(PyMol) Valdete Maria Gonçalves de Almeida. 9deFevereirode2012. Ferramentas para visualização de biomoléculas PyMol

(1)

Sumário Ferramentas para visualiza¸cão de biomoléculas PyMol

Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas

(PyMol)

Valdete Maria Gon¸calves de Almeida

valdete@dcc.ufmg.br

(2)

Sum´ario

Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas PyMol

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(3)

Sum´ario

Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas

PyMol

O que é visualiza¸cão de biomoléculas? Rasmol

JMol

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(4)

Sum´ario

PyMol

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol JMol

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(5)

Sum´ario

PyMol

Rasmol JMol

O que é visualiza¸cão de biomolécula?

´

E um processo de interpretar uma mol´ecula de forma visual

´

E baseado em coordenadas atˆomicas contidas em arquivos

(Ex.: pdb)

(6)

Sum´ario

PyMol

Rasmol JMol

O que é visualiza¸cão de biomolécula?

Visualizadores:

Rasmol

http://www.openrasmol.org/

JMol

http://jmol.sourceforge.net/

PyMol

http://www.pymol.org/

Lista de Visualizadores:

http://www.ccp14.ac.uk/ccp/web-mirrors/garlic/garlic/competition/index.html

(7)

Sum´ario

PyMol

Rasmol

JMol

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(8)

Sum´ario

PyMol

Rasmol

JMol

Rasmol

Facilidade de manipula¸

c~

ao

Interface gr´

afica simplificada

Pode ser instalado na maioria dos

sistemas operacionais (linux,

windows e Mac)

N~

ao necessita de nada instalado

para funcionar (exceto java que

j´

a vem na maioria das

(9)

Sum´ario

PyMol

JMol

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(10)

Sum´ario

PyMol

JMol

´

E um visualizar que pode ser integrado como "Applet"em

p´

aginas web

Possui tr^

es vers~

oes:

JmolApplet (P´

aginas Web)

Jmol application (Desktop)

JmolViewer(integrado em aplica¸

c~

oes Java)

´

E suportado em Windows, Mac OS X e Linux / Unix

Internet Explorer, Mozilla and Firefox, Safari, Google

Chrome, etc.

L^

e v´

arios tipos de arquivos (PDB, MOL, SFD, CIF, mmCIF,

etc.)

(11)

Sum´ario

PyMol

JMol

JMol: Base de Dados de Arquivos PDBs

www.pdb.org:

(12)

Sum´ario

PyMol

JMol

JMol: Sting

´

E um servidor web para visualizar mol´

eculas e seus

par^

ametros pr´

e-calculados

Foi Desenvolvido pela Embrapa/Campinas

http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/

(13)

Sum´ario

PyMol

JMol

JMol: Sting

M´odulo JPD (Java Protein Dossier):

C´

alculo de cavidade

Energia de intera¸

c~

ao

Entropia

Hidrofobicidade

Conserva¸

c~

ao

Superf´

ıcie

Interface de Contato

(14)

Sumário Ferramentas para visualiza¸cão de biomoléculas

PyMol

Visualizador Molecular PyMol PyMol: Interface Gráfica PyMol: Utiliza¸cão de Comandos Pymol: Prática

Referˆencias

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(15)

PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gráfica PyMol: Utiliza¸cão de Comandos Pymol: Prática

Referˆencias

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(16)

PyMol

Referˆencias

O que ´e o PyMol?

PyMol:

´

E um sistema de visualiza¸c˜ao de biomol´eculas que permite produzir

imagens e videos de alta qualidade.

(17)

PyMol

Referˆencias

O que ´e o PyMol?

PyMol:

´

E um sistema de visualiza¸c˜ao de biomol´eculas que permite produzir

imagens e videos de alta qualidade.

(18)

PyMol

Referˆencias

O que ´e o PyMol?

PyMol:

´

E um sistema de visualiza¸c˜ao de biomol´eculas que permite produzir

imagens e videos de alta qualidade.

(19)

PyMol

Referˆencias

O que ´e o PyMol?

PyMol:

´

E um sistema de visualiza¸c˜ao de biomol´eculas que permite produzir

imagens e videos de alta qualidade.

(20)

PyMol

Referˆencias

O que ´e o PyMol?

(21)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

Muta¸c˜ao de prote´ına

(22)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

Muta¸c˜ao de prote´ına

(23)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

Muta¸c˜ao de prote´ına

(24)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

Muta¸c˜ao de prote´ına

(25)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

(26)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

(27)

PyMol

Referˆencias

O que o PyMol faz?

Exibe/Mede estruturas de prote´ınas/DNA

Gera publica¸c˜ao com imagens de qualidade

Produz v´ıdeos para apresenta¸c˜ao

Faz alinhamento estrutural de duas mol´eculas

Construe modelos para ligante e prote´ına

Gera mapa de potencial eletrost´atico

Muta¸c˜ao de prote´ına

(28)

PyMol

Referˆencias

Como obter PyMol?

http://www.pymol.org/

Vers˜ao atual 1.5

Sistemas operacionais:

1

Microsoft Windows XP, Vista, Win7

2

Mac OS

(29)

PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos Pymol: Pr´atica

Referˆencias

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(30)

PyMol

Referˆencias

(31)

PyMol

Referˆencias

(32)

PyMol

Visualizador Molecular PyMol PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica Referˆencias

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

Referˆencias

(33)

PyMol

Principais comandos PyMol

Comando

Fun¸c˜ao

load

Lˆe um arquivo de dados (pdb, pml, pse)

save

Salva coordenadas para o arquivo

select

Seleciona res´ıduo/´atomo de um objeto ou sele¸c˜ao existente

delete

Deleta um objeto

color

Define a cor de um objeto

show

Exibe uma representa¸c˜ao em particular

hide

Esconde uma representa¸c˜ao

set

Altera um parˆametro (ex.: tamanho de uma esfera)

orient

Centraliza a vis˜ao de um objeto ou sele¸c˜ao

(34)

PyMol

Comando Show

Cartoon:

show cartoon, 1tec

Surface:

show surface, 1tec

Sticks:

show sticks, 1tec

Mesh:

(35)

PyMol

Comando Show

Cartoon:

show cartoon, 1tec

Surface:

show surface, 1tec

Sticks:

show sticks, 1tec

Mesh:

(36)

PyMol

Comando Show

Cartoon:

show cartoon, 1tec

Surface:

show surface, 1tec

Sticks:

show sticks, 1tec

Mesh:

(37)

PyMol

Comando Show

Cartoon:

show cartoon, 1tec

Surface:

show surface, 1tec

Sticks:

show sticks, 1tec

Mesh:

(38)

PyMol

Comando Show

Cartoon:

show cartoon, 1tec

Surface:

show surface, 1tec

Sticks:

show sticks, 1tec

Mesh:

(39)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(40)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(41)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(42)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(43)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(44)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(45)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(46)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(47)

PyMol

Comando Show

show lines

show sticks

show ribbon

show cartoon

show dots

show spheres

show mesh

show surface

´

Atomo

Cor

carbono

verde

oxigenio

vermelho

nitrogenio

azul

enxofre

amarelo

(48)

PyMol

Comando Show

show cartoon automatic

show cartoon oval

show cartoon tube

(49)

PyMol

Comando Show

show cartoon automatic

show cartoon oval

show cartoon tube

cartoon automatic, 1:49/cartoon oval, 50:99/cartoon

tube, 100:150/

(50)

PyMol

Comando Select

Comandos

Simples

Defini¸c˜

ao

Exemplo

symbol

e.

S´ımbolo qu´ımico

select

polar

, symbol o+n

name

n.

Nome dos ´

atomos

select

carbons

, n.

ca+cb+cg+cd

resn

r.

Nome dos res´ıduos

select

aas

, resn asp+glu+asn+gln

resi

i.

N´

umeros dos res´ıduos

select

mults10

, resi 1+10+100

chain

c.

Identificador cadeia

select

proteina

, chain E

(51)

PyMol

Comando Select (Operadores l´ogicos)

Operadores l´ogicos:

Os operadores l´ogicos s˜ao comumente usados para selecionar

elementos dentro do PyMol. Os principais s˜ao:

and

,

or

e

not

.

Operador

F. Curta

Defini¸c˜

ao

not

s1

!

s1

Atomos que n˜

´

ao s˜

ao incluidos em s1

and

&

Atomos incluidos em ambos s1 e s2

´

(52)

PyMol

Comando Select (Operadores l´ogicos)

Operadores l´ogicos:

Os operadores l´ogicos s˜ao comumente usados para selecionar

elementos dentro do PyMol. Os principais s˜ao:

and

,

or

e

not

.

Operador

F. Curta

Defini¸c˜

ao

not

s1

!

s1

Atomos que n˜

´

ao s˜

ao incluidos em s1

and

&

Atomos incluidos em ambos s1 e s2

´

(53)

PyMol

Comando Select (Operadores l´ogicos)

Operadores l´ogicos:

Os operadores l´ogicos s˜ao comumente usados para selecionar

elementos dentro do PyMol. Os principais s˜ao:

and

,

or

e

not

.

Operador

F. Curta

Defini¸c˜

ao

not

s1

!

s1

Atomos que n˜

´

ao s˜

ao incluidos em s1

and

&

Atomos incluidos em ambos s1 e s2

´

(54)

PyMol

Comando Select

select

proteina

, chain E

select

inibidor

, chain I

(55)

PyMol

Comando Select

select

proteina

, chain E

select

inibidor

, chain I

(56)

PyMol

Comando Select

select

proteina

, chain E

select

inibidor

, chain I

(57)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(58)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(59)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(60)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(61)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(62)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(63)

PyMol

Comando Select

select

helices

, ss h and

proteina

select

folhas

, ss s and

proteina

(64)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(65)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(66)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(67)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(68)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(69)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(70)

PyMol

Comando Select

select

triptofanos

, resn trp and

proteina

select

calpha

, name ca and

proteina

(71)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

triade

, resi 38+71+225 and

proteina

ou

select

numatomos

, (id 289-296+528-537+1605-1610 and

proteina)

select

proteina

and (not resn asp+glu+his)

select

unstruct

, ss

and

proteina

(72)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

triade

, resi 38+71+225 and

proteina

ou

select

numatomos

, (id 289-296+528-537+1605-1610 and

proteina)

select

proteina

and (not resn asp+glu+his)

(73)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

triade

, resi 38+71+225 and

proteina

ou

select

numatomos

, (id 289-296+528-537+1605-1610 and

proteina)

select

proteina

and (not resn asp+glu+his)

select

unstruct

, ss

and

proteina

(74)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

triade

, resi 38+71+225 and

proteina

ou

select

numatomos

, (id 289-296+528-537+1605-1610 and

proteina)

select

proteina

and (not resn asp+glu+his)

select

unstruct

, ss

and

proteina

(75)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

near-res38

, resi 38 around 3.2 and

proteina

select

near-res38

, resi 38 around 5 and

proteina

(76)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

near-res38

, resi 38 around 3.2 and

proteina

select

near-res38

, resi 38 around 5 and

proteina

(77)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

near-res38

, resi 38 around 3.2 and

proteina

select

near-res38

, resi 38 around 5 and

proteina

(78)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

near-res38

, resi 38 around 3.2 and

proteina

select

near-res38

, resi 38 around 5 and

proteina

(79)

PyMol

Comando Select

Selecionar Res´ıduos e ´

Atomos:

select

near-res38

, resi 38 around 3.2 and

proteina

select

near-res38

, resi 38 around 5 and

proteina

(80)

PyMol

Comando Label

label resi 71, name

label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi)

label (resi 71),"%1.2f"% b

label (resi 71 and name ca),"%s"% (chain) label (resi 71 and name ca),"%s-%s"% (name,type)

Atributo Descri¸c˜ao

name nome do ´atomo

resi n´umero res´ıduo

resn nome do residuo

chain nome da cadeia

q carga

b fator de ocupˆancia

seg nome seguimento

type tipo ´atomo(atom-hetatom)

formal charge carga formal

partial charge carga parcial

numeric type tipo num´erico

(81)

PyMol

Comando Label

label resi 71, name

label (resi 71 and name ca),"%s-%s"%(resn,resi) label (resi 71),"%1.2f"% b

q carga

seg nome seguimento

(82)

PyMol

Comando Label

label resi 71, name

label (resi 71 and name ca),"%s"% (chain)

label (resi 71 and name ca),"%s-%s"% (name,type)

q carga

seg nome seguimento

(83)

PyMol

Comando Label

label resi 71, name

q carga

seg nome seguimento

(84)

PyMol

Comando Label

label resi 71, name

q carga

seg nome seguimento

(85)

PyMol

Comando Label

label resi 71, name

q carga

seg nome seguimento

(86)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

edit mode

(87)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

edit mode

(88)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

edit mode

(89)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

edit mode

(90)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

(91)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

edit mode

(92)

PyMol

Comando Label

set label font id, number

#( number ´

e o tipo de fonte 5-15)

set label size, number

set label color, color

set label shadow mode, 1

set label outline color, black

set label position, [2,0,0]

edit mode

(93)

PyMol

Comando Color

color palecyan, proteina Color yellow, interface

util.cbaw triade

set color myblue= [0.5 , 0.7 , 0.9 ] color myblue, interface

set color myorange=[1.00 , 0.40 , 0.0 ] color myorange, interface

C´odigo Cor util.cbag green util.cbac cyan util.cbay yellow util.cbas salmon util.cbaw white/grey util.cbab slate

util.cbao light orange

util.cbap purple

(94)

PyMol

Comando Color

color palecyan, proteina Color yellow, interface util.cbaw triade

util.cbap purple

(95)

PyMol

Comando Color

util.cbap purple

(96)

PyMol

Comando Color

util.cbap purple

(97)

PyMol

Comando Color

util.cbap purple

(98)

PyMol

Comando Color

util.cbap purple

(99)

PyMol

Comando Distance

distance (

ca triade

), (

ca res45

)

distance

dist01

, (i.

38+71+225 and n.

ca and

proteina

),

( i.

73+76+229 and n.

ca and

proteina

)

(100)

PyMol

Comando Distance

distance (

ca triade

), (

ca res45

)

distance

dist01

, (i.

38+71+225 and n.

ca and

proteina

),

( i.

73+76+229 and n.

ca and

proteina

)

(101)

PyMol

Comando Distance

distance (

ca triade

), (

ca res45

)

distance

dist01

, (i.

38+71+225 and n.

ca and

proteina

),

( i.

73+76+229 and n.

ca and

proteina

)

(102)

PyMol

Comando Distance

distance (

ca triade

), (

ca res45

)

distance

dist01

, (i.

38+71+225 and n.

ca and

proteina

),

( i.

73+76+229 and n.

ca and

proteina

)

(103)

PyMol

Comando Distance

distance (

ca triade

), (

ca res45

)

distance

dist01

, (i.

38+71+225 and n.

ca and

proteina

),

( i.

73+76+229 and n.

ca and

proteina

)

(104)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(105)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(106)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(107)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(108)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(109)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(110)

PyMol

Comando Distance

set dash gap,0.3

[0]

set dash width,3.5

[8]

set dash radius,0.1

[0.3]

set dash length,0.2

[0.8]

set dash round ends,on

[off]

(111)

PyMol

Comando align

load 1TEC.pdb load 1GCI.pdb bg color white show cartoon, (all)

select1TEC E, (chain E and1TEC)

select1WSD A, (chain A and1WSD)

align1TEC Eand name ca,1WSD Aand name ca

PyMOL align 1TEC E and name ca, 1WSD A and name ca

Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type CA Match-Warning: unknown residue type CA Match: read scoring matrix.

Match: assigning 281 x 270 pairwise scores. MatchAlign: aligning residues (281 vs 270)... ExecutiveAlign: 265atoms aligned.

ExecutiveRMS: 23 atoms rejected during cycle 1 (RMS=1.62). ExecutiveRMS: 13 atoms rejected during cycle 2 (RMS=0.84). Executive: RMS = 0.663 (229 to 229 atoms)

(112)

PyMol

Salvar Imagens

pwd

ray 1024,768

png imagem.png

(113)

PyMol

Visualizador Molecular PyMol PyMol: Interface Gr´afica PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

Referˆencias

Sum´ario

1 _{Ferramentas para visualiza¸c˜ao de biomol´eculas}

O que é visualiza¸cão de biomoléculas?

Rasmol

JMol

2 _PyMol

Visualizador Molecular PyMol

PyMol: Interface Gr´afica

PyMol: Utiliza¸c˜ao de Comandos

Pymol: Pr´atica

(114)

PyMol

Pymol: Pr´atica

Referˆencias

Pymol: Pr´atica I

Selecionar os res´

ıduos da tr´

ıade catal´

ıtica de

uma Serino Protease

Selecionar somente os carbonos CAs dos res´

ıduos

da tr´

ıade

Medir a dist^

ancia entre eles

Gerar script de comandos

(115)

PyMol

Pymol: Pr´atica I

load 1TEC.pdb bg color white hide all

create proteina, (chain E) create inibidor, (chain I)

create sitio, (resi 38,71,225 and proteina) select CA sitio, (name CA and sitio)

distance dist triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/71/CA) distance dist triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/225/CA) distance dist triade, (proteina//E/71/CA), (proteina//E/225/CA)

label (CA sitio),"%s-%s"% (resn,resi) set label size, -0.6

set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off ray

(116)

PyMol

Pymol: Pr´atica I

distance dist triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/71/CA) distance dist triade, (proteina//E/38/CA), (proteina//E/225/CA) distance dist triade, (proteina//E/71/CA), (proteina//E/225/CA) label (CA sitio),"%s-%s"% (resn,resi)

set label size, -0.6 set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off

ray

(117)

PyMol

Pymol: Pr´atica I

set label size, -0.6 set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off ray

(118)

PyMol

Pymol: Pr´atica I

set label size, -0.6 set label color, black set dash gap, 0 set dash radius,0.1 set dash color, yellow set ray shadows,off