Expressão Átomos Selecionados Expressões Gerais
* Todos os átomos
*120 Átomos no resíduo 120 de todas as cadeias
*.*;A Todos os átomos na conformação A alternativa
*.n? Átomos de nitrogênio
*/4 Todos os átomos no modelo 4
*p Átomos na cadeia p
alpha ou *.CA Átomos de carbono alfa
hem*p.fe Átomos de ferro nos grupos heme da cadeia P
5,6,7,8 ou 5-8 Átomos dos aminoácidos 5 a 8
cys.sg Átomos de enxofre em cisteínas
CYS70A Átomos no aminoácido de cisteína de número 70 da cadeia A
cys70:1 Átomos no aminoácido de cisteína de número 70 da cadeia 1
Expressão Átomos Selecionados Seleção de acordo com a natureza da molécula
amino Átomos dos aminoácidos
nucleic Átomos dos ácidos nucleicos (A, C, T, G para DNA e A, C, G, U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU, PSU para RNA)
protein Átomos da proteína
Seleção de aminoácidos
ALA ou ala Átomos dos aminoácidos alanina
ARG ou arg Átomos dos aminoácidos arginina
as? Átomos dos aminoácidos asparagina ou ácido aspártico
ASN ou asn Átomos dos aminoácidos asparagina
ASP ou asp Átomos dos aminoácidos ácido aspártico
CYS ou cys Átomos dos aminoácidos cisteína
GLN ou gln Átomos dos aminoácidos glutamina
GLU ou glu Átomos dos aminoácidos ácido glutâmico
GLY ou gly Átomos dos aminoácidos glicina
HIS ou his Átomos dos aminoácidos histidina
ILE ou ile Átomos dos aminoácidos isoleucina
LEU ou leu Átomos dos aminoácidos leucina
LYS ou lys Átomos dos aminoácidos lisina
MET ou met Átomos dos aminoácidos metionina
PHE ou phe Átomos dos aminoácidos fenilalanina
PRO ou pro Átomos dos aminoácidos prolina
SER ou ser Átomos dos aminoácidos serina
THR ou thr Átomos dos aminoácidos treonina
TRP ou trp Átomos dos aminoácidos triptofano
TYR ou tyr Átomos dos aminoácidos tirosina
Expressão Átomos Selecionados Seleção de acordo com a natureza da molécula
amino Átomos dos aminoácidos
nucleic Átomos dos ácidos nucleicos (A, C, T, G para DNA e A, C, G, U, +U, I, 1MA, 5MC, OMC, 1MG, 2MG, M2G, 7MG, OMG, YG, H2U, 5MU, PSU para RNA)
protein Átomos da proteína
Seleção de aminoácidos
ALA ou ala Átomos dos aminoácidos alanina
ARG ou arg Átomos dos aminoácidos arginina
as? Átomos dos aminoácidos asparagina ou ácido aspártico
ASN ou asn Átomos dos aminoácidos asparagina
ASP ou asp Átomos dos aminoácidos ácido aspártico
CYS ou cys Átomos dos aminoácidos cisteína
GLN ou gln Átomos dos aminoácidos glutamina
GLU ou glu Átomos dos aminoácidos ácido glutâmico
GLY ou gly Átomos dos aminoácidos glicina
HIS ou his Átomos dos aminoácidos histidina
ILE ou ile Átomos dos aminoácidos isoleucina
LEU ou leu Átomos dos aminoácidos leucina
LYS ou lys Átomos dos aminoácidos lisina
MET ou met Átomos dos aminoácidos metionina
PHE ou phe Átomos dos aminoácidos fenilalanina
PRO ou pro Átomos dos aminoácidos prolina
SER ou ser Átomos dos aminoácidos serina
THR ou thr Átomos dos aminoácidos treonina
TRP ou trp Átomos dos aminoácidos triptofano
TYR ou tyr Átomos dos aminoácidos tirosina
VAL ou val Átomos dos aminoácidos valina
Expressão Átomos Selecionados
Seleção de acordo com o peso molecular do aminoácido
large Átomos de aminoácidos de alto peso molecular (ARG, GLU, GLN, HIS, ILE, LEU,
LYS, MET, PHE, TRP, TYR)
medium Átomos de aminoácidos de peso molecular médio (ASN, ASP, CYS, PRO, THR, VAL)
small Átomos de aminoácidos de baixo peso molecular (ALA, GLY, SER)
Seleção de acordo com a posição preferencial do aminoácido
buried Átomos de aminoácidos que tendem a se posicionar no interior da proteína, distantes
do contado com moléculas de solventes (ALA, CYS, ILE, LEU, MET, PHE, TRP, VAL)
surface Átomos de aminoácidos que tendem a se posicionar na superfície da molécula, em contato com moléculas de solventes (ARG, ASN, ASP, GLU, GLN, GLY, HIS, LYS, PRO, SER, THR, TYR
Seleção de acordo com a carga do aminoácido
charged Átomos de aminoácidos com carga (ácidos ou básicos)
hydrophobic Átomos de aminoácidos hidrofóbicos (ALA, LEU, VAL, ILE, PRO, PHE, MET, TRP)
negative Átomos de aminoácidos de carga negativa (ASP, GLU)
polar Átomos de aminoácidos polares ou hidrofílicos (ARG, ASN, ASP, CYS, GLU, GLN,
HIS, LYS, SER, THR)
positive Átomos de carga positiva (ARG, HIS, LYS)
Seleção de acordo com o pH do aminoácido
acidic Átomos de aminoácidos ácidos (ASP e GLU)
basic Átomos de aminoácidos básicos (ARG, HIS, LYS)
Expressão Átomos Selecionados Seleção de acordo com a estrutura
acyclic Átomos de aminoácidos que não possuem anel de benzeno ou de estrutura relacionada (ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLU, GLN, GLY, ILE, LEU, LYS, MET, SER, THR, VAL)
aliphatic Átomos de aminoácidos alifáticos (ALA, GLY, ILE, LEU, VAL)
aromatic Átomos de aminoácidos que contém anéis aromáticos (HIS, PHE, TRP, TYR)
bonded Átomos de aminoácidos ligados a pelo menos a outro átomo
cyclic Átomos de aminoácidos que contém anel de benzeno ou de estrutura relacionada (HIS, PHE, PRO, TRP, TYR) helix Átomos que formam as hélices alfa da proteína
sheet Átomos das cadeias beta
sidechain Átomos ao redor da cadeia principal de qualquer aminoácido ou base de cada nucleotídeo. São átomos que não fazem parte da estrutura principal (N-C-C-O) de proteínas ou da estrutura principal (nucleotídeos) de ácidos nucleicos
turn Átomos das áreas curvas da proteína
Seleção de acordo com o heteroátomo
hetero Átomos heterogêneos da molécula, os quais podem ser classificados em átomos
ligantes ou solventes
hoh ou water Átomos de moléculas de água
hydrogen Átomos de hidrogênio, deutério ou trítio
ions Átomos de íons fosfato ou sulfato
ligand Átomos de moléculas ligantes ou cofatores. São heteroátomos que não são classificados como solventes solvent Átomos de água, íons fosfato ou sulfato
[SO4] Átomos em grupos sulfato. Demais grupos podem ser selecionados, usando colchetes
Seleção de acordo com a parte do nucleotídeo
AT Átomos de nucleotídeos complementares de adenina e timina
CG Átomos de nucleotídeos complementares de citosina e guanina
purine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas purinas (A e G)
pyrimidine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas pirimidinas (C e T)
Fonte: Adaptado de HASSUNUMA, R. M.; SOUZA, A. R. Ligação peptídica e resíduos de aminoácidos. In:______ Desenvolvimento de scripts em software de simulação computacional. São Paulo: Cultura Acadêmica, 2016, cap. 5, p. 86-91 e BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.
Expressão Átomos Selecionados Seleção de acordo com a estrutura
acyclic Átomos de aminoácidos que não possuem anel de benzeno ou de estrutura relacionada (ALA, ARG, ASN, ASP, CYS, GLU, GLN, GLY, ILE, LEU, LYS, MET, SER, THR, VAL)
aliphatic Átomos de aminoácidos alifáticos (ALA, GLY, ILE, LEU, VAL)
aromatic Átomos de aminoácidos que contém anéis aromáticos (HIS, PHE, TRP, TYR)
bonded Átomos de aminoácidos ligados a pelo menos a outro átomo
cyclic Átomos de aminoácidos que contém anel de benzeno ou de estrutura relacionada (HIS, PHE, PRO, TRP, TYR) helix Átomos que formam as hélices alfa da proteína
sheet Átomos das cadeias beta
sidechain Átomos ao redor da cadeia principal de qualquer aminoácido ou base de cada nucleotídeo. São átomos que não fazem parte da estrutura principal (N-C-C-O) de proteínas ou da estrutura principal (nucleotídeos) de ácidos nucleicos
turn Átomos das áreas curvas da proteína
Seleção de acordo com o heteroátomo
hetero Átomos heterogêneos da molécula, os quais podem ser classificados em átomos
ligantes ou solventes
hoh ou water Átomos de moléculas de água
hydrogen Átomos de hidrogênio, deutério ou trítio
ions Átomos de íons fosfato ou sulfato
ligand Átomos de moléculas ligantes ou cofatores. São heteroátomos que não são classificados como solventes solvent Átomos de água, íons fosfato ou sulfato
[SO4] Átomos em grupos sulfato. Demais grupos podem ser selecionados, usando colchetes
Seleção de acordo com a parte do nucleotídeo
AT Átomos de nucleotídeos complementares de adenina e timina
CG Átomos de nucleotídeos complementares de citosina e guanina
purine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas purinas (A e G)
pyrimidine Átomos dos nucleotídeos com bases nitrogenadas pirimidinas (C e T)
Fonte: Adaptado de HASSUNUMA, R. M.; SOUZA, A. R. Ligação peptídica e resíduos de aminoácidos. In:______ Desenvolvimento de scripts em software de simulação computacional. São Paulo: Cultura Acadêmica, 2016, cap. 5, p. 86-91 e BERNSTEIN, H. J.; BERNSTEIN, F. C. Manual RasMol 2.7.5. Disponível em: <http://www.rasmol.org/software/RasMol_2.7.5_Manual.html>. Acesso em: 02 jan. 2017.