolvimento de marcadores microssatélites para P. cincinnata, apenas 21% deles foram polimórficos (CERQUEIRA-SILVA et al., 2012). Em outro estudo, 69 SSRs foram desenvolvidos a partir de uma biblioteca genômica enriquecida desenvolvida com genótipos de P. edulis e P.
setacea. Entre os 69 locos, 15% foram polimórficos em P. edulis, 29% em P. setacea e 20%
em P. cincinnata (CERQUEIRA-SILVA et al., 2014). Em maracujá-roxo (Passiflora edulis Sims), foram observados 7% de locos AFLP polimórficos e nenhum polimorfismo em relação a SSR (ORTIZ et al., 2012).
Vale salientar que, nesse estudo, o polimorfismo molecular foi medido usando dois acessos fenotipicamente distintos oriundos de diferentes regiões geográficas. Notavelmente, relativamente aos locos SNP, a contribuição do genitor feminino, que pertence a uma progênie de uma planta-mãe de origem amazônica, foi maior do que a do masculino, que foi coletado em um pomar comercial na região de Piracicaba, SP.
Completando, os polimorfismos aqui relatados entre os genitores da população de mapeamento de P. alata, todos em regiões expressas, devem contribuir para o enriquecimento
do mapa de ligação e facilitar o mapeamento de locos quantitativos associados à resposta da população à infeção por Xap.
6 CONCLUSÕES
O uso de sequências de bibliotecas de expressão de Passiflora edulis permite, tal como realizado neste trabalho, o desenvolvimento de marcadores genéticos em Passiflora alata, com alta transferibilidade de locos de uma espécie para outra.
O desenvolvimento de marcadores SSR (ou microssatélites) e SNPs para Passiflora
alata a partir dos transcritos de Passiflora edulis proporciona a detecção de locos
polimórficos.
Este trabalho confirma que as espécies já investigadas de Passiflora apresentam baixo polimorfismo molecular, comparativamente a outras espécies de fecundação cruzada obrigatória.
Passiflora alata é uma espécie pouco estudada do ponto de vista genético e apresenta
potencial para ser explorada, justificando o desenvolvimento de novos marcadores genéticos a partir de bibliotecas de expressão e genômicas. Este estudo e disponibilizou ferramentas para o mapeamento de marcadores funcionais bem como para uso em análises de diversidade em passifloras.
Nossa experiência, utilizando diferentes estratégias para investigar sequências de genes foi satisfatória, e forneceu informações adicionais quanto à ocorrência de SSRs e SNPs em Passiflora alata.
REFERÊNCIAS
AGARWAL, M.; SHRIVASTAVA, N.; PADH, H. Advances in molecular marker techniques and their applications in plant sciences. Plant Cell Reports, Berlin, v. 27, p. 617-631, 2008. AGGARWAL, R.K.; HENDRE, P.S.; VARSHNEY, R.K.; BHAT, P.R.;
KRISHNAKUMAR, V.; SINGH, L. Identification, characterization and utilization of EST- derived genic microsatellite markers for genome analyses of coffee and related species. Theoretical and Applied Genetics, Berlin, v. 114, p. 359-372, 2007.
ASP, T.; FREI, U.K.; DIDION, T.; NIELSEN, K.K.; LÜBBERSTEDT, T. Frequency, type, and distribution of EST-SSRs from three genotypes of Lolium perenne, and their conservation across orthologous sequences of Festuca arundinacea, Brachypodium distachyon, and Oryza
sativa. BMC Plant Biology, London, v. 7, p. 822-828, 2007.
BELÓ, A.; ZHENG, P.; LUCK, S.; SHEN, B.; MEYER, D. J.; LI, B.; TINGEY, S.; RAFALSKI, A. Whole genome scan detects an allelic variant of fad2 associated with
increased oleic acid levels in maize. Molecular Genetics and Genomics, Berlin, v. 279, p. 1 10, 2008.
BILLOTE, N.; LAGODA, P.J.L.; RISTERUCCI, A.M.; BAURENS, F.C. Microsatellite- enriched libraries: applied methodology for the development of SSRs markers in tropical crops. Fruits, Paris, v. 54, p. 277-288, 1999.
BONIN, A.; BELLEMAIN, E.; BRONKEN E.P.; POMPANON, F.; BROCHMANN, C.; TABERLET, P. How to track and assess genotyping errors in population genetics studies. Molecular Ecology, Oxford, v. 13, p. 3261-3273, 2004.
BRUCKNER, C.H.; CASALI, V.W.D.; MORAES, C.F.; REDAZZI, A.J.; SILVA, E.A.M. Self-incompatibility in passion fruit (Passiflora edulis Sims). Acta Hoticulturae, Lima, n. 370, p. 45-57, 1995.
CADALEN, T.; MÖRCHEN, M.; BLASSIAU, C.; CLABAUT, A.; SCHEER, I.; HILBERT, J. L.; HENDRIKS, T.; QUILLET, M. C. Development of SSR markers and construction of a consensus genetic map for chicory (Cichorium intybus L.). Molecular Breeding, Dordrecht, v. 25, p. 699-722, 2010.
CARDLE, L.; RAMSAY, L.; MILBOURNE, D.; MACAULAY, M.; MARSHALL, D.; WAUGH, R. Computational and experimental characterization of physically clustered simple sequence repeats in plants. Genetics, Austin, v. 156, p. 847-854, 2000.
CARNEIRO, M.S.; CAMARGO, L.E.A.; COELHO, A.S.G.; VENCOVSKY, R.; LEITER JUNIOR, R.P.; STENZEL, N.M.C.; VIEIRA, M.L.C. RAPD-based genetic linkage maps of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.). Genome, Ottawa, v. 45, p. 670-678, 2002.
CARNEIRO, M.S.; VIEIRA, M.L.C. Mapas genéticos em plantas. Bragantia, Campinas, v. 61, p. 89-100, 2002.
CELTON, J.M.; TUSTIN, D.S.; CHAGNÉ, D.; GARDINER, S.E. Construction of a dense genetic linkage map for apple rootstocks using SSRs developed from Malus ESTs and Pyrus genomic sequences. Tree Genetics and Genomes, Berlin, v. 5, p. 93-107, 2009.
CERQUEIRA-SILVA, C.B.M.; SANTOS, E.S.L.; CONCEIÇÃO, L.D.; CARDOSO-SILVA, C.B.; PEREIRA, A.S.; OLIVEIRA, A.C.; CORRÊA, R.X. Genetic variation in a wild
population of the 'sleep' passion fruit (Passiflora setacea) based on molecular markers. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto, v. 11, p. 731-738, 2012a.
CERQUEIRA-SILVA, C.B.M.; SANTOS, E.S.L.; SOUZA, A.M.; MORI, G.M.; OLIVEIRA, E.J.; CORRÊA, R.X.; SOUZA, A.P. Development and characterization of microsatellite markers for the wild South American Passiflora cincinnata (Passifloraceae). American Journal of Botany, Columbus, v. 99, p. 170-172, 2012b.
CERQUEIRA-SILVA, C.B.M.; SANTOS, E.S.L.; VIEIRA, J.G.P.; MORI, G.M.; JESUS, O.N.; CORRÊA, R.X.; SOUZA, A.P. New microsatellite markers for wild and commercial species of Passiflora (Passifloraceae) and cross-amplification. Applications in Plant Sciences, St. Louis, v. 2, p. 1-5, 2014.
CERVI, A.C.; MILWARD-DE-AZEVEDO, M.A.; BERNACCI, L.C.; NUNES, T.S. Passifloraceae. In: Lista de Espécies da Flora do Brasil. Jardim Botânico do Rio de Janeiro, 2011. Disponivel em http://floradobrasil.jbrj.gov.br/2010/FB000182. Acesso em: 17 mai. 2013.
CHAMBERLAIN, J.S.; GIBBS, R.A.; RANIER, J.E.; NGUYEN, P.N.; CASKEY, C.T. Deletion screening of the Duchenne muscular dystrophy locus via multiplex DNA amplification. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 16, p. 11141-11156, 1988.
CHANDRA, A. Use of EST database markers from M. truncatula in the transferability to other forage legumes. Journal of Environmental Biology, Lucknow, v. 32, p. 347-354, 2011.
CHING, A.; CALDWELL, K.S.; JUNG, M.; DOLAN, M.; SMITH, O.S.H.; TINGEY, S.; MORGANTE, M.; RAFALSKI, A.J.SNP frequency, haplotype structure and linkage disequilibrium in elite maize inbred lines. BMC Genetics, London, v. 3, p. 19-33, 2002. CHOUMANE, W.; WINTER, P.; BAUM, M.; KAHL, G. Conservation of microstellite flanquing sequences in different taxa of Leguminosae. Euphytica, Wageningen, v. 138, p. 239-245, 2004.
COGAN, N.O.I.; PONTING, R.C.; VECCHIES, A.C.; DRAYTON, M.C.; GEORGE, J.; DRACATOS, P.M.; DOBROWOLSKI, M.P.; SAWBRIDGE, T.I.; SMITH, K.F.;
SPANGENBERG, G.C.; FORSTER, J.W. Gene-associated single nucleotide polymorphism discovery in perennial ryegrass (Lolium perenne L.). Molecular Genetics and Genomics, Berlin, v. 276, p. 101-112, 2006.
COLLARD, B.C.Y.; MACKILL, D.J. Marker-assisted selection: an approach for precision plant breeding in the twenty-first century. Philosophical Transactions of the Royal Society B, London, v. 363, p. 557-572, 2008.
COSSON, P.; DECROOCQ, V.; REVERS F. Development and characterization of 96
microsatellite markers suitable for QTL mapping and accession control in an Arabidopsis core collection. Plant Methods, London, v. 10, p. 1-6, 2014.
CRESTE, S.; TULMANN, A.; FIGUEIRA, A. Detection of single sequence repeat polymorphims in denaturing polyacrylamide sequencing gels by silver staining. Plant Molecular Biology Reports, New York, v. 19, p. 229-306, 2001.
DAGAN, T.; TALMOR, Y.; GRAUR, D. Ratios of radical to conservative amino acid replacement are affected by mutational and compositional factors and may not be indicative of positive Darwinian selection. Molecular Biology and Evolution, Chicago, v. 19, p. 1022- 1025, 2002.
DANTEC, L.L.; CHAGNÉ, D.; POT, D.; CANTIN, O.; GARNIER-GÉRÉ, P.; BEDON, F.; FRIGERIO, J. M.; CHAUMEIL, P.; LÉGER, P.; GARCIA, V.; LAIGRET, F.; DARUVAR, A. de; PLOMION, C. Automated SNP detection in expressed sequence tags: Statistical considerations and application to maritime pine sequences. Plant Molecular Biology, Dordrecht, v. 54, p. 461-470, 2004.
DIATCHENKO, L.; LAU, Y.F.; CAMPBELL, A.P.; CHENCHIK, A.; MOQADAM, F.; HUANG, B.; LUKYANOV, S.; LUKYANOV, K.; GURSKAYA, N.; SVERDLOV, E.D.; SIEBERT, P.D. Suppression subtractive hybridization: a method for generating 140 differentially regulated or tissue-specific cDNA probes and libraries. Proceedings of the National Academy of Sciences, Washington, v. 93, n. 12, p. 6025–6030, 1996.
DUNCAN, B.K.; MILLER, J.H. Mutagenic deamination of cytosine residues in DNA. Nature, New York, v. 287, p. 560-561, 1980.
EDWARDS, M.C.; GIBBS, R.A. Multiplex PCR: Advantages, development, and applications. Genome Research, New York, v. 3, p. 65-75, 1994.
ELLEGREN, H. Microsatellites: Simple sequences with complex evolution. Nature Reviews Genetics, London, v. 5, p. 435-445, 2004.
FALEIRO, F.G.; JUNQUEIRA, N.T.V.; BRAGA, M.F.; PEIXOTO, J.R. Caracterização de germoplasma e melhoramento genético do maracujazeiro assistidos por marcadores
moleculares: resultados de pesquisa 2005-2008. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, Planaltina, v. 1, n. 1, 59 p, 2008.
FERREIRA, T.G.; PENHA, H.A.; ZUCCHI, M.I.; SANTOS, A.A.; HANAI, L.R.;
JUNQUEIRA, N.; BRAGA, M.F.; VENCOVSKY, R.V.; VIEIRA, M.L.C. Outcrossing rate in sweet passion fruit based on molecular markers. Plant Breeding, Berlin, v. 129, p. 727- 730, 2010.
FRAZER, K.A.; BALLINGER, D.G.; COX D. R.; HINDS, D.A.; STUVE, L.L.; GIBBS, R.A.; BELMONT, J.W.; BOUDREAU, A; HARDENBOL, P.; LEAL, S.M.; PASTERNAK, S.; WHEELER, D.A.; WILLIS, T.D.; YU, F.; YANG, H.; ZENG, C.; GAO, Y.; HU, H.; HU, W.; LI, C.; LIN, W.; LIU, S.; PAN, H.; TANG, X.; WANG, J.; WANG, W.; YU, J.; ZHANG, B.; ZHANG, Q.; ZHAO, H.; ZHAO, H.; ZHOU, J.; GABRIEL, S. B.; BARRY.; R.;
BLUMENSTIEL, B.; CAMARGO, A.; DEFELICE, M.; FAGGART, M.; GOYETTE, M.; GUPTA, S.; MOORE, J.; NGUYEN, H.; ONOFRIO, R. C.; PARKIN, M.; ROY, J.; STAHL, E.; WINCHESTER, E.; ZIAUGRA, L.; ALTSHULER, D.; SHEN, Y.; YAO, Z.; HUANG, W.; CHU, X.; HE, Y.; JIN, L.; LIU, Y.; SHEN, Y.; SUN, W.; WANG, H.; WANG, Y.; WANG, Y.; XIONG, X.; XU, L.; WAYE, M. M.; TSUI, S. K.; XUE, H.; WONG, J. T.; GALVER, L. M.; FAN, J. B.; GUNDERSON, K.; MURRAY, S. S.; OLIPHANT, A. R.; CHEE, M. S.; MONTPETIT, A.; CHAGNON, F.; FERRETTI, V.; LEBOEUF, M.;
OLIVIER, J. F.; PHILLIPS, M. S.; ROUMY, S.; SALLÉE, C.; VERNER, A.; HUDSON, T. J.; KWOK, P. Y.; CAI, D.; KOBOLDT, D. C.; MILLER, R. D.; PAWLIKOWSKA, L.; TAILLON-MILLER, P.; XIAO, M.; TSUI, L. C.; MAK, W.; SONG, Y. Q.; TAM, P. K.; NAKAMURA, Y.; KAWAGUCHI, T.; KITAMOTO, T.; MORIZONO, T.; NAGASHIMA, A.; OHNISHI, Y.; SEKINE, A.; TANAKA, T.; TSUNODA. T.; DELOUKAS, P.; BIRD, C. P.; DELGADO, M.; DERMITZAKIS, E. T.; GWILLIAM, R.; HUNT, S.; MORRISON, J.; POWELL, D.; STRANGER, B. E.; WHITTAKER, P.; BENTLEY, DR.; DALY, M. J.; DE BAKKER, P. I.; BARRETT, J.; CHRETIEN, Y. R.; MALLER, J.; MCCARROLL, S.; PATTERSON, N.; PE'ER, I.; PRICE, A.; PURCELL, S.; RICHTER, D. J.; SABETI, P.; SAXENA, R.; SCHAFFNER, S. F.; SHAM, P. C.; VARILLY, P.; ALTSHULER, D.; STEIN, L. D.; KRISHNAN, L.; SMITH, A. V.; TELLO-RUIZ, M. K.; THORISSON, G. A.;
CHAKRAVARTI, A.; CHEN, P. E.; CUTLER, D. J.; KASHUK, C. S.; LIN, S.; ABECASIS, G. R.; GUAN, W.; LI, Y.; MUNRO, H. M.; QIN, Z. S.; THOMAS, D. J.; MCVEAN, G.; AUTON, A.; BOTTOLO, L.; CARDIN, N.; EYHERAMENDY, S.; FREEMAN, C.;
MARCHINI, J.; MYERS, S.; SPENCER, C.; STEPHENS, M.; DONNELLY, P.; CARDON, L. R.; CLARKE, G.; EVANS, D. M.; MORRIS, A. P.; WEIR, B. S.; TSUNODA, T.;
MULLIKIN, J. C.; SHERRY, S. T.; FEOLO, M.; SKOL, A.; ZHANG, H.; ZENG, C.; ZHAO, H.; MATSUDA, I.; FUKUSHIMA, Y.; MACER, D. R.; SUDA, E.; ROTIMI, C. N.; ADEBAMOWO, C. A.; AJAYI, I.; ANIAGWU, T.; MARSHALL, P. A.; NKWODIMMAH, C.; ROYAL, C. D.; LEPPERT, M. F.; DIXON, M.; PEIFFER, A.; QIU, R.; KENT, A.; KATO, K.; NIIKAWA, N.; ADEWOLE, I. F.; KNOPPERS, B. M.; FOSTER, M. W.; CLAYTON, E. W.; WATKIN, J.; GIBBS, R. A.; BELMONT, J. W.; MUZNY, D.;
NAZARETH, L.; SODERGREN, E.; WEINSTOCK, G. M.; WHEELER, D. A.; YAKUB, I.; GABRIEL, S. B.; ONOFRIO, R. C.; RICHTER, D. J.; ZIAUGRA, L.; BIRREN, B. W.; DALY, M. J.; ALTSHULER, D.; WILSON, R. K.; FULTON, L. L.; ROGERS, J.; BURTON, J.; CARTER, N. P.; CLEE, C. M.; GRIFFITHS, M.; JONES, M. C.; MCLAY, K.; PLUMB, R. W.; ROSS, M. T.; SIMS, S. K.; WILLEY, D. L.; CHEN, Z.; HAN, H.; KANG, L.;
GODBOUT, M.; WALLENBURG, J. C.; L'ARCHEVÊQUE, P.; BELLEMARE, G.; SAEKI, K.; WANG, H.; AN, D.; FU, H.; LI, Q.; WANG, Z.; WANG, R.; HOLDEN, A. L.;
BROOKS, L. D.; MCEWEN, J. E.; GUYER, M. S.; WANG, V. O.; PETERSON, J. L.; SHI, M.; SPIEGEL, J.; SUNG, L. M.; ZACHARIA, L. F.; COLLINS, F. S.; KENNEDY, K.; JAMIESON, R.; STEWART, J. A second generation human haplotype map of over 3.1 million SNPs. International HapMap Consortium1. Nature, New York, v. 18, p. 851-861, 2007.
GANAL, M.W.; ALTMANN, T.; RÖDER, M.S. SNP identification in crop plants. Current Opinion in Plant Biology, London, v. 12, p. 211-217, 2009.
GAO, L.; TANG, J.; LI, H.; JIA, J. Analysis of microsatellites in major crops assessed by computational and experimental approaches. Molecular Breeding, Dordrecht, v. 12, p. 245- 261, 2003.
GAUR, R.; AZAM, S.; JEENA, G.; KHAN, A.W.; CHOUDHARY, S.; JAIN, M.; YADAV, G.; TYAGI, A.K.; CHATTOPADHYAY, D.; BHATIA, S. High-throughput SNP discovery and genotyping for constructing a saturated linkage map of chickpea (Cicer arietinum L.). DNA Research, Oxford, v. 19, p. 357-373, 2012.
GINOT, F.; BORDELAIS, I.; NGUYEN, S.; GYAPAY, G. Correction of some genotyping errors in automated fluorescent microsatellite analysis by enzymatic removal of one base overhangs. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 24, p. 540-541, 1996.
GRATTAPAGLIA, D.; SILVA-JUNIOR, O.B.; KIRST, M.; LIMA, B.M. de; FARIA, D. A.; PAPPAS JUNIOR, G.J. High-throughput SNP genotyping in the highly heterozygous genome of Eucalyptus: Assay success, polymorphism and transferability across species. BMC Plant Biology, London, v. 11, p. 1-18, 2011.
HALFELD-VIEIRA, B. A.; NECHET, K. L. Mancha-bacteriana do maracujá: sintomas, danos e medidas de controle. Boa Vista: Embrapa Roraima, 2006. 4 p. (Embrapa Roraima. Comunicado técnico, 03).
HAND, M.L.; PONTING, R.C.; DRAYTON, M.C.; LAWLESS, K. A.; COGAN, N.O.I.; CHARLES BRUMMER, E.; SAWBRIDGE, T.I.; SPANGENBERG, G.C.; SMITH, K.F.; FORSTER, J.W. Identification of homologous, homoeologous and paralogous sequence variants in an outbreeding allopolyploid species based on comparison with progenitor taxa. Molecular Genetics and Genomics, Berlin, v. 280, p. 293-304, 2008.
HARKER, N. Collection, Reporting and Storage of Microsatellite Genotype Data. In: HENRY, R. J. (Ed.). Plant Genotyping: the DNA Fingerprinting of Plants. CAB International, Wallingford; New York,, 2001. p. 251-264.
HENDRE, P.S.; KAMALAKANNAN, R.; VARGHESE, M. High-throughput and parallel SNP discovery in selected candidate genes in Eucalyptus camaldulensis using Illumina NGS platform. Plant Biotechnology Journal, Oxford, v. 10, p. 646-656, 2012.
HIGASHIYAMA, T. Peptide signaling in pollen-pistil interactions. The Plant Cell Physiology, Oxford, v. 51, p. 177-189, 2010.
HOFFMAN, J.I.; AMOS, W. Microsatellite genotyping errors: detection approaches,
common sources and consequences for paternal exclusion. Molecular Ecology, Oxford, v. 14, p. 599-612, 2005.
HOLLIDAY, R.; GRIGG, G.W. DNA methylation and mutation. Mutation Research - Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, Amsterdam, v. 285, p. 61-67, 1993.
INSTITUTO BRASILEIRO DE GEOGRAFIA E ESTATÍSTICA. Produção agrícola municipal. Disponível em: <http://sidra.ibge.gov.br/2010>. Acesso em: 12 nov. 2013.
JIANG, Z.; WU, X.L.; ZHANG, M.; MICHAL, J.J.; WRIGHT JUNIOR, R.W. The
complementary neighborhood patterns and methylation-to-mutation likelihood structures of 15,110 single-nucleotide polymorphisms in the bovine genome. Genetics, Austin, v. 180, p. 639-647, 2008.
JIN, H.J.; KWAK, K.D.; HAMMER, M.F.; NAKAHORI, Y.; SHINKA, T.; LEE, J.W.; JIN, F.; JIA, X.; TYLER-SMITH, C.; KIM, W. Y-chromosomal DNA haplogroups and their implications for the dual origins of the Koreans Hum. Genetics, Austin, v. 114, p. 27–35, 2003.
JUNQUEIRA, N. T. V.; JUNQUEIRA, K. P. Manejo das principais doenças do
maracujazeiro. In: SUSSEL, A. A. B.; MEDEIROS, F. H. V.; RIBEIRO JÚNIOR, P. M.; UCHOA, C. N.; AMARAL, D. R.; MEDEIROS, F. C. L.; PEREIRA, R. B.; SANTOS, J.; LIMA, L. M.; ROSWALKA, L. C. Manejo integrado de doenças de fruteiras. Lavras: Ufla, 2007. 1 CD-ROM.
JURKA, J.; PETHIYAGODA, C. Simple repetitive DNA sequences from primates:
compilation and analysis. Journal of Molecular Evolution, New York, v. 40, p. 120–126, 1995.
KANTETY, R.V.; LA ROTA, M.; MATTHEWS, D.E.; SORRELLS, M.E. Data mining for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley, maize, rice, sorghum and wheat. Plant Molecular Biology, Dordrecht, v. 48, p. 501-510, 2002.
KATTI, M.V.; RANJEKAR, P.K.; GUPTA, V.S. Differential distribution of simple sequence repeats in eukaryotic genome sequences. Molecular Biology and Evolution, Oxford, v. 18, p. 1161-1167, 2001.
KATTI, M.V.; SAMI-SUBBU, R.; RANJEKAR, P.K.; GUPTA, V. S. Amino acid repeat patterns in protein sequences: their diversity and structural-functional implications. Protein Science, New York, v. 9, p. 1203-1209, 2000.
KAVATI, R.; PIZA JUNIOR, C.T. Cultura do maracujá-doce. Campinas: CATI, 2002. (CATI. Boletim Técnico, 244).
KIKUCHI, S.; TOMINAGA, D.; ARITA, M.; TAKAHASHI, K.; TOMITA, M. Dynamic modeling of genetic networks using genetic algorithm and S-system. Bioinformatics, Oxford, v. 19, p. 643-650, 2003.
KIJAS, J.M.; FOWLER, J.C.; GARBETT, C.A.; THOMAS, M.R. Enrichment of
microsatellites from the citrus genome using biotinylated oligonucleotide sequences bound to streptavidincoated magnetic particles. Biotechniques, Natick, v. 16, p. 656-662, 1994. KING, J.; THOROGOOD, D.; EDWARDS, K.J. Development of a genomic microsatellite library in perennial ryegrass (Lolium perenne L.). Annals of Botany, London, v. 101, p. 845– 853, 2008.
KOFLER, R.; SCHLÖTTERER, C.; LELLEY, T. SciRoKo: A new tool for whole genome microsatellite search and investigation. Bioinformatics, Oxford, v. 23, p. 1683-1685, 2007.
KOTA, R.; VARSHNEY, R.K.; PRASAD, M.; ZHANG, H.; STEIN, N.; GRANER, A. EST- derived single nucleotide polymorphism markers for assembling genetic and physical maps of the barley genome. Functional and Integrative Genomics, Berlin, v. 8, p. 223-233, 2008. KRAPP, F.; WÖHRMANN, T.; PINANGÉ, D.S.B.; BENKO-ISEPPON, A.M.; HUETTEL, B.; WEISING, K. A set of plastid microsatellite loci for the genus Dyckia (Bromeliaceae) derived from 454 pyrosequencing. American Journal of Botany, Columbus, v. 12, p. 470- 473, 2012.
KUMARI, K.; MUTHAMILARASAN, M.; MISRA, G.; GUPTA, S.; SUBRAMANIAN, A.; PARIDA, S. K.; CHATTOPADHYAY, D.; PRASAD, M. Development of eSSR-Markers in
Setaria italica and Their Applicability in Studying Genetic Diversity, Cross-Transferability
and Comparative Mapping in Millet and Non-Millet Species. PLoS ONE, San Francisco, v. 8, p. 1-15, 2013.
KUMPATLA, S.P.; MUKHOPADHYAY, S. Mining and survey of simple sequence repeats in expressed sequence tags of dicotyledonous species. Genome, Ottawa, v. 48, p. 985-998, 2005.
LAGERCRANTZ, U.; ELLEGREN, H.; ANDERSSON, L. The abundance of various polymorphic microsatellite motifs differs between plants and vertebrates. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 21, p. 1111-1115, 1993.
LANGE, W.; BRANDENBURG, W.A.; BOCK, T.S.M. Taxonomy and cultonomy of beet (Beta vulgaris L.). Botanical Journal of the Linnean Society, London, v. 130, p. 81-96, 1999.
LEONFORTE, A.; SUDHEESH, S.; COGAN, N.O.I.; SALISBURY, P.A.; NICOLAS, M. E.; MATERNE, M.; FORSTER, J.W.; KAUR, S. SNP marker discovery, linkage map
construction and identification of QTLs for enhanced salinity tolerance in field pea (Pisum
sativum L.). BMC Plant Biology, London, v. 13, p. 1-14, 2013.
LEPOITTEVIN, C.; FRIGERIO, J.M.; GARNIER-GÉRÉ, P.; SALIN, F.; CERVERA, M.; VORNAM, B.; HARVENGT, L.; PLOMION, C. In Vitro vs in Silico detected SNPs for the development of a genotyping array: What can we learn from a non-model species? PLoS ONE, San Francisco, v. 5, p. 1-9, 2010.
LI, Y.; HASENEYER, G.; SCHÖN, C.C.; ANKERST, D.; KORZUN, V.; WILDE, P.; BAUER, E. High levels of nucleotide diversity and fast decline of linkage disequilibrium in rye (Secale cereale L.) genes involved in frost response. BMC Plant Biology, London, v. 11, p. 1-14, 2011.
LI, Y.-C.; KOROL, A.B.; FAHIMA, T.; NEVO, E.; Microsatellites within genes: structure, function, and evolution. Molecular Biology And Evolution, Chicago, v. 21, p. 991-1007, 2004.
LIJAVETZKY, D.; CABEZAS, J.; IBÁÑEZ, A.; RODRÍGUEZ, V.; MARTÍNEZ-
ZAPATER, J. M. High throughput SNP discovery and genotyping in grapevine (Vitis vinifera L.) by combining a re-sequencing approach and SNPlex technology. BMC Genomics,
LOPES, R.; LOPES, M.T.G.; CARNEIRO, M.S.; MATTA, F.D.P.; CAMARGO, L.E.A.; VIEIRA, M.L.C. Linkage and mapping of resistance genes to Xanthomonas axonopodis pv.
passiflorae in yellow passion fruit. Genome, Ottawa, v. 49, p. 17-29, 2006.
LÓPEZ, C.E.; ACOSTA, I.F.; JARA, C.; PEDRAZA, F.; GAITAN-SOLIS, E.; GALLEGO, G.; BEEBE, S.; TOHME, J. Identifying resistance gene analogs associated with resistances to diferente pathogens in common bean. Phytopathology, Saint Paul, v. 93, p. 88-95, 2003. MALAVOLTA JÚNIOR, V. A.; BERIAM, L. O. S.; RODRIGUES NETO, J. Podridão do fruto, novo sintoma relacionado a Xanthomonas axonopodis pv. Passiflorae. Arquivos do Instituto Biológico, Campinas, v. 68, n. 2, p. 121-123, jul./dez. 2001.
MALIEPAARD, C.; JANSEN, J.; VAN OOIJEN, J. W. Linkage analysis in a full-sib family of an outbreeding plant species: Overview and consequences for applications. Genetical Research, London, v. 70, p. 237-250, 1997.
MARCOTTE, E.M.; PELLEGRINI, M.; YEATES, T.O.; EISENBERG, D. A census of protein repeats. Journal of Molecular Biology, London, v. 293, p. 151-160, 1999.
McCARTHY, M.I.; ABECASIS, G.R.; CARDON, L.R.; GOLDSTEIN, D.B.; LITTLE, J.; IOANNIDIS, J.P.; HIRSCHHORN, J.N. Genome-wide association studies for complex traits: consensus, uncertainty and challenges. Nature Reviews Genetics, London, v. 5, p. 356–369, 2008.
MELETTI, L.M.M.; BRÜCKNER, C.H. Melhoramento Genético. In: BRÜCKNER, C.H.; PICANÇO, M.C. Maracujá: tecnologia de produção, pós-colheita, agroindústria, mercado. Porto Alegre: Cinco Continentes, 2001. p. 345-385.
METZGAR, D.; BYTOF, J.; WILLS, C. Selection against frameshift mutations limits microsatellite expansion in coding DNA. Genome Research, New York, v. 10, p. 72-80, 2000.
MORAN, C. Microsatellite repeats in pig (Sus domestica) and chicken (Gallus domesticus) genomes. Journal of Heredity, Oxford, v. 84, p. 274-280, 1993.
MORGANTE, M.; HANAFEY, M.; POWELL, W. Microsatellites are preferentially
associated with nonrepetitive DNA in plant genomes. Nature Genetics, New York, v. 30, p. 194-200, 2002.
MUNHOZ, C.F. Identificação de genes de maracujá azedo diferencialmente expressos durante a interação com Xanthomonas axonopodis. 2013. 174p. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz”, Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2013.
MUNHOZ, C. F.; WEISS, B.; HANAI, L. R.; ZUCCHI, M. I.; FUNGARO, M. H. P.; OLIVEIRA, A. L. M.; MONTEIRO-VITORELLO, C. B.; VIEIRA, M. L. C. Genetic diversity and a PCR-based method for Xanthomonas axonopodis detection in passion fruit. Phytopathology, Saint Paul, v. 101, p. 416-424, 2011.
MURRAY, M.G.; THOMPSON, W.F. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. Nucleic Acids Research, Oxford, v. 8, p. 1134-1137, 1980.
NASU, S.; SUZUKI, J.; OHTA, R.; HASEGAWA, K.; YUI, R.; KITAZAWA, N., MONNA, L.; MINOBE, Y. Search for and analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in rice (Oryza sativa, Oryza rufipogon) and establishment of SNP markers. DNA Research, Oxford, v. 9, p. 163-171, 2002.
NORDBORG, M.; HU, T.T.; ISHINO, Y.; JHAVERI, J.; TOOMAJIAN, C.; ZHENG, H.; BAKKER, E.; CALABRESE, P.; GLADSTONE, J.; GOYAL, R.; JAKOBSSON, M.; KIM, S.; MOROZOV, Y.; PADHUKASAHASRAM, B.; PLAGNOL, V.; ROSENBERG, N.A.; SHAH, C.; WALL, J.D.; WANG, J.; ZHAO, K.; KALBFLEISCH, T.; SCHULZ, V.; KREITMAN, M.; BERGELSON, J. The pattern of polymorphism in Arabidopsis thaliana: PLoS Biology, San Francisco, v. 3, p. 1289-1299, 2005.
NUNES, E.S. Caracterização fenotípica e molecular de uma população F1 de maracujá- doce visando à construção de mapas de ligação e identificação de QTL. 2010. 138p. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz”, Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2010.
NYBOM, H.; WEISING, K.; ROTTER, B. DNA fingerprinting in botany: Past, present, future. Investigative Genetics, London, v. 5, p. 1-88, 2014.
ODA, K.; MATSUOKA, Y.; FUNAHASHI, A.; KITANO, H. A comprehensive pathway map of epidermal growth factor receptor signaling. Molecular Systems Biology, Germany, v. 1, p. 1-36, 2005.
OLIVEIRA, E.J.; PÁDUA, J.G.; ZUCCHI, M.I.; VENCOVSKY, R.; VIEIRA, M.L.C. Origin, evolution and genome distribution of microsatellites. Genetics and Molecular Biology, Riberão Preto, v. 29, p. 294-307, 2006.
OLIVEIRA, E.J.; VIEIRA, M.L.C.; GARCIA, A.A F.; MUNHOZ, C.F.; MARGARIDO, G.R.A.; CONSOLI, L.; MATTA, F.P.; MORAES, M.C.; ZUCCHI, M.I.; FUNGARO, M. H.P. An integrated molecular map of yellow passion fruit based on simultaneous maximum- likelihood estimation of linkage and linkage phases. Journal of the American Society for Horticultural Science, Alexandria, v. 133, p. 35-41, 2008.
OLIVEIRA, G. A. F.; PÁDUA, J. G.; COSTA, J. L.; JESUS, O. N. de; CARVALHO, F. M. de; OLIVEIRA, E. J. de; OLIVEIRA, J. L. Cross-species amplification of microsatellite loci developed for Passiflora edulis Sims. in related passiflora species: Brazilian Archives of Biology and Technology, Curitiba, v. 56, p. 785-792, 2013.
ORTIZ, D.C.; BOHÓRQUEZ, A.; DUQUE, M.C.; TOHME, J.; CUÉLLAR, D.; MOSQUERA VÁSQUEZ, T. Evaluating purple passion fruit (Passiflora edulis Sims f.
edulis) genetic variability in individuals from commercial plantations in Colombia. Genetic
Resources and Crop Evolution, Dordrecht, v. 59, p. 1089-1099, 2012.
PAVY, N.; PARSONS, L.S.; PAULE, C.; MACKAY, J.; BOUSQUET, J. Automated SNP detection from a large collection of white spruce expressed sequences: Contributing factors and approaches for the categorization of SNPs. BMC Genomics, London, v. 7, p. 1-14, 2006.
PAVY, N.; PELGAS, B.; BEAUSEIGLE, S.; BLAIS, S.; GAGNON, F.; GOSSELIN, I.; LAMOTHE, M.; ISABEL, N.; BOUSQUET, J. Enhancing genetic mapping of complex genomes through the design of highly-multiplexed SNP arrays: Application to the large and unsequenced genomes of white spruce and black spruce. BMC Genomics, London, v. 9, p. 1- 17, 2008.
PEARSON, C.E.; EDAMURA, K.N.; CLEARY, J.D. Repeat instability: Mechanisms of dynamic mutations: Nature Reviews Genetics, London, v. 6, p. 729-742, 2005.
PENG, J.H.; LAPITAN, N.L.V. Characterization of EST-derived microsatellites in the wheat genome and development of eSSR markers. Functional and Integrative Genomics, Berlin, v. 5, p. 80-96, 2005.
PENHA, H.A. Desenvolvimento de marcadores microssatélites em Passiflora alata Curtis. 2008. 93p. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura “Luiz de Queiroz”, Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2008. PENHA, H.A.; PEREIRA, G.D.S.; ZUCCHI, M.I.; DINIZ, A.L.; VIEIRA, M.L.C.
Development of microsatellite markers in sweet passion fruit, and identification of length and conformation polymorphisms within repeat sequences. Plant Breeding, Berlin, v. 132, p. 731-735, 2013.
PEREIRA, G.S.; NUNES, E.S.; LAPERUTA, L.D.C.; BRAGA, M.F.; PENHA, H.A.; DINIZ, A.L.; MUNHOZ, C.F.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A.A.F.; VIEIRA, M.L.C. Molecular
polymorphism and linkage analysis in sweet passion fruit, an outcrossing species. Annals of Applied Biology, Warwick, v. 162, p. 347-361, 2013.
PINTO, L.R.; VIEIRA, M.L.C.; DE SOUZA JUNIOR, C.L.; SOUZA, A.P. Genetic diversity assessed by microsatellites in tropical maize population submitted to high-density reciprocal recurrent selection. Euphytica, Wageningen, v. 134, p. 277-286, 2003.
POCZAI, P.; VARGA, I.; LAOS, M.; CSEH, A.; BELL, N.; VALKONEN, J.P.T.; HYVÖNEN, J. Advances in plant gene-targeted and functional markers: A review. Plant Methods, London, v. 9, p. 1-31, 2013.
POMPANON, F.; BONIN, A.; BELLEMAIN, E.; TABERLET, P. Genotyping errors: causes, consequences and solutions. Nature Reviews Genetics, London, v. 6, p. 847-859, 2005. PUGH, T.; FOUET, O.; RISTERUCCI, A.M.; BROTTIER, P.; ABOULADZE, M.; DELETREZ, C.; COURTOIS, B.; CLEMENT, D.; LARMANDE, P.; N'GORAN, J.A.K.; LANAUD, C. A new cacao linkage map based on codominant markers: Development and integration of 201 new microsatellite markers. Theoretical and Applied Genetics, Berlin, v. 108, p. 1151-1161, 2004.
RÊGO, M.M.; RÊGO, E.R.; BRUCKNER, C.H.; SILVA, E.A.M. da; FINGER, F.L.; PEREIRA, K.J.C. Pollen tube behavior in yellow passion fruit following compatible and