Uma perspectiva futura para a continuação deste trabalho consiste na aplicação da metodologia GridMEP para proteínas cujas estruturas moleculares
são formadas por mais de uma cadeia primária de aminoácidos, ou seja, com estruturas quaternárias mais complexas. Um exemplo de proteína com este tipo de estrutura é a Hemoglobina (código PDB:1O1K), que possui quatro cadeias polipeptídicas independentes, como ilustrado na figura 6.2, onde cada uma está destacada com uma cor diferente.
Figura 6.2 - Estrutura molecular da Hemoglobina.
Nesta direção, o componente GridMOL seria modificado para processar os arquivos PDB contendo várias seqüências ou cadeias de aminoácidos, como é o caso da Hemoglobina, e desta forma, realizaria o procedimento de fragmentação para cada uma das cadeias existentes, da maneira como é realizada atualmente para apenas uma cadeia de aminoácidos. Após a fragmentação de cada uma das cadeias, o GridMOL realizaria o cálculo do potencial eletrostático dos fragmentos e associaria os resultados individuais obtidos compondo o potencial eletrostático final para a proteína constituída por múltiplas cadeias de aminoácidos. Como uma parte significativa do banco de dados PDB é referente à proteínas com estruturas quaternárias, ou seja, com múltiplas cadeias individuais de aminoácidos, a aplicabilidade da metodologia GridMEP seria mais abrangente para um maior número de estruturas disponíveis.
Outra possibilidade futura de utilização da metodologia GridMEP, seria a sua aplicação para o cálculo do potencial eletrostático de outros tipos de bio- macromoléculas, como por exemplo, os ácidos nucléicos, que incluem o RNA (ácido ribonucléico) e o DNA (ácido desoxirribonucléico). Os ácidos nucléicos, constituintes do código genético, possuem grande importância nos sistemas biológicos, uma vez que participam diretamente do processo de formação das proteínas (transcrição e tradução), por exemplo. Para obter o potencial eletrostático destas bio-macromoléculas, a metodologia deveria prover um mecanismo de fragmentação, onde as cadeias de nucleotídeos que formam o RNA e o DNA (figura 6.3) pudessem ser fragmentadas, permitindo o cálculo individual do potencial eletrostático das bases nitrogenadas (Adenina, Timina, Guanina, Citosina e Uracila), e posteriormente ocorreria a associação destes resultados de forma a compor o potencial eletrostático final da molécula de DNA ou RNA.
Figura 6.3 - Estrutura dos ácidos nucléicos (DNA/RNA).
Durante a implementação da ferramenta GridMEP, observou-se que na definição de uma aplicação paralela (job) no ambiente OurGrid, existe uma limitação para a cláusula init de uma tarefa (task), onde faz-se necessário
repetir, para todas as tarefas que compõem a aplicação, os comandos usados na transferência de arquivos que são comuns a todas elas, tornando a declaração da aplicação bastante extensa, como por exemplo, a aplicação apresentada no capítulo 4 (figura 4.8).
Uma sugestão de melhoria para esta definição, que dependeria da modificação do ambiente OurGrid e não dos módulos do GridMEP, consiste na criação de uma nova cláusula no nível da aplicação, onde fosse possível declarar os comandos correspondentes a transferência destes arquivos, e em seguida, simplesmente incluir esta nova cláusula no init de cada tarefa da aplicação.
O exemplo da figura 6.4 demonstra como a definição de uma aplicação OurGrid, poderia ser modificada para implementar esta melhoria, baseando-se originalmente na definição da aplicação encontrada na figura 4.8 do capítulo 4. A declaração agora incluiria, como sugestão, uma nova cláusula chamada
common, onde os comandos usados na transferência dos arquivos poderiam ser
descritos isoladamente (linhas 4-16). Em seguida, cada task necessitaria apenas incluir esta nova cláusula, através de um comando denominado include, como mostra as linhas 19 e 25 das duas primeiras tasks do exemplo.
1 2 3 4 5 6 7 8 9 0 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 job : label : gridmol_job common :
if (os == windows) then
store /home/gridmol/mepmol/Mepmol.exe Mepmol.exe store /home/gridmol/remote.bat remote.bat
store /home/gridmol/mepmol/MOPAC2007.exe MOPAC2007.exe store /home/gridmol/mepmol/MOPETE.exe MOPETE.exe else
store /home/gridmol/mepmol/Mepmol.x Mepmol.x store /home/gridmol/remote.sh remote.sh
store /home/gridmol/mepmol/MOPAC2007.x MOPAC2007.x store /home/gridmol/mepmol/MOPETE.x MOPETE.x endif
store /home/gridmol/mol.dad mol.dad task :
init : include common
put /home/gridmol/outgoing-data/ILE1.pdb ILE1.pdb remote : $STORAGE/remote $STORAGE $PLAYPEN/ILE1.pdb 1 final : get mol.pot /home/gridmol/incoming-data/ILE1.pot task :
init : include common
put /home/gridmol/outgoing-data/PRO2.pdb PRO2.pdb remote : $STORAGE/remote $STORAGE $PLAYPEN/PRO2.pdb 0 final : get mol.pot /home/gridmol/incoming-data/PRO2.pot ...
... ...
Figura 6.4 - Exemplo de aplicação OurGrid contendo uma nova cláusula "common".
Em relação aos componentes desenvolvidos na implementação da metodologia GridMEP, é desejada a inclusão de novas funcionalidades, como, por exemplo, o uso de uma interface de visualização molecular no componente GridMOL, permitindo a visualização da estrutura molecular da proteína estudada, assim como a dos fragmentos de aminoácidos gerados a partir de sua fragmentação. Através desta interface de visualização, o usuário poderia definir, de forma mais interativa, as dimensões e resolução da caixa tridimensional usada, verificando visualmente o resultado obtido da escolha destes parâmetros no momento da definição das características da caixa.
O componente GridMOL atualmente apenas utiliza o módulo MyGrid, da plataforma OurGrid, para submeter a aplicação paralela contendo o cálculo dos fragmentos da proteína estudada. Este módulo precisa ter sido configurado e inicializado corretamente antes da submissão da aplicação pelo GridMOL, ou seja, é necessário que neste momento, o usuário tenha certeza que o MyGrid esteja executando normalmente. Neste sentido, o GridMOL poderia incluir um controle mais detalhado e interativo sobre o MyGrid, fornecendo ao usuário, a possibilidade de inicializar este módulo, configurá-lo, verificar o estado das aplicações em andamento, entre outras opções, por meio da adição destas alternativas em sua interface gráfica.
Uma perspectiva imediata para este trabalho é a preparação de um manuscrito para a publicação dos resultados obtidos neste projeto, para ser submetido em revista especializada.
Referências
[Abramson et al., 1995] Abramson, D., Sosic, R., Giddy, J. & Hall, B. (1995). Nimrod: A Tool for Performing Parametised Simulations using Distributed Workstations. In
Proceedings of the 4th IEEE Symposium on High Performance Distributed Computing (HPDC’95),
Virginia, USA.
[Abramson et al., 1997] Abramson, D., Foster, I., Giddy, J., Lewis, A., Sosic, R., Sutherst, R. & White, N. (1997). The nimrod computational workbench: A case study in desktop metacomputing. In Proceedings of the 20th Australasian Computer Science Conference (ACSC’97), Sydney, Australia.
[Altschul et al., 1990] Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W. & Lipman, D. J. (1990). Basic local alignment search tool. Journal of Molecular Biology, 215, 3, 403-410, http://dx.doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2. [Allen & Tildesley, 1987] Allen, M. P., Tildesley, D. J. (1987). Computer
Simulation of Liquids. Clarendon Press, Oxford, UK.
[Andrade et al., 2005] Andrade, N., Costa, L., Germoglio, G. & Cirne, W. (2005). Peer-to-peer Grid Computing with the OurGrid Community. In Proceedings of the 23rd
Brazilian Symposium on Computer Networks (SBRC’2005), Fortaleza, Brazil.
[Basney & Livny, 1999] Basney, J. & Livny, M. (1999). Deploying a High
Throughput Computing Cluster, High Performance Cluster Computing, vol. 1, chap. 5, Prentice Hall.
[Bendtsen et al., 2004] Bendtsen, J.D., Nielsen, H., von Heijne, G. & Brunak, S. (2004). Improved prediction of signal peptides: SignalP 3.0. Journal of Molecular Biology, 340, 4, 783-795, http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2004.05.028.
[Berendsen et al., 1981] Berendsen, H. J. C., Postma, J. P. M., van Gunsteren, W. F. & Hermans, J. (1981). B. Pullman (ed.).
Intermolecular Forces (Reidel, Dordrecht, 1981).
[Bonaccorsi et al., 1976] Bonaccorsi, R., Scroco, E. & Tomasi, J. (1976). Group contributions to the electrostatic molecular potential.
Journal of the American Chemical Society, 98, 14,
4049-4054, http://dx.doi.org/10.1021/ja00430a005. [Bourke, 2007] Bourke, P. (2007). Gaussian Cube Files. Disponível:
<http://local.wasp.uwa.edu.au/~pbourke/dataformats/c ube/>. Acessado em Julho de 2007.
[Buyya et al., 2002] Buyya, R., Branson, K., Giddy, J. & Abramson, D. (2002). The Virtual Laboratory: A Toolset for Utilising the World-Wide Grid to Design Drugs, In
Proceedings of the 2nd IEEE International Symposium on Cluster Computing and the Grid (CCGRID’2002), Berlin, Germany.
[Buyya & Venugopal, 2005] Buyya, R. & Venugopal, S. (2005). A Gentle
Introduction to Grid Computing and Technologies.
CSI Communications, 29, 1, 9-19.
[Cappelli et al., 2000] Cappelli, C., Mennucci, B., da Silva, C. O., & Tomasi, J. (2000). Refinements on solvation continuum models: Hydrogen-bond effects on the OH stretch in liquid water and methanol. Journal of Chemical
Physics, 112, 5382-5392.
[Carvalho et al., 2004] Carvalho, M. A., Silva, J. B. P & Hernandes, M. Z. (2004). Principal component analysis of the effects of wavefunction modification on the electrostatic potential of indole. International Journal of Quantum
Chemistry, 102, 4, 379-386, http://dx.doi.org/10.1002/qua.20380.
[Cavalcante, 2005] Cavalcante, K. R. (2005). Desenvolvimento do
Programa AGOA, para a Inclusão dos Efeitos do Solvente em Procedimentos de Modelagem Molecular através da Geração de Aglomerados ou Clusters de Hidratação. Trabalho de Graduação, Centro de
Informática, UFPE, Recife, Brasil.
[CERN, 2007] European Organization for Nuclear Research (CERN) Web Site (2007). Disponível em <http://www.cern.ch/>. Acessado em Maio de 2007. [Chapin et al., 1999] Chapin, S., Karpovich, J. & Grimshaw, A. (1999) The
Legion resource management system. In Proceedings
of the 5th Workshop on Job Scheduling Strategies for Parallel Processing (IPPS'99), San Juan, Puerto Rico.
[Chaplin, 2007] Chaplin, M. (2007). Water Structure and Science.
<http://www.lsbu.ac.uk/water/models.html>. Acessado em Junho de 2007.
[Chetty & Buyya, 2002] Chetty, M. & Buyya, R. (2002). Weaving Computational Grids: How Analogous Are They with Electrical Grids?. Computing in Science and
Engineering (CiSE), 4, 4, 61-71, http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/MCISE.20 02.1014981.
[Cirne, 2002] Cirne, W. (2002). Grids Computacionais: Arquiteturas, Tecnologias e Aplicações. In
Proceedings of the 3rd Workshop on High Perfomance Computing Systems (WSCAD’2002),
Vitória, Brazil.
[Cirne et al., 2003] Cirne, W., Paranhos, D., Costa, L., Santos-Neto, E., Brasileiro, F., Sauvé, J., Silva, F., Barros, C. O. & Silveira, C. (2003). Running Bag-of-Tasks Applications on Computational Grids: The MyGrid Approach. In Proceedings of the 32nd International
Conference on Parallel Processing (ICCP’2003),
Kaohsiung, Taiwan, ROC.
[Cirne et al., 2006] Cirne, W., Brasileiro, F., Andrade, N., Costa, L., Andrade, A., Novaes, R. & Mowbray, M. (2006). Labs of the World, Unite!!!. Journal of Grid
Computing, 4, 3, 225-246, http://dx.doi.org/10.1007/s10723-006-9040-x.
[Cirne & Santos-Neto, 2005] Cirne, W. & Santos-Neto, E. (2005). Grids Computacionais: da Computação de Alto Desempenho a Serviços sob Demanda. In Mini-class
on the 23rd Brazilian Symposium on Computer Networks (SBRC’2005), Fortaleza, Brazil.
[Condor, 2007] An Overview of the Condor System (2007). Disponível <http://www.cs.wisc.edu/condor>. Acessado em Junho de 2007.
[Cramer & Thrular, 1995] Cramer, C. J., & Truhlar, D. G. (1995). Continuum Solvation Models: Classical and Quantum Mechanical Implementations. Reviews in Computational Chemistry, 6, 1-72.
[Dardenne et al., 2001] Dardenne, L. E., Werneck, A. S., Neto, M. O. & Bisch, P. M. (2001). Reassociation of fragments using multicentered multipolar expansions: peptide junction treatments to investigate electrostatic properties of proteins. Journal of Computational Chemistry, 22, 7, 689-701, http://dx.doi.org/10.1002/jcc.1037.
[Dardenne et al., 2003] Dardenne, L. E., Werneck, A. S., Neto, M. O., Bisch, P. M. (2003). Journal of Computational Chemistry, 22, 689.
[Dewar et al., 1985] M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, E. F. Healy, J. J. P. Stewart (1985). Journal of American Chemical
Society, 107, 3902-3909.
[Dillet et al., 1994] Dillet, V., Rinaldi, D., & Rivail, J.-L. (1994). Liquid- State Quantum Chemistry: An Improved Cavity Model. Journal of Physical Chemistry, 98, 19, 5034- 5039.
[DiMasi, 2003] DiMasi, J. A., Hansenb, R. W. & Grabowski, H. G. (2003). The price of innovation: next term new estimates of drug development costs. Journal of
Health Economics, 22, 2, 151-185 http://dx.doi.org/10.1016/S0167-6296(02)00126-1. [Donachy et al., 2003] Donachy, P., Harmer, T. J., Perrott, R.H., Johnston, J.,
McBride, A., Townsley, M. & McKee, S. (2003). GeneGrid: Grid Based Virtual Bioinformatics Laboratory. In Proceedings of 2nd UK e-Science All Hands Meeting 2003 (AHM’03), Nottingham, UK. [EGEE, 2006] Enabling Grids for E-sciencE (EGEE) Project Web
Site (2006). Disponível em: <http://www.eu- egee.org/>, Acessado em Maio de 2006.
[Epema et al., 1996] Epema, D., Livny, M., van Dantzig, R., Evers, X. & Pruyne, J. (1996). A worldwide flock of Condors: Load sharing among workstation clusters. Future
Generation Computer Systems, 12, 1, 53-65,
http://dx.doi.org/10.1016/0167-739X(95)00035-Q. [ESG, 2007a] Earth System Grid Project (ESG) Web Site (2007).
Disponível em: <http://www.earthsystemgrid.org/>. Acessado em Maio de 2007.
[ESG, 2007b] Monitoring System for ESG Project (2007).
Disponível em:
<http://www.globus.org/solutions/system_monitoring/ >. Acessado em Maio de 2007.
[Evolution, 2006] Evolution@home Project Web Site (2006). Disponível em: <http://evolutionary-research.net/>. Acessado em Junho de 2006.
[FDA, 2004] U.S. Food and Drug Administration – FDA (2004). Challenge and opportunities on the critical path to new medical products. Disponível em: <http://www.fda.gov/oc/initiatives/criticalpath/whitep aper.html>. Acessado em Junho de 2007.
[Ferreira et al., 2005] Ferreira, L., Batista, M., Fibra, S., Lee, C. Y., Silva, C. A., Almeida, J., Lucchese, F. & Keung (2005). Grid Computing Products and Services SG24-6650. IBM Red Books. Disponível em: <http://ibm.com/redbooks>.
[FightAIDS, 2006] FightAIDS@home Project Web Site (2006). Disponível em: <http://fightaidsathome.scripps.edu/>. Acessado em Junho de 2006.
[Folding, 2006] Folding@home Project Web Site (2006). Disponível em: <http://folding.stanford.edu/>. Acessado em Junho de 2006.
[Foster, 2002] Foster, I. (2002). What is the grid? A three point checklist. GRIDtoday Magazine, 1, 6.
[Foster, 2006] Foster, I. (2006). Globus Toolkit Version 4: Software for Service-Oriented Systems. In Proceedings of the
International Conference on Network and Parallel Computing, Springer-Verlag LNCS 3779, 2-13, 2006.
[Foster et al., 2001] Foster, I., Kesselman, C. & Tuecke, S. (2001). The Anatomy of the Grid: Enabling Scalable Virtual Organizations. International Journal of High Performance Computing Applications, 15, 3, 200-222,
http://dx.doi.org/10.1177/109434200101500302. [Foster et al., 2002] Foster, I., Kesselman, C., Nick, J. & Tuecke, S.
(2002). The Physiology of the Grid: An Open Grid Services Architecture for Distributed Systems Integration. Open Grid Service Infrastructure WG,
Global Grid Forum, Edinburgh, Scotland.
[Foster & Kesselman, 1997] Foster, I. & Kesselman, C. (1997). Globus: A Metacomputing Infrastructure Toolkit. International
Journal of Supercomputer Applications, 11, 2, 115-
128, http://dx.doi.org/10.1177/109434209701100205. [Fox, 2007] Fox, J. (2007). The Human Genome Project: The
Impact of Genome Sequencing Technology on Human Health. The Science Creative Quaterly. Disponível em: <http://www.scq.ubc.ca/the-human-genome- project-the-impact-of-genome-sequencing-
technology-on-human-health/>, Acessado em Fevereiro de 2007.
[Freitas et al., 1992] Freitas, L. C. G., Longo, R. L., & Simas, A. M. (1992). Reaction-field–supermolecule approach to calculation of solvent effects. Journal of the Chemical
Society, Faraday Transactions, 88, 189-194.
[Frey et al., 2001] Frey, J., Tannenbaum, T., Livny, M., Foster, I. & Tuecke (2001). Condor-G: A Computation Management Agent for Multi-Institutional Grids. In
Proceedings of the 10th IEEE International Symposium on High Performance Distributed Computing (HPDC’2001), 55-63, San Francisco,
[Gaussian, 2007] The Gaussian System, Copyright Gaussian, Inc. (2007). Disponível em: <http://www.gaussian.com>. Acessado em Junho de 2007.
[Geldenhuys et al., 2006] Geldenhuys, W. J., Gaasch, K. E., Watson, M., Allen, D. D., Van der Schyf, C. J. (2006). Drug Discovery
Today, 11, 3-4, 127-132, http://dx.doi.org/10.1016/S1359-6446(05)03692-5. [Globus, 2006] Globus Project Web Site (2006). Disponível em:
<http://www.globus.org/>. Acessado em Maio de 2006.
[GridCafe, 2006] Grid Café Web Site (2006). Disponível em: <http://gridcafe.web.cern.ch/gridcafe/>, Acessado em Junho de 2006.
[Grimshaw & Wulf, 1997] Grimshaw, A. & Wulf., W. (1997). Legion: The next logical step toward the world wide virtual computer.
Communications of the ACM, 40, 1, 39-45.
[Guillot, 2002] Guillot, B. (2002). A reappraisal of what we have learnt during three decades of computer simulations on water. Journal of Molecular Liquids, 101, 219-260. [Hernandes, 2001] Hernandes, M. Z. (2001). Os Efeitos do Solvente em
Processos Químicos: Novos Modelos, Metodologias e Aplicações. Tese de Doutorado, Departamento de
Química Fundamental, UFPE, Recife, Brasil.
[Hernandes et al., 2002] Hernandes, M. Z., Longo, R. L. & Silva, J. B. P. da (2002). AGOA: A Hydratation Procedure and Its Application to the 1-Phenyl-β-Carboline Molecule.
Journal of the Brazilian Chemical Society, 13, 1, 36-
42.
[HGP, 2006] The Human Genome Project Web Site (2006). Disponível em: <http://www.genome.gov/>, Acessado em Agosto de 2006.
[HPF, 2006] The Human Proteome Folding Project Web Site
(2006). Disponível em:
<http://www.grid.org/projects/hpf/>, Acessado em Maio de 2006.
[ISGTW, 2007] International Science Grid This Week (ISGTW) Web
Site (2007). Disponível em:
<http://www.isgtw.org/?pid=1000184>. Acessado em Maio de 2007.
[Jithesh et al., 2005] Jithesh, P.V., Kelly, N., Wasnik, S., Donachy, P., Harmer, T., Perrott, R., McCurley, M., Townsley, M., Johnston, J. & McKee, S. (2005). Bioinformatics Application Integration in GeneGrid. In Proceedings
of 4th UK e-Science All Hands Meeting (AHM 2005),
[Jorgensen & Madura, 1985] Jorgensen, W. L., & Madura, J. D. (1985). Temperature and size dependence for monte carlo simulations of TIP4P water. Molecular Physics, 56, 1381-1392.
[Kabsch & Sander, 1983] Kabsch, W. & Sander, C. (1983). Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features.
Biopolymers. 22, 12, 2577-2637. http://dx.doi.org/10.1002/bip.360221211.
[Krogh et al., 2001] Krogh, A., Larsson, B., von Heijne, G. & Sonnhammer, E. L. L. (2001). Predicting transmembrane protein topology with a hidden markov model: Application to complete genomes.
Journal of Molecular Biology, 305, 3, 567-580,
http://dx.doi.org/10.1006/jmbi.2000.4315.
[LCG, 2007] LHC Computing Grid Project (LCG) Web Site (2007). Disponível em <http://lcg.web.cern.ch/LCG/>. Acessado em Maio de 2007.
[Leach, 2001] Leach, A. R. (2001). Molecular Modelling: Principles
and Applications, 2nd edition. Prentice Hall, UK.
[Litzkow et al., 1988] Litzkow, M., Livny, M., & Mutka, M. (1988). Condor: A Hunter of Idle Workstations. In
Proceedings of 8th International Conference of Distributed Computing Systems (ICDCS’1988), 104-
111, San Jose, California, USA.
[Longo et al., 2001] Longo, L. L., Nunes, R. L., & Bieber, L. W. (2001). On the Origin of the Regioselective Hydrolysis of a Naphtthoquinone Diacetate: A Molecular Orbital Study. Journal of the Brazilian Chemical Society, 12, 1, 52-56.
[Luque & Orozco, 2007] Luque, F. J. & Orozco, M. (2007). MOPETE
Program. Disponível em:
<http://mmb.pcb.ub.es/mopete.htm>. Acessado em Julho de 2007.
[Luque et al., 1990] Luque, F. J.; Illas, F. & Orozco, M. (1990) Comparative study of the molecular electrostatic potential obtained from different wave functions. Reliability of the semiempirical MNDO wave function. Journal of Computational Chemistry, 11, 416-430. http://dx.doi.org/10.1002/jcc.540110403. [Luque et al., 1991] Luque, F. J.; Orozco, M.; Illas, F. & Rubio, J. (1991)
Effect of electron correlation on the electrostatic potential distribution of molecules. Journal of the
American Chemical Society, 113, 5203-5211, http://dx.doi.org/10.1021/ja00014a010.
[McGee, 2005] McGee, P. (2005). Modeling success with in silico tools. Drug Discovery & Development. 8, 24–28. [Mowbray, 2006] Mowbray, M. (2006). OurGrid: a Web-based
Community Grid. In Proceedings of the IADIS
International Conference on Web Based Communities (WBC’2006), San Sebastian, Spain.
[NESC, 2006] UK National e-Science Centre Web Site (2006). Disponível em: <http://www.nesc.ac.uk/>, Acessado em Maio de 2006.
[NSF, 2006] National Science Foundation (NSF) Web Site (2006). Disponível em: <http://www.nsf.gov/>. Acessado em Janeiro de 2006.
[Oliveira et al., 2007] Oliveira, B. G., Araújo, R. C. M. U., Carvalho, A. B., Ramos, M. N., Hernandes, M. Z. & Cavalcante, K. R. (2007). Journal of Molecular Structure: THEOCHEM, 802, 1-3, 91-97, http://dx.doi.org/10.1016/j.theochem.2006.09.002. [OSG, 2007] Open Science Grid Project (OSG) Web Site (2007).
Disponível em: <http://www.opensciencegrid.org/>. Acessado em Maio de 2007.
[OurGrid, 2006] OurGrid Project Web Site (2006). Disponível em: <http://www.ourgrid.org/>, Acessado em Fevereiro de 2006.
[Paranhos et al., 2003] Paranhos, D., Cirne, W. & Brasileiro, F. (2003). Trading Cycles for Information: Using Replication to Schedule Bag-of-Tasks Applications on Computational Grids. In Proceedings of the
International Conference on Parallel and Distributed Computing (Euro-Par’2003), Klagenfurt, Austria.
[Pauling, 1960] Pauling, L. (1960). The Nature of Chemical Bond, Cornell University Press, Ithaca, N.Y.
[PDB, 2006] RCSB Protein Data Bank (2006). Disponível em: <http://www.rcsb.org/pdb>. Acessado em Maio de 2006.
[Politzer & Murray, 2001] Politzer, P.; Murray, J. S. (1991). Molecular Electrostatic Potentials and Chemical Reactivity.
Reviews in Computational Chemistry, 2, 273-312,
http://dx.doi.org/10.1002/9780470125793.ch7.
[PyMOL, 2007] DeLano, W.L. The PyMOL Molecular Graphics System (2007) DeLano Scientific, Palo Alto, CA, USA - http://pymol.sourceforge.net.
[Reichardt, 1990] Reichardt, C. (1990). Solvent and Solvent Effects in
Organic Chemistry, VCH, 2nd ed., New York, NY.
[Richon, 1994] Richon, A. B. (1994). An Introduction to Molecular Modeling. Mathematech, 1, 83. Disponível em:
<http://www.netsci.org/Science/Compchem/feature01. html>.
[Sadagopan, 2006] Sadagopan, S. (2006). Computer science growing into a basic science. The Financial Express Web Site,
Disponível em:
<http://fecolumnists.expressindia.com/full_column.ph p?content_id=115045>, Acessado em Agosto de 2006. [Saouiu et al., 2002] Saroiu, S., Gummadi, P. K., & Gribble, S. D. (2002). A Measurement Study of Peer-to-Peer File Sharing Systems. In Proceedings of the 14th Multimedia
Computing and Networking (MMCN’2002), San Jose,
USA.
[SBC, 2007] Sociedade Brasileira de Computação (2007). Revista Computação Brasil, 24.
[Schroder et al., 1993] Schroder, E., Phillips, C., Garman, E., Harlos, K., Crawford, C. (1993). X-ray crystallographic structure of a papain-leupeptin complex. FEBS Letters, 315, 38- 42, http://dx.doi.org/10.2210/pdb1pop/pdb.
[SETI, 2006] SETI@home Project Web Site (2006). Disponível em: <http://setiathome.berkeley.edu/>. Acessado em Junho de 2006.
[Stewart, 2007] Stewart, J. (2007). MOPAC2007 Program. Disponível em: <http://openmopac.net/>. Acessado em Julho de 2007.
[Stryer, 1975] Stryer, L. (1975). Bioquímica, Editora Reverte, W. H. Freeman and Company, San Francisco.
[Tapia & Goscinski, 1975] Tapia, O., Goscinski, O. (1975). Self-consistent reaction field theory of solvent effects. Molecular
Physics, 29, 6, 1653-1661.
[TeraGrid, 2006] TeraGrid Project Web Site (2006). Disponível em: <http://www.teragrid.org/>, Acessado em Maio de 2006.
[Thompson et al., 1994] Thompson, J.D., Higgins, D.G. & Gibson, T.J. (1994). CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Research, 22,
22, 4673-4680,
http://dx.doi.org/10.1093/nar/22.22.4673.
[Tomasi et al., 1999] Tomasi, J., Cammi, R., Mennucci, B. (1999). Medium effects on the properties of chemical systems: An overview of recent formulations in the polarizable continuum model (PCM). International Journal of
[Trolltech, 2007] Trolltech Web Site. (2007). Toolkit Qt. Disponível em <http://trolltech.com/>. Acessado em Julho de 2007. [VBI, 2007] Virginia Bioinformatics Institute Web Site (2007).
Disponível em: <https://www.vbi.vt.edu/>, Acessado em Maio de 2007.
[VDT, 2007] Virtual Data Toolkit (VDT) Web Site (2007). Disponível em: <http://vdt.cs.wisc.edu/>. Acessado em Maio de 2007.
[VLAB, 2006] The Virtual Laboratory Project Web Site (2006). Disponível em: <http://www.gridbus.org/vlab/>, Acessado em Maio de 2006.
[WSCA, 2003] Web Services Architecture, W3C Working Group (2003). Disponível em: <http://www.w3.org/TR/ws- arch/wsa.pdf>. Acessado em Maio de 2006.