Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đã trao Dự thảo tu chỉnh cho Petronas, sau đó Bộ Ngoại giao đã trình Thủ tướng Chính phủ về phương án giải quyết tiếp vấn đề vùng chồng lấn1.
Ngày 5-1-1993 Bộ Ngoại giao có Công văn 02/VP đề nghị Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đàm phán ngay với Petronas để ký thỏa thuận thương mại về vùng chồng lấn PM3-CAA. Ngày 11-1-1993, tại trụ sở Tổng công ty, 69 Nguyễn Du, dưới sự chủ trì của ông Nguyễn Hiệp, đã diễn ra cuộc họp trao đổi xin ý kiến về phương án triển khai đàm phán với sự tham dự của đại diện của các bộ, cơ quan, như: Ban Kinh tế Trung ương, Ủy ban Kế hoạch Nhà nước, Ban Biên giới, Bộ Ngoại giao, Uỷ ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư, Bộ Tài Chính, Tổng cục Thuế, Văn phòng Chính phủ, cùng một số chuyên viên của Petrovietnam (ông Nguyễn Ngọc Sự làm thư ký). Nội dung chủ yếu gồm hai vấn đề là tỷ lệ tham gia của Petrovietnam trong hợp đồng PSC mà đối tác đã ký và luật áp dụng đối với thỏa thuận thương mại sẽ được ký kết giữa Petrovietnam và Petronas. Căn cứ ý kiến của cuộc họp, ngày 16-1-1993, tại Công văn số 114/KTĐN-KHKT (kèm theo Biên bản cuộc họp với các bộ, ban, ngành ngày 11-1-1993), Tổng Giám đốc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam Hồ Sĩ Thoảng đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ về vùng chồng lấn với Malaixia PM3-CAA như sau: những ý kiến phát biểu đều thống nhất cho rằng, vấn đề luật áp dụng cho PSC phải được giải quyết bằng văn bản giữa hai chính phủ, vì việc này vượt quá thẩm quyền của Petrovietnam và Petronas. Ý kiến này cũng đã được Petronas đưa ra trong lần làm việc đầu tháng 12-1992 tại Kualar Lumpur. Vì vậy, để giải quyết vấn đề này có thể có hai cách làm, hoặc có một hiệp định chung giữa hai chính phủ bao trùm lên cả nội dung MOU ký tháng 5-1992, cả những nguyên tắc chung của thỏa thuận cùng khai thác dầu khí, hoặc Bộ Ngoại giao hai nước phải ký một văn bản bổ sung cho MOU trong đó có thỏa thuận về luật áp dụng. Vấn đề Petrovietnam được tham gia đến 50% cổ phần mà Petronas đã có được như là quyền của nước chủ nhà, hai bên sẽ thỏa thuận chi tiết trên tinh thần bình đẳng đồng chủ nhà sau khi ký “Thỏa thuận thương mại” trong đó có ghi nhận điều đó về nguyên tắc.
Tại Công văn số 778/DK ngày 20-4-1993 của Tổng Giám đốc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam gửi Thủ tướng Chính phủ về việc giải quyết vùng chồng lấn có nội dung: Tổng công ty Dầu mỏ và Khí đốt Việt Nam đã nhận được Văn bản số 699/ NG-LPQT ngày 10-4-1993 của Bộ Ngoại giao trình Thủ tướng Chính phủ về việc giải quyết vùng chồng lấn với Malaixia. Tổng công ty Dầu mỏ và Khí đốt Việt Nam xin có một số ý kiến như sau: 1- Trong việc xem xét lại MOU vấn đề gay cấn nhất là luật áp dụng. 2- Trong tình hình hiện nay Phía Việt Nam không nên treo lại việc hợp tác dầu khí trong khu vực tranh chấp giữa Malaixia và Việt Nam. 3- Sau khi được phép của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Ngoại giao Việt Nam thỏa thuận với Bộ Ngoại giao Malaixia về các vấn đề dành cho Petrovietnam 50% cổ phần của Petronas Carigali và luật áp dụng…
Ngày 23-4-1993, Tổng Giám đốc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam có Công văn số 813/DK-HTQT gửi Chủ nhiệm Ủy ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư Đậu Ngọc Xuân trình toàn văn dự thảo Thỏa thuận thương mại với những điều sửa đổi theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ trong cuộc họp Thường trực Chính phủ ngày 20-4-1993 để xin ý kiến của Ủy ban.
Ngày 27-4-1993, Chủ nhiệm Ủy ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư Đậu Ngọc Xuân đã chủ trì cuộc họp các ban, ngành rà soát lại dự thảo “Thỏa thuận thương mại” giữa Petronas và Tổng công ty Dầu mỏ và Khí đốt Việt Nam.
Sau đó, ngày 8-5-1993 Tổng Giám đốc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam gửi Công văn số 938/HTQT lên Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Đức Lương xin ý kiến chỉ đạo về Dự thảo “Thỏa thuận thương mại” với Petronas. Chính phủ đã chỉ đạo đàm phán thêm một số điểm. Ngày 24-6-1993, Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam Nguyễn Hiệp đã ký Công văn số 1397/ DK-HTQT gửi Thủ tướng Chính phủ và Ủy ban Kế hoạch Nhà nước báo cáo kết quả đàm phán với Petronas với nội dung: thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, từ ngày 14 đến hết ngày 16-6-1993 Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đã mời đoàn đại diện của Petronas (Malaixia) vào tiếp tục đàm phán, thảo luận “Thỏa thuận thương mại” cho vùng chồng lấn Việt Nam và Malaixia (PM3). Tham dự đàm phán về phía Việt Nam có đại diện các cơ quan hữu quan sau (có danh sách kèm theo): Bộ Ngoại giao; Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Ban Biên giới; Ban Kinh tế Trung ương; Văn phòng Chính phủ; Bộ Tài chính; Uỷ ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư. Trên cơ sở bản Dự thảo Thỏa thuận thương mại đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ kèm theo Công văn số 938/HTQT ngày 8-5-1993 và trên cơ sở bản trao đổi công hàm ngoại giao (Exchange of Diplomatic Notes) ngày 4-6-1993, hai đoàn đã đàm phán và tạm thời thống nhất được văn bản mới (xin gửi kèm theo). Về cơ bản Thỏa thuận thương mại mới giống như bản Thỏa thuận thương mại mà Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đã trình Thủ tướng Chính phủ ngày 8-5-1993. Một số điểm được hai phía bàn bạc thống nhất hoặc sửa lại cho tốt hơn, bình đẳng và công bằng hơn…
Ngày 23-7-1993 Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Lê Xuân Trinh gửi Công văn số 3669/KTN cho Tổng công ty Dầu khí Việt Nam thông báo là Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý để Tổng công ty Dầu khí Việt Nam ký Thỏa thuận thương mại với Petronas (Malaixia) như kết quả đàm phán với đoàn đại biểu của Petronas (Malaixia).
Ngày 26-7-1993 Tổng công ty Dầu khí Việt Nam cũng nhận được văn bản cuối cùng của phía Malaixia với đề nghị Việt Nam xem xét để ký kết. Ngày 9-8-1993, Tổng công ty Dầu khí Việt Nam đã gửi công văn, kèm theo bản Dự thảo “Thỏa thuận thương mại”, đến Bộ Ngoại giao và Ủy ban Nhà nước về Hợp tác và Đầu tư
để xin ý kiến cuối cùng trước khi ký1. Ngày 12-8-1993, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao
Vũ Khoan2; và ngày 14-8-1993, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Nhà nước về Hợp
tác và Đầu tư Đậu Ngọc Xuân3 đã có công văn trả lời đồng ý để Petrovietnam ký
“Thỏa thuận thương mại” với Petronas.
Ngày 18-8-1993 Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Nguyễn Mạnh Cầm ký giấy ủy quyền: Bộ Ngoại giao nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam chứng nhận Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ủy quyền cho ông Nguyễn Hiệp, Phó Tổng Giám đốc Tổng công ty Dầu khí Việt Nam thay mặt Chính phủ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ký Thỏa thuận thương mại giữa Tổng công ty Dầu mỏ và Khí đốt Việt Nam và Petroliam National Berhad để tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí từ diện tích thỏa thuận giữa Tây - Nam Việt Nam và Đông Malaixia.