Resumo do conjunto de dados (Dataset summary)

Nesta página, disponibilizamos uma tabela interativa que contém um resumo so- bre o conjunto de dados. Nela, estão presentes as seguintes informações: o identificador PDB onde foi encontrado o ligante, a cadeia na qual o ligante se encontra, o identi- ficador do ligante, o número que o ligante recebeu no arquivo PDB, o agrupamento (cluster) ao qual o ligante pertence, o número de átomos do ligante e o número de interações estabelecidas pelo ligante 2.11.

Figura 2.11. Tabela disponível em Dataset summary (Resumo do conjunto de

dados). (a) Campo de seleção (checkbox) para mostrar automaticamente todos

os painéis de tipos de átomos ou interações. (b) Campo de pesquisa para filtrar informações. (c) Botões para visualizar a estrutura tridimensional do complexo de forma interativa ou acessar a página referente à uma estrutura diretamente no site PDB. (d) e (e) Exemplos de painéis de tipos de átomos e interações, respectivamente.

Para proporcionar a interatividade com o usuário, estão disponíveis diversas opções de filtragem, ordenação e detalhes sob demanda.

Com relação às opções de filtro, está disponível um campo de pesquisa no qual o usuário pode selecionar informações específicas que ele esteja interessado em um certo momento 2.11(b). Por exemplo, alguém poderia estar interessado em pesquisar ligantes que tenham 16 átomos, então, bastaria digitar o valor 16 nesse campo que au-

tomaticamente todas as linhas que contivessem esse valor seriam mostradas. Por outro lado, se ele estiver interessado em analisar um único PDB bastaria que ele digitasse o identificador desse PDB no campo de pesquisa e somente as linhas que tivessem esse identificador seriam mostradas na tabela.

Além disso, estão disponíveis diversas opções de ordenação dos dados, seja de forma ascendente ou descendente. Para isso o usuário deverá apenas clicar sobre o cabeçalho da coluna que ele deseja ordenar. Por exemplo, alguém poderia estar inter- essado em ordenar os dados em ordem crescente de acordo com o número de átomo ou de interações estabelecidas por um ligante.

Também estão disponíveis diversas opções para obter detalhes sob demanda. Por exemplo, clicando sobre um valor da coluna de clusters será mostrada uma imagem da sobreposição de todos os ligantes desse grupo. A sobreposição foi feita através de um alinhamento múltiplo de estruturas utilizando o software LovoAlign [Martínez et al., 2007] e a imagem da sobreposição foi gerada automaticamente através do soft-

ware PyMOL [Schrödinger, LLC, 2010]. LovoAlign é útil nesse processo porque cria

novos arquivos PDB em que as coordenadas dos átomos de todas as estruturas alin- hadas são alteradas para equivaler às coordenadas da estrutura modelo. Assim, com o alinhamento das estruturas todos os ligantes de uma região da proteína estarão sobre- postos. Os ligantes são mostrados em bastões (sticks) e são coloridos de acordo com o esquema de cores CPK. Essas imagens são úteis, pois permite ao usuário visualizar e constatar quais são as as estruturas químicas similares em cada agrupamento 2.12(a).

Figura 2.12. Visualizações disponíveis na tabela Dataset summary (Resumo

do conjunto de dados). (a) Sobreposição dos ligantes pertencentes a um grupo

de moléculas similares. (b) Visualização da estrutura tridimensional contendo diversas opções de interação com o sítio de ligação.

átomos), surge um painel contendo informações úteis e detalhadas sobre cada tipo de

átomo presente no ligante. Nesse painel, é possível analisar quantos átomos aceptores, aromáticos, doadores, hidrofóbicos, negativos, positivos e quantos átomos não foram classificados em nenhum desses tipos pelo Pmapper 2.11(d).

Da mesma forma, se o usuário clicar sobre algum valor da coluna # Protein-

ligand interactions (Número de interações proteína-ligante) será mostrado um painel

contendo informações sobre cada tipo de interação estabelecida entre a proteína e o ligante. As interações disponíveis são: empilhamento aromático, ponte de hidrogênio, interação hidrofóbica, interação repulsiva e ponte salina 2.11(e).

Para facilitar a análise das informações sobre o número de átomos e o número de interações proteína-ligante, existe um campo (checkbox) que o usuário pode selecionar e mostrar de uma única vez todos os painéis referentes aos tipos de átomos existentes ou tipos de interações estabelecidas (Figura 2.11(a)).

Além disso, para complementar as análises o usuário tem disponível ainda uma visualização na qual ele pode interagir diretamente com o sítio de ligação de forma similar àquela disponível no PyMOL (Figura 2.12(b)). Nessa visualização o usuário poderá rotacionar a câmera e analisar a estrutura em diferentes ângulos; utilizar o zoom para dar ênfase à alguma parte específica da estrutura; mostrar ou esconder a representação em cartoon da estrutura da proteína; mostrar ou esconder a superfície da proteína de acordo com os raios de van der Waals; analisar em detalhes quais tipos de interações estão ocorrendo (linhas conectando dois átomos); mostrar ou esconder os rótulos de átomos e resíduos; pesquisar, mostrar ou esconder resíduos específicos, entre outras coisas. Essa visualização foi construída utilizando a biblioteca JavaScript 3Dmol.js23 _{[Rego e Koes, 2015]. Para acessar essa visualização basta que o usuário}

clique com o mouse sobre o ícone em forma de “olho” disponível em cada linha dessa tabela, então, um painel contendo a visualização será aberto (Figura 2.11(c)).

O usuário poderá ainda acessar maiores informações sobre uma proteína clicando sobre o ícone em forma de “globo terrestre”. Esse ícone abre, em uma nova aba no navegador, as informações referentes a uma estrutura diretamente através do site do PDB24 _{(Figura 2.11(c)).}

Finalmente, o usuário pode optar tanto por analisar todo o conjunto de dados ou analisar apenas os dados referentes a um agrupamento de ligantes similares (clusters).

23_{http://3dmol.csb.pitt.edu/index.html} 24_{http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do}