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APLICAÇÕES DA BIOTECNOLOGIA NO ESTUDO DE PLANTAS DANINHAS

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APLICAÇÕES DA BIOTECNOLOGIA NO ESTUDO DE PLANTAS DANINHAS

Tatiane Scilewski da Costa Zanatta¹ Jocemar Francisco Zanatta ²

¹Engª Agrª, Ma. – Unibalsas (Faculdade de Balsas) - coord.agronegocio@unibalsas.edu.br

²Engº. Agrº, Me, - Produtécnica Nordeste - jfzanatta@yahoo.com.br

RESUMO

Com o surgimento da engenharia genética, muitos fatos outrora indeterminados, tiveram a possibilidade de serem desvendados através do uso da biotecnologia em diversas áreas, entre elas a agronomia. Nesta, a aplicação da biotecnologia é primordial em áreas como a fruticultura, a zootecnia, a fitotecnia e a fitossanidade, tanto para o melhoramento genético, como na determinação das causas de distúrbios, similaridade genética, regulação de genes e transformação genética. Com este trabalho teve-se como objetivo apresentar a contribuição da biotecnologia no avanço da Ciência das Plantas Daninhas, relatando as principais técnicas utilizadas. Uma das características inerentes às plantas daninhas é a grande diversidade genética. A diversidade genética existente em uma população é o resultado do processo de evolução natural da espécie que a compõe, estando em função da variação mendeliana, da hibridação interespecífica e da poliploidia. As técnicas moleculares, como polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD), (RFLP), reação da polimerase em cadeia - polimorfismo no comprimento de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP), estão sendo bastante recomendadas, pois permitem estimar a variabilidade genética dentro e entre espécies, além de servirem como ponto de partida para estudos de manejo dessas plantas, pois, aliadas ao seqüenciamento permitem localizar genes de resistência a herbicidas, bem como possíveis mutações relacionadas ao surgimento de indivíduos resistentes em determinadas espécies.

Palavras chave: Plantas Daninhas; Resistência; Variabilidade genética.

ABSTRACT

With the advent of genetic engineering, many facts previously undetermined, had the possibility to be explored through the use of biotechnology in several areas, including agronomy. In this, the application of biotechnology is essential in areas such as horticulture, animal husbandry, the plant science and plant both for breeding, as in determining the causes of disorders, genetic similarity, gene regulation and genetic transformation. This work had as objective to present the contribution of biotechnology in advance of Weed Science, reporting the main techniques used. One of the inherent characteristics of the weed is great genetic diversity. The genetic diversity in a population is the result of the natural evolution of the species that compose it, being a function of Mendelian variation, interspecific hybridization and polyploidy. Molecular techniques, such as amplified polymorphic DNA (RAPD) markers (RFLP), polymerase chain reaction - polymorphism in the length of restriction fragments (PCR-RFLP) and polymorphic amplified fragment length (AFLP), are very recommended because they allow to estimate the genetic variability within and between species, and serve as a starting point for studies of managing these plants thus allied to allow sequencing locate genes for resistance to herbicides, as well as possible changes related to the emergence of individuals resistant to certain species.

Keywords: Weed; resistance; genetic variability.

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INTRODUÇÃO

O século XX presenciou grandes avanços na agricultura, como a prática do melhoramento de plantas, a automatização de plantio e a colheita de experimentos com maquinaria especializada. Também ressalta-se o aprofundamento nos conhecimentos de genética, de estatística, de bioquímica e de fisiologia associados às práticas da genética quantitativa, da mutagênese, da cultura de células e tecidos e, mais recentemente, da biologia molecular. Diante destes fatos, constata-se que período foi marcado por grandes descobertas ou desenvolvimentos que tiveram profundo impacto na agricultura. Há de se destacar a importância da “redescoberta das leis de Mendel” no início do século XX, como o “fator chave” para a ocorrência desse salto tecnológico. Por volta de 1910 aconteceu a descoberta da heterose. A década de 20 foi marcada pelo desenvolvimento dos métodos clássicos de melhoramento. Na década seguinte a euforia se deu em função da descoberta da mutagênese e da utilização dos métodos estatísticos. Aproximadamente 10 anos depois, ocorreram os grandes avanços na genética quantitativa. Os avanços na fronteira do conhecimento continuaram se sucedendo: na década de 50 a fisiologia, na de 60 a bioquímica, na de 70 a cultura de tecidos e na de 80 a biologia molecular (BORÉM, 1998).

Com o surgimento da engenharia genética, muitos fatos outrora indeterminados, tiveram a possibilidade de serem desvendados através do uso da biotecnologia em diversas áreas, entre elas a Agronomia. Nesta, a aplicação da biotecnologia é primordial em áreas como a fruticultura, a zootecnia, a fitotecnia e a fitossanidade, tanto para o melhoramento genético, como na determinação das causas de distúrbios, similaridade genética, regulação de genes e transformação genética.

Com este trabalho teve-se como objetivo apresentar a contribuição da biotecnologia no avanço da Ciência das Plantas Daninhas, relatando as principais técnicas utilizadas.

BIOLOGIA MOLECULAR APLICADA EM PLANTAS DANINHAS

Uma das características inerentes às plantas daninhas é a grande diversidade genética (VIDAL e JÚNIOR, 2001). A diversidade genética existente em uma população é o resultado do processo de evolução natural da espécie, que deriva principalmente da variação mendeliana, da hibridação interespecífica e da poliploidia (WINKLER, 2002).

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As técnicas moleculares como o polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD ou RFLP), a reação da polimerase em cadeia - polimorfismo no comprimento de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e o polimorfismo de comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) permitem estimar a variabilidade genética dentro e entre espécies, além de servirem como ponto de partida para estudos de manejo dessas plantas, pois, aliadas ao sequenciamento permitem localizar genes de resistência, bem como possíveis mutações relacionadas ao surgimento de indivíduos resistentes em determinadas espécies (VIEIRA, 2007). Nesse sentido, a biologia molecular vem se tornando uma importante ferramenta nos estudos com plantas daninhas. Para Breese e Hayward (1972), a detecção da variabilidade dentro das populações com ampla diversidade e adaptação natural, como é o caso de populações de azevém, fornece informações de grande valor aos melhoristas.

A detecção dessas alterações moleculares tem importância fundamental para viabilizar técnicas de controle, como o químico, uma vez que poderá haver respostas diferenciadas de possíveis materiais à ação de herbicidas, incrementando ou reduzindo a eficiência de controle (VIEIRA, 2007).

MARCADORES MOLECULARES

O uso de marcadores moleculares no manejo de bancos de germoplasma tem sido cada vez mais expressivo, fato que se deve ao rápido desenvolvimento de um grande número de técnicas para analisar a variação genética (SCHLÖTTERER, 2004).

Nenhum tipo de marcador é superior a todos os demais para um grande número de aplicações. O tipo de marcador molecular mais apropriado para um determinado estudo vai depender de uma série de fatores como: o grau de polimorfismo pressuposto; a disponibilidade de reagentes e equipamentos para uso; a capacitação pessoal; e as limitações de recursos financeiros e de tempo para execução (SPOONER et al., 2005).

REAÇÃO DA POLIMERASE EM CADEIA - POLIMORFISMO NO COMPRIMENTO DE FRAGMENTOS DE RESTRIÇÃO (PCR-RFLP)

A reação da polimerase em cadeia (PCR) é um método que permite a amplificação in vitro de segmentos de DNA, usando-se dois primers (pequena sequência de DNA ou

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RNA que se emparelha a uma das fitas do DNA provendo o terminal 3’OH livre, onde o DNA polimerase começa a síntese de uma cadeia de desoxirribonucleotídios). Os primers são sintetizados artificialmente e devem apresentar complementariedade com as sequências de nucleotídeos que flanqueiam a região alvo da replicação que hibridizam com as fitas opostas, em regiões que flanqueiam o segmento a ser amplificado. Nesse processo, o DNA é desnaturado (90-96ºC), os primers são hibridizados (30-60ºC) e, posteriormente ocorre a síntese de DNA-polimerase e desoxirribonucleosídeos trifosfatotos (dNTPs) (72ºC). A repetição dessas etapas por 20 a 30 ciclos permite a amplificação de um segmento de DNA.

Os primeiros experimentos de PCR foram realizados com o fragmento deKlenow da DNA-polomerase I. Nesse caso, a cada passo de desnaturação a enzima era inativada e mais enzimas tinham que ser adicionadas. Posteriormente, passou-se a utilizar a DNA-polimerase de Thermus aquaticus (Taq-DNA-polimerase) e como essa enzima é termoestável, não há necessidade de adição de mais enzimas após cada ciclo de desnaturação. (FERREIRA e GRATTAPAGLIA, 1998).

O polimorfismo no comprimento de fragmentos de restrição (RFLPs) são bandas que correspondem a fragmentos de DNA, geralmente dentro da faixa de 2-10 kb, que resultou da digestão do DNA genômico com enzimas de restrição. Os fragmentos de DNA são separados por eletroforese em gel de agarose e são detectados por hibridização através da técnica de Southern blot subseqüente a uma sonda de DNA marcado. A marcação da sonda pode ser realizada com um isótopo radioativo ou com corantes alternativos não-radioativos, como a fluoresceína. O locus específico da sonda de RFLP consiste de uma sequência homóloga de uma determinada região cromossômica. As sondas são geradas através da construção de DNA genômico ou complementar (cDNA) em bibliotecas e, portanto, pode ser composto por uma sequência específica de identidade desconhecida (DNA genômico) ou parte da sequência de um gene funcional (exons). As sondas RFLPs são mantidas como clones apropriados em vetores bacterianos que convenientemente permitem o isolamento dos fragmentos do DNA que possuem. (NEALE e WILLIANS, 1991).

A técnica de RFLP é uma ferramenta molecular simples e eficiente que pode ser empregada para se detectar variabilidade genética em regiões conservadas não específicas, como também em regiões específicas entre indivíduos de uma mesma espécie, entre espécies diferentes ou mesmo entre populações (PICCHI, 2002).

Conforme Cheung et al. (1993), a técnica de PCR-RFLP é uma junção das duas técnicas descritas. Nos estudos com plantas daninhas, a técnica de PCR-RFLP vem sendo

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empregada para estimar, precocemente, a ocorrência relativa de resistência em populações de campo, sujeitas a níveis variáveis de pressão com herbicidas. Segundo o autor, muito sucesso foi obtido quando a técnica foi empregada para o estudo de diversas espécies de plantas daninhas, incluindo Brassica napus, Chenopodium spp. e Amaranthus spp.

Fraga e Tasende (2003) estudaram o mecanismo de resistência ao simazine em Sonchus oleraceus, pela técnica de PCR-RFLP e utilizaram a enzima de restrição MaeI para digerir os fragmentos. Os padrões de restrição obtidos foram correlacionados com os fenótipos suscetíveis e resistentes das plantas em estudo. Resultado semelhante foi obtido por Cardoso et. al (2002, 2005), em acessos de Eichornia crassipes (aguapé) e Pistia stratiotes (alface d’água), que apresentaram elevada similaridade genética, o que se explica pela forma de propagação vegetativa que diminui a possibilidade de recombinação genética.

POLIMORFISMO DE DNA AMPLIFICADO AO ACASO (RAPD)

A técnica de RAPD trata-se, segundo Ferreira e Grattapaglia (1998), basicamente de uma variação da técnica de PCR, com duas características distintivas, sendo: a utilização de um oligonucleotídeo iniciador único ao invés de um par de oligonucleotídeos e o oligonucleotídeo único tem sequência arbitrária, portanto sua sequência alvo é desconhecida.

É utilizada para caracterização genética de espécies quando se desconhecem maiores informações genéticas. Para que haja amplificação de um fragmento RAPD no genoma analisado, duas sequências de DNA complementares ao oligonucleotídeo arbitrário devem estar suficientemente adjacentes (< 4.000 pares de bases) e em orientação oposta, de maneira a permitir a amplificação exponencial de um segmento de DNA pela DNA polimerase. Em função da grande quantidade de DNA produzido, este segmento pode ser visualizado diretamente na forma de uma banda num gel de eletroforese.

Outras fontes de polimorfismo podem incluir deleções de sítios de iniciação ou inserções que colocam dois sítios de iniciação adjacentes a uma distância acima daquela que a DNA polimerase é capaz de percorrer. Assim, o polimorfismo genético detectado pelos marcadores RAPD tem natureza binária, isto é, o segmento amplificado (banda no gel) está presente ou ausente (FERREIRA e GRATTAPAGLIA, 1998).

A natureza molecular do polimorfismo RAPD não é inteiramente conhecida.

Entretanto, evidências experimentais indicam que diferenças de apenas um par de bases (mutações de ponto) são suficientes para causar a não complementaridade do oligonucleotídeo

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com o sítio de iniciação (“priming site”) e assim impedir a amplificação de um segmento (WILLIAMS et al., 1990).

Os marcadores RAPD apresentam algumas vantagens em relação a outros métodos de análise do DNA. Por estar fundamentada na amplificação de DNA, essa técnica pode ser simples e rápida. Um conjunto único de oligonucleotídeos arbitrários pode ser utilizado para qualquer organismo. Por não utilizar sondas, é eliminada a necessidade de radioisótopos ou marcação não radioativa. Outra grande vantagem é a quantidade mínima de DNA necessária para análise genotípica de um indivíduo. Esses marcadores também permitem gerar uma grande quantidade de polimorfismo de segmentos de DNA, distribuídos por todo o genoma do organismo. Por se basear em PCR, a técnica de RAPD é muito mais sensível na detecção de polimorfismo ao nível de DNA (FERREIRA e GRATTAPAGLIA, 1998).

Marcadores moleculares do tipo polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD) permitem caracterizar plantas e microrganismos e avaliar a diversidade genética entre indivíduos de uma mesma espécie ou de diferentes espécies (WILLIAMS et al., 1990).

A técnica de RAPD tem sido bem difundida para análise da variabilidade genética envolvendo plantas. Foram observados alguns trabalhos desenvolvidos com plantas daninhas, como o de Vieira (2003), que analisou a variabilidade genética em acessos de Trapoeraba (Commelina benghalensis) em comparação à resposta fenotípica ao herbicida glyphosate. Pela análise de dados do marcador RAPD, houve uma considerável variabilidade genética entre os acessos estudados e este não permitiu agrupar, distintamente, os acessos tolerantes e sensíveis a esse herbicida.

A variação genética em Poa annua L., causada pela pressão de seleção proveniente da aplicação de herbicidas, também foi avaliada por RAPD (SWEENEY e DANNEBERGER, 1995). A mesma técnica foi usada para detectar diferenças de tolerância de Echinochloa crus-galli para o herbicida quinclorac (Rutledge et al., 2000) e para avaliar a influência da aplicação do herbicida na variação genética de Sinapsis arvensis (MOODIE et al., 1997).

Marcadores moleculares de RAPD também foram utilizados para determinar a variação genética entre indivíduos de cinco populações geograficamente separadas de Euphorbia esula (ROWE et al., 1997). Esses autores concluíram que a similaridade genética é maior entre indivíduos dentro de uma população e que a dispersão de pólen foi facilitada dentro e entre populações muito próximas geograficamente, contribuindo para este resultado.

Com o uso de marcadores moleculares do tipo RAPD, a distância genética entre biótipos de E. heterophylla foi estudada por Vasconcelos et al. (2000) em função da presença

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ou ausência de bandas e variou ente 1 e 39% entre as plantas. A análise de agrupamento gerou dois grupos de biótipos tendo como fatores diferenciais o formato das folhas (estreito ou arredondado) e a ramificação (densa ou normal). Winkler et al. (2003) utilizaram da análise por RAPD na determinação da diversidade genética de populações de Euphorbia heterophylla resistentes a herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase (ALS). Pela técnica detectou-se o coeficiente médio de similaridade de 40%, constatando-se então variabilidade genética entre as populações. Em outro estudo de três acessos de Euphorbia heterophylla, a análise de RAPD mostrou similaridade mínima de 88% e máxima de 99% entre os diferentes indivíduos, quer pertencentes à mesma população, quer pertencentes às diferentes populações, sem ser possível estabelecer uma relação entre o genótipo e a resistência ao herbicida (AMARAL, 2006).

Essa técnica foi utilizada também por Martins et al. (2003) na análise da variabilidade genética de acessos de Egéria (Egeria spp.), coletados em sete reservatórios de geração de energia do Estado de São Paulo. Este marcador demonstrou a existência de variabilidade genética entre as populações. Cardoso et al. (2005) realizaram um estudo com marcadores RAPD para caracterizar geneticamente populações de alface-d’água (Pistia stratiotes), coletadas em reservatórios de hidrelétricas do Estado de São Paulo. Esse marcador revelou que a grande maioria dos reservatórios estudados (93%) apresentou índice de distância genética inferior a 0,30 entre as populações, formando um grupo definido.

Vidal et al. (2005b) avaliaram por RAPD, o grau de similaridade genética entre acessos de picão-preto (Bidens pilosa) resistentes aos herbicidas inibidores da enzima acetolactato sintase (ALS), bem como a relação entre o coeficiente de similaridade genética e a distância geográfica desses acessos. Por meio do marcador molecular RAPD, obteve-se uma baixa similaridade genética entre os acessos. A técnica de RAPD foi eficiente para Lamego et al. (2006) que avaliaram o grau de similaridade genética entre acessos de Bidens pilosa suscetíveis e resistentes aos herbicidas inibidores da ALS. A similaridade genética média obtida foi equivalente a 37%. Essa baixa similaridade entre os acessos evidenciou que a resistência aos herbicidas na região estudada se configurou pela seleção de indivíduos resistentes preexistentes na população.

Vidal et al. (2006) utilizaram o marcador RAPD para avaliar a variabilidade genética de acessos de Bidens spp., oriundos de uma única propriedade, para verificar a dispersão da resistência na gleba amostrada e determinar a relação entre o coeficiente de similaridade

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genética e a distância geográfica entre os acessos da mesma população. Como resultado, os acessos de Bidens spp. apresentaram grande variabilidade genética dentro da população.

A análise com o marcador molecular RAPD revelou elevada similaridade genética entre os acessos de Digitaria nuda, confirmando pertencerem à mesma espécie (VIEIRA, 2007). A mesma técnica foi usada para detectar diferença de tolerância de Echinochloa cruz-galli para o herbicida quinclorac (Rutledge et al., 2000) e para avaliar a influência da aplicação desse herbicida na variação genética de Sinapsis arvensis (MOODIE et al., 1997).

Esses marcadores moleculares são importantes para viabilizar a técnica do controle químico, bem como detectar precocemente possíveis indivíduos resistentes dentro de uma população de plantas daninhas frente a diferentes herbicidas, além de estimar a variabilidade genética existente dentro e entre populações, facilitando ou contribuindo para o manejo (VIEIRA, 2007).

POLIMORFISMO DE COMPRIMENTO DE FRAGMENTOS AMPLIFICADOS (AFLP)

O AFLP é uma técnica na qual fragmentos de DNA, entre 80 e 500 pb, são obtidos a partir da digestão do DNA com enzimas de restrição, normalmente uma de corte raro e uma de corte frequente. Os fragmentos digeridos são ligados a adaptadores de oligonucluotídeos específicos, os quais se anelarão com primers pré-seletivos, cuja sequência é complementar a dos adaptadores, acrescido de um nucleotídeo arbitrário na sua extremidade 3’. Os fragmentos pré-amplificados são então submetidos às reações de amplificação seletiva, utilizando primers com a mesma sequência dos primers pré-seletivos acrescida de dois nucleotídeos arbitrários na sua extremidade 3‘. As amplificações ocorrem via reação em cadeia da polimerase (PCR).

Os fragmentos amplificados (em torno de 50-100 fragmentos por reação) são, então, separados por eletroforese em gel de poliacrilamida desnaturante (VOS et al., 1995).

AFLP é uma técnica para estudar polimorfismo genético em populações que reúne algumas estratégias empregadas pelas técnicas de RFLP e RAPD, com as vantagens de detectar múltiplos locos por reação e apresentar alta repetibilidade (JAIN et al., 1994; HILL et al., 1996).

O polimorfismo gerado por AFLP apresenta herança mendeliana e pode ser usado para estudar parentesco e a diversidade genética dentro e entre populações, para desenvolver marcadores moleculares e para o mapeamento de genes de interesse (KARAM et al., 2003).

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Entre os diferentes tipos de marcadores moleculares, o AFLP, técnica que foi desenvolvida por Vos et al. (1995), apresenta algumas vantagens para uso na caracterização de recursos genéticos, como a detecção de grande número de bandas informativas por reação, com ampla cobertura do genoma e considerável reprodutibilidade e principalmente por não necessitar de dados de sequenciamento prévio da espécie para a construção de primers (SPOONER et al., 2005; VUYLSTEKE et al., 2007).

Esta técnica tem sido utilizada para determinar a diversidade genética de muitas espécies de plantas (ANGIOLILLO, 1999; AMSELLEM, 2000).

Embora a análise de AFLP seja frequentemente utilizada em estudos de variabilidade genética em espécies alógamas como Lolium perenne (Roldán-Ruiz et al., 2001; Guthridge et al., 2001), Trifolium repens (Kölliker et al.,2001), Daucus carota (Bradeen et al., 2002) e Trifolium pratense (Hermann et al., 2005), esta também tem sido aplicada no estudo de espécies autógamas, como variedades de cana-de-açúcar (LIMA et al., 2002). A técnica AFLP também tem sido utilizada com sucesso quando aplicada em estudos de plantas daninhas, como Erianthus sp. (BESSE et al., 1998).

Segundo Fischer et al. (2000, 2000a), em estudos com Echinochloa phyllopogon de (Stapf) Kossenko, planta daninha nociva a cultura do arroz cultivado na Califórnia, a técnica de AFLP foi empregada na descoberta de biótipos resistentes desta espécie a múltiplos herbicidas, como ao bispyribac-sodium, fenoxaprop-ethyl, molinate e thiobencarb.

A técnica de AFLP também possibilitou a separação dos biótipos de Panicum miliaceum em dois grupos distintos, sendo um formado apenas por biótipos selvagens típicos e, o segundo grupo composto por formas domesticadas e por biótipos selvagens, que apresentam algumas características fenotípicas de biótipos cultivados, tais como, ausência de dormência das sementes e taxa relativamente elevada de crescimento radicular durante a germinação da semente (KARAM et al., 2003).

A técnica de AFLP poderá ser muito útil para estudar variabilidade genética e estabelecer relações filogenéticas em populações de plantas daninhas às culturas do milho e do sorgo. Esses estudos possibilitarão melhor entendimento sobre a dinâmica populacional e o manejo mais adequado no uso de herbicidas (KARAM et al., 2003).

CONSIDERAÇÕES FINAIS

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O surgimento de técnicas em Biologia Molecular tem alterado grandemente as formas de abordagem dos problemas básicos na área de Plantas Daninhas. Foi dessa forma que o desenvolvimento de técnicas, como as de Marcadores Moleculares, de Southern blot, sequenciamento de DNA e clonagem molecular, entre outras, permitiu um avanço considerável na área.

O desenvolvimento da técnica de amplificação de segmentos de DNA utilizando a reação de polimerização em cadeia (PCR) abriu enormes perspectivas para a análise de genes, diagnóstico de doenças genéticas, detecção de agentes infecciosos, variabilidade genética e relações filogenéticas.

A caracterização da diversidade genética e a identificação de espécies resistentes a herbicidas são de fundamental importância dentro do ambiente agrícola. Através da aplicação dos estudos evidenciados neste trabalho, verificou-se a possibilidade de otimizar o uso de herbicidas, resultando na aplicação eficaz desse tipo de defensivo agrícola.

Através das técnicas apresentadas, espécies de impacto econômico na agricultura nacional e internacional que apresentam biótipos resistentes podem ser estudadas com o intuito de estabelecer o nível de tolerância aos produtos, assim como avaliar se o herbicida aplicado interfere no desenvolvimento da resistência.

A Biotecnologia aplicada à área de Plantas Daninhas responde questões que outrora limitavam a eficácia do manejo químico. Questões em nível celular são agora elucidadas através das técnicas apresentadas.

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Referências

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