UNIVERSIDAD NACIONAL DE
MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA
AMBIENTAL
INFORME N° 1 PRACTICA VIRTUAL:
ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S
CURSO:
BIOTECNOLOGIA
ESTUDIANTE:
SANTI COLQUE, GUSTAVO GONZALO EDUARDO
CÓDIGO:
2018205080
DOCENTE:
SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
INTRODUCCION
La secuenciación genética es una tecnología que permite conocer y descifrar el código genético que tienen todos los seres vivos. Se trata de “leer” ese código, que contiene información imprescindible para su desarrollo y funcionamiento, como si de un libro de instrucciones genéticas se tratase. Estas señas de identidad, que definen las características y la ‘firma genética’ de los organismos biológicos, vienen ‘inscritas’ en moléculas llamadas ácidos nucleicos, formadas por nucleótidos.
El método de referencia actualmente es la secuenciación de Sanger por electroforesis capilar, pero en los últimos 20 años se ha producido una gran expansión de nuevos métodos que se conocen en su conjunto como secuenciación de alto rendimiento y que incluye métodos de segunda y tercera generación. Todos estos métodos conviven actualmente debido a que tienen aplicaciones diferentes.
La necesidad de descifrar el genoma humano para un mejor entendimiento de los procesos moleculares que afectan la salud humana, conduce a crear entre otros en 1988 a la NCBI(National Center for Biotechnology Information), como una de las fuentes de información en biología molecular cuyo objetivo primordial es el de crear bases de datos públicos, investigación en biología computacional, desarrollo de herramientas de software para el análisis de datos del genoma y difusión de la información biomédica.
Muchas investigaciones han contribuido a la aplicación de las bases de datos de la NCBI suministrando algoritmos innovadores como el BLAST, SEG, VAST COGs, entre otros. BLAST es el acrónimo de Basic Local Alignment Search Tool. Fue desarrollado por Altschul en 1990 y es el algoritmo más empleado por el NCBI. La principal característica del BLAST es su velocidad, pudiendo tomar pocos minutos cualquier búsqueda en la totalidad de la base de datos. De hecho, los resultados se presentan en pantalla inmediatamente después de calculados. El BLAST puede hacer búsquedas en una base de
datos no redundante (nr) la cual tiene los registros no redundantes entre las dos bases de datos principales a nivel mundial: GenBank en USA y EMBL (European Molecular Biology Laboratories) en Europa.
BioEdit es un editor de alineación de secuencias biológicas. Una interfaz intuitiva para varios documentos con prestaciones convenientes hace relativamente sencilla la alineación y manipulación de secuencias en su computadora de escritorio. Varias opciones de manipulación de secuencias y análisis, además de enlaces a programas externos de análisis facilitan un entorno de trabajo que le permite ver y manipular secuencias con sencillas operaciones de señalar y hacer clic.
Bioedit es un programa gratuito para edición de alineamientos y análisis de secuencias que funciona únicamente sobre ambiente MS/Windows. Es, sin lugar a duda, uno de los programas más conocidos para edición de secuencias para dicho sistema operativo.
1. OBJETIVOS
• Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos. • Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en específico el estudio del gen ribosomal 16S.
2. MATERIALES Y METODOLOGIA
Para la presente practica fueron necesarios contar con distintos materiales y posteriormente seguir una guía de pasos para la ejecución de este, que se podrá ver en los siguientes subtítulos: 2.1.Materiales: • Laptop • Software de BIOEDIT • Blast • Excel 2.2.Metodología
1. Primeramente, se consiguió lo que serían las muestras, estas serían proporcionados por el docente para poder analizarlas.
2. Posteriormente se procedió a abrir dicho cromatograma en el software de BIOEDIT para poder observar la calidad de su secuencia.
3. Procedemos a copiar la secuencia y la guardamos en un block de notas. Eliminaremos la parte final para poder reducir el error.
4. Para poder determinar de qué organismo es, nos dirigimos a la pagina de BLAST, donde vamos a copiar la secuencia que se encontró en el BIOEDIT.
5. Después de haber copiado y tener todo en orden, obtendrás una descripción de la secuencia, se podrá ver de qué origen es, % de identidad cantidad de secuencia entre otros.
6. Posteriormente a eso procederemos a tomar nota de su tamaño de secuencia, su % identidad y que organismo es.
3. RESULTADOS
Ahora se presentarán los resultados de la calidad de secuencia de los 3 archivos enviados por el docente:
En esta tabla podemos observar que tiene la mayoría de secuencia cuentan con una calidad regular, tampoco obtuvimos una secuencia de buena calidad más si llegamos a contar con secuencias de mala calidad donde solo 5 del total de estas son secuencias de mala calidad y así de esta manera provoca que no se pueda identificar qué tipo de organismo es.
BUENA MALA REGULAR
user_12set2007_01_A03_01.ab1 X 942 Klebsiella oxytoca 77.87%
user_12set2007_02_B03_03.ab1 X 1024 uncultured soil bacterium 71.52%
user_12set2007_03_C03_05.ab1 X 997 Klebsiella variicola 74.50%
user_12set2007_04_D03_07.ab1 X 983 Kosakonia oryzae 80.55%
user_12set2007_05_E03_09.ab1 X 921 Klebsiella pneumoniae 85.05%
user_12set2007_06_F03_11.ab1 X 1347 Negativo Negativo
user_12set2007_07_G03_13.ab1 X 1185 Negativo Negativo
user_12set2007_08_H03_15.ab1 X 991 uncultured bacterium 72.17%
user_12set2007_09_A04_02.ab1 X 1163 Negativo Negativo
user_12set2007_10_B04_04.ab1 X 964 Achromobacter sp. 76.67%
user_12set2007_11_C04_06.ab1 X 959 Enterobacter cloacae 72.58%
user_12set2007_12_D04_08.ab1 X 860 Enterobacteriaceae
bacterium HGH0104 85.71%
user_12set2007_13_E04_10.ab1 X 928 Pantoea stewartii 71.86%
user_12set2007_14_F04_12.ab1 X 977 Pantoea deleyi 75.82%
user_12set2007_15_G04_14.ab1 X 944 Klebsiella quasivariicola 88.22%
user_12set2007_16_H04_16.ab1 X 959 Kosakonia sacchari 77.42%
usuarios_12set2007_1Y2_F04_12.ab1 X 984 Kosakonia radicincitans 79.20%
usuarios_12set2007_2Y2_G04_14.ab1 X 1005 Herbaspirillum sp. 86.75%
usuarios_12set2007_3Y2_H04_16.ab1 X 1006 Klebsiella sp. MB42 79.04%
usuarios_12set2007_17_A04_02.ab1 X 1056 Rhizobium lusitanum 71.09%
usuarios_12set2007_18_B04_04.ab1 X 951 Enterobacter sp. 78.88%
usuarios_12set2007_19_C04_06.ab1 X 1116 Pseudomonas jessenii 67.07%
usuarios_12set2007_20_D04_08.ab1 X 949 Klebsiella pneumoniae 73.08%
usuarios_12set2007_21_E04_10.ab1 X 866 uncultured bacterium 74.24%
CÓDIGO CALIDAD DE SECUENCIA TAMAÑO DE LA
.
En esta tabla podemos observar que tiene la mayoría de secuencia cuentan con una calidad regular, obtuvimos 6 secuencia de buena calidad, también se obtuvo 6 secuencias de mala calidad y así de esta manera provoca que no se pueda identificar qué tipo de organismo es.
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1 X 978 Negativo Negativo
DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1 X 908 Herbaspirillum seropedicae 88.73%
DIVERSOS-_A09_1_01.ab1 X 1007 Pseudomonas putida 83.21%
DIVERSOS_A10_9_02.ab1 X 925 uncultured bacterium 86.14%
DIVERSOS-_A11_17_01.ab1 X 1163 Negativo Negativo
DIVERSOS-_B07_2H_03.ab1 X 944 Stenotrophomonas sp. UYSB32 74.24%
DIVERSOS-_B08_10H_04.ab1 X 958 Leclercia adecarboxylata 83.45%
DIVERSOS-_B09_2_03.ab1 X 939 Klebsiella grimontii 82.35%
DIVERSOS-_B10_10_04.ab1 X 1020 Enterobacter soli 71.76%
DIVERSOS-_B11_18_03.ab1 X 993 uncultured Pseudomonas sp. 72.62%
DIVERSOS-_C07_3H_05.ab1 X 963 Leclercia adecarboxylata 91.90%
DIVERSOS-_C08_11H_06.ab1 X 965 Enterobacter mori 91.07%
DIVERSOS-_C09_3_05.ab1 X 944 Phytobacter diazotrophicus 86.58%
DIVERSOS-_C10_11_06.ab1 X 979 uncultured Pseudomonas sp. 69.01%
DIVERSOS-_C11_19_05.ab1 X 950 Klebsiella aerogenes 65.62%
DIVERSOS-_D07_4H_07.ab1 X 928 uncultured bacterium 90.18%
DIVERSOS-_D08_12H_08.ab1 X 963 Staphylococcus sp. US-13 84.27%
DIVERSOS-_D09_4_07.ab1 X 983 Phytobacter diazotrophicus 88.43%
DIVERSOS-_D10_12_08.ab1 X 986 Pseudomonas putida 81.82%
DIVERSOS-_E07_5H_09.ab1 X 926 Negativo Negativo
DIVERSOS-_E08_13H_10.ab1 X 932 Paraburkholderia silvatlantica 79.97%
DIVERSOS-_E09_5_09.ab1 X 981 Enterobacter hormaechei
subsp. Xiangfangensis 85.02%
DIVERSOS-_E10_13_10.ab1 X 1057 uncultured bacterium 67.47%
DIVERSOS-_F07_6H_11.ab1 X 915 Enterobacter ludwigii 95.89%
DIVERSOS-_F09_6_11.ab1 X 956 Klebsiella sp. 81.75%
DIVERSOS-_F10_14_12.ab1 X 1204 Negativo Negativo
DIVERSOS-_G07_7H_13.ab1 X 931 Enterobacter sp. ICBR 189 91.07%
DIVERSOS-_G09_7_13.ab1 X 935 uncultured Enterobacter sp. 73.78%
DIVERSOS-_G10_15_14.ab1 X 950 Enterobacter asburiae 93.40%
DIVERSOS-_H07_8H_15.ab1 X 1101 Negativo Negativo
DIVERSOS-_H09_8_15.ab1 X 1262 Negativo Negativo
DIVERSOS-_H10_16_16.ab1 X 948 Enterobacter sp. IICDBZ9 84.42%
CALIDAD DE SECUENCIA
CÓDIGO TAMAÑO DE LA
.
En esta tabla podemos observar que tiene la mayoría de secuencia cuentan con una buena calidad, y el resto es de regular calidad, mas no se obtuvo de mala calidad y de esta manera todas las secuencias de esta tabla se pudieron determinar de qué tipo de organismo es.
4. CONCLUSION
• El uso de herramientas tecnológicas como el BIOEDIT o paginas como BLAST son de gran utilidad para poder analizar las secuencias que se puedan llegar a obtener de distintas muestras y de esta manera hacen más fácil el trabajo.
• En esta práctica llegamos a analizar la secuencia del GEN 16s, analizamos de que origen es, su % identidad como la cantidad de secuencia. Aprendimos a manejar el software de BIOEDIT y también el manejo de la pagina de BLAST. Esta práctica nos será útil para nuestra formación.
BUENA MALA REGULAR
USER_04set2007_01-419NZ_A01_01.ab1 X 950 Klebsiella michiganensis 74.54%
USER_04set2007_02-526NZ_B01_03.ab1 X 877 Klebsiella variicola 85.85%
USER_04set2007_03-419AZ_C01_05.ab1 X 895 Klebsiella sp. MPUS7 97.35%
USER_04set2007_04-88NZ_D01_07.ab1 X 872 Klebsiella pneumoniae 94.39%
USER_04set2007_05-88AZ_E01_09 X 839 Klebsiella pneumoniae 93.25%
USER_04set2007_06-526Y1_F01_11 X 989 Klebsiella pneumoniae 95.91%
USER_04set2007_07-419Y1_G01_13.ab1 X 980 Enterobacter sp. WF14-6 98.61%
USER_04set2007_08-375H_H01_15.ab1 X 1002 Klebsiella oxytoca 73.75% USER_04set2007_09-419YZ_A02_02.ab1 X 896 Enterobacter sp. CB7 95.81% USER_04set2007_10-88H_B02_04.ab1 X 971 endosymbiont of Sphenophorus 72.46%
USER_04set2007_11-375NZ_C02_06.ab1 X 976 uncultured bacterium 75.43%
USER_04set2007_12-526YZ_D02_08.ab1 X 880 Klebsiella sp. BR3357 95.25%
USER_04set2007_13-483NZ_E02_10.ab1 X 891 Enterobacter sp. 88.89%
USER_04set2007_14-483H_F02_12.ab1 X 947 Enterobacter hormaechei 88.47%
USER_04set2007_15-456NZ_G02_14.ab1 X 903 Bacillus thuringiensis 91.54% CÓDIGO CALIDAD DE SECUENCIA TAMAÑO DE LA
5. BIBLIOGRAFIA
Wikipedia. (2021b, junio 13). BLAST. Wikipedia, la enciclopedia libre.
https://es.wikipedia.org/wiki/BLAST
Gobiernos de España. (2020, 20 abril). SECUENCIACIÓN GENÉTICA: ¿QUÉ
ES Y PARA QUÉ SIRVE? | #coNprueba. #coNprueba.
https://www.conprueba.es/secuenciacion-genetica-que-es-y-para-que-sirve
Andres M. (2006, julio). Introduccion a la biotecnologia. Creative Commons.
http://bioinf.ibun.unal.edu.co/documentos/multAlignmentCBIB.pdf
ECOGENUCR. (s.f.) Recuperado el 17 de setiembre de 2021, de Practica en Bioinformatica 4: https://ecogenucr.wordpress.com/bioinformatica-4/
