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4.1-Vida-Definicion

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(1)

La vida en la Tierra

Licenciatura en Ciencias de la Tierra

Facultad de Ciencias, UNAM

(2)

Definición de vida

• Why Is the Definition of Life So Elusive?

Epistemological Considerations. Serhiy A. Tsokolov. Astrobiology, Volume 9, Number 4, 2009.

• A pesar de la necesidad obvia de una definición de

vida, no hay una definición que sirva tanto un principio metodológico que unifique la investigación en

astrobiología y como fundamento teórico fundamental para educar a una nueva generación de científicos. • Cada teoría, hipótesis o punto de vista adopta

definiciones de la vida en concordancia con premisas e intereses científicos específicos.

(3)

Definición de vida

• Una definición “ideal” requiere especificar las

condiciones necesarias y suficientes para la

aplicación del término que es definido.

• Las definiciones se pueden clasificar en tres

grupos:

– La vida es definida en términos que no están

definidos

– Una combinación de descripciones

– Un paso específico en una evolución gradual de

un sistema químico complejo a un sistema

viviente primitivo que es definido arbitrariamente

como “vida mínima”.

(4)

Definiciónes con términos no

definidos

• Los organismos vivos se distinguen por su complejidad específica (Orgel, 1973)

• La vida es un proceso que organiza la materia a niveles más altos de complejidad y mantiene esa complejidad (Anbar 2002)

• La vida se define como un un sistema material que puede adquirir, guardar, procesar y usar información para organizar sus actividades (Dyson, 1999).

• La vida es una propiedad esperada colectivamente

auto-organizada de polímeros catalíticos (Kauffman

1993).

• La vida es un sistema químico autosustentado capaz de realizar evolución Darwinana (Joyce, 1994).

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Definiciónes con términos no

definidos

• Pseudo-definiciones

– Vida es aquello que es común a todos los

seres vivos (De Duve, 2002).

– Vida es una forma de capturar y usar energía

y materiales (Starr and Taggart 1992)

– Las cosas vivas son agregados peculiares de

materia ordinaria y de fuerza ordinaria

(6)

Definiciones con términos no

definidos

• Trampas intuitivas

– Son definiciones que incluyen términos que

intuitivamente son entendibles a partir de su

uso diario, como si su significado fuera claro y

sin ambigüedades.

– Orden, organización, complejidad,

información

(7)

Definiciones de vida

• Los sistemas vivientes son aquellos sistemas que pueden mantener e incrementar el grado ordenamiento en un ambiente menos

ordenado (Libbert, 1982).

• Hay orden y organización en los entornos naturales, las comunidades vivientes que ocupan cada entorno y en los organismos individuales mismos (Beck et al. 1991).

• Los organismos vivientes están caracterizados por el orden morfológico y funcional (Babloyanz, 1986)

• A través del mundo viviente el caos es transformado en orden (Capra 1997).

• Schrödinger (1994): La vida parece ser un comportamiento

ordenado y reglamentado de la materia, no basado exclusivamente en su tendencia de ir del desorden al orden, sino basado

parcialmente en un orden existente que es mantenido. Un

organismo se mantiene estacionario por sí mismo a un alto nivel de ordenamiento.

(8)

Orden

• Coloquialmente: un arreglo particular en contraste con un arreglo aleatorio.

• En este caso el orden depende de las suposiciones del observador

(9)

Orden

Definición de Boltzmann: Probabilidad de un microestado

8 moléculas (suponiendo que cada una

(10)

Termodinámica

• Todos los procesos espontáneos que ocurren

en un sistema cerrado tienden a proceder hacia

el incremento de la entropía del sistema

• La entropía mide la cantidad de energía de un

sistema que no puede usarse para producir

trabajo.

• La entropía está relacionada con la mayor

probabilidad de un estado

• El orden está relacionado con la menor

probabilidad de un estado

(11)

Probabilidad de que las moléculas se mezclen (Pm) contra la probabilidad de que permanezcan separadas (Ps)

Pm incrementa durante el mezclado al

igual que la entropía, Ps no cambia porque la temperatura permanece constante.

Probabilidad de un estado aleatorio (PT) contra la probabilidad de un arreglo

ordenado (PO), el cual depende de su grado de movimiento que está

relacionado con la temperatura del sistema.

PT decrece con el descenso de la temperatura, mientras que PO se mantiene igual o aumenta.

(12)

Segunda ley de la termodinámica: Todos los procesos espontáneos que ocurren en un sistema cerrado

tienden a aumentar la entropía del sistema, lo que está relacionado con un decrecimiento del orden

Tercera ley de la termodinámica: La entropía de un cristal ideal a cero grados Kelvin es definida como cero y el orden de un cristal ideal es

máximo

El “orden” en cada uno de estos estados proviene de una percepción, es una trampa intuitiva.

No hay una definición de orden, pero se utiliza como si supiéramos de que estamos hablando.

La probabilidad de un estado determinado es utilizado para medir la entropía y el orden, no para definirlo.

(13)

Orden

• Debemos distinguir dos clases de “orden”, uno que caracteriza los procesos de la vida y un segundo que está relacionado con la estructura de un cristal y la dinámica.

• Los cristales están ordenados en términos de su

estructura regular pero absolutamente desordenados en términos de la distribución termodinámica de sus

elementos.

• Para que los cristales sean comparables con los

organismos vivos deberían estar en solución. Además tendrían que existir en un estado lejos del equilibrio en términos de su potencial químico o distribución dentro de la rejilla cristalina. Lo que está en contra de las

características del estado cristalino.

(14)

Orden

• El concepto de “orden” cuando se aplica

a la vida se refiere a estados

termodinámicos heterogéneos.

• El concepto coloquial de “orden” está

asociado con la regularidad o secuencias

periódicas de elementos.

• Complejidad es otro término cuya

definición no es clara cuando se usa

asociada con la vida

(15)

Confusiones contextuales

• Surge cuando un término usado en un contexto

científico es usado para caracterizar la “realidad” en otro contexto científico.

• Ejemplos:

– La vida es una estructura jerárquica de unidades funcionales

que ha adquirido a través de la evolución la habilidad de guardar y procesar la información necesaria para su propia reproducción (Gatlin 1972).

– La vida está hecha de tres elementos básicos: materia, energía e información (Fong 1973).

– La vida puede ser descrita como un flujo de energía, materia e información (Baltscheffsky 1997).

– La vida se define como un sistema material que puede adquirir, guardar, procesar y usar información para organizar sus

(16)

Información

• En la teoría de comunicación (Hartley, Shannon

y Weaver) el término “información” implica una

secuencia arreglada de elementos.

• Aunque la secuencia puede ser decodificada en

una señal con significado, el arreglo en sí

mismo carece de significado.

• Información no debe ser confundida con

significado.

(17)

Información

• En ciencias cognitivas la palabra

información es identificada con

conocimiento en general y en casos

particulares con información sensorial,

cognición y memoria.

• Este uso siempre implica información

acerca de algo y siempre implica

(18)

Información

• El término también es usado como una metáfora. • Por ejemplo para hablar de un conjunto de datos o

(19)

Información

• En biología se utiliza el término bioinformación, que es interpretado de varias formas.

• Algunas interpretaciones más reducidas de la

información es la llamada información genética (con sus términos relacionados que incluyen al código genético, el programa genético, el plano del DNA).

• Interpretaciones más amplias ponen a la noción de información en el contexto de la maquinaria del

organismo viviente como un todo, designando diferentes niveles y redes de control, circuitos, ciclos de

retroalimentación y procesos homeostáticos.

• Estas nociones diferentes de información dan lugar a dos tipos de definiciones de vida expresadas a partir de la misma palabra

(20)

Información

• En un caso la definición de vida como un

“sistema que procesa información” es redefinida

como un sistema de procesamiento de

información genética:

– La expresión fenotípica del material genético es lo que normalmente definimos como el fenómeno de la vida (Küppers, 1990)

– La existencia del genoma y del código genético divide a los organismos vivos de la materia no viva (Yocker 2002)

– El DNA hace RNA, el RNA hace proteínas y las proteínas nos hacen a nosotros (Keller, 1994)

(21)

Información

• La versión gen-centrista de la descripción de la vida refleja el paradigma central de la biología molecular, la cual postula una trasmisión lineal, unidireccional de la información de los ácidos nucleicos a los polipéptidos (Crick 1958).

• En su definición más restringida y técnica, la información es entendida como una secuencia de elementos en una molécula lineal de DNA, RNA o un polipéptido.

• No se puede dar otra interpretación de información en el contexto de la teoría de Shannon o otras teorías

matemáticas.

• Cualquier otro significado de la información en las definiciones centradas en los genes son metáforas.

(22)

Información

• En algunas instancias, las secuencias de los ácidos nucleicos son descritas como los planos o programas que incluso se ha propuesto que tienen significado.

• Este uso implica que los genes contienen los planes que son transmitidos a través de las generaciones:

– Aunque el organismo muera el plano de información de la estructura y función del organismo, el cual para la vida que conocemos está basado en un código químico, sobrevive de generación en generación (Shulze-Makuch et al 2002).

• En otro uso relacionado los genes contienen instrucciones para fabricar organismos:

– Toda la vida conocida y la vida artificial son llevadas por un programa (Abel 2002).

– En la materia viva las reacciones químicas están dirigidas por secuencias de nucleótidos en el mRNA (Yockey et al 2002).

(23)

• Se supone que los genes tienen un significado relacionado con sus productos péptidos:

– Los códigos genéticos tiene significado por las características que imparten a los sistemas en los que residen (Shulze-Makuch et al. 2002).

– El DNA tiene un significado debido a los segmentos expresados del DNA (exones) que son leídos por la maquinaria molecular de la célula (Shulze-Makuch and Irwin 2004).

• A los genes también se les da un atributo de

conocimiento relacionado con los factores del ambiente: – Puede decirse que el orden observable en las secuencias

genómicas, y la forma organizada en la que son expresados, representa la suma de toda la información del sistema

acumulada a través de su historia de interacciones internas y externas (Guimarães 2002).

– Una célula debe ser capaz de establecer y mantener una representación molecular de su ambiente – una especie de “realidad virtual” de sus alrededores codificada en su

(24)

Información

• En un uso extremo los genes son considerados

como el motor principal de todos los procesos

de los organismos vivos:

– El “movedor que no se mueve” describe

perfectamente al DNA. Actúa, crea, forma y

desarrolla y no es cambiado durante el proceso (Delbrück 1971).

• Esta visión ha llevado a una monarquía absoluta

de los genes en la jerarquía de la vida y a una

de las grandes falacias de la biología.

(25)

• The Watson-Crick era, which began as a

narrowly defined and proper theory and

paradigm of the gene, has mistakenly evolved

into a theory and a paradigm of life… . The

failure is located in the mistaken idea that

complex behavior may be traced solely to

genetic agents and their surrogate proteins

without recourse to the properties originating

from the complex and nonlinear interactions of

these agents (Strohman, 1997, p 194).

(26)

• La misma definición de vida como un sistema que procesa información puede ser entendida de manera diferente si la palabra información no se reduce a

secuencias de polímeros biológicos.

• Los genes no codifican, programan controlan o llevan el metabolismo o la homeostasis (regulación del ambiente interno para mantener una condición estable o

constante).

– El DNA es una molécula muerta, entre las menos reactivas y químicamente inertes del mundo… La secuencia lineal de nucleótidos del DNA es usada por la maquinaria de la célula para determinar que secuencia de aminoácidos debe ser

construido en una proteína y para determinad cuando y donde debe ser hecha una proteína (Lewontin 1992).

• Los genes están regulados por una variedad de mecanismos.

• Los genes no son agentes activos. La maquinaria completa del organismo decide cuando un gen debe expresarse, en que momento y lugar y qué información debe ser extraída de una secuencia de nucleótidos

(27)

• Un sistema vivo como un todo no puede ser dividido en elementos de orden o control principal o secundario.

• Los procesos de la vida en un organismo y su contenido de información pueden ser vistos como ciclos sinfín que involucran distintos elementos.

• En esta circulación no hay “productos finales” con respecto a la información.

• El principio del uso de la información cíclica es universal en la organización biológica puede ser observado en

todos los niveles: molecular, celular, fisiológico e incluso en la organización social.

(28)

Visiones centradas en el gen y en el organismo

relacionadas con el flujo de información

(29)

Descripciones en vez de

definiciones

• De acuerdo con esta posición la única manera

de definir la vida es a partir de listar sus

propiedades observadas y postular que están

de alguna manera conectadas entre si y al

fenómeno general llamado “vida.

– No parece que exista una propiedad características única que sea a la vez intrínseca y única de la vida. En vez de esto tenemos que argumentar que la vida llena ciertos estándares, o que califica por la

presencia colectiva de un cierto conjunto de

(30)

Descripciones en vez de

definiciones

Algunos términos no son precisos

Sirven como “definiciones de trabajo” para un discurso científico específico Pero no son definiciones

(31)

Descripciones en vez de

definiciones

• Una definición “ideal" especifica las condiciones

necesarias y suficientes para la aplicación del

término que se define. Este no es el caso de las

definiciones descriptivas.

• Si admitimos que hay una lista de

características que se aplica a todos los

organismos vivos y los distingue de los sistemas

no vivos, de igual manera esta no es una

definición sino descripciones secundarias.

• Estas características son las manifestaciones

observables y registrables de principios más

(32)

Descripciones en vez de

definiciones

• ¿Que es lo que pasa específicamente en los

sistemas vivientes que les permite crecer,

metabolizar, adaptarse, reproducirse,

evolucionar, incrementar su complejidad y

procesar información?

• La reproducción requiere una unidad que sea

reproducida, esta es la razón por la cual es

operacionalmente secundaria al establecimiento

de la unidad y no puede entrar como una

característica definitoria de la organización de

los sistemas vivos (Varela 1979)

(33)

Descripciones en vez de

definiciones

• Se necesita una jerarquía causal

• En algunos casos las conexiones causales ocurren en series, mientras que otros procesos ocurren en paralelo. • Ejemplo:

Adaptación  evolución  reproducción (transmisión de información genética)

La información genética es procesada en una red

homeostática circular dentro del organismo como un todo.

La retroalimentación de la circularidad homeostática está causalmente conectada con dos características

paralelas de la vida: la utilización de la energía y la creación del orden.

(34)

Descripciones en vez de

definiciones

• El problema es que no es aún claro que características son primarias y cuáles secundarias, qué procesos

interactúan con otros en una red causal y si hay una

característica o procesos centra, el cual es fundamental para otros secundarios o terciarios y para observaciones posteriores.

• La determinación de la jerarquía de las características de lo vivo puede tener una uso práctico para la

astrobiología

• Por ejemplo si se supone que las reacciones

autocatalíticas y los ciclos de retroalimentación son

principios organizacionales primarios de la vida y que los polímeros basados en carbono y soluciones acuosas

son secundarios, entonces será posible ampliar la

búsqueda de vida en el universo para incluir químicas que no estén basadas en el carbón.

(35)

Ausencia de un contexto

interdisciplinario general

• La definiciones, por ejemplo del mercurio o del agua, están inscritas dentro de una teoría. De esta forma

pueden definirse como H2O y el elemento 80 de la tabla periódica.

• Las definiciones más precisas típicamente tienen un contexto científico más amplio.

• Este contexto no ha sido propuesto para la definición de la vida.

• Debe ser interdisciplinario y no sólo una “teoría de la biología”.

• Es necesario construir una serie general y universal de sistemas donde los sistemas vivientes sean un caso particular de un panorama más general.

(36)

“Vida mínima” como definición

• Problemas en la biología transicional:

– ¿Cómo surgió la vida en la Tierra?

– ¿Qué sistemas bióticos extraterrestres podemos esperar encontrar en el universo?

– ¿es posible sintetizar sistemas vivientes artificiales?

• Estas preguntas están relacionadas con una cuestión metodológica.

• Si suponemos que la transición hacia la vida es un

continuo, entonces la cuestión principal es investigar y construir series transicionales que van de sistemas

prebióticos supramoleculares con algunas, pero no todas las propiedades asociadas a la vida y luego los primeros organismos bioticos que despliegan todas las propiedades.

(37)

“Vida mínima” como definición

• Un sistema viviente mínimo puede ser postulado

como el sistema químico primario que tiene un

conjunto mínimo de propiedades o subsistemas,

por A+B+C+D.

• Si el sistema sólo muestra las propiedades

A+B+C no es todavía un sistema viviente,

mientras que si un sistema posee las

propiedades A+B+C+D y E, entonces no puede

suponerse como mínimo.

(38)

• Problema: hay cierta arbitrariedad en las

suposiciones subyacentes

• Primero, postulamos propiedades de manera

arbitraria, es decir no hay indicadores naturales

u objetivos que nos digan que los sistemas

mínimos posean propiedades A+B+C o A+B+D

o B+C+D.

• No es claro, con respecto al origen de la vida o

la vida artificial, qué sistemas químicos tienen la

capacidad de evolucionar en una protocélula o

ensamblarse en una célula artificial.

(39)

“Vida mínima” como definición

• Un segundo paso en la definición de vida

mínima es postular arbitrariamente una

identidad con un conjunto de propiedades

y la palabra vida.

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