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Análise cromossômica por microarray em crianças com deficiências de desenvolvimento e anomalias congênitas.

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Academic year: 2017

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ARTIGO

ORIGINAL

Chromosomal

microarrays

testing

in

children

with

developmental

disabilities

and

congenital

anomalies

Guillermo

Lay-Son

a,b,∗

,

Karena

Espinoza

a

,

Cecilia

Vial

a

,

Juan

C.

Rivera

a

,

María

L.

Guzmán

a,b

e

Gabriela

M.

Repetto

a,b

aCentrodeGenéticaHumana,FaculdadedeMedicina,ClínicaAlemanaUniversidaddelDesarrollo,Santiago,Chile bHospitalPadreHurtado,Santiago,Chile

Recebidoem20demarçode2014;aceitoem9dejulhode2014

KEYWORDS

Microarrays; Congenital anomalies; Developmental disabilities; Copynumber variants; Diagnosis

Abstract

Objectives: Clinicaluseofmicroarray-basedtechniquesfortheanalysisofmany developmen-tal disorders hasemergedduring thelastdecade.Thus, chromosomal microarrayhas been positionedasafirst-tiertest.ThisstudyreportsthefirstexperienceinaChileancohort. Methods: Chileanpatientswithdevelopmentaldisabilitiesandcongenitalanomalieswere stu-diedwithahigh-densitymicroarray(CytoScanTM HDArray,Affymetrix,Inc.,SantaClara,CA, USA).Patientshadpreviouscytogeneticstudieswitheitheranormalresultorapoorly charac-terizedanomaly.

Results: Thisstudytested40patientsselectedbytwoormorecriteria,including:major con-genitalanomalies,facialdysmorphism,developmentaldelay,andintellectualdisability.Copy numbervariants(CNVs)werefoundin72.5%ofpatients,whileapathogenicCNVwasfoundin 25%ofpatientsandaCNVofuncertainclinicalsignificancewasfoundin2.5%ofpatients. Conclusion: Chromosomalmicroarrayanalysis isa useful andpowerfultool for diagnosis of developmental diseases, by allowing accurate diagnosis, improving the diagnosis rate, and discoveringnewetiologies.Thehighercostisalimitationforwidespreaduseinthissetting. ©2014SociedadeBrasileiradePediatria.PublishedbyElsevierEditoraLtda.Allrightsreserved.

DOIserefereaoartigo:http://dx.doi.org/10.1016/j.jped.2014.07.003

Comocitaresteartigo:Lay-SonG,EspinozaK,VialC,RiveraJC,GuzmánML,RepettoGM.Chromosomalmicroarraystestinginchildren

withdevelopmentaldisabilitiesandcongenitalanomalies.JPediatr(RioJ).2015;91:189---95.

Autorparacorrespondência.

E-mail:glayson@udd.cl(G.Lay-Son).

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PALAVRAS-CHAVE

Microarrays; Anomalias congênitas; Atrasode desenvolvimento; Variantedonúmero decópia;

Diagnóstico

Análisecromossômicapormicroarrayemcrianc¸ascomdeficiências dedesenvolvimentoeanomaliascongênitas

Resumo

Objetivo: Ousoclínicodetécnicasbaseadasemmicroarraysparaaanálisedetranstornosde desenvolvimentotemsurgidoduranteaúltimadécada.Assim,omicroarraycromossômicotem sidoposicionadocomoumtestedeprimeironívelclínico.Relatamosaprimeiraexperiênciaem umacoortechilena.

Métodos: Pacientes chilenos com atraso de desenvolvimentoe anomalias congênitasforam estudadoscomummicroarraydealtadensidade(CytoScanTMHDArray,Affymetrix,Inc.,Santa Clara,CA,EUA).Pacientestiveramestudoscitogenéticosanteriores,ouumresultadonormal oudeumaanomalianãobemcaracterizada.

Resultados: Foramanalisados40pacientesselecionadospordoisoumaiscritérios,incluindo: anomalias congênitasmaiores, dismorfismofacial, atraso de desenvolvimentoe deficiência intelectual.Uma variante do número decópia (CNV) foi encontrada em 72,5% dos pacien-tes,enquantoqueumaCNVpatogênicafoiencontradaem25%dospacienteseumaCNVde significadoclínicoincertofoiencontradaem2,5%dospacientes.

Conclusões: Aanálisecromossômicamicroarrayéumaferramentaútilepoderosaem trans-tornosdedesenvolvimento,permiteumdiagnósticopreciso,melhoraataxadediagnósticoe descobrenovasetiologias.Ocustomaiselevadoéumalimitac¸ãoparaum usodifundidoem nossarealidade.

©2014SociedadeBrasileiradePediatria.PublicadoporElsevierEditoraLtda.Todososdireitos reservados.

Introduc

¸ão

Anomaliascongênitasmúltiplasafetamdedoisatrês indiví-duosemcada100nascidosvivosesãoaprincipalcausade mortalidadeedeficiênciainfantil.1,2Apesardesuamaioria serisolada e deorigemmultifatorial, pacientescom ano-maliasmúltiplasprecisamdeumaavaliac¸ãoparaidentificar umacausagenéticasubjacente.

Nosúltimosanos,oestudoetiológicodetranstornosno desenvolvimentotemsidoenriquecidocomousoclínicode técnicasem microarray.Em paísesdesenvolvidos, o carió-tipomolecular,ou aanálise cromossômicapor microarray (CMA),éconsideradoatécnicadeprimeiralinhaparaa aná-lisedepacientescomanomaliascongênitasmúltiplas,atraso dedesenvolvimento/deficiênciaintelectualnãosindrômicos etranstornosdoespectroautista.3-7

Em contrapartida, em países em desenvolvimento, como da América Latina, a detecc¸ão de anomalias cro-mossômicas ainda é feita principalmente por técnicas citogenéticas convencionais. O cariótipo com banda-mento GTG (banda G pela tripsina e corante giemsa) em linfócitos tem sido amplamente usado principal-menteparaidentificaranomalias cromossômicascomuma resoluc¸ão maior ouigual a 5-10 megabases (5-10 Mb).8-11 A hibridizac¸ão in situ por fluorescência (FISH) está dis-ponível para um número limitado de doenc¸as causadas pormicrodelec¸ões/microduplicac¸õescromossômicasetem umaresoluc¸ão de2-5 Mbem núcleos metafásicose entre 50-150 Kb em núcleos interfásicos.8,9,11-13 Outras técnicas moleculares foram desenvolvidas para procurar pequenas microdelec¸ões/microduplicac¸ões, como a Amplificac¸ão de MúltiplasSondasDependentesdeLigac¸ão(MLPA).14Em con-trapartidaaessastécnicasconvencionais,aCMAtemmaior

resoluc¸ão, que atinge 50 Kb, dez vezes maior do que a resoluc¸ãodocariótipoconvencional.13,15Essabusca desequi-líbriosgenéticos(ganhosouperdasdesegmentos cromossô-micos)emtodoogenomaetempermitidoaidentificac¸ãode novassíndromesnãoprontamente detectadaspelos méto-dosdescritos anteriormente.16-18 Adescobertadavariante normalemvariantesdonúmerodecópias(CNVs)representa umdesafioàinterpretac¸ãoclínica.15

Embora osestudos de diagnóstico paraindivíduos com anomalias congênitas oudeficiência intelectual com base nacitogenéticaconvencionalapresentemrendimento diag-nóstico próximo de 3%, a CMA apresenta rendimento de aproximadamente 15-20%, ou seja, mais de cinco vezes acimadocariótipocombandamentoG,6oquejustificaseu usocomotestedediagnósticodeprimeiralinhapara pacien-tescomdiagnósticosclínicosdesconhecidos.Estima-seque a CMAconsiga detectar, individualmente,mais de99% de todasasanomaliasdocariótipo.5

Este relatório apresenta nossa experiência pioneira no usodaCMAemumacoortedepacienteschilenoscom ano-maliascongênitasmúltiplassemdiagnósticoetiológico.

Métodos

Pacientes

Foramselecionados40pacientesdasClínicasGenéticasdo HospitalPadreHurtado(Santiago,Chile)entremaiode2012 enovembrode2012.

(3)

desenvolvimento (AD) ou deficiência intelectual (DI). Nenhum dos pacientes apresentou uma causa definida da doenc¸a.

Dentre todosos pacientes, 36apresentaram um carió-tipo normal, dois apresentaram um pequeno cromossomo marcador supranumerário (sSMC) descaracterizado, um apresentou um cromossomo derivado, um apresentou translocac¸ão robertsoniana herdada e um apresentou monossomia docromossomoX, porém comcaracterísticas adicionaisincomuns.

Ocomitêdeéticalocalaprovouesteestudoeo consenti-mentoinformadoporescritofoiobtidodetodosospacientes e/oupais.

Processamentodasamostras

ODNAgenômicofoipurificadoapartirdecélulas mononu-clearesdosangueperiféricocomoKitMiniprepdaAxyPrep paraextrac¸ãodeDNAgenômicodosangue (Axygen Biosci-ences,UnionCity,CA,EUA)deacordocomasinstruc¸õesdo fabricante. ODNA genômicodecada paciente foi hibridi-zado parao CytoScanTM HD Array(Affymetrix, Inc.,Santa

Clara,CA,EUA)deacordocomasinstruc¸õesdofabricante. Essa hibridizac¸ão genômicacomparativa porarray dealta densidadepersonalizadacomquase2,7milhõesde marcado-resgenéticosinclui700.000marcadoresdepolimorfismode nucleotídeosimples(SNP)emaisde1,9milhãodesondasde oligonucleotídeosnãopolimórficasparaadetecc¸ãodeCNVs.

Análisededados

Os dados de array foram analisados com o software da Affymetrix® Chromosome Analysis Software Suite (ChAS)

v.1.2.2(Affymetrix,Inc.,SantaClara,CA,EUA)combasena sequênciagenômicadereferênciadoUCSCGenomeBrowser hg19,fevereirode2009(GRCh37/hg19).Analisamos varian-tesdonúmerodecópias(CNV)demaisde400Kb,conforme recomendado.6 Com essa plataforma de maiorresoluc¸ão, conseguimosavaliarumaCNVmenor,porém nenhum paci-ente apresentou anomalias clinicamente relevantes entre 100e400Kbe,dessaforma,mantivemosesselimitepara finsdesterelatório.AsCNVsdemaisde400Kbforam catego-rizadasporrelevânciaclínicacomoCNVderelevânciaclínica clara(grupo1),CNVderelevâncianãoclaraourelevância incerta(grupo2)ouCNVbenignaoupolimórfica(grupo3), comasbasesdedadospublicamentedisponíveisIsca (Inter-nationalStandardCytogenomicArray),19 DGV(Databaseof GenomicVariants),20,21Omim(OnlineMendelianInheritance in Man),22 Decipher (Database of Chromosomal Imbalance andPhenotype in HumansUsing Ensembl Resources)23,24 e Ecaruca (European Cytogeneticists Association Registerof UnbalancedChromosomeAberrations).25

Resultados

Dos40 pacientesanalisados,16 (41%)eramdosexo femi-nino.As idadesvariavamdeummês a25 anos, comuma idademédiade4,2anos.Comoselecionado,avasta maio-riadenossospacientestemanomaliasmúltiplas,incluindo

Grupo 1 Grupo 2 Grupo 3

29 pacientes 40 pacientes

12 CNVs 9L/3G

1 CNVs 0L/1G

42 CNVs 2L/40G 55 CNVs

11L/44G

0 CNVs

A

B

10 pacientes 1 paciente

11 pacientes

25 pacientes

Figura1 Caracterizac¸ãodasCNVsmaioresdoque400Kbna coortechilena.

A,nãoforamencontradasCNVsem11de40pacientes.Nos29 pacientesrestantes,foramencontradas55CNVs (11perdase 44ganhos).B,cadapacientepoderáterCNVdemaisumgrupo ao mesmotempo. AsCNVs foram categorizadas por relevân-ciaclínicacomoCNVderelevânciaclínicaclara(grupo1),CNV derelevânciaincerta(grupo2)ouCNVbenignaoupolimórfica (grupo3).

CNVs:variantesdonúmerodecópias;G:ganhos;L:perdas.

transtornosdedesenvolvimentoestruturaisefuncionais.Os detalhesclínicosestãoresumidosnatabela1.

Caracterizac¸ãodavariantedonúmerodecópias (CNV)(fig.1)

Encontramos55CNVsdemaisde400Kbem29de40 paci-entes(72,5%),variac¸ãoentre0e 4CNVsporpaciente. Do total,11foramperdase44foramganhos(fig.1A).O tama-nhodos desequilíbrios cromossômicos variava entre420,9 Kbe25,2Mb.Esseúltimovalorcorrespondeaumpaciente comsSMCdetectadoporcariótipo.

Esses 55 CNVs foram classificados em três grupos com baseemsuainterpretac¸ãoclínica.

Deacordocom nossaclassificac¸ão (fig. 1B), 21,8% per-tenciamaogrupo1(relevânciaclínicaclararelacionadaao fenótipo),1,8%aogrupo2(relevância incerta)e 76,4%ao grupo3 (benigno oupolimórfico). As perdas aconteceram predominantemente no grupo 1, ao passo que os ganhos ocorreramnogrupo3.

Rendimentodiagnóstico

(4)

Tabela1 Resumodascaracterísticasclínicasedosdesequilíbriosgenéticosencontradosnessacoorte N º do Pa ci e nt e At raso no De se nv o lv ime nt o Def ic iên cia In te le ct ua l H ip o ton ia ge ner al iza da Co nv u ls õe s

Malformação do sistema nervoso Microcefalia Dismorfismo facial An

om al ia con g êni ta d o o lh o An om al ia v isu al An om al ia do o uv id o e xt er no Def ic iên cia au di ti va Fi ss ur a la bi o pa la tin a (+/-) Fi ss ur a pa lati na /Seq uê nc i Doença ca rdíaca con g êni ta He mi vé rt eb ra s/ Es co lios e Mal for m aç ão g a st ro int es ti nal Hér n ia abd om in al Mal for m aç ão no s rins De fei to s na Ge ni tá lia/ Tr at o An om al ia do s membro s Hi pe rfrou xi dã o liga me nt a r An om al ia es qu el ét ic a Baix a es ta tu ra Dé fi c it de cres ci m e nto Obesidade Def eit o Con g êni to d a Es tu do s ci to ge n ét ic os Res ul ta do s d a Análi s e Cro m ossô m ica po r Mi c ro a rr ay (CMA )

Interpretação clínic

a

1 N/A 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

2 N/A 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

3 N/A 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

4 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

5 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

6 N/A 46, XY arr 9p23 (9,323, 653-

11,359,708)x3

Variante de relevância incerta (VOUS)

7 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

8 46, XX; FISH

22q (-)

arr 6p25.1-p23 (6,389,84 7-15,124,349)x1

deleção do 6p25.1p23

9 N/A 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

10 46, XY, der (16) arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Inversão

pericêntrica do cromossomo 16

11 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

12 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

13 46, XX; FISH

22q (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2

desequilíbrio genômico

14 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

15 46, XY; FISH

22q (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2, (XY)x1

desequilíbrio genômico

16 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

17 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

18 46,XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

19 47, XX,

+mar/46, XX arr 20p1(7,180,552.3q112-32,40.222,789)x2~3 Trissomia mosaico parcial do cromossomo 20

20 N/A 46, XY arr

2q23.2q24.2(150,2016,0 3-161,228,203)x1

deleção do 2q23.2q24.3

21 46, XY; FISH

22q (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2, (XY)x1

desequilíbrio genômico

22 46, XY; FISH

22q (-)

arr 15q25.2 (83,083,418 -84,834,123)x1

deleção do 15q25.2

23 46, XY; FISH

22q (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2, (XY)x1

desequilíbrio genômico

24 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

25 46, XX; FISH

17P (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2

desequilíbrio genômico

26 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

27 N/A 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

28 N/A 46, XY; FISH

22q (-); Análise de quebras cromossômicas (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2, (XY)x1

desequilíbrio genômico

29 46, XX arr(1-22,X)x2 Nenhum

desequilíbrio genômico

30 45, XY, der

(14;15)(q10;q10)

arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Translocação Robertsoniana, nenhum desequilíbrio genômico

31 46, XX arr

22q12.1q12.3(28,966, 333-34,541,402)x1

deleção do 22q12.1q12.3

32 N/A 47, XX,

+mar(mat); FISH

15q (-)

arr(1-22,X)x2 SMC bissatélite (RON manchadas), heterocromatina de origem materna (mãe saudável)

33 N/A 46, XX; FISH

22q (-)

Nenhum arr(1-22,X)x2

desequilíbrio genômico

34 46, XY; FISH 7q

(-); 22q(-) subtelômeros (-)

arr 6p25.3-p25.2 (156,97 4-2,400,023)x1

(5)

Tabela1 (Continuação)

35 N/A 46, XY arr 6p25.3p25.2

(294,910-3,403,875)x3,12p13.33 (173,786-3,283,049)x1

deleção do 12p13.33; triplicação do 6p25.3p25.2

36 46, XY arr

14q32.12q32.33(94,174,317 -107,285,437)x3, 22q13.31q13.33 (47,852,611-51,197,838)x1

deleção do 22q13; triplicação do 14q32.12q32.33

37 N/A 46, XX; FISH

22q (-)

arr 4q34.1-q35.2(174,40 9,811-190,957,473)x1

deleção do 4q34.1q35.2

38 N/A 45, X arr X922.33q28 (168

,546-155,233,731)x1

Monossomia do cromossomo X, sem outros desequilíbrios

39 46, XY arr(1-22,X)x2, (XY)x1 Nenhum

desequilíbrio genômico

40 46, XY arr 19p13.3(3,788,72

5-5,346,511)x1

deleção do 19p13.3

CMA,análisecromossômicapormicroarray;FISH,hibridizac¸ãoinsituporfluorescência;N/A,nãoaplicávelpelaidade;NOR,região

organizadoradonúcleo;sSMC:pequenocromossomomarcadorsupranumerário.

No Grupo 2, apenas um paciente apresentou uma variac¸ãoderelevânciaincerta(VOUS).26Essepacientetinha uma triplicac¸ão de 2 Mb na posic¸ão 9p23 [array 9p23 (9.323.653-11.359.708)x3],porém,comasinformac¸ões dis-poníveisnasbasesdedadosenaliteraturabiomédica,não poderíamos descartar nem atribuir um efeito patogênico definitivo.

Nãoconseguimosencontrardesequilíbriosgenéticos ver-dadeirosnosegundopacientecomsSMCenopacientecom cromossomo 16 derivado. No paciente com translocac¸ão robertsoniana,nãoencontramosdesequilíbriogenômicoque explicasseofenótipo.Porfim,nopacientecommonossomia docromossomo X, confirmamos a delec¸ão deum cromos-somoX, porém nãoencontramos desequilíbrios genômicos adicionais(fig.1).

Interpretac¸ãoclínica

EncontramosumaCNVpatogênicanãovistaanteriormente (n=9)ounãobemcaracterizada (n=1)porcariótipo con-vencionalem10de40pacientesdogrupo1(25,0%).Além disso, corroboramosumaanomaliacitogenéticaconhecida emumpaciente(monossomiadocromossomoX).

Seconsiderarmosapenasospacientescomcariótipo nor-mal(35),nossataxadediagnósticosaumentoupara28,5%. Alémdisso,encontramosumaCNVderelevânciaclínica incertaouVOUS(grupo2)emoutropaciente.Esseaguarda testesadicionaiseacompanhamentoparadefinira relevân-ciaclínicadesseachado.Planejamosestudarambosospais pormeiodeFishe/ouMLPA.

Discussão

EsteéoprimeirorelatóriodetestedeCMAemumacoorte depacienteschilenoscomdeficiênciasdedesenvolvimento, considerandoqueexistempoucos relatóriosdousoclínico demicroarrayscromossômicosnaAméricaLatina,que rela-tamexperiênciasdecasosindividuais.NaAméricadoSul, uma experiência semelhante foi relatada em um grupo depacientes noBrasil.27,28 Foram analisados95 pacientes ‘‘sindrômicos’’’comcariótiponormalefoirelatadoum ren-dimentodiagnósticode17%.28

Detectamos maisde25%dealterac¸õespatogênicasem nossa coorte, que estão na mais alta faixa relatada na literatura.Em pacientes com atraso dedesenvolvimento/

deficiência intelectual sindrômicos e não sindrômicos e cariótipo normal/Fish, a metanálise apresenta um rendi-mentodiagnósticode7,8%-13,8%,variac¸ãode5%a50%.5,29 Issoéexplicado,emgrandeparte,pelaheterogeneidadeno modelodosestudos,principalmentenaselec¸ãodos pacien-tes,testespreviamentefeitoseplataformadearrayusada. Emnosso caso,a alta taxade diagnósticopodeser expli-cadapelo fatodeque a coorteestudadaé relativamente pequenae apresentaoviés depacientesmuitobem sele-cionados,muitosdosquaispermaneceramsemdiagnóstico pormuitotempo. Finalmente,usamosumaplataformade altadensidade.

Com o passar do tempo, diferentes bases de dados públicason-linecoletaraminformac¸õesfenotípicase genô-micasdemilhares depacientesanônimos,o que permitiu a compreensão da vasta maioria de CNVs como benignas ou polimórficas, sem análises adicionais. Na verdade, a maioria denossos achados foi de CNVs polimórficas (Poli-morfismosdoNúmero de Cópias[CNP]), corroboradasnas bases de dados citogenômicas e dos dadosde nossa pró-priacoorte.Observamos CNVsrecorrentesdemaisde400 Kbemmetadedospacientes,principalmenteenvolvendoos seguinteslocicromossômicos:10q11.22,14q32.22,16p11.2, 17q21.31,Yq11.223eYq11.23.Apenasumcasoque apresen-touumaVOUSexigiuumaanáliseadicionalparadeterminar a patogenicidade possível. Esse paciente tinha um ano e 11 meses, com DI, atraso de linguagem, deficiência de audic¸ão, hérnia inguinal e baixa estatura. Eleapresentou umcariótipo 46,XY e o array mostrou umganho de2 Mb no cromossomo 9p23, incluindo a triplicac¸ão parcial de umgene: PTPRD. A proteína PTPRD é uma proteína tiro-sinafosfatasetiporeceptor,expressaemcertasregiõesdo cérebro, como o hipocampo, e pode ter uma func¸ão no aprendizadoena memória30 ena organizac¸ãosináptica.31 Nenhum fenótipo foi atribuído à triplicac¸ão total desse gene.

(6)

paraidentificarpossíveisrearranjoscomimplicac¸õesparao aconselhamentogenético.7,32

Em nossa coorte, descobrimos que três pacientes com anomalias citogenéticas previamente conhecidas resulta-ram em um cariótipo molecular normal. Como esperado, o paciente portador de uma translocac¸ão robertsoniana apresentouumresultadodeCGH-arraynormal/equilibrado. No caso de um dos dois pacientes com sSMC, a cober-tura do array, as sequências genômicas envolvidas e o tamanho do sSMC podem explicar por que esse mate-rialgenéticonãofoi detectadoporessemétodo.19 Assim, esse pequeno cromossomo bisatélite provavelmente cor-responde a sequências altamente repetitivas, típicas de cromossomos acrocêntricosnão incluídosno arrayque foi demonstrado por bandamento da região organizadora do nucléolo(NOR). Nopacientecomumcromossomo16 deri-vado, com um padrão de bandamento anormal e uma morfologia também anormal (mais metacêntrica que o normal),umainversãopericêntricaéaexplicac¸ãomais plau-sível.

Assim, o cariótipocontinua sendo maisadequado para avaliarpossíveisportadores de rearranjoscromossômicos, casaiscomabortosrecorrentesoupacientescomum fenó-tipocaracterísticodeaneuploidia.Damesmaforma,aFish émaisadequadaemcaso desuspeitaelevadadeuma sín-dromeespecíficademicrodelec¸ão.7

A análise cromossômica por microarray é um método altamente preciso, robusto e de alto rendimento. Temos usadoumarraycombinadocombaseemoligonucleotídeos e um array de SNP, o que cria muitas vantagens, já que o array de SNP melhora de forma significativa a preci-são e a sensibilidade da detecc¸ão e mosaicismo da CNV epermite igualmente adetecc¸ão devariantes neutrasde númerode cópias.33 No caso do chip usadoneste relató-rio(CytoscanHD,Affymetrix),aplataformaquímicaeseus algoritmosanalisamooligonucleotídeoeassondasdeSNPde formaindependente.Assim,podemosdetectareconfirmar cadaCNVao mesmo tempo, o quenãoexige confirmac¸ão adicional.32,33 Nesse caso, em vezde umaconfirmac¸ãode achadodearrays,aanáliseFISHpermitedeterminarotipo derearranjo.32

Oaltocustodoexamecriaumalimitac¸ãonouso difun-dido do cariótipo molecular. No Chile, o custo da CMA é quatroasete vezes maiordoque o cariótipoe/ou Fishe atualmente não é coberto por plano de saúde. Contudo, parachegaraumdiagnósticoprecoceemalgunspacientes comanomaliascongênitas múltiplase/ouatraso globalde desenvolvimento, é possível evitar exames desnecessários (a‘‘odisseiade diagnóstico’’)e permitir foco nos proble-masespecíficos,oquepodeterumbomcusto-benefícioem longoprazo.34-38Podeseresperadaumadiminuic¸ãodos cus-toscomo passardotempo, o quepermitiráseuuso mais difundido.Porfim,devesermencionadoqueexistemoutras plataformascomresoluc¸ãomaisbaixa,porémporumcusto relativamentereduzido.

Reconhecendo suas limitac¸ões, existe cada vez mais evidência do impacto clínico dessa tecnologia. Em mui-tos pacientes, um diagnóstico definitivo pode afetar não apenas a informac¸ão e o aconselhamento de seu ambi-entefamiliar,39mastambémavigilânciaativaembuscade possíveiscomplicac¸ões,entreoutrostipos deintervenc¸ões médicas.37,38

NossosdadosmostramautilidadedaCMA,quepermite umacapacidadedediagnósticomelhoradacomprecisãoeo aprimoramentodagestãoesupervisãodasaúdedessegrupo depacientescomnecessidadesespeciais.

Financiamento

Bolsa daFundac¸ãodeSaúde Infantilem Birmingham, Ala-bama.

Conflitos

de

interesse

Osautoresdeclaramnãohaverconflitosdeinteresse.

Agradecimentos

AgradecemosàFundac¸ãodeSaúdeInfantilemBirmingham, Alabama, porsua bolsa paraeste trabalho, aospacientes eparentesparticipanteseàDra.SilviaCastilloeà citoge-neticistaAna MaríaFuentespelaanálisedosresultadosde cariótipoconvencional.

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Figura 1 Caracterizac ¸ão das CNVs maiores do que 400 Kb na coorte chilena.
Tabela 1 Resumo das características clínicas e dos desequilíbrios genéticos encontrados nessa coorte Nº do Paciente  Atraso no Desenvolvimento Deficiência Intelectual  Hipotonia  generalizada Convulsões
Tabela 1 ( Continuação ) 35  N/A  46,  XY  arr  6p25.3p2 5.2  (294,910-3,40 3,875)x3,12 p13.33 (173,786-3,28 3,04 9)x1 deleç ão do 12p13.33;triplicaç ão do  6p2 5.3p25 .2  36    46, XY  arr 14q32 .12q3 2.33(94 ,174 ,317  -107,285,43 7)x3 ,  22q13 .31q1 3.3

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