As árvores de distância Neighbor-Joining feitas para cada marcador separadamente resultaram em padrões distintos, mostrando que a taxa de mutação de cada marcador é diferente, como era esperado baseado no estudo feito sobre esses marcadores (Wahlberg & Wheat 2008). Para essas análises, as sequências foram editadas, e aquelas que apresentavam muitas bases faltantes foram removidas, pois foi percebido que a falta de bases afetava os resultados diminuindo a resolução das árvores. Todas as árvores de NJ feitas resultaram em Stalachtis como um gênero monofilético, enquanto que as relações internas variaram entre os genes.
Na árvore de NJ da região barcode (Figura II-1), todas as espécies apresentarem valores altos de bootstrap, sendo o menor valor para S. magdalena (82). Alguns ramos apresentaram alto suporte dentro das espécies, esses ramos apresentam certa congruência geográfica, porém a espécie S. magdalena apresenta seus indivíduos agrupados em dois clados bem definidos, mesmo que todos esses indivíduos sejam da mesma localidade (Figura II-26). Algumas relações apresentaram diferenças notáveis entre essa árvore e as análises filogenéticas obtidas: 1) S. lineata aparece como grupo
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irmão do clado S. phlegia + S. susanna com alto suporte (91). 2) S. phaedusa foi posicionada como grupo irmão do clado composto por S. euterpe, S. halloweeni, S.
magdalena, S. terpsichore, S. calliope e Stalachtis sp. com baixo suporte. 3) Também com
baixo suporte (40), S. euterpe aparece como espécie irmã de S. halloweeni.
Outra árvore de NJ foi feita para a segunda metade do COI (Figura II-2), nessa árvore todas as espécies amostradas (apenas o indivíduo BLU654 foi sequenciado da espécie S.
lineata e o indivíduo BLU647 da espécie ainda não descrita também não foi sequenciado)
exibiram alto suporte, o menor encontrado foi para S. calliope (89). As relações dessa árvore são equivalentes com aquelas da primeira metade do COI, porém algumas relações não foram congruentes: 1) o indivíduo sequenciado de S. lineata está posicionado como grupo irmão do clado composto por S. euterpe, S. halloweeni, S.
magdalena, S. terpsichore, S. calliope, S, magdalena e S. phaedusa com alto suporte (91).
2) S. euterpe foi encontrado como grupo irmão do clado com as espécies S. halloweeni,
S. magdalena, S. terpsichore, S. calliope, e S. phaedusa. 3) S. magdalena aparece como
grupo irmão do clado S. phaedusa + S. halloweeni. Com exceção dessas duas últimas relações, a árvore de NJ da segunda metade do COI foi a mais consistente com as hipóteses filogenéticas produzidas.
A árvore de NJ (Figura II-3) mostrou que o gene CAD é entre os genes nucleares analisados neste trabalho, aquele com a maior capacidade de separar as espécies, todavia algumas relações não foram resolvidas. Essa árvore apresentou algumas relações interessantes, mesmo com metade das espécies ausentes – S. halloweeni, S. phaedusa,
S. magdalena, S. terpsichore e Stalachtis sp. – devido a dificuldades citadas no
sequenciamento: 1) uma clara divisão entre os indivíduos de S. phlegia e S. susanna. 2) um alto suporte (96) no clado que une os indivíduos das espécies S. calliope e S. euterpe. Isso é interessante pois a posição de S. euterpe nas hipóteses filogenéticas não possuiu alto suporte, e essa relação aqui apresentada indica que a posição nas filogenias obtidas está correta, devido à esse agrupamento das sequências do gene CAD entre as espécies
S. calliope e S. euterpe.
A análise de NJ do gene GAPDH (Figura II-4) não formou clados separados para todas as espécies como o COI, porém ela mostrou as relações de parentesco entre as espécies irmãs encontradas nas hipóteses filogenéticas, e só foi capaz de distinguir em clados bem definidos as espécies S. susanna e S. lineata. O clado formado pelos indivíduos de S.
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phlegia inclui os indivíduos de S. susanna, enquanto que as outras espécies formaram um
outro clado com alto suporte (99). A árvore possui um clado composto por S. euterpe +
S. magdalena + S. calliope + S. terpsichore e outro clado formado por S. phaedusa e S. halloweeni. Esses dois clados formados mostram as relações de proximidade entre as
espécies que os compõem, que podem ser visualizadas devido a taxa de mutação mais baixa (se comparada ao COI mitocondrial) desse marcador nuclear dentro do gênero
Stalachtis.
O gene RPS5 (Figura II-5) é o marcador que apresentou menor variação entre as sequências obtidas dentre os amostrados para Stalachtis, e os ramos com alto suporte foram aqueles mais externos na árvore, como a relação entre os clados S. susanna + S.
phlegia e S. euterpe + S. lineata + S. halloweeni + S. magdalena + S. terpsichore + S. calliope + S. phaedusa (99). Apenas S. terpsichore e S. halloweeni mostraram clados monofiléticos,
enquanto que as outras espécies formaram dois grandes clados um deles S. susanna + S.
phlegia e o outro S. euterpe + S. lineata + S. magdalena + S. calliope + S. phaedusa + Stalachtis sp. Esse clado monofilético para S. terpsichore é uma das evidências
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Figura II-1. Árvore de distância
Neighbor-Joining, baseada nas sequências para a região barcode, estimada com o modelo de substituição nucleotídica Kimura-2- Parâmetros. Os números ao lado dos nós são os valores de 5.000 réplicas
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Figura II-2. Árvore de distância
Neighbor-Joining, baseada nas sequências para a segunda metade do gene COI, estimada com o modelo de substituição nucleotídica Kimura- 2-Parâmetros. Os números ao lado dos nós são os valores de 5.000 réplicas Bootstrap.
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Figura II-3. Árvore de distância Neighbor-Joining, baseada nas sequências para o gene nuclear CAD, estimada com o modelo de substituição nucleotídica Kimura-2-Parâmetros. Os números ao lado dos nós são os valores de 5.000 réplicas Bootstrap.
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Figura II-4. Árvore de distância Neighbor-Joining, baseada nas sequências para o gene nuclear GAPDH, estimada com o modelo de substituição nucleotídica Kimura-2- Parâmetros. Os números ao lado dos nós são os valores de 5.000 réplicas
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Figura II-5. Árvore de distância
Neighbor-Joining, baseada nas sequências para o gene nuclear RPS5, estimada com o modelo de substituição nucleotídica Kimura-2- Parâmetros. Os números ao lado dos nós são os valores de 5.000 réplicas
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