Simulações por dinâmica molecular
Estudos da interação de peptídeos antimicrobianos com modelo de membrana por simulações de dinâmica molecular
... de simulações utilizando Mecânica Quântica seria ...sistema. Simulações por Dinâmica Molecular (DM) tem sido uma ferramenta essencial para o entendimento da interação de peptídeos ...
50
Avaliação dos mecanismos de ação do peptídeo sintético Mo-CBP3-PEPIII contra Candida spp. através de bioquímica quântica e simulações de dinâmica molecular.
... Docking Molecular é possível observar as interações entre um ligante com uma ...as simulações de dinâmica molecular (Trott and Olson, ...
53
Formação de agregados proteicos na presença de líquidos iónicos e a aplicação de simulações de dinâmica molecular
... A dinâmica conformacional das proteínas está, de certa forma, codificada nas suas estruturas, embora também seja variável com o meio, e é normalmente um elemento crítico para a sua ...pela dinâmica, que é ...
133
Estudo computacional da fluorescência do triptofano em proteínas por meio de simulações de dinâmica molecular
... A fluorescência do triptofano em proteínas é altamente sensível ao ambiente, ge- rando assim uma variabilidade nos comprimentos de onda de emissão (λ em ) e nos rendimentos quânticos (Φ F ). Essas propriedades foram ...
155
Estudo das interações de complexos de inclusão flavonoide/ciclodextrina com modelos de membrana biológica por simulações de dinâmica molecular
... nas simulações e raio de corte de ...As simulações foram realizadas com o pacote “NAnoscale Molecular Dynamics programs” (NAMD) ...de Dinâmica Molecular e é conhecido pela eficiência em ...
77
Defensina nsd7 de Nicotiana suaveolens acoplada ao ácido fosfatídico: avaliações sobre o mecanismo molecular através da análise de bioquímica quântica e simulações de dinâmica molecular.
... de dinâmica molecular para revelar dados estruturais e mecanismos moleculares não expostos na ...de dinâmica molecular corroborou com dados experimentais, mostrando que, na ausência da ...
58
Propriedades termodinâmicas de fases poliméricas de C60 estudadas por simulações de dinâmica molecular
... simples, tem comprimento 1.54 Å[29] e a distância entre centros de massa é 9.34 Å[30]. Assumindo que estes desvios são causados pelo tipo de ligação, é seguro afirmar que nesta situação o potencial AIREBO trata a ligação ...
60
Análise de dados de desnaturação proteica obtida por simulações de dinâmica molecular
... Nas simulações de dinâmica molecular, o comportamento do sistema molecular é obtido pela integração das equações de movimento de Newton e da função da energia potencial [Hoing ...As ...
138
Estudo do nanovazamento de hidrogênio confinado por simulações de dinâmica molecular
... por simulações de Dinâmica Molecular ...As simulações foram rea- lizadas com temperaturas de 171 K a 372 K e pressões de 50 MPa a 200 ...por simulações de ...várias simulações ...
92
Simulações de dinâmica molecular e QM/MM revelam o mecanismo de inibição da insulinase pelo ATP na clivagem do amilóide-β 42: um peptídeo associado a patologia da doença de Alzheimer
... de! dinâmica! molecular! de! proteínas! desordenadas! semelhantes! ao! Aβ! em! solução!requerem!um!longo!tempo!de!simulação!para!amostrar!o!espaço!configuracional!e! determinar! eventos! de! nucleação! e! ...
120
Simulações por dinâmica molecular de compostos do tipo ABO3 (SrTiO3 e CaTiO3)
... O maior problema que ainda persiste em todo este desenvolvimento é conseguir a estabilidade do sistema em sua configuração inicial. As forças interatômicas de curto e longo alcance em materiais com estrutura perovskita ...
126
Análise por simulações pela dinâmica molecular do complexo proteína-DNA do domínio ETS da proteína PDEF : fatores intrínsecos ao DNA
... A proteína mostrada é o fator de transcrição PDEF (prostate-derived ETS factor, código PDB: 1YO5), com sua seqüência de DNA complementar, o domínio HTH da proteína está dest[r] ...
88
Propriedades dinâmica, termodinâmica e estrutural da água e do metanol por simulações de dinâmica molecular.
... In recent years, water has been a tireless study object due to its anomalous properties. Part of the explanation for this behavior is due to the capacity of each water molecule to form four hydrogen bonds, which leads a ...
101
Desenvolvimento de sistema computacional para simulações de dinâmica molecular a pH constante
... amica Molecular de uma prote´ına foi o estudo da BPTI (inibidor pancre´atico bovino da tripsina) realizado por McCammon em 1977 [35] e de uma bicamada lip´ıdica por Berendsen e Van Der Ploeg em 1982 ...
61
Interação de nanotubos de carbono e cadeias de polifluoreno: Dinâmica molecular e...
... Por outro lado, o espaço de fase pode ser explorado mais amplamente através de simulações mais longas com a contrapartida de uma menor resolução nas interações e coordenadas atômicas. É possível, por exemplo, ...
131
Estudo da difusão do hidrogénio molecular numa hidrogenase [nifese] por métodos de dinâmica molecular
... Estas equações são integradas por um método numérico, a escolha do qual tem uma grande influência na estabilidade do sistema e na eficiência das simulações. Uma forma de melhorar a eficiência é aplicar os chamados ...
81
DINÂMICA MOLECULAR NO ENSEMBLE CANÔNICO
... nâmica Molecular (DM) começou sendo utilizada como ferramenta de auxílio às máquinas eletrônicas computacionais que tinham sido desenvolvidas durante e depois da segunda guerra ...fazerem simulações ...
50
Simulação por dinâmica molecular de óxidos alcalino-terrosos
... de Dinâmica Molecular para simular e ob- servar os efeitos da temperatura e da pressão hidrostática sobre os óxidos de cálcio (CaO), estrôncio (SrO) e bário ...Tais simulações foram realizadas sobre ...
107
Seleção eficiente de conformações de receptor flexível em simulações de docagem molecular
... docagem molecular que essa interação é ava- ...docagem molecular se façam simplificações onde o receptor é tratado como ...docagem molecular não é uma tarefa trivial, pois, para permitir mobilidade a ...
180
Estudo espectroscópico da dinâmica molecular e empacotamento em semicondutores o...
... estão mostrados os espectros de 13 C CPMAS para os copolímeros LAPPS18A (Figura 49b), LAPPS18B (Figura 49c) e LAPPS18C (Figura 49d) bem como para precursor da síntese DIAL (Figura 49f). Pela Figura 49 três linhas diferem ...
148