Manual do Gene Projects
E- value – Valor de expectativa Equivalente a probabilidade de o alinhamento
ocorrer por acaso. Quanto mais próximo de zero, maior a chance de o alinhamento ter significado biológico.
Função Molecular – Descrição dos termos GO da genealogia de função
molecular. O link deste campo abre a página do referido termo GO na ferramenta computacional AMIGO.
Componente Celular – Descrição dos termos GO da genealogia de
componente celular. O link deste campo abre a página do referido termo GO na ferramenta computacional AMIGO.
Processo Biológico – descrição dos termos GO da genealogia de processo
biológico. O link deste campo abre a página do referido termo GO na ferramenta computacional AMIGO.
Selecionador – Login do selecionador responsável pela anotação da
seqüência.
Anotador – Login do último anotador que salvou alguma modificação na
seqüência. Todas as modificações feitas por qualquer anotador são registradas no histórico de anotação. Este controle existe para facilitar a determinação de quais
Última atualização – Data da ultima modificação salva na página de
anotação.
Depois de escolhidas as seqüências, basta clicar no botão ‘ENVIAR SEQÜÊNCIAS’ para que as mesmas sejam cadastradas na página de anotação do selecionador, até o limite de 300 seqüências. Após o período definido para esta seleção, todos os slecionadores receberão clusters aleatórios para completar 300 seqüências.
início
14. Interface de anotação
( Cabeçalho | Navegação | GO | Categoria | Identificação | Visualização | Sinalização | BLAST | Buscas facilitadas | Anotações )
início
As informações sobre a anotação são detalhadas no roteiro de anotação. O objetivo deste manual é mais ensinar a utilizar a interface de anotação, e dar alguma base em assuntos essenciais.
14.1. Cabeçalho
O cabeçalho está em um frame separado, e estará sempre disponível para acesso. Nele se encontram links para outras páginas do projeto, dos quais destacamos:
Gene Projects – Acesso ao programa desenvolvido no LGE para análise
aprofundada de clusters ou assunto de interesse. Ligado diretamente aos dados do projeto.
Serviços – Abre a página de serviços do Projeto camarão no LGE. Suporte – Envio de e-mail para grupo de suporte do LGE.
Busca avançada – Busca nos bancos de dados de ESTs do camarão no LGE.
Possui opções de seleção dos diferentes campos para delimitar e especificar a busca. 14.2. Navegação
( Interface de anotação| início ) A barra de navegação possui no centro o nome da seqüência, e nas extremidades dois links de cada lado.
O “>>” abre a página de anotação da próxima seqüência do selecionador que ainda não foi anotada. O “>>>” abre a próxima seqüência, independentemente de esta ter sido anotada ou não. “<<” e “<<<” funcionam com a mesma lógica para as seqüências anteriores, considerando ordenação alfabética.
14.3. Classificação - Gene ontology
( Interface de anotação| início ) No campo ‘CLASSIFICAÇÃO’ voc pode classificar cada cluster segundo sistema do Gene Ontology (GO).
Mais baixo na interface de anotação existe um resultado automático de blast contra BD de seqüências associadas ao GO, que será discutido posteriormente. Este resultado pode ajudar na classificação quanto ao GO. Para uma análise atualizada existe mais abaixo, em ‘BUSCAS FACILITADAS’, a opção de busca por palavra chave ou por blast (GO) no GO.
Depois de determinados os termos GO relacionados à seqüência, preenche-se os dados do GO ID e do
nome do termo nos campos apropriados. Utilize preferencialmente copiar/colar para evitar
erros de digitação. Em caso de dúvida em relação aos termos mais específicos, seleciona-se
um termo mais geral, ou seja, mais próximo à raiz da árvore. Exemplo:
Neste caso, a ontologia de função molecular está aberta até o último nível. Se não se tem certeza sobre o íon transportado, pode-se anotar uma das categorias acima, como 5381, 15082 ou 8324. Quanto mais próximo da raiz da árvore, menos específica a classificação, mas em casos de dúvida o melhor é classificar no nível em que se pode ter maior grau de certeza.
14.4. Identificação
( Interface de anotação| início )
Nome do gene – Descrição por extenso do produto do gene, incluindo
informação sobre ser subunidade e qual. Ex.: cytochrome c oxidase, subunit 3.
Função – Inserir informações sobre a função do produto do gene. Pode-se
caso de similaridade parcial, indicar no final da descrição do domínio. Ex.: “COG0071, IbpA, Molecular chaperone (small heat shock protein), incomplete.”
Organismo homólogo – Nome científico completo do organismo referente ao
melhor resultado do blastx vs. nr.
Símbolo do gene – Nome curto do gene, o equivalente ao termo “gene name”
das entradas do genbank. Ex.: cox3.
Número EC – Número de classificação enzimática.
Número TC – Número de classificação de proteínas de transporte.
14.5. Visualização
( Interface de anotação| início )
iContig – Complemento reverso da seqüência em formato fasta. Contig – Seqüência em formato fasta.
Reads – Lista de reads que compõem a seqüência. View – Visualização da montagem.
14.6. Sinalização
( Interface de anotação| início )
Seq. Cod. Parc. – Deve ser marcado quando a região do alinhamento não
inclui todo o gene similar, potencialmente homólogo. Diz respeito à região seqüenciada
Intron – indicador da presença de intron.
Full Length – indicador da presença de toda região codante no clone. Deve ser
marcado quando a região do alinhamento possui a região codante do início do gene similar.
CP genômico – Indicador da existência de seqüência similar no conjunto de
DNA genômico seqüenciado.
Top gene – Indicador de que o gene é importante de acordo com os objetivos
do projeto e deve ser estudado com cuidado, e/ou reservado para futuras patentes.
Cluster problem – Indicador de problemas na seqüência, como frameshift ou
consenso com regiões de qualidade muito baixa.
Contaminação – Indicador de contaminante, a ser eliminado do conjunto de
dados a serem anotados no projeto. 14.7. BLAST automático
( Interface de anotação| início ) 14.7.1. BLAST vs. nr
Informações retiradas automaticamente do resultado de blastx contra nr.
Score – Pontuação do primeiro alinhamento do blastx.