Caracterização de Disciplina

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV400 - Cromossomos: Investigação e Aplicações

Área de Concentração: Genética e Evolução

Carga Horária da Disciplina

Aulas Teóricas Aulas Práticas Seminários Exercícios Total 40 30 20 90

Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho

Ementa da Disciplina:

1- A Citogenética como ciência: histórico, avanços, perspectivas. 2- Métodos de obtenção de cromossomos para estudo do cariótipo. 3- Análise dos cromossomos com coloração convencial e diferencial. 4- Análise dos cromossomos com técnicas especiais de marcação. 5- Variações cariotípicas. Poliformismos cromossômicos. 6- Cromossomos supranumerários. 7- Cromossomos sexuais e sistemas cromossômicos de determinação do sexo. 8- Aplicações da Citogenética. 9- Seminários.

Bibliografia Principal:

1- ALBERTS, B. et al. 2004. Biologia Molecular da Célula. Artmed Editora, São Paulo. 2- GREGORY, T.M. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, USA. 3- GUERRA, M. 2004. FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 4- KASAHARA, S. 2009. Introdução à Pesquisa em Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5- McGregor, H.C. 2008. Introduction to Animal Cytogenetics. Springer. 6- Periódicos especializados (Chromosome Research; Cytogenetic and Genome Research; Genetica; Heredity; outros).

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Disciplina/Turma: GEV401 – Cromossomos: População e Biodiversidade

Área de Concentração: Genética e Evolução

Aulas Teóricas Aulas Práticas Seminários Exercícios Total 45 - 45 90

Professor(a) Responsável: Dr. Luiz Antonio Carlos Bertollo e Dr. Orlando Moreira Filho

1. Princípios fundamentais da Citogenética. 2. As alterações no sistema cromossômico: processos. 3. As alterações no sistema cromossômico: fatores limitantes. 4. A variabilidade cromossômica intra-populacional. 5. A variabilidade cromossômica inter-populacional. 6. Análise de freqüências cromossômicas e cariotípicas nas populações. 7. Cromossomos: biodiversidade e especiação. 8. Seminários.

1- GREGORY, T.M. 2005. The Evolution of the Genome. Elsevier Academic Press, USA. 2- GUERRA, M. 2004. FISH: Conceitos e Aplicações na Citogenética. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 3- JOHN, B. 1976. Population Cytogenetics. The Camelot Press Ltda., Southampton. 4 – KASAHARA, S. 2009. Introdução à Pesquisa em Citogenética de Vertebrados. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto. 5 – PISANO, E.; OZOUF-COSTAZ, C.; FORESTI, F. & KAPOOR, B.G. 2007. Fish Cytogenetics. Science Publishers, Enfield. 6 – McGregor, H.C. 2008. Introduction to Animal Cytogenetics. Springer. 7- Periódicos especializados (Chromosome Research; Cytogenetic and Genome Research; Genetica; Heredity; outros).

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV402 - Genética da Conservação

Professor(a) Responsável: Dr. Pedro Manoel Galetti Junior

1- Genética da Conservação. Introduzindo o problema. 2- O que é a variação genética e como pode ser medida. 3- Estrutura genética em populações naturais. 4- Conseqüências genéticas em pequenas populações. 5- Genética e extinção. 6- Incertezas taxonômicas e definição de unidades de manejo. 7- Manejo genético de espécies ameaçadas. 8- Reprodução em cativeiro e reintrodução. 9- Genética forense e conservação.

1- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D. 2010. Introducion to Conservation Genetics. 2nd Edition. Cambridge University Press. 2- Frankham, R. Ballou. J.D. e Briscoe, D. 2008. Fundamentos de Genética da Conservação. Sociedade Brasileira de Genética, Ribeirão Preto, SP. 3- Artigos relevantes e atuais dos periódicos: Conservation Biology, Conservation Genetics, Molecular Ecology.

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Disciplina/Turma: GEV403 – Genética de Populações

Professor(a) Responsável: Dr. Reinaldo Alves de Brito

1. Introdução ao curso - Hardy-Weinberg e desequilíbrio de ligação. 2. Sistemas de acasalamento.

3. Tamanho efetivo populacional. 4. Fluxo gênico.

5. Deriva genética.

6. Neutralismo e Evolução Molecular. 7. Coalescência.

8. Filogeografia e distribuição geográfica.

9. Genética quantitativa básica; Loci não mensurados; Loci mensurados e Associação.

10. Seleção natural. Seleção em caracteres quantitativos e em ambientes heterogêneos. 11. Unidades e alvos de seleção.

HARTL & CLARK. Principles of Population Genetics.

Templeton Population Genetics and Microevolutionary Theory.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV406 – Ecologia Evolutiva

Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama

Parte I. Temas Recorrentes. Natureza e Causas da Variação. Significado Evolutivo da Variação. Seleção Natural. Adaptação. Plasticidade Fenotípica. Parte II. Evolução das Histórias de Vida. Idade e tamanho à Maturação. Tamanho e Número da Prole. Senescência. Ciclos de Vida. Sexo e Gênero. Razão Sexual. Alocação Sexual. Especialização e Generalização Ecológica. Parte II. Comportamento. Sistemas de acasalamento. Seleção Sexual. Cooperação e Altruísmo. Comportamento de Forrageio. A Ecologia Evolutiva do Deslocamento. Parte IV. Interações interespecificas. Interação predador-presa. Interação parasita-hospedeiro. Interação planta-herbívoro.

Evolutionary Ecology. Concepts and Case Studies. Charles W. Fox, DA Rolf & DJ Fairbairn (eds.). New York: Oxford, 424 p., 2011. Discovery Evolutionary Ecology. Peter Mayhew. New York: Oxford, 215 p., 2006. Behavioral Ecology. Étienne Danchim, L.-A. Giraldeau & F. Cézilly (eds.). New York: Oxford, 814 p., 2008. Evolutionary Behavioral Ecology. David Westneat & Clarles Fox (ed.). New York: Oxford, 2010. Evolutionary Analysis. Scott Freeman & Jon C. Herron. Upper Sadle River: Pearson & Benjamim Cummings, 4th ed., 802 p., 2007. Evolution. An Introduction. Stephen C. Stearns & Rolf F. Hoekstra. New York: Oxford. 2nd. ed., 575 p., 2005.

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Disciplina/Turma: GEV407 - Genética Molecular Aplicada Ao Melhoramento

Animal

Professor(a) Responsável: Dra. Luciana Correa de Almeida Regitano

1. Organização do genoma dos animais: Mapas de ligação; Mapas físicos; Mapas comparativos 2. Estratégias para identificação de genes:

Decompondo as características fenotípicas quantitativas; Genes principais Locos de caracteres quantitativos (QTL) 3. Epistasia e interação genótipo por ambiente 4. Regulação gênica dos processos fisiológicos Transcriptoma, proteoma e epigenoma 5. Indução de alterações no genoma.

1- Ruvinsky, A. & Marshall Graves, J.A. Mammalian Genomics. CAB International, 2005. 2- Lynch, M. & Walsh, B. Genetic analysis of quantitative traits. Sinauer Associates, Inc., 1998.

(7)

Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV408 – Marcadores moleculares na genética animal

Professor(a) Responsável: Dra. Silvia Nassif Del Lama

1) O que são marcadores genéticos moleculares. 2) Quando os marcadores genéticos moleculares devem ser empregados. 3) Marcadores morfológicos x moleculares 4) Histórico dos diversos tipos de marcadores moleculares na Genética Animal: grupos sanguíneos, isozimas, MHC e outros polimorfismos de DNA 5) As limitações da identificação dos genótipos. Exs do efeito alelo drop-out, alelos nulos. 6) Aplicação Marcadores Moleculares na identificação do indivíduo. 7) Aplicação Marcadores Moleculares na identificação do sexo dos indivíduos. 8) Aplicação Marcadores Moleculares na determinação da variabilidade genética. 9) Aplicação Marcadores Moleculares aplicados nos estudos de parentesco. 10) Aplicação Marcadores Moleculares nos estudos de estrutura populacional geográfica e fluxo gênico. 11) Aplicação Marcadores Moleculares nos estudos de bioinvasão. 12) Aplicação Marcadores Moleculares no diagnóstico e dterminação de indices de prevalencia.

1- AVISE , J. C. Molecular Markers , Natural History and Evolution. (2004). Sinauer Inc 2- HOEZEL, 1994. Molecular Genetic Analysis of Populations: a Practical Approach. (1994) 2 ed. IRL Press, Oxford. University Press 3- Ashton P., Harris S. E , Lowe A., Ecological Genetics: Design, Analysis and Application (2004). Oxford University Press 4- Periódicos : Conservation Genetics e Molecular Ecology.

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Disciplina/Turma: GEV409 – Estudo de Populações Naturais - Principais conceitos e programas

Professor(a) Responsável: Dr. Evandro Marsola de Moraes

Atributos e aplicações dos marcadores moleculares; Formatação de dados para entrada nos programas FSTAT, ARLEQUIN e MEGA; Estimativa dos parâmetros de variabilidade genética em marcadores codominantes e haplotípicos; Testes de Equilíbrio de Hardy-Weinberg; Deriva Genética e Estrutura Populacional: estimativa dos parâmetros da estatística F; Detecção de Equilíbrio Migração-Deriva: o teste de Mantel, inferência do modelo geográfico; Estimativa de medidas de distância genética entre populações; Construção de dendogramas a partir de matrizes de distância.

1- HARTL, D.L. & CLARK, A.G. Principles of Population Genetics. 1997. 3ªed. Sinauer; 2- TEMPLETON, A.R. Population Genetics and Microevolutionary Theory. 2006.

Wiley-Liss.

(9)

Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV412 - Genética de Hymenoptera

Professor(a) Responsável: Dr. Marco Del Lama

1) História natural dos Himenópteros. 2) Biologia dos Himenópteros.

3) Sistemática, Taxonomia e Filogenia dos Himenópteros. 4) Partenogênese e haplodiploidia

5) Consequências da Haplodiploidia.

6) Determinação do sexo em Himenópteros. 7) Níveis de organização social em Himenópteros. 8) Castas. Determinação de castas em Himenópteros. 9) Evolução da eusocialidade.

10) Estrutura genética familial em abelhas e vespas. 11) Estrutura genética das populações de abelhas e vespas.

1- MICHENER DC. The Bees of the World. Johns Hopkins Univ. Press, 952 p., 2000.

2- GOULSON D. Bumblebees: Behaviour, Ecology and Conservation. New York: Oxford Univ. Press, 2nd ed., 317 p., 2010.

3- HUNT JH. The evolution of social wasps. New York: Oxford Univ. Press, 259 p., 2007.

4- BOURKE AFG. Principles of Social Evolution. New York: Oxford Univ. Press, 267 p., 2011.

5- Artigos de periódicos (PNAS, Science, Annu. Rev. Entomol., Genetics, Evolution, Heredity, entre outros).

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Disciplina/Turma: GEV413 - Recursos Genéticos

Professor(a) Responsável: Dra. Alessandra Pereira Fávero

1) Importância dos recursos genéticos e conceitos relacionados a recursos genéticos

2) Coleta de germoplasma - 3) Intercâmbio de germoplasma 4) Bancos de germoplasma

5) Caracterização morfológica e química de germoplasma 6) Caracterização citogenética e molecular de germoplasma 7) Conservação de germoplasma ex situ;

8) Conservação de germoplasma in situ; 9) Documentação de germoplasma;

10) Legislação relacionada a Recursos Genéticos Vegetais 11) Uso de germoplasma - Pré-melhoramento

Melo IS, Valadares-Inglis MC, Nass LL, Valois ACC Recursos Genéticos e melhoramento - microrganismos. Jaguariúna: Embrapa Meio Ambiente, 2002. 743p. Nass, LL. Recursos Genéticos vegetais. Brasília, DF: Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, 2007. 858p.

Mariante, A. da S.; Cavalcante, N. Animais do descobrimento: raças domésticas da história do Brasil. Animals of the discovery: domestic breeds in the history of Brazil. 2. ed. Brasília, DF: Embrapa Informação Tecnológica, 2006. 274 p. il.

(11)

Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV414 - BIOLOGIA EVOLUTIVA DE PEIXES NEOTROPICAIS

Professor(a) Responsável: Dr. Roberto Ferreira Artoni

Diversidade Biológica

Biogeografia e Tempo Evolutivo Citotaxonomia e Sistemática Molecular

Seleção e Adaptação em Ambientes Naturais e em Cultivo Estado da Arte

Novas Tecnologias em Ictiogenética

Mark Ridley, Evolução, ARTMED, 3a edição (2006).

MALABARBA, L. R. (1998). Phylogeny and Classification of Neotropical Fishes. EDIPUCRS. Porto Alegre.

Artigos científicos.

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Disciplina/Turma: GEV415 - Genética Clássica

Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz

Leis de Mendel e de Morgan, seus desvios e extensões. Análise genética via cruzamentos controlados

Métodos estatísticos aplicados as leis fundamentais da genética Penetrância e exprecividade

Métodos aplicados a "loci" ligados Parentesco

Endogania e consaguinidade

Estudo de caracteres de herança compleça Estudos de caracteres de herença multifatorial

Griffiths, A. J.F.; Wessler , S.R. Carroll,S.B.; Doebley, J. Introduction to Genetic Analysis , 2010, 3 Ed. Bru.

Weir, B. S. Genetic Data Analysis II (or III) - Methods for Dicrete population Genetic Data. 1996.Un Washington.

Edelsen, Edward. Gregor Mendel: And the Roots of Genetics. 1999. Oxford.

(13)

Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV501 – Produção de Proteínas Recombinantes

Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular

Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes

1- Vantagens em se produzir proteínas recombinantes. 2- Sistemas de expressão bacterianos.

3- Sistemas de expressão em levedura.

4- Sistemas de expressão em células de inseto. 5- Sistemas de expressão em células de mamíferos. 6- Sistemas de expressão em plantas transgênicas. 7- Sistemas de purificação de proteínas recombinantes.

DEKKER, M. Purification and analysis of recombinant proteins.1999. Ramnath Seetharam (Ed.); Satish K. Sharma (Ed.). New York.

WILEY, VCH. Production of recombinant proteins: novel microbial and eukaryotic expression systems. 2005. Gerd Gelissen (Ed.). Weinheim.

HARDIN, C. Cloning, gene expression, and protein purification: experimental procedures and process rationale.2001. New York: Oxford University Press.

(14)

Disciplina/Turma: GEV502 - Proteômica

Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular Carga Horária da Disciplina

Professor(a) Responsável: Dra. Maria Teresa Marques Novo

Introdução à Proteômica;

Preparação de extratos protéicos celulares e subcelulares; Separação de proteínas por eletroforese bidimensional;

Mapeamento de peptídeos (“Fingerprinting”) e análise da sequência de proteínas resolvidas por eletroforese em gel;

Fundamentos da cromatografia líquida de fase reversa (RP-HPLC) para a separação de peptídeos;

Espectrometria de massas: fundamentos e aplicação em proteômica; Proteômica das modificações pós-traducionais: Fosfoproteômica;

Caracterização de complexos protéicos: interações proteína- proteína, Protein Arrays;

Discussão de artigos científicos recentes.

Simpson, R. J. Proteins and proteomics, a laboratory manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 2003.

Westermeier, R. & Naven, T. Proteomics in Practice. A laboratory manual of proteome analysis. Wiley-VCH, Weinheim, 2002.

Eidhammer et al. Computational Methods for mass spectrometry proteomics. John Wiley & Sons, 2007.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV503 - Genética Molecular Aplicada À Saúde

Área de Concentração: Bioquímica e Biologia Molecular

Professor(a) Responsável: Dr. Anderson Ferreira da Cunha

1- Doenças moleculares – definição e diagnóstico; 2- Análise diferencial de expressão gênica; 3- Análises de expressão Gênica Global; 4- Formas de análise e seleção de genes candidatos; 5- Métodos de estudo para detecção de função de genes alvo.

1- WATSON, J. D.; BAKER, T. A.; BELL S. P.; GANN A.; LEVINE M.; LOSICK R. Biologia Molecular do Gene, 5ª.edição, Editora Artmed, 2006; 2- WATSON, J. D. ; MYERS, R. M.; CAUDY, A. A.; WITKOWSKI, J. A. DNA recombinante, genes e genomas, 3ª edição, Editora Artmed, 2008; 3- LEWIN, B. Genes IX , Editora Artmed, 2008.

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Disciplina/Turma: GEV504 - Análise da Expressão Gênica

Professor(a) Responsável: Dra. Heloisa Sobreiro Selistre de Araujo

Bioinformática aplicada ao estudo da estrutura dos ácidos nucleicos; Estrutura de proteinas ligantes de ácidos nucleicos; Regulação da expressão gênica em eucariotos; Métodos de análise da expressão gênica; PCR em tempo real. Princípios e aplicações; Aplicações dos anticorpos na análise da expressão gênica; Controle da expressão gênica por miRNA e siRNA; Análise da expressão gênica em larga escala. Proteomas e transcriptomas; aula prática de RT-PCR; aula prática de western blotting; seminários;

Lesk, AM. Introdução à Bioinformática, 2ª. edição, 2005, Artmed. Strachan, T e Read, AP, 2ª. edição, 2002, Artmed. Coletânea de artigos científicos.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV505 - Eventos Epigenéticos Envolvidos na Regulação

de Processos Fisiológicos e Patológicos

Professor(a) Responsável: Dra. Simone Cristina Méo Niciura

Histórico e conceitos sobre epigenética; Modificações do DNA e estrutura da cromatina; Modificações pós-traducionais de histonas; RNA não codificantes: RNAi e microRNA; Genomic imprinting; Técnicas moleculares para avaliação de modificações epigenéticas; Herança epigenética; Epigenética e evolução; Nutrição e epigenética; Controle epigenético do desenvolvimento e do envelhecimento; Desordens de causa epigenética; Implicações da epigenética na biotecnologia;

1) ALLIS, C. D.; JENUWEIN, T.; REINBERG, D.; CAPARROS, M. L. (Ed.). Epigenetics. 1. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory, 2007. 502 p. 2) CABEJ, N. R. Epigenetic principles of evolution. 1. ed. Dumont: Albanet Publishing, 2008. 880 p. 3) CHOI, S. W.; FRISO, S. Nutrients and epigenetics. 1. ed. Boca Raton: CRC Press, 2009. 258 p. 4) DAVIDSON, E. H. Genomic regulatory systems: development and evolution. 1a. ed. San Diego: Elsevier Academic Press, 2001. 261p. 5) DOERFLER, W.; BÖHM, P. DNA methylation: basic mechanisms. 1ª. ed. Verlag: Springer, 2006. 321p. 6) GILBERT, S. F. Developmental biology. 8ª. ed. Sunderland: Sinauer Associates, 2006. 817p. 7) JABLONKA, E.; LAMB, M. J. Evolution in four dimensions: genetic, epigenetic, behavioral, and symbolic variation in the history of life. Cambridge: Massachusetts Institute of Technology, 2005. 474 p. 8) STILLMAN, B.; STEWART, D. Regulatory RNAs. 1. ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2006. 574 p. 9) TOLLEFSBOL, T. O. Epigenetics protocols. Methods in Molecular Biology, v. 287. 1. ed. Totowa: Humana Press, 2004. 320 p. 10) TOST, J. Epigenetics. 1. ed. Norfolk: Caister Academic Press, 2008. 404 p. 11) Artigos científicos atuais, extraídos de periódicos como: Biology of Reproduction, BMC Developmental Biology, Current Opinion in Genetics & Development,

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Disciplina/Turma: GEV506 – Enzimas: Estrutura, Função e Regulação

Professor(a) Responsável: Dr. Gilberto Moraes

1 - Níveis estruturais das proteínas globulares.

2 - Forças de manutenção das estruturas das proteínas. 3 - Enzimas: papel biológico.

4 - Estrutura e sítios funcionais das enzimas.

5 - Tipos de reações enzimáticas (classificação das enzimas) e mecanismos de reação enzimática.

6 - Termodinâmica das reações enzimáticas. 7 - Cinética enzimática.

8 - Tipos de inibição enzimática. 9 - Cinéticas de inibição enzimática. 10 - Enzimas reguladoras.

11 - Metodologia para a determinação de atividade enzimática.

Biochemistry by Voet & Voet, 3th Ed.

Lehninger Principles of Biochemistry by David Nelson Michael Cox, 4th Ed.

Enzyme Kinetic and mechanisms by Kenneth Taylor (Kluwer Academic Publishers) 2004 Enzyme kinetics: A modern approach. by A.G. Marangoni (Whiley Interscience)

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV507 – BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA

Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva

1. Histórico da biologia molecular e da biotecnologia.

2. O Dogma Central da Biologia Molecular – um breve resumo. 3. Enzimas utilizadas em biologia molecular.

4. Técnicas básicas de DNA recombinante – visão geral. 5. Clonagem gênica.

6. Genômica e suas extensões.

7. Bibliotecas genômicas e de genes expressos.

8. Sequenciamento de DNA – abordagens clássicas e modernas. 9. Prospecção de genes de interesse biotecnológico.

10. A biologia molecular aplicada ao diagnóstico. 11. Diagnóstico molecular na saúde humana. 12. Diagnóstico molecular na veterinária. 13. Diagnóstico de doenças em plantas. 14. A terapia gênica.

15. A produção em laboratório de moléculas de interesse biotecnológico.

Genômica, Luis Mir (Org), Diversos autores, Editora Atheneu, 2004.

Biotecnologia: Avanços na Agricultura e na Agroindústria, Luciana Serafine, Neiva Monteiro de Barros e João Lucio de Azevedo (Org), EDUCS, 2002.

Bases Moleculares da Biotecnologia, Ulrich, Colli, Lee Ho, Faria e Trujillo (Org), Editora Roca, 2008 Genes IX, Benjamin Lewin, Jones and Bartlet Publishers, EUA, 2008.

Artigos científicos atuais, selecionados pelo responsável pela disciplina, relacionados

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Disciplina/Turma: GEV508 - Identificação e Caracterização da Função Gênica

Professor(a) Responsável: Dr. Iran Malavazi

Uso de ferramentas de análise genética em organismos modelos. Controle da expressão gênica.

Genética direta e genética reversa.

Conceitos de “screeening genéticos”, supressão gênica (supressores extragênicos e intragênicos).

“Screenings” de letalidade sintética em leveduras e fungos filamentosos. Super expressão de genes e “gene dosage” para a busca de fenótipos.

Utilização de genes repórteres, marcadores dominantes e marcadores auxotróficos. Complementação de genes.

Obtenção de mutantes em organismos modelos visando o silenciamento gênico - knock out e knock down.

Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-proteína . Técnicas e ferramentas para a busca de interação proteína-DNA. Técnicas e ferramentas de análise da expressão gênica.

Publicações selecionadas em revistas científicas na área de genética molecular e caracterização da função gênica em células procarióticas e eucarióticas de forma a cobrir os tópicos abordados.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV509 - Elementos de transposição e evolução de genomas

Professor(a) Responsável: Dr. Ricardo de Marco

1- História da descoberta dos elementos de transposição; 2- Classificação de elementos de transposição;

3- Transposons de DNA; 4- Retroposons;

5- Elementos não autônomos;

6- Evolução de elementos de transposição;

7- Influencia de elementos de transposição na arquitetura de genomas; 8- Controle epigenético de elementos de transposição;

9- Domesticação de elementos de transposição;

10- Relação entre elementos de transposição e doenças humanas; 11- Elementos de transposição e a evolução de organismos.

Leitura de artigos científicos.

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Disciplina/Turma: GEV510 - Evolução estrutural, funcional e

engenharia de enzimas

Professor(a) Responsável: Dr. Vadim Viviani

1- Origem da catálise enzimática; 2- Estrutura e função de proteínas; 3- Dinâmica de proteínas; 4- Enzimas (Classificação e propriedades); 5- Cinética; 6- Mecanismos de catálise enzimática; 7- Evolução estrutural e Funcional de enzimas; 8- Engenharia de Enzimas; 9- Evolução de vias metabólicas; 10- Aplicação biotecnológica; 11- Metagenoma e screening de enzimas de interesse biotecnológico.

1- Branden, C. and J. Tooze. Introduction to Protein Structure. SIGMA, 2nd ed. 1999, 410 pp. 2- Voet, D. and Voet J. Bioquímica. Artmed. 3a ed. 2006. 3- Vermelho, B. et at. Enzimas em Biotecnologia. ed. Interciência.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV511 - Estatística para Genética e Ciências

Associadas

Aulas Teóricas Aulas Práticas Seminários Exercícios Total 90 - - 90

Professor(a) Responsável: Dr. Eduardo Leonardecz

Estudo de populações e amostras.

Medidas de tendência central e dispersão. Funções de probabilidade e suas distribuições. Testes de hipóteses.

Medidas de associação, regressão e correlação. Análise de variância.

SOKAL, Robert R.; ROHLF, F. James. Biometry: the principles and practice of statistics in biological research . 3rd ed. New York: W. H. Freeman and Company, 1995. 887 p. ISBN 0716724111.

ZAR, Jerrold H.,. Biostatistical Analysis. 4th ed. Upper Saddle River, N.J: Prentice Hall, 1999. 1 v. (várias páginas) ISBN 013081542x.

ZOLMAN, JAMES F. BIOSTATISTICS: EXPERIMENTAL DESIGN AND STATISTICAL INFERENCE. New York: Oxford University Press, 1993.

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Disciplina/Turma: GEV512 - Cultivo celular e manipulação do

genoma

Professor(a) Responsável: Dr. Marcos Roberto Chiaratti

Isolamento e cultivo in vitro de células somáticas. Coleta, cultivo in vitro de embriões murinos.

Produção de embriões bovinos por fecundação in vitro. Isolamento e cultivo de células-tronco embrionárias e adultas. Modificação do genoma de células somáticas em cultivo. Produção de células-tronco induzidas (iPSC).

Knockdown por uso da tecnologia de RNAi.

Produção de camundongos geneticamente modificados. Produção de quimeras.

Partenogênese, transferência de pró-núcleo e clonagem de camundongos. Clonagem e modificação do genoma em bovinos.

NAGY, A.G.; VINTERSTEN, K.; BEHRINGER, R. Manipulating the mouse embryo: a laboratory manual. 3a ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2003.

GONÇALVES, P.B.D.; FIGUEIREDO, J.R.; FREITAS, V.J.F. Biotécnicas aplicadas à reprodução animal. 2ª ed., Roca, 2008.

MORAES, A.M.; AUGUSTO, E.F.P.; CASTILHO, L.R. Tecnologia do cutivo de células animais biofármacos a terapia gênica. 1a ed., Roca, 2008.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV513 - Métodos em Biofísica

Professor(a) Responsável: Dr. Julio Cesar Borges

Métodos em Biofísica.

Termodinâmica aplicada a sistemas biológicos.

Espectroscopia de absorção: Princípios básicos e aplicações na quantificação de proteínas em solução.

Espectropolarimetria de dicroísmo circular.

Espectroscopia de Fluorescência aplicada a proteínas. Macromoléculas como partículas hidrodinâmicas. Eletroforese: princípios e abordagem hidrodinâmica. Espalhamento dinâmico de luz.

Cromatografia de exclusão molecular.

Ultracentrifugação analítica: principios e aplicações. Calorimetria de titulação isotérmica.

Calorimetria de varredura diferencial.

Cantor and Schimmel. Biophysical Chemistry, Part II, 1980. Freeman and Company. Van Holde, K.E.; Johnson, W.C.; Ho, P.S. Principles of Physical Biochemistry, Prentice Hall, 2006.

Sheehan, D. Physical Biochemistry: Principles and Applications, 2nd Edition, Wiley, 2009.

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Disciplina/Turma: GEV514 - Ferramentas utilizadas em técnicas

imunologicas e moleculares na pesquisa

Professor(a) Responsável: Dra. Fernanda de Freitas Aníbal

Ferramentas utilizadas em técnicas imunologicas e moleculares na pesquisa Mecanismos e componentes do sistema imune (defesa inata e adaptativa) Moléculas do MHC: Função

Mecanismos de ativação dos linfócitos T e Apresentação de antígeno Citocinas: regulação da resposta imune e terapia?

Anticorpos: funções e aplicações clinicas Técnica ELISA

Técnica de Citometria de Fluxo

Técnicas Moleculares no diagnóstico e controle de doenças infecciosas

Abbas, AK, AH Lichtman, et al. (2007/08). Cellular and molecular immunology. Philadelphia, W.B. Ed. Saunders/Elsevier.

Janeway C, Murphy K, Travers P et al. (2010). ImunoBiologia de Janeway. Ed. Artmed. http://www.nature.com/nri/index.html

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV515 - Epidemiologia Molecular aplicada a estudos de bactérias

Professor(a) Responsável: Dra. Ilana Camargo

Técnicas de Epidemiologia Molecular de patógenos bacterianos

Bases genéticas da resistência bacteriana (Genética bacteriana; Mutações envolvidas em resistência a antibióticos)

Elementos genéticos móveis envolvidos na resistência a antibióticos (Plasmídeos, Genes cassetes, Transposons, IS )

CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)

Caracterização molecular de elementos genéticos móveis: SCCmec typing e evolução deStaphylococcus aureus resistentes à

Meticilina (MRSA) e Tn1546 de Enterococcus resistentes a vancomicina (VRE) e suas variações

Epidemiologia molecular aplicada à detecção de disseminações bacterianas Técnicas moleculares de tipagem: AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism/fluorescent

RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism PFGE: Pulsed-Field Gel Electrophoresis

MLST: Multi-Locus Sequence Typing

Sabat AJ, et al. on behalf of the ESCMID Study Group of Epidemiological Markers (ESGEM). Overview of molecular typing methods for outbreak detection and epidemiological surveillance. Euro Surveill. 2013;18(4):pii=20380.

Vale´rie Bouchet, Heather Huot,and Richard Goldstein. Molecular Genetic Basis of Ribotyping. CLINICAL MICROBIOLOGY REVIEWS, Apr. 2008, p. 262–273, doi:10.1128/CMR.00026-07.

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Disciplina/Turma: GEV516 - Introdução à Espectrometria de massas (EM)

Professor(a) Responsável: Dra. Marilia Buzalaf

Ementa da Disciplina: Técnicas de ionização.

Introdução a EM: conceitos e instrumentação. Tipos de analizadores de massas.

Tipos de detectores. EM em Tandem.

Aplicações da EM em campos "ômicos". Bibliografia Principal:

Hoffmann, E. & Stroobant, V. Mass Spectrometry: Principles and Applications, 3rd_{edition, Wiley,} John & Sons, 2007

Cutillas, P.R & Timms, J.F. LC-MS/MS in proteomics: methods and applications. Humana Press, 2010

Maleknia, S.D. & Johnson, R. Mass Spectrometry of Amino Acids and Proteins. in: Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry. Vol.5: Analysis and Function of Amino Acids and Peptides. Edited by Andrew B. Hughes; Wiley-VCH, 2012.

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV517 - Técnicas Físicas Aplicadas Às Áreas

Biológicas, Biotecnológicas e Médicas: Fundamentos Teóricos e Aplicações

Professor(a) Responsável: Dr. Flavio Henrique Silva e Dra. Leila Maria Beltramini

Apresentar e discutir com alunos, de diferentes áreas, o princípio teórico de técnicas físicas que atualmente são cada vez mais utilizadas no estudo de aspectos ultra estruturais e moleculares das áreas de Biologia, Biotecnologia e Médica. 1. Introdução: Sensibilizar os estudantes mostrando a importância dos estudos da biologia molecular estrutural, da medicina e biotecnologia na ciência contemporânea. 2. Histórico sobre os estudos da interação da luz com a matéria: o espectro eletromagnético e sua aplicação nas diferentes técnicas físicas. 3. O espectro eletromagnético: a) fundamentos e aplicações nas regiões UV-VIS-IR: desafio laboratorial aos alunos em construir curvas de dosagem de diferentes compostos utilizando a absorção óptica na região VIS e UV do espectro eletromagnético. 4. Fluorescência, Fosforescência, fluorofos intrínsecos e extrínsecos. a) explorando experimentalmente estas propriedades em alguns compostos biológicos, as informações estruturais fornecidas e os mecanismos de ações que podem ser obtidos destes experimentos. 5. A Absorção óptica de compostos quirais e a polarimetria: a) dicroísmo circular (CD), princípio e aplicações; b) CD utilizando Lux Sincroton 6. Técnicas microscópicas de alta resolução: MO, MF, ME, MCF, MFA, MMF a) conhecer os diferentes microscópios utilizados em laboratórios de pesquisa, seus fundamentos e aplicações; 7. Difração, espalhamento e absorção de raios-X e nêutrons aplicados aos estudos de biomoléculas: a) Cristalografia de proteínas e difração por raios X b) Espalhamento de raios X e nêutrons c) A utilização da Luz Sincroton: visita ao anel do LNLS 8. Ressonância magnética nuclear (RMN), Ressonância Paramagnética Eletrônica (RPE) a) RMN, aplicada ao estudo/interpretação de imagens; b) RMN, RPE, aplicadas ao estudo de estruturas e interações de (e entre) biomoléculas 9. Ressonância Plasmônica de Superfície (SPR): principio e aplicações em estudos sobre interações de ligantes com macromoléculas; 10. Espectrometria de massa a) Analisadores de Massa b) Técnicas de Ionização

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Vyvyan, INTRODUÇÃO À ESPECTROSCOPIA. Tradução da 4ª edição norte-americana, 2010. Revisão técnica: Prof. Paulo Sergio Santos, Instituto de Química - Universidade de São Paulo. • LAKOWICZ, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy. New York: Edt. Plenum Publishers, 2.ed. 1999. • B.A. Wallace and R.W. Janes. Modern Techniques for Circular Dichroism and Synchrotron Radiation Circular Dichroism Spectroscopy. Advances in Biomedical

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Caracterização de Disciplina

Disciplina/Turma: GEV518 - Tecnologias e análise de dados de Sequenciamento de Nova Geração

Área de Concentração: Optativa

Professor(a) Responsável: Dra. Polyana Cristine Tizioto

1.Introdução à tecnologias de sequenciamento de nova geração(NGS) 2.Aplicações do NGS: sequenciamento de novo, resequenciamento genômico, sequenciamento de RNA e metagenoma

3.Introdução à análise de dados de sequenciamento de nova geração 4.Introdução ao sistema operacional Linux

5. Mapeamento de sequências (RNA e DNA) 6. Deteção de variantes (RNA e DNA)

7. Reconstrução do transcriptoma e quantificação de transcritos 8. Análise de expressão diferencial e anotação funcional

9.Estudo dirigido

Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken: Wiley Publishing, 2007. 436 p. --(For Dummies) ISBN 978-0-470-08985-9.

Next-generation sequencing data analysis. Nature Methods, Supplement issue: November 2009 Volume 6, No 11.

Andreas Gogol-Döring, Wei Chen. Next Generation Microarray Bioinformatics : Methods and Protocols. Methods in Molecular Biology. Volume 802, 249-257, 2012.10.1007/978-1-61779-400-1_16.

http://www.springerprotocols.com/BookToc/doi/10.1007/978-1-6177

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Disciplina/Turma: GEV160 - Bioinformática

Área de Concentração: Área comum

Professor(a) Responsável: Dra. Patricia Domingues de Freitas

1. Conversando sobre Bioinformática: O que é a Bioinformática?; Histórico: Quando Surgiu e como se Desenvolveu; Estado da Arte: Como está a Bioinformática no Brasil e no Mundo; O que um Bioinformata Precisa Saber ; Quem são e onde estão os Bioinformatas?; NAVEGANDO NA BIOINFORMÁTICA (PRÁTICA) (4h/4h) 2. Bancos de Dados Genômicos e Alinhamento de Seqüências (4h/4h): Introdução aos Principais Bancos de Dados Genômicos; Processos de Alinhamento de Seqüências e Principais Algoritmos Utilizados; Parâmetros de Alinhamentos (Score, E-value, Matrizes de Comparação/Substituição); ALINHANDO (PRÁTICA) 3.

Montando um Genoma (4h/4h): Processos de Clusterização e

Estabelecimento de Contigs; Algoritmos de Base-calling e Qualidade de Sequências; Processo de Trimagem via CROSS-MATCH; O “pacote” PHRED, PHRAP, CONSED; Outras Ferramentas de Clusterização e Montagem de Genomas; MONTANDO UM GENOMA (PRÁTICA). 4. Análises in silico (4h/4h): Introdução aos Processos de Descoberta de Informações; Abordagem de KDD e Data Mining; Prospecção de Polimorfismos (SNPs, SSRs, RFLPs, etc) e Softwares Utilizados; Desenhando e Avaliando Primers via Análises ‘in silico’; Conceitos Teóricos e Práticos sobre Pipelines; MINERANDO (PRÁTICA). 5. Anotação Genômica (4h/4h): Conceitos e Definição; Anotação de Seqüências Nucleotídicas e Proteínas; Anotação de Processos e Estabelecimento de vias Metabólicas; Anotação Realizada; ANOTANDO (PRÁTICA). 6. As Ômicas (4h/4h): Projetos Genomas, Transcriptomas e os

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Principais Softwares; Modelagem via Algoritmos de Threading e Principais Softwares; MODELANDO (PRÁTICA). 8. Bioinformática Evolutiva e Comparativa (4h/4h): Árvores e Topologias (Alegorias); Filogenias x Genealogias; Métodos de Reconstrução; Principais Softwares e Algoritmos Utilizados; RECONSTRUINDO A EVOLUÇÃO E PERCORRENDO O CAMINHO DOS GENES (PRÁTICA). 9. Genética e Computação (4h/4h): A interação das Áreas; Decodificando os Genomas Através de Algoritmos; Sistemas Operacionais e o LINUX; Linguagens de Programação: Por quê PERL?; Pra que usar PHP e HTML? MySQL e Bancos de Dados. 10. Filosofando (4h/4h): Um pouco de História: Ciência, Genética e Bioinformática; Discussão e Considerações Finais. 11. Seminários e Discussão (10h).

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Nova Geração de Sequenciamento - NGS

Área de Concentração: Área comum

Professor(a) Responsável: Dra. Andrea Soares da Costa Fuentes

Biologia Molecular, Genomas, Bioinformática; Introdução ao sistema operacional Linux; Alinhamento de Sequências, Local e Global; Montagem de Genomas: Sanger e NGS; Bancos de Dados Biológicos - Anotação de genes; Análise de Transcriptomas - NGS; Análise de Metagenomas - NGS; Estudo dirigido; Apresentação de trabalho;

Gibas, Cynthia; Jambeck, Per. Developing bioinformatics computer skills. An introduction to software tools for biological applications Beijing: O'Reilly, c2001. 427 p. ISBN 1-56592-664-1.

Bioinformatics: sequence, structure, and databanks: a practical approach. D. Higgins (Ed.); W. Taylor (Ed.). Oxford: Oxford University Press, c2000. 249 p. -- (The Practical Approach Series) Notas gerais: e.1 2003; e.2 a 5 2011. ISBN 978-0-19-963790.

Claverie, Jean-michel; Notredame, Cedric. Bioinformatics for dummies. 2 ed. Hoboken: Wiley Publishing, 2007. 436 p. -- (For Dummies) ISBN 978-0-470-08985-9.