Programa Integrado das
Redes Ômicas e
Computação Científica
na Saúde e Ambiente -
ROCC
Relatório Geral de Atividades
Vice Presidência de Pesquisa e laboratórios de Referência
Vice-presidência de Pesquisa e Laboratórios de Referência - VPPLR
Sumário
i
Sumário
1 Programa ... 1
1.1 Criação ... 1
1.2 Alinhamento a Metas Institucionais ... 1
1.3 Missão ... 1 1.4 Objetivos e Metas ... 2 1.5 Grupos de Trabalho ... 2 1.6 Participantes ... 2 1.7 Unidades ... 3 1.8 Coordenação ... 3 2 Projetos Estruturantes ... 4
2.1 planejados para iniciar em 2015 ... 4
2.2 Iniciados em 2014 ... 4
2.3 Iniciados em 2013 ... 5
2.4 Projetos Planejados não iniciados... 5
3 Capacitação... 6
3.1 Cursos realizados e/ou divulgados em 2015 ... 6
3.2 Cursos realizados e/ou divulgados em 2014 ... 6
4 Reuniões ... 8 4.1 Planejadas para 2015 ... 8 4.2 Executadas em 2014 ... 8 4.3 Executadas em 2013 ... 8 5 Equipe ... 9 5.1 Coordenadores de Grupo ... 9 5.2 Equipe de Apoio ... 9
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1 Programa
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1 Programa
1.1 Criação
Nos dias 3 a 5 de julho de 2013 foi realizada uma oficina na Fiocruz de Minas
Gerais com o objetivo de levantar e discutir as dificuldades, características e
necessidades dos grupos de pesquisa das áreas Ômicas e Computação Científica.
O resultado dessa reunião foi o comprometimento dos pesquisadores em ampliar
os grupos colaborativos, que aliado as necessidades de atendimento às metas
institucionais da Fiocruz culminou na criação do Programa Integrado das Redes
Ômicas e Computação Científica em Saúde e Ambiente – denominado Rede ROCC.
1.2 Alinhamento a Metas Institucionais
A criação da Rede ROCC auxilia a FIOCRUZ no desenvolvimento de suas
metas institucionais apoiando a estratégia organizacional estabelecida em
Congresso Interno, e definida no Plano Quadrienal 2011/2014 através da
participação em três macroprojetos (VI Congresso Interno da Fiocruz), que são:
Macroprojeto 1: Redes e programas de pesquisa, desenvolvimento
tecnológico, ensino e plataformas tecnológicas integrados entre as Unidades da
Fiocruz e as instituições de C&T nas diversas regiões do país
http://www.fiocruz.br/media/relatorio_final_ultima_versao.pdf
p 48.
Macroprojeto 2: Pesquisa e atuação na fronteira das áreas de competência
da Fiocruz
http://www.fiocruz.br/media/relatorio_final_ultima_versao.pdf
p 50.
Macroprojeto 3: Formação de competências em áreas estratégicas para o
sistema de C&T em saúde, especialmente naquelas voltadas para as áreas de
biotecnologia, propriedade intelectual, inovação e gestão em C&T
http://www.fiocruz.br/media/relatorio_final_ultima_versao.pdf
p 49.
1.3 Missão
A ROCC tem como missão promover a integração da comunidade de
cientistas nas áreas de fronteira em bioinformática, biologia computacional,
“Aqui vai uma frase
de impacto do Wim"
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1 Programa
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tecnologias “ômicas” como genômica, proteômica, metabolômica, transcriptômica etc e
computação científica na saúde e ambiente, e de estimular a formação de recursos
humanos e a geração de conhecimento, produtos e serviços nestas áreas.
Essa integração se dará através de cooperação entre os grupos de pesquisa no
desenvolvimento de projetos, na maximização da capacidade e infraestrutura
organizacional, no uso compartilhado das Plataformas Tecnológicas e na formação de
recursos humanos. Assim, a ROCC se baseia na infraestrutura otimizada, capacidade
técnica (“know-how”) da comunidade de P&D da Fiocruz, e na força da pesquisa e
ensino da Instituição.
1.4 Objetivos e Metas
Para realizar a missão proposta, as metas iniciais da Rede são:
Mapeamento de infraestrutura, atividades e conhecimento (pessoas e projetos)
existentes.
Mapeamento de problemas e necessidades;
Mapeamento de oportunidades e atividades de capacitação;
Desenvolver pesquisa colaborativa na Instituição.
1.5 Grupos de Trabalho
Alguns membros da rede participam de grupos de trabalho além do Comitê
Gestor. A VPPLR dá suporte organizacional e logístico para a Rede, e auxiliará na
gestão dos projetos e atividades.
Grupo 1- Recursos Humanos
Grupo 2- Hardware e software
Grupo 3- Infraestrutura, ômicas, proteômicas e genômicas.
Grupo 4- Comitê Gestor
1.6 Participantes
A ROCC é
composta por pesquisadores, tecnólogos, técnicos e estudantes com
atuação nas áreas ômicas e computação científica, bem como pelos gerentes e equipes
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das Plataformas Tecnológicas Fiocruz nestas áreas, e pelos gestores envolvidos com as
atividades, nas Unidades e na Presidência. A adesão é por livre vontade, mediante
registro.
A reunião que culminou com a criação do programa contou com 33 participantes,
em 2014 passamos para 61 e em 2015 temos 73 participantes, em sua maioria
pesquisadores.
1.7 Unidades
Os grupos de pesquisa participantes internos são de diversas unidades da
Fiocruz como Ceará, Manaus, Minas Gerais, Pernambuco, Rio de Janeiro, Rondônia,
Salvador, Bio-Manguinhos, além do IOC, PROCC, ICICT, ENSP, IFF PROCC, DIRAD, CGTI,
FARManguinhos, DIPLAN e VPEIC.
Externamente temos parceria com o Laboratório Nacional de Computação Científica
(LNCC) e Instituto Paster.
1.8 Coordenação
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2 Projetos Estruturantes
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2 Projetos Estruturantes
Projetos Estruturantes são aqueles que geram novas competências e/ou
contribuem para aumento da infraestrutura, esses projetos deverão ter o apoio da
VPPLR para a captação de recursos internos e/ou externos.
Antes de serem classificados como estruturantes, esses projetos devem ser
submetidos ao Comitê Gestor que irá verificar se os mesmos cabem nesta classificação.
Necessariamente envolvem no mínimo três grupos de pesquisa de no mínimo duas
unidades diferentes, idealmente com tecnologias mistas, e alinhados à estratégia da
Fiocruz.
Devem ter início-meio-fim planejados e produtos claramente definidos, que
beneficiem a Fiocruz e/ou a saúde/ambiente.
2.1 planejados para iniciar em 2015
•
Genomica comparativa de isolados de Aedes aegypti
•
Estudo de
formação de
computação em núvem e/ou grids institucionais.
2.2 Iniciados em 2014
Projetos de interface com colaborações existentes ou potenciais entre a Fiocruz (ROCC)
e LNCC.
•
Projeto Capacitação em Bioinformática e Computação Científica com cursos
especiais, pós-graduação Biologia Computacional e Sistemas (IOC), e Biologia
Celular e Molecular (BCM), capacitação on-line
•
Projetos genoma de micro-organismos com importância em Saúde e ambiente, e
projetos metagenômicas, desenvolvimento de barcodes
•
Proteoma de micro-organismos, identificação por espectrometria de massas.
•
WorldCommunityGrid (IBM)– “Discovering Genome Mysteries”: banco de dados
sobre a Rede da Vida.
•
Bioprospecção em proteoma de patógenos para desenho de antígenos e
vacinas
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2 Projetos Estruturantes
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•
Modelagem computacional de célula completa.
2.3 Iniciados em 2013
•
Projeto 51 de capacitação em Bioinformática com apoio da Capes
•
Desenvolvimento de barcodes para microorganismos
•
Genomas Microbianas
•
Ambiente computacional para proteômica: Paulo Costa Carvalho
•
Uso de dados abertos ligados e ontologias para a extração de conhecimento e
integração de dados sobre alvos essenciais e drogáveis, redes metabólicas e
fármacos reposicionáveis para doenças de interesse em saúde pública.
2.4 Projetos Planejados não iniciados
•
Estudo de viromas
•
Genoma humano e câncer, genoma e biota do ser humano saudável (projeto
internacional), farmacogenética, marcadores de doenças crônicas,
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3 Capacitação
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3 Capacitação
3.1 Cursos realizados e/ou divulgados em 2015
Descrição Coordenação Data Local Vagas
Ana Carolina Vicente
2/2 RJ
Metagenomics Workshop – III International Workshop on Environmental Microbiology Mini-course 1 - Bacterial metagenomics Mini-course 2 - Phage genomics and metagenomics http://metagenome.cebio.org/content/ courses Guilherme Oliveira 2 a 6/2 MG
3.2 Cursos realizados e/ou divulgados em 2014
Descrição Coordenação Data Local Vagas
Tratamento de dados NGS usando Stingray@Galaxy
Alberto Dávila 22/6 RJ 30
Caracterização de Proteinas através de Espectometria de Massa e Ressonância Magnética Alexander Chapearouge 15 a 18/7 RO 16
Filogenômica Aplicada Laila Nahum e
Sergio Mendonça
04 a 12/8
RJ 16
NGS for Infectious Disease Diagnostics http://www.nextgenerationdx.com/Ne xtGeneration_Content.aspx?id=13700 7&libID=136978 externo - divulgação 20/8 on-line -
Análise e anotação funcional de dados NGS usando Stingray@Galaxy
Alberto Dávila 25 a
27/8
RJ 30
Mineração de dados e de textos Roney Santos
Coimbra
8 a 19/9
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3 Capacitação
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Curso básico de programação em Perlpara bioinformática Luciano Kalabric Silva 15 e 17/9 BA 16
Análise, montagem e anotação de genomas de patógenos e estudo de transcriptoma
Wim de Grave 3 a 14
/11
RJ 16
Curso de Nivelamento: Análise, montagem e anotação de genom
Wim de Grave 27 a
31/10
PR 15
Análise de dados proteomicos Paulo Carvalho 10 a 14
/11
RJ 25
Cadeias de Markov Aplicadas à Bioinformática (IOC 14114) Gustavo Guerberoff 24/11 a 05/12 RJ 20
Caracterização de Proteinas através de Espectometria de Massa e Ressonância Magnética Alexander Chapearouge 17 a 19/11 PE 20
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4 Reuniões
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4 Reuniões
4.1 Planejadas para 2015
Está planejado uma reunião com todos os membros.
4.2 Executadas em 2014
Reunião anual com os membros : 05 de dezembro de 2014 na Fiocruz Rio
de Janeiro.
4.3 Executadas em 2013
O esforço inicial para a criação do programa ocasionaram um número
maios de reuniões, sendo elas:
10 de setembro – Reunião do Comitê Gestor / Fiocruz Rio de Janeiro.
16 de setembro – Membros da ROCC / Fiocruz Rio de Janeiro.
18 de outubro – Comitê Gestor / Fiocruz Rio de Janeiro.
03 de novembro – Membros da ROCC / Recife.
Plataforma Fiocruz - MG 2014
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5 Equipe
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5 Equipe
5.1 Coordenadores de Grupo
Recursos Humanos
Cristiana Brito
[email protected]
Hardware e Software
Angela Volpini
[email protected]
Infraestrutura, omicas,
proteômicas e genômicas.
Guilherme Oliveira
Pesquisador Fiocruz Minas
Tel [Telefone]
[email protected]
5.2 Equipe de Apoio
Andréia G. Gestão Operacional Tel 3885-1063 [email protected] Cássia P. DiasGerente Executiva do PDTIS Tel 3885-1697 [email protected] Eliana Campagnuci Coordenadora da Rede de Plataformas Tel 3885-1695 [email protected]
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6 Contato
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6 Contato
Vice Presidência de Pesquisa e laboratórios de
Referência
Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro - CEP: 21040-900 Tel 3885-1063
