Ebook Guia de comandos

(1)

Computacional de Biomoléculas

Renato Massaharu Hassunuma

Guia de Comandos

em Software de Simulação

(2)

Renato Massaharu Hassunuma

Professor Titular da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

Bauru

Computacional de Biomoléculas

Guia de Comandos

(3)

Renato Massaharu Hassunuma

Professor Titular da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

Bauru

Computacional de Biomoléculas

Guia de Comandos

em Software de Simulação

Conselho Editorial:

PROFA. MA. ELIANEPASSARELLIVIEIRA

Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

PROFA. DRA. MICHELEJANEGITZACORCIVALÉRIO

PROFA. DRA. PATRÍCIACARVALHOGARCIA

PROFA. MA. PATRÍCIAKUBOFONTES

Capa:

Figura desenvolvida a partir do arquivo 2LYZ.pdb referente à enzima lisozima da galinha (Gallus gallus)

determinada por técnica de difração de raios-X em resolução de 2,0Å. Duas cópias da molécula são exibidas por meio de scritps desenvolvidos no software RasMol, sendo a inferior à esquerda no ModoCartoons e Colour Group e a superior à direita no Modo Ball & Stick e Colour Group.

Design:

Renato Massaharu Hassunuma

CIP – Brasil. Catalogação na Publicação H355g

Guia de comandos em software de simulação computacional de biomoléculas. / Renato Massaharu Hassunuma. – Bauru, 2017.

Inclui bibliografia 52 f. : il. color.

ISBN:

1. Bioquímica. 2. Bioinformática. 3. RasMol. I. Hassunuma, Renato Massaharu.

CDU: 577.112 © Renato Massaharu Hassunuma.

Conselho Editorial:

PROFA. MA. ELIANEPASSARELLIVIEIRA

PROFA. DRA. MICHELEJANEGITZACORCIVALÉRIO

PROFA. DRA. PATRÍCIACARVALHOGARCIA

PROFA. MA. PATRÍCIAKUBOFONTES

Capa:

Figura desenvolvida a partir do arquivo 2LYZ.pdb referente à enzima lisozima da galinha (Gallus gallus)

determinada por técnica de difração de raios-X em resolução de 2,0Å. Duas cópias da molécula são exibidas por meio de scritps desenvolvidos no software RasMol, sendo a inferior à esquerda no ModoCartoons e Colour Group e a superior à direita no Modo Ball & Stick e Colour Group.

Design:

Renato Massaharu Hassunuma

CIP – Brasil. Catalogação na Publicação H355g

Guia de comandos em software de simulação computacional de biomoléculas. / Renato Massaharu Hassunuma. – Bauru, 2017.

Inclui bibliografia 52 f. : il. color.

ISBN:

1. Bioquímica. 2. Bioinformática. 3. RasMol. I. Hassunuma, Renato Massaharu.

CDU: 577.112 Hassunuma, Renato Massaharu.

Guia de comandos em software de simulação computacional de biomoléculas / Renato Massaharu Hassunuma. - - Bauru, SP: Canal 6, 2017.

52 p. ; Il.

Inclui bibliografia ISBN 978-85-7917-420-9

1. Bio-química. 2. Bioinformática. 3. RasMol. I. Hassunuma, Renato Massaharu. II. Título.

CDU: 577.112 H355g

Rua Machado de Assis, 10-35 Vl. América | CEP 17014-038 | Bauru, SP Fone/fax (14) 3313-7968 | www.canal6.com.br

(4)

Agradecimentos

Meus agradecimentos

A todos alunos da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

que participaram dos Cursos de Programação no RasMol.

Meus agradecimentos especiais

Ao Prof. Aziz Kalaf Filho,

Diretor da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru,

e à Profa. Dra. Sandra Heloísa Nunes Whitaker Penteado,

Coordenadora Geral do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista – UNIP

pelo apoio nas várias edições do Curso de Programação no RasMol,

promovido pelo Curso de Biomedicina na Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru.

Ao Prof. Dr. Aguinaldo Robinson de Souza e à Profa. Dra. Paula Martins da Silva,

sem os quais este livro jamais poderia existir.

À Profa. Ma. Eliane Passarelli Vieira,

Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Dra. Michele Janegitz Acorci Valério,

Professora Titular do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Ma. Patricia Kubo Fontes,

Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru,

pelas suas importantes contribuições neste livro.

Meu agradecimento mais que especial

Mais uma vez e sempre, à Profa. Dra. Patrícia Carvalho Garcia

,

Coordenadora do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru,

pelo apoio no desenvolvimento do Curso de Programação no RasMol, por suas

contribuições no livro e principalmente por sua amizade.

Grato a todos que diretamente ou indiretamente colaboraram com este livro,

(5)

Agradecimentos

Meus agradecimentos

A todos alunos da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru

que participaram dos Cursos de Programação no RasMol.

Meus agradecimentos especiais

Ao Prof. Aziz Kalaf Filho,

Diretor da Universidade Paulista – UNIP, campus Bauru,

e à Profa. Dra. Sandra Heloísa Nunes Whitaker Penteado,

Coordenadora Geral do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista – UNIP

pelo apoio nas várias edições do Curso de Programação no RasMol,

promovido pelo Curso de Biomedicina na Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru.

Ao Prof. Dr. Aguinaldo Robinson de Souza e à Profa. Dra. Paula Martins da Silva,

sem os quais este livro jamais poderia existir.

À Profa. Ma. Eliane Passarelli Vieira,

Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Dra. Michele Janegitz Acorci Valério,

Professora Titular do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru

à Profa. Ma. Patricia Kubo Fontes,

Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista, campus Bauru,

pelas suas importantes contribuições neste livro.

Meu agradecimento mais que especial

Mais uma vez e sempre, à Profa. Dra. Patrícia Carvalho Garcia

,

Coordenadora do Curso de Biomedicina da Universidade Paulista - UNIP, campus Bauru,

pelo apoio no desenvolvimento do Curso de Programação no RasMol, por suas

contribuições no livro e principalmente por sua amizade.

Grato a todos que diretamente ou indiretamente colaboraram com este livro,

Prof. Dr. Renato Massaharu Hassunuma

Apresentação

Este livro é resultado das atividades desenvolvidas nas várias edições do Curso de

Programação no RasMol, promovido pelo Curso de Biomedicina da Universidade Paulista

– UNIP, campus Bauru. Esta obra teve como objetivo fornecer um material para consulta

rápida para alunos e profissionais da área de bioinformática.

Tendo em vista a escassez de publicações em português na área, especialmente voltados à

utilização de softwares como o RasMol, esta obra vem preencher esta lacuna e oferecer,

de maneira objetiva e sucinta, uma introdução aos interessados no estudo bioquímico

estrutural de moléculas de interesse biológico.

Espero que este livro possa contribuir na formação de novos profissionais e, também,

possa enriquecer e aperfeiçoar o conhecimento daqueles que já atuam na área.

(6)

1 Arquivo

Protein Data Bank

7

2 Software RasMol

10

3 Funções do RasMol usando o mouse e teclas de direção

11

4 File

13

5 Edit

15

6 Display

16

7 Colours

26

8 Options

29

9 Settings

32

10 Export

38

11 Modificando a exibição da estrutura

39

12 Comando

Select

43

13 Obtendo mais informações

47

14 Salvando scripts

50 Referências

51

(7)

1 Arquivo

Protein Data Bank

7

2 Software RasMol

10

3 Funções do RasMol usando o mouse e teclas de direção

11

4 File

13

5 Edit

15

6 Display

16

7 Colours

26

8 Options

29

9 Settings

32

10 Export

38

11 Modificando a exibição da estrutura

39

12 Comando

Select

43

13 Obtendo mais informações

47

14 Salvando scripts

50 Referências

51 Sumário

1 Arquivo Protein Data Bank

Os arquivos que fornecem as informações básicas para exibição e manipulação de

imagens das estruturas moleculares visualizadas no RasMol podem ser obtidas no

site

Protein Data Bank (http://www.pdb.org/pdb/home /home.do). As informações contidas nos

arquivos obtidos a partir do Protein Data Bank provêm de pesquisas que utilizam

técnicas de difração de raios X, ressonância magnética nuclear, entre outras.

Os primeiros seis caracteres dos arquivos com extensão “.pdb” referem-se a

abreviaturas de cabeçalhos das seções que apresentam diferentes informações a cerca de

uma estrutura. Para maiores informações sugerimos consultar o Protein Data Bank

Contents Guide: Atomic Coordinate Entry Format Description Version 3.30. (Disponível

em:

<ftp://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/doc/format_descriptions/Format_v33_A4.pdf>).

Quadro 1 – Cabeçalhos das seções dos arquivos PDB

Abreviatura Descrição

ANISOU Fatores de temperatura anisotrópico

ATOM Coordenadas atômicas e outras informações (ver Quadro 2) AUTHOR Lista de autores responsáveis pelo conteúdo do arquivo PDB CAVEAT Indicador de erros e problemas não resolvidos do arquivo CISPEP Identificação de resíduos/peptídeos em conformação cis COMPND Descrição do conteúdo referente à macromolécula apresentada CONECT Informações referentes às interações entre os átomos

CRYST1 Parâmetros da célula unitária, grupo espacial e valor z (número de cadeias _{poliméricas em cada célula unitária)}

DBREF Links de referência cruzada entre as sequências PDB e uma sequência de banco de _{dados correspondente sobre o conteúdo do arquivo PDB} END Registro do final do conteúdo do arquivo PDB

ENDMDL Registro do final das coordenadas cartesianas para os átomos de um determinado _modelo EXPDTA Técnica experimental usada para determinação da estrutura

FORMUL Fórmula química de um grupo não-padrão no conteúdo do arquivo PDB HEARDER Classificação da molécula, a data que foi depositada no site PDB e o código de _{identificação}

(8)

HELIX Identificação das alfa-hélices

HET Identificação de grupos heterogêneos não-padrão

HETATM Coordenadas atômicas e outras informações referentes aos heteroátomos

JRNL Citação da literatura primária que descreve o experimento que resultou no conteúdo do _{arquivo PDB} KEYWDS Lista de palavras-chave referentes à macromolécula

LINK Especificações referentes às interações entre os resíduos que não são relacionados à _{estrutura primária} MASTER Número de linhas de coordenadas ou de arquivos para os tipos de registros selecionados MODEL Número de série de cada modelo quando vários modelos de uma mesma estrutura são _{apresentados em uma única entrada} MDLTYP Anotação adicional pertinente para as coordenadas apresentadas

NUMMDL Número total de modelos apresentados

OBSLTE Entrada que foi removida e indica, se houver, as entradas que substituíram o arquivo _{PDB obsoleto} ORIGXn Transformação das coordenadas ortogonais à coordenadas submetidas (n = 1, 2 ou 3) REMARK Detalhes experimentais, anotações, comentários e informações não inclusas em outros _cabeçalhos REVDAT Histórico de modificações (com data de revisão e informações relacionadas) feitas a _{partir da deposição do arquivo da estrutura no site PDB} SCALEn Transformação das coordenadas ortogonais como contido na entrada de coordenadas _{cristalográficas fracionadas (n = 1, 2 ou 3)} SEQRES Sequência primária dos resíduos da cadeia principal

SHEET Identificação da posição das folhas beta SOURCE Fonte biológica e/ou química da estrutura

SPLIT Entradas que são necessárias para reconstituir um complexo molecular maior SPRSDE Lista dos códigos de identificação de entradas que ficam obsoletas devido à entrada _atual SSBOND Identificação das ligações dissulfeto

TITLE Título e descrição do experimento realizado para obtenção das informações referentes _{ao arquivo PDB} Fonte: Adaptado de BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

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HELIX Identificação das alfa-hélices

HET Identificação de grupos heterogêneos não-padrão

HETATM Coordenadas atômicas e outras informações referentes aos heteroátomos

JRNL Citação da literatura primária que descreve o experimento que resultou no conteúdo do _{arquivo PDB} KEYWDS Lista de palavras-chave referentes à macromolécula

LINK Especificações referentes às interações entre os resíduos que não são relacionados à _{estrutura primária} MASTER Número de linhas de coordenadas ou de arquivos para os tipos de registros selecionados MODEL Número de série de cada modelo quando vários modelos de uma mesma estrutura são _{apresentados em uma única entrada} MDLTYP Anotação adicional pertinente para as coordenadas apresentadas

NUMMDL Número total de modelos apresentados

OBSLTE Entrada que foi removida e indica, se houver, as entradas que substituíram o arquivo _{PDB obsoleto} ORIGXn Transformação das coordenadas ortogonais à coordenadas submetidas (n = 1, 2 ou 3) REMARK Detalhes experimentais, anotações, comentários e informações não inclusas em outros _cabeçalhos REVDAT Histórico de modificações (com data de revisão e informações relacionadas) feitas a _{partir da deposição do arquivo da estrutura no site PDB} SCALEn Transformação das coordenadas ortogonais como contido na entrada de coordenadas _{cristalográficas fracionadas (n = 1, 2 ou 3)} SEQRES Sequência primária dos resíduos da cadeia principal

SHEET Identificação da posição das folhas beta SOURCE Fonte biológica e/ou química da estrutura

SPLIT Entradas que são necessárias para reconstituir um complexo molecular maior SPRSDE Lista dos códigos de identificação de entradas que ficam obsoletas devido à entrada _atual SSBOND Identificação das ligações dissulfeto

TITLE Título e descrição do experimento realizado para obtenção das informações referentes _{ao arquivo PDB} Fonte: Adaptado de BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

Em relação à coordenadas atômicas da seção ATOM, as informações apresentadas

em cada linha seguem o exemplo apresentado no Quadro 2:

Quadro 2 – Informações presentes na seção ATOM

Fonte: Adaptado de BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.

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2 Software RasMol

O RasMol é um software que permite explorar a estrutura e ação de biomoléculas

em simulações computacionais. Este programa foi originalmente desenvolvido por Roger

A. Sayle da Glaxo Corporation e da Universidade de Edinburgh, Escócia. Sayle começou a

desenvolver este programa como parte de seu trabalho de graduação em Ciências da

Computação no início dos anos 90 e continua expandindo com o suporte da Glaxo

(PEMBROKE, 2000; RHODES, 2011).

O nome deste programa vem da expressão “

Raster display of molecules”. Raster é um

tipo de exibição especialmente útil para demonstração de superfícies sólidas e pode não

ser coincidência que as letras Ras também sejam as iniciais do criador do RasMol

(RHODES, 2011).

Historicamente, antes do RasMol, os softwares disponíveis eram executados apenas

em estações de trabalho, que devido ao seu custo, eram inacessíveis para estudantes e

muitos pesquisadores. A criação do RasMol possibilitou a utilização de computadores

com uma configuração bastante modesta para a época, tornando-se uma importante

ferramenta para pesquisa e ensino (UENO; ASAI, 1997).

O software de instalação do RasMol pode ser obtido gratuitamente no

link:

http://openrasmol.org/. Após a instalação do programa, observa-se a sua operação por

meio de duas janelas: RasMol Version 2.7.5.2 (Área de trabalho) e RasMol Command Line

(Figura 1).

Figura 1 – Janelas RasMol Version 2.7.5.2 (esquerda) e RasMol Command Line (direita)

Fonte: RasMol 2.7.5.2.

Os comandos utilizados no RasMol podem ser digitados na Janela RasMol

Command Line, onde também aparecem mensagens e avisos importantes que orientam o

usuário. Quando o software está pronto para receber um comando, o prompt “RasMol>”

aparece na última linha desta janela. A Janela RasMol Command Line se encontra

minimizada ao abrir o programa e pode ser acessada a partir do ícone do RasMol, que se

encontra na Barra de Tarefas.

(11)

2 Software RasMol

O RasMol é um software que permite explorar a estrutura e ação de biomoléculas

em simulações computacionais. Este programa foi originalmente desenvolvido por Roger

A. Sayle da Glaxo Corporation e da Universidade de Edinburgh, Escócia. Sayle começou a

desenvolver este programa como parte de seu trabalho de graduação em Ciências da

Computação no início dos anos 90 e continua expandindo com o suporte da Glaxo

(PEMBROKE, 2000; RHODES, 2011).

O nome deste programa vem da expressão “

Raster display of molecules”. Raster é um

tipo de exibição especialmente útil para demonstração de superfícies sólidas e pode não

ser coincidência que as letras Ras também sejam as iniciais do criador do RasMol

(RHODES, 2011).

Historicamente, antes do RasMol, os softwares disponíveis eram executados apenas

em estações de trabalho, que devido ao seu custo, eram inacessíveis para estudantes e

muitos pesquisadores. A criação do RasMol possibilitou a utilização de computadores

com uma configuração bastante modesta para a época, tornando-se uma importante

ferramenta para pesquisa e ensino (UENO; ASAI, 1997).

O software de instalação do RasMol pode ser obtido gratuitamente no

link:

http://openrasmol.org/. Após a instalação do programa, observa-se a sua operação por

meio de duas janelas: RasMol Version 2.7.5.2 (Área de trabalho) e RasMol Command Line

(Figura 1).

Figura 1 – Janelas RasMol Version 2.7.5.2 (esquerda) e RasMol Command Line (direita)

Fonte: RasMol 2.7.5.2.

Os comandos utilizados no RasMol podem ser digitados na Janela RasMol

Command Line, onde também aparecem mensagens e avisos importantes que orientam o

usuário. Quando o software está pronto para receber um comando, o prompt “RasMol>”

aparece na última linha desta janela. A Janela RasMol Command Line se encontra

minimizada ao abrir o programa e pode ser acessada a partir do ícone do RasMol, que se

encontra na Barra de Tarefas.

3 Funções do RasMol usando o mouse e teclas de

direção

A descrição das principais funções do RasMol que utilizam os comandos do mouse

ou teclas de direção está apresentada a seguir:

Avançar

Após utilizar o Comando Voltar, pode-se refazer as ações utilizando-se o botão seta

para baixo do teclado.

Reset

Permite retomar a orientação original da molécula, cancelando as alterações feitas a

partir dos comandos

Rotate, Translate e Zoom.

Rotate

Permite que a molécula seja girada na área de trabalho do RasMol. O parâmetro do

eixo (x, y ou z) especifica ao longo de qual eixo a molécula será girada e os valores a

serem utilizados devem variar de -360 a 360, os quais correspondem ao ângulo de

movimento da molécula em torno de seu eixo. Um valor positivo no eixo x gira a molécula

para baixo e um valor positivo no eixo y gira a molécula para direita.

Slab

Permite que a molécula seja observada em diferentes planos de profundidade no

eixo z. O programa exibe apenas a parte da molécula que está além do plano

Slab. Valores

integrais variam de 0 (em que o plano Slab está atrás da molécula) a 100 (em que o plano

Slab está em frente da molécula). Valores intermediários determinam a porcentagem de

molécula a ser exibida.

Translate

Permite deslocar a molécula na Área de Trabalho do RasMol. O parâmetro do eixo

(x, y ou z) especifica ao longo de qual eixo a molécula será movida e os valores a serem

utilizados devem variar de -100 a 100, os quais correspondem à porcentagem da molécula

que será excluída da janela. Um valor positivo no eixo x movimenta a molécula para a

direita e um valor positivo no eixo y movimenta a molécula para baixo. Os comandos

(12)

Voltar

Permite repetir comandos utilizados anteriormente, os quais podem ser acessados

utilizando-se o

botão seta para cima do teclado.

Zoom

Permite alterar a magnificação da molécula apresentada. O valor mínimo a ser

utilizado neste comando é 10 e o valor máximo depende do tamanho da molécula a ser

analisada.

Os comandos usados na Janela RasMol Command Line das principais funções do

RasMol que utilizam o mouse estão apresentados no Quadro 3.

Quadro 3 – Comandos correspondentes às principais funções do RasMol que utilizam o

mouse

Função Uso do Mouse Comando na Janela RasMol Comand Line

Reset - RasMol > reset <enter>

Rotate x, y Botão esquerdo RasMol > rotate <eixo x ou y> {-} <valor> <enter> Rotate z Shift + _{Botão direito} RasMol > rotate <eixo z> {-} <valor> <enter> Slab Ctrl + _{Botão esquerdo} Rasmol > slab <valor> <enter>

Translate x, y Botão_direito RasMol > translate <eixo x, y ou z> {-} <valor> <enter> Zoom Shift +_{Botão esquerdo} RasMol > zoom <valor> <enter>

(13)

Voltar

Permite repetir comandos utilizados anteriormente, os quais podem ser acessados

utilizando-se o

botão seta para cima do teclado.

Zoom

Permite alterar a magnificação da molécula apresentada. O valor mínimo a ser

utilizado neste comando é 10 e o valor máximo depende do tamanho da molécula a ser

analisada.

Os comandos usados na Janela RasMol Command Line das principais funções do

RasMol que utilizam o mouse estão apresentados no Quadro 3.

Quadro 3 – Comandos correspondentes às principais funções do RasMol que utilizam o

mouse

Reset - RasMol > reset <enter>

Rotate x, y Botão esquerdo RasMol > rotate <eixo x ou y> {-} <valor> <enter> Rotate z Shift + _{Botão direito} RasMol > rotate <eixo z> {-} <valor> <enter> Slab Ctrl + _{Botão esquerdo} Rasmol > slab <valor> <enter>

Translate x, y Botão_direito RasMol > translate <eixo x, y ou z> {-} <valor> <enter> Zoom Shift +_{Botão esquerdo} RasMol > zoom <valor> <enter>

4 Menu

File

No Menu

File, encontram-se vários comandos que estão descritos a seguir:

Open

Abre arquivos em diferentes formatos.

Information

Permite o acesso à janela

Molecule Information, que apresenta dados relacionados

ao nome, classificação, código, número de cadeias, número de grupamentos, número de

átomos e o número de ligações.

Close

Fecha o arquivo aberto.

Print

Imprime o arquivo aberto.

Print Setup

Configura a impressão do arquivo aberto.

Exit

Fecha o programa.

O RasMol permite que dois arquivos possam ser abertos simultaneamente. No Menu

File, encontram-se relacionados o nome dos arquivos abertos, sendo que o arquivo a ser

manipulado é marcado pelo símbolo “✓”.

Alguns comandos presentes no Menu

File, que podem ser usados na Janela RasMol

(14)

Quadro 4 – Comandos do Menu

File que podem ser usados na Janela RasMol Command

Line

Close RasMol > zap <enter> Close Exit RasMol > quit <enter> _{RasMol > exit <enter>} Exit

(15)

Quadro 4 – Comandos do Menu

File que podem ser usados na Janela RasMol Command

Line

Close RasMol > zap <enter> Close Exit RasMol > quit <enter> _{RasMol > exit <enter>} Exit

5 Menu

Edit

No Menu

Edit, encontram-se vários comandos que estão descritos a seguir:

Select all

Seleciona toda a figura exibida.

Cut

Recorta a seleção e coloca-a na área de transferência.

Copy

Copia a seleção e coloca-a na área de transferência.

Paste

Cola o conteúdo da área de transferência.

Delete

(16)

6 Menu

Display

No Menu

Display, encontram-se comandos que determinam o modo de exibição da

estrutura apresentada no arquivo PDB. Vale ressaltar que as diferentes formas de

representação da molécula podem ser sobrepostas em uma única imagem, utilizando os

comandos na Janela Rasmol Command Line. Os comandos do Menu

Display estão

apresentados a seguir:

Wireframe

Exibe as ligações da molécula ou área selecionada representadas por linhas. Estas

ligações podem ser coloridas por meio do comando

Colour Bonds. (Figura 2).

Figura 2 – Modo

Wireframe

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Wireframe.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Wireframe estão apresentados no Quadro 5.

Quadro 5 – Comandos relacionados ao Modo

Wireframe

Função Comando na Janela RasMol Comand Line

Ativar Modo Wireframe

RasMol > wireframe <enter> RasMol > wireframe on <enter> RasMol > wireframe <valor> <enter> Desativar ModoWireframe RasMol > wireframe off <enter>

(17)

6 Menu

Display

No Menu

Display, encontram-se comandos que determinam o modo de exibição da

estrutura apresentada no arquivo PDB. Vale ressaltar que as diferentes formas de

representação da molécula podem ser sobrepostas em uma única imagem, utilizando os

comandos na Janela Rasmol Command Line. Os comandos do Menu

Display estão

apresentados a seguir:

Wireframe

Exibe as ligações da molécula ou área selecionada representadas por linhas. Estas

ligações podem ser coloridas por meio do comando

Colour Bonds. (Figura 2).

Figura 2 – Modo

Wireframe

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Wireframe.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Wireframe estão apresentados no Quadro 5.

Quadro 5 – Comandos relacionados ao Modo

Wireframe

Ativar Modo Wireframe

RasMol > wireframe <enter> RasMol > wireframe on <enter> RasMol > wireframe <valor> <enter> Desativar ModoWireframe RasMol > wireframe off <enter>

Backbone

Exibe a estrutura polipeptídica principal como uma série de ligações conectando os

carbonos alfa adjacentes de cada aminoácido em uma cadeia (Figura 3).

Figura 3 – Modo

Backbone

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Backbone.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Backbone estão apresentados no Quadro 6.

Quadro 6 – Comandos relacionados ao Modo

Backbone

Ativar Modo Backbone

RasMol > backbone <enter> RasMol > backbone on <enter> RasMol > backbone <valor> <enter> Desativar Modo Backbone RasMol > backbone off <enter> Colorir no Modo Backbone (Comando

Colour backbone)

RasMol > colour backbone <nome da cor em inglês> <enter>

RasMol > colour backbone [número,número,número] <enter>

Retornar à cor original no Modo

Backbone RasMol > colour backbone none <enter>

Representar Modo Backbone em linha

(18)

Sticks

Exibe a molécula como o modelo de varetas (Figura 4).

Figura 4 – Modo

Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Line

relacionados ao Modo

Sticks.

(19)

Sticks

Exibe a molécula como o modelo de varetas (Figura 4).

Figura 4 – Modo

Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Line

relacionados ao Modo

Sticks.

Spacefill

Representa a molécula como esferas sólidas unidas, conforme o modelo CPK

(Corey-Pauling-Koltun), que fornece uma ideia da superfície externa da molécula. O raio de van

der Waals corresponde ao raio de uma esfera sólida imaginária empregada para

representar um átomo, sendo determinado a partir da distância de átomos não ligados.

Este parâmetro define o volume e superfície de um átomo ou molécula (Figura 5).

Figura 5 – Modo

Spacefill

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Spacefill.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Spacefill estão apresentados no Quadro 7.

Quadro 7 – Comandos relacionados ao Modo

Spacefill

Ativar Modo Spacefill

RasMol > spacefill <enter> RasMol > spacefill on <enter> RasMol > cpk <enter>

RasMol > spacefill <valor> <enter> Desativar Modo Spacefill RasMol > spacefill off <enter> Corrigir o raio de cada esfera ao valor

armazenado em seu campo de temperatura

(Comando Spacefill temperature) RasMol > spacefill temperature <enter>

Transforma a superfície do Modo Spacefill

em pontos (Comando Dots) RasMol > dots <enter>

Altera a cor dos pontos no Modo Dots

(Comando Colour dots)

RasMol > colour dots <cor em ingles> <enter> RasMol > colour dots <[número,número,número]> <enter>

(20)

Ball & Stick

Representa a molécula no modelo de bolas e varetas (Figura 6).

Figura 6 – Modo

Ball & Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Ball & Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Line

relacionados ao Modo

Ball & Sticks. Este modo de exibição pode ser reproduzido

(21)

Ball & Stick

Representa a molécula no modelo de bolas e varetas (Figura 6).

Figura 6 – Modo

Ball & Sticks

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Ball & Sticks.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Line

relacionados ao Modo

Ball & Sticks. Este modo de exibição pode ser reproduzido

combinando os comandos

Wireframe e Spacefill.

Ribbons

Representa a molécula como uma fita sólida e lisa passando ao longo da cadeia

principal. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfa seja selecionado

(Figura 7).

Figura 7 – Modo

Ribbons

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Ribbons.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Ribbons estão apresentados no Quadro 8.

Quadro 8 – Comandos relacionados ao Modo

Ribbons

Ativar Modo Ribbons

RasMol > ribbon(s) <enter> RasMol > ribbon(s) on <enter> RasMol > ribbon(s) <valor> <enter> Desativar ModoRibbons RasMol > ribbon(s) off <enter> Colorir no Modo Ribbons (Colour

ribbons) RasMol > colour ribbon(s) <nome da cor em inglês> <enter>RasMol > colour ribbon(s) [número,número,número] <enter> Retornar à cor original no modo

(22)

Strands

Representa a molécula como uma fita de fios curvos que seguem paralelamente ao

trajeto da cadeia principal. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfa

seja selecionado (Figura 8).

Figura 8 – Modo

Strands

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Strands.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Strands estão apresentados no Quadro 9.

Quadro 9 – Comandos relacionados ao Modo

Strands

Ativar Modo Strands RasMol > strands <enter>RasMol > strands on <enter> RasMol > strands <valor> <enter> Desativar Modo Strands RasMol > strands off <enter> Determinar número de

filamentos exibidos no Modo Strands (1, 2, 3, 4,

5 e 9)

RasMol > strands <valor> <enter> Colorir no ModoStrands

(Comando Colour strands)

RasMol > colour strands <nome da cor em inglês> <enter>

RasMol > colour strands <número do filamento> <nome da cor em inglês> <enter>

Retornar à cor original

(23)

Strands

Representa a molécula como uma fita de fios curvos que seguem paralelamente ao

trajeto da cadeia principal. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfa

seja selecionado (Figura 8).

Figura 8 – Modo

Strands

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Strands.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Strands estão apresentados no Quadro 9.

Quadro 9 – Comandos relacionados ao Modo

Strands

Ativar Modo Strands RasMol > strands <enter>RasMol > strands on <enter> RasMol > strands <valor> <enter> Desativar Modo Strands RasMol > strands off <enter> Determinar número de

filamentos exibidos no Modo Strands (1, 2, 3, 4,

5 e 9)

RasMol > strands <valor> <enter> Colorir no ModoStrands

(Comando Colour strands)

RasMol > colour strands <nome da cor em inglês> <enter>

RasMol > colour strands <número do filamento> <nome da cor em inglês> <enter>

Retornar à cor original

no Modo Strands RasMol > colour strands none <enter>

Cartoons

Representa a molécula no modelo Richardson (MolScript), sendo que as estruturas

alfa são representadas por fitas (Ribbons), os terminais-C das estruturas beta são

representadas por cabeças de seta e as demais regiões são representadas como uma linha

espessa. A fita é desenhada entre cada aminoácido cujo carbono alfa seja selecionado

(Figura 9).

Figura 9 – Modo

Cartoons

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Cartoons.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Cartoons estão apresentados no Quadro 10.

Quadro 10 – Comandos relacionados ao Modo

Cartoons

(24)

Molecular Surface

Corresponde a uma representação da superfície da molécula (Figura 10).

Figura 10 – Modo

Molecular Surface

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Molecular Surface.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Line

relacionados ao Modo

Molecular Surface.

(25)

Molecular Surface

Corresponde a uma representação da superfície da molécula (Figura 10).

Figura 10 – Modo

Molecular Surface

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Molecular Surface.

Não existem comandos a serem utilizados na Janela RasMol Comand Line

relacionados ao Modo

Molecular Surface.

Trace

Exibe uma linha lisa, unindo os carbonos alfa consecutivos. Esta linha não segue a

posição exata de cada carbono, mas segue o mesmo padrão que os Modos

Ribbons, Strands

ou

Cartoons. Este comando não está disponível no Menu Display, podendo ser utilizado

apenas a partir do Comando

Trace na Janela RasMol Command Line (Figura 11).

Figura 11 – Modo

Trace

Fonte: Autor, 2017. Arquivo 2LYZ.pdb, correspondente à enzima lisozima obtida a partir do ovo de galinha, apresentado no Modo Trace.

Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Modo

Trace

estão apresentados no Quadro 11.

Quadro 11 – Comandos relacionados ao Modo

Trace

Ativar Modo Trace RasMol > trace <enter> Ativar ModoTrace Temperature, onde a estrutura é

representada por uma linha mais espessa em áreas de maior temperatura e menos espessa em áreas de menor temperatura

(26)

7 Menu

Colours

No Menu

Colours, encontram-se comandos que determinam as cores da estrutura

apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu

Colours estão apresentados a

seguir:

Monochrome

Representa a molécula em uma única cor, independentemente do comando do Menu

Display utilizado.

CPK

O esquema de cores do Comando CPK é baseado nas cores de modelos de plástico

desenvolvidos por Corey, Pauling e posteriormente implementado por Kultun. Este

esquema de cores, apresentado no quadro abaixo é frequentemente adotado por químicos.

Informações relacionadas Modo

Colours CPK estão apresentados no Quadro 12.

Quadro 12 – Informações relacionadas ao Modo

Colours CPK

Elemento Cor Amostra Valores RGB

Carbono Cinza claro [200,200,200]

Oxigênio Vermelho [240,0,0]

Hidrogênio Branco [255, 255,255]

Nitrogênio Azul celeste [143,143,255]

Enxofre Amarelo [255,200,50]

Fósforo, Ferro e Bário Laranja [255,165,0]

Cloro, Boro Verde [0,255,0]

Bromo, Zinco, Cobre, Níquel Marrom [165,42,42]

Sódio Azul [0,0,255]

Magnésio Verde folha [34,139,34]

Cálcio, Manganês, Cromo, Alumínio, Titânio,

Prata Cinza escuro [128,128,144]

Flúor, Silício, Ouro Dourado [218, 165, 32]

Iodo Púrpura [160, 32, 240]

Lítio Vermelho tijolo [178, 34, 34]

Hélio Rosa [255, 192, 203]

(27)

7 Menu

Colours

No Menu

Colours, encontram-se comandos que determinam as cores da estrutura

apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu

Colours estão apresentados a

seguir:

Monochrome

Representa a molécula em uma única cor, independentemente do comando do Menu

Display utilizado.

CPK

O esquema de cores do Comando CPK é baseado nas cores de modelos de plástico

desenvolvidos por Corey, Pauling e posteriormente implementado por Kultun. Este

esquema de cores, apresentado no quadro abaixo é frequentemente adotado por químicos.

Informações relacionadas Modo

Colours CPK estão apresentados no Quadro 12.

Quadro 12 – Informações relacionadas ao Modo

Colours CPK

Elemento Cor Amostra Valores RGB

Carbono Cinza claro [200,200,200]

Oxigênio Vermelho [240,0,0]

Hidrogênio Branco [255, 255,255]

Nitrogênio Azul celeste [143,143,255]

Enxofre Amarelo [255,200,50]

Fósforo, Ferro e Bário Laranja [255,165,0]

Cloro, Boro Verde [0,255,0]

Bromo, Zinco, Cobre, Níquel Marrom [165,42,42]

Sódio Azul [0,0,255]

Magnésio Verde folha [34,139,34]

Cálcio, Manganês, Cromo, Alumínio, Titânio,

Prata Cinza escuro [128,128,144]

Flúor, Silício, Ouro Dourado [218, 165, 32]

Iodo Púrpura [160, 32, 240]

Lítio Vermelho tijolo [178, 34, 34]

Hélio Rosa [255, 192, 203]

Demais átomos Rosa profundo [255,20,147]

Shapely

O esquema de cores do Comando

Shapely é baseado nas cores de modelos propostos

por Bob Fletterick. Este esquema de cores codifica os resíduos de acordo com a

propriedade dos aminoácidos. Cada aminoácido e ácido nucleico recebem uma única cor,

conforme apresentado no Quadro 13.

Quadro 13 – Informações relacionadas ao Modo

Colours Shapely

Resíduo Abreviatura Cor Amostra Valores RGB

Alanina ALA Verde médio [140,255,140]

Glicina GLY Branco [255,255,255]

Leucina LEU Verde oliva [69,94,69]

Serina SER Laranja médio [255,112,66]

Valina VAL Roxo claro [255,140,255]

Treonina THR Laranja escuro [184,76,0]

Lisina LYS Azul royal [71,71,184]

Ácido aspártico ASP Rosa escuro [160,0,66]

Isoleucina ILE Verde escuro [0,76,0]

Asparagina ASN Salmão claro [255,124,112]

Ácido glutâmico GLU Marrom escuro [102,0,0]

Prolina PRO Cinza escuro [82,82,82]

Arginina ARG Azul escuro [0,0,124]

Fenilalanina PHE Cinza oliva [83,76,66]

Glutamina GLN Salmão escuro [255,76,76]

Tirosina TYR Marrom médio [140,112,76]

Histidina HIS Azul médio [112,112,255]

Cisteína CYS Amarelo médio [255,255,112]

Metionina MET Marrom claro [184,160,66]

Triptofano TRP Marrom oliva [79,70,0]

Adenina A Azul claro [160,160,255]

Citosina C Laranja claro [255,140,75]

Guanina G Salmão médio [255,112,112]

Timina T Verde claro [160,255,160]

Estrutura principal Backbone Cinza claro [184,184,184]

Região especial Special Roxo escuro [94,0,94]

(28)

Group

Representa os resíduos de acordo com a sua posição em uma cadeia macromolecular.

Cada cadeia é colorida de acordo com um espectro de cores de azul, verde, amarelo,

laranja e vermelho. O terminal N das proteínas e o terminal 5’ dos ácidos nucleicos são

coloridos em vermelho e o terminal C das proteínas e o terminal 3’ dos ácidos nucleicos

são coloridos em azul.

Chain

Representa cada cadeia macromolecular em uma única cor. Este esquema é

particularmente útil para distinguir partes de uma estrutura multimérica ou polipeptídios

de uma molécula de DNA.

Temperature

Representa cada átomo de acordo com o valor de temperatura anisotrópica

informada no arquivo PDB. Refere-se a medida da mobilidade de uma dada posição de um

átomo. Valores altos são coloridos em tons mais quentes (vermelho) e valores mais baixos

em tons frios (azul).

Structure

Representa a molécula de acordo com a sua estrutura secundária do arquivo PDB. O

enovelamento tipo alfa é colorido em magenta, o enovelamento tipo beta em amarelo, as

curvas da molécula são coloridos em azul pálido (RGB 96,128,255) e todos os outros

resíduos são coloridos em branco.

User

Representa a molécula adotando o esquema de cores armazenado no arquivo PDB.

Model

Representa a molécula colorida em cinza claro.

Alt (Alternate Conformer)

(29)

Group

Representa os resíduos de acordo com a sua posição em uma cadeia macromolecular.

Cada cadeia é colorida de acordo com um espectro de cores de azul, verde, amarelo,

laranja e vermelho. O terminal N das proteínas e o terminal 5’ dos ácidos nucleicos são

coloridos em vermelho e o terminal C das proteínas e o terminal 3’ dos ácidos nucleicos

são coloridos em azul.

Chain

Representa cada cadeia macromolecular em uma única cor. Este esquema é

particularmente útil para distinguir partes de uma estrutura multimérica ou polipeptídios

de uma molécula de DNA.

Temperature

Representa cada átomo de acordo com o valor de temperatura anisotrópica

informada no arquivo PDB. Refere-se a medida da mobilidade de uma dada posição de um

átomo. Valores altos são coloridos em tons mais quentes (vermelho) e valores mais baixos

em tons frios (azul).

Structure

Representa a molécula de acordo com a sua estrutura secundária do arquivo PDB. O

enovelamento tipo alfa é colorido em magenta, o enovelamento tipo beta em amarelo, as

curvas da molécula são coloridos em azul pálido (RGB 96,128,255) e todos os outros

resíduos são coloridos em branco.

User

Representa a molécula adotando o esquema de cores armazenado no arquivo PDB.

Model

Representa a molécula colorida em cinza claro.

Alt (Alternate Conformer)

Representa a molécula colorida em uma única cor alternativa.

8 Menu

Options

No Menu

Options, encontram-se comandos que modificam a forma de exibição da

estrutura apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu

Options estão

apresentados a seguir:

Slab Mode

Apresenta a molécula em diferentes planos no eixo z. O programa exibe apenas a

parte da molécula que está além do plano

Slab. Os comandos utilizados na Janela RasMol

Comand Line relacionados ao Comando

Slab Mode estão apresentados no Quadro 14.

Quadro 14 – Comandos relacionados ao Modo

Slab Mode

Nestes comandos, os valores integrais variam de 0 (em que o plano Slab está atrás

da molécula) a 100 (em que o plano Slab está em frente da molécula). Valores

intermediários determinam a porcentagem de molécula a ser exibida.

Hydrogens

Exibe os átomos de hidrogênio, deutério ou trítio.

Heteroatoms

Exibe os heteroátomos, os quais são classificados como solventes ou ligantes. Os

átomos solventes são classificados como água ou íons e os ligantes correspondem aos

demais heteroátomos não classificados como solventes.

Ativar o Modo Slab

RasMol > slab <enter> RasMol > slab on <enter> Rasmol > slab <valor> <enter> Desativar o Modo Slab RasMol > slab off <enter>

(30)

Specular

Confere um aspecto espelhado à superfície da molécula representada. O nível de

brilho pode ser determinado pelo comando

Specpower. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Specular estão apresentados no Quadro

15. Quadro 15 – Comandos relacionados ao Modo

Specular

O valor utilizado no Comando

Specular, deve ser entre 0 (brilho mais difuso) e 100

(superfície mais brilhante). Valores de 20 a 30 produzem uma superfície de aspecto

plástico e valores mais altos conferem à superfície um aspecto mais liso e brilhante, como

a de metais.

Shadow

Confere um aspecto sombreado aos átomos, quando se utiliza o Comando

Spacefill

no Menu

Display.

Stereo

Cria uma imagem duplicada que se devidamente observada fornece uma imagem

tridimensional (3D) da molécula. Para visualização em 3D é necessário familiaridade de

uso, mas esta forma de observação facilita o estudo da estrutura da molécula. Os

comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Stereo

estão apresentados no Quadro 16.

Quadro 16 – Comandos relacionados ao Modo

Stereo

Configurar o Modo Specular RasMol > set specpower <valor> <enter>

Ativar o Modo Stereo RasMol > stereo on <enter> Desativar o ModoStereo RasMol > stereo off <enter> Regular a diferença de angulação

(31)

Specular

Confere um aspecto espelhado à superfície da molécula representada. O nível de

brilho pode ser determinado pelo comando

Specpower. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Specular estão apresentados no Quadro

15. Quadro 15 – Comandos relacionados ao Modo

Specular

O valor utilizado no Comando

Specular, deve ser entre 0 (brilho mais difuso) e 100

(superfície mais brilhante). Valores de 20 a 30 produzem uma superfície de aspecto

plástico e valores mais altos conferem à superfície um aspecto mais liso e brilhante, como

a de metais.

Shadow

Confere um aspecto sombreado aos átomos, quando se utiliza o Comando

Spacefill

no Menu

Display.

Stereo

Cria uma imagem duplicada que se devidamente observada fornece uma imagem

tridimensional (3D) da molécula. Para visualização em 3D é necessário familiaridade de

uso, mas esta forma de observação facilita o estudo da estrutura da molécula. Os

comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Stereo

estão apresentados no Quadro 16.

Quadro 16 – Comandos relacionados ao Modo

Stereo

Configurar o Modo Specular RasMol > set specpower <valor> <enter>

Ativar o Modo Stereo RasMol > stereo on <enter> Desativar o ModoStereo RasMol > stereo off <enter> Regular a diferença de angulação

entre as imagens (nível de 3D) RasMol > stereo [-] <number> <enter>

Label

Apresenta o nome e número de série dos aminoácidos ou nucleotídeos que constituem,

respectivamente, a proteína ou molécula de DNA observada. Os comandos utilizados na

Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Label estão apresentados no

Quadro 17.

Quadro 17 – Comandos relacionados ao Modo

Label

Ativar Modo Label RasMol > label on <enter> Desativar Modo Label RasMol > label off <enter> Colorir no Modo Label (Colour label)

RasMol > colour label <nome da cor em inglês> <enter>

RasMol > colour label [número,número,número] <enter>

Determinar o tamanho da fonte (Comando Set

fontsize, com valores entre 0 e 48) RasMol > set fontsize <número> <enter>

Determinar espessura da fonte (Comando Set

fontstroke, com valores entre 0 e 8) RasMol > set fontstroke <número> <enter>

Exibir identificação do átomo (Comando Label

atom name) RasMol > label%a <enter>

Exibir valor de temperatura anisotrópica (beta) (Comando Label B-factor ou Label temperature)

RasMol > label%b <enter> RasMol > label%t <enter> Exibir identificador de cadeia (Comando Label

chain identifier)

RasMol > label%c <enter> RasMol > label%s <enter> Exibir símbolo de cada elemento atômico

(Comando Label element atomic symbol) RasMol > label%e <enter>

Exibir número de série de cada átomo

(Comando Label atomic serial number) RasMol > label%i <enter>

Exibir nome de cada aminoácido (Comando

Label residue name) RasMol > label%n <enter>

Exibir número de cada aminoácido (Comando

(32)

9 Menu

Settings

No Menu

Settings, encontram-se comandos que permitem a seleção e cálculos de

medida da estrutura apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu

Settings

estão apresentados a seguir:

Pick Off

Desabilita os demais comandos do Menu Settings. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Pick Off estão apresentados no Quadro

18. Quadro 18 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Off

Pick Ident

Permite que, clicando em um átomo, seja observado na Janela Rasmol Command

Line o nome do átomo abreviado, o número de série do átomo, o nome do aminoácido a

que o átomo pertence, o número de série do átomo e a cadeia a que o átomo pertence. Os

comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Pick Ident

estão apresentados no Quadro 19.

Quadro 19 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Ident

Ativar Comando Pick Off

RasMol > pick off <enter> RasMol > picking off <enter> RasMol > pick none <enter> RasMol > picking none <enter>

(33)

9 Menu

Settings

No Menu

Settings, encontram-se comandos que permitem a seleção e cálculos de

medida da estrutura apresentada no software RasMol. Os comandos do Menu

Settings

estão apresentados a seguir:

Pick Off

Desabilita os demais comandos do Menu Settings. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Pick Off estão apresentados no Quadro

18. Quadro 18 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Off

Pick Ident

Permite que, clicando em um átomo, seja observado na Janela Rasmol Command

Line o nome do átomo abreviado, o número de série do átomo, o nome do aminoácido a

que o átomo pertence, o número de série do átomo e a cadeia a que o átomo pertence. Os

comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Pick Ident

estão apresentados no Quadro 19.

Quadro 19 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Ident

Ativar Comando Pick Off

RasMol > pick off <enter> RasMol > picking off <enter> RasMol > pick none <enter> RasMol > picking none <enter>

Ativar Comando Pick Ident RasMol > pick ident <enter>_{RasMol > picking ident <enter>}

Pick Distance

Permite que, clicando em dois átomos, seja medida a distância entre os mesmos em

angstrons. As informações referentes aos átomos selecionados e a distância medida são

apresentados na Janela Rasmol Command Line. Os comandos utilizados na Janela

RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Pick Distance estão apresentados no

Quadro 20.

Quadro 20 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Distance

Pick Monitor

Permite que, clicando em dois átomos, seja medida a distância entre os mesmos em

angstrons, a qual é apresentada apenas na Área de Trabalho do RasMol. Os comandos

utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados ao Comando

Pick Monitor estão

apresentados no Quadro 21.

Quadro 21 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Monitor

Ativar Comando Pick Distance RasMol > pick distance <enter>

RasMol > picking distance <enter>

(34)

Pick Angle

Permite que, clicando em três átomos, seja medida o ângulo entre o primeiro e o

segundo, e o segundo e o terceiro em graus. Os comandos utilizados na Janela RasMol

Comand Line relacionados ao Comando

Pick Angle estão apresentados no Quadro 22.

Quadro 22 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Angle

Pick Torsion

Permite que, clicando em quatro átomos, seja medida um valor de torsão da

molécula em graus. Os comandos utilizados na Janela RasMol Comand Line relacionados

ao Comando

Pick Torsion estão apresentados no Quadro 23.

Quadro 23 – Comandos relacionados ao Modo

Pick Torsion

Ativar Comando Pick Angle RasMol > pick angle <enter>_{RasMol > picking angle <enter>}