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Diversos estudos estruturais foram realizadas para diferentes tipos de proteínas, em que se utilizou variadas técnicas experimentais.

A proteína Lisozima foi estudada em duas soluções tampões diferentes e não houve diferenças nos resultados. Porém ao variarmos a concentração da proteína na so- lução, é possível observar que para as amostras mais concentradas existe um fator de interação entre as partículas, próximo ao de esferas rígidas. Além disso, tem-se a indica- ção de que a proteína em solução tem estrutura semelhante à apresentada pelo cristal, mostrado tanto pelo ajuste com o programa CRYSOL [28], quanto pelo modelo ab initio. O peso molecular calculado é ≈ 15���, que está em bom acordo com a literatura.

Em relação ao sistema de crioglobulinas: não foi possível obter resultados con- Ąáveis para a amostra não caracterizada. Haja vista serem inúmeras as variáveis pre- sente no sistema.

Não foi possível puriĄcar a amostra de paciente com crioglobulemia. Mesmo tentando-se duas maneiras de puriĄcação distintas. No processo de cromatograĄa, não é possível controlar a temperatura. Sendo assim, a agregação e a precipitação, podem ter impedido a ligação na coluna. Portanto, para puriĄcação do sistema de crioglobulinas é

Além dos resultados da modelagem mais avançada apresentou-se em plena concordância com a modelagem simples utilizando o modelo analítico para cilindro vazado, mas a uti- lização da estrutura do proteassomo na modelagem forneceu informações adicionais. A mudança que ocorre na estrutura do proteassomo, indicada como abertura e fechamento no modelo analítico [24] [4], pôde ser compreendida através das mudanças ocorridas nos modelos. Os modelos também fornecem subsídios para a compreensão das micrograĄas vistas nos experimentos de MET[24] [4].

Para os dados de SAXS da amostra mutante os resultados apresentados mostraram que houve a formação de agregados. Isso torna difícil a análise dos dados.

Há indicações de que as seções transversais para PT / PT + GSSG / PT + GSH são semelhantes, sinalizando que os aditivos não acionam o fechamento do canal interno. Por outro lado, o proteassomo estudado com a adição de DTT apresentou muita agregação. Como consequência, não foi possível recuperar conclusões conĄáveis.

Diferentemente da amostra do proteassomo selvagem, as amostras do proteassomo mutante apresentaram, em todos os casos, a tendência de agregação. Esta formação de agregados, impede uma análise mais detalhada dos dados de SAXS.

Para o estudo realizado com o crescimento do Proteassomo em meios distintos, observou-se com as micrograĄas que o meio de crescimento rico em Glicose pode favorecer a abertura da molécula.

Como mostrado nesta dissertação, dependendo do tipo de sistema e da quantidade de informação conhecida, diversas metodologias de análise podem ser aplicados.

Indicações sobre Ćexibilidade das partículas do meio podem ser obtidos dos dados de SAXS, sendo possível utilizar métodos de modelagem também nestes casos.

Quando possivel, modelos simples podem ser utilizados na análise dos dados. O uso de modelos simples têm a principal vantagem da utilização de um baixo número de parâmetros, o que facilita a interpretação dos dados. Por outro lado, modelagem avan- çadas, guiadas por informações e vínculos estruturais podem fornecer resultados únicos sobre o sistema.

Os resultados desta dissertação além de fornecerem dados inéditos sobre os sis- temas estudados, pode servir de guia para o uso da técnica no estudo de proteínas em solução.

Bibliografia

[1] Pau Bernadó et al. ŞStructural characterization of Ćexible proteins using small-angle X-ray scatteringŤ. eng. Em: J. Am. Chem. Soc. 129.17 (maio de 2007), pp. 5656Ű 5664. issn: 0002-7863. doi: 10.1021/ja069124n.

[2] P. Chacón et al. ŞLow-Resolution Structures of Proteins in Solution Retrieved from X-Ray Scattering with a Genetic AlgorithmŤ. Em: Biophysical Journal 74.6 (jun. de 1998), pp. 2760Ű2775. issn: 0006-3495. doi: 10.1016/S0006- 3495(98)77984- 6. (Acesso em 16/06/2015).

[3] F. Dammacco et al. ŞThe cryoglobulins: an overviewŤ. eng. Em: Eur. J. Clin. Invest. 31.7 (jul. de 2001), pp. 628Ű638. issn: 0014-2972.

[4] Marilene Demasi et al. ŞRedox regulation of the proteasome via S-glutathionylationŤ. Em: Redox Biology 2 (2014), pp. 44Ű51. issn: 2213-2317. doi: 10.1016/j.redox. 2013.12.003. url: http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/ S2213231713000918 (acesso em 16/06/2015).

[5] Enrico Di Stasio et al. ŞAnalysis of the dynamics of cryoaggregation by light- scattering spectrometryŤ. eng. Em: Clin. Chem. Lab. Med. 41.2 (fev. de 2003), pp. 152Ű158. issn: 1434-6621. doi: 10.1515/CCLM.2003.025.

Physikalische Chemie. url: http://www.degruyter.com/view/j/zpch.1970.72. issue- 4_6/zpch.1970.72.4_6.177/zpch.1970.72.4_6.177.xml (acesso em 16/06/2015).

[8] G. Fagherazzi. ŞSmall angle X-ray scattering edited by O. Glatter and O. KratkyŤ. Em: Acta Crystallographica Section A Foundations of Crystallography 39.3 (maio de 1983), pp. 500Ű500. issn: 0108-7673. doi: 10 . 1107 / S0108767383000926. url: http : / / scripts . iucr . org / cgi - bin / paper ? S0108767383000926 (acesso em 16/06/2015).

[9] André Guinier e Gérard Fournet. Small-angle scattering of X-rays. en. Wiley, 1955. [10] Antonio Haddad et al. Técnicas básicas de microscopia eletrônica aplicadas às ci-

ências biológicas. Portuguese. Rio de Janeiro: Sociedade Brasileira de Microscopia,

1998.

[11] John Hanna e Daniel Finley. ŞA proteasome for all occasionsŤ. eng. Em: FEBS Lett. 581.15 (jun. de 2007), pp. 2854Ű2861. issn: 0014-5793. doi: 10.1016/j.febslet. 2007.03.053.

[12] J. Hines et al. ŞProteasome Inhibition by Fellutamide B Induces Nerve Growth Factor SynthesisŤ. Em: Chem.Biol. 15 (maio de 2008), pp. 501Ű512. issn: 1074- 5521. doi: 10.1016/j.chembiol.2008.03.020. (Acesso em 16/06/2015).

[13] D. T. Jones. ŞProtein secondary structure prediction based on position-speciĄc sco- ring matricesŤ. eng. Em: J. Mol. Biol. 292.2 (set. de 1999), pp. 195Ű202. issn: 0022-2836. doi: 10.1006/jmbi.1999.3091.

[14] Tobias Jung, Betül Catalgol e Tilman Grune. ŞThe proteasomal systemŤ. eng. Em:

Mol. Aspects Med. 30.4 (ago. de 2009), pp. 191Ű296. issn: 1872-9452. doi:10.1016/

j.mam.2009.04.001.

[15] Anita Marzzoco e Bayardo Baptista Torres. Bioquímica básica. 3. ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2007. isbn: 9788527712842.

[16] Haydyn D. T. Mertens e Dmitri I. Svergun. ŞStructural characterization of proteins and complexes using small-angle X-ray solution scatteringŤ. eng. Em: J. Struct.

Biol. 172.1 (out. de 2010), pp. 128Ű141. issn: 1095-8657. doi: 10.1016/j.jsb.

2010.06.012.

[17] David L. Nelson e Michael M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. English. 5th edition. New York: W. H. Freeman, fev. de 2008. isbn: 9780716771081.

[18] Cristiano Luis Pinto Oliveira et al. ŞA SAXS Study of Glucagon FibrillationŤ. Em:

Journal of Molecular Biology 387.1 (mar. de 2009), pp. 147Ű161. issn: 0022-2836.

doi: 10 . 1016 / j . jmb . 2009 . 01 . 020. url: http : / / www . sciencedirect . com / science/article/pii/S0022283609000527 (acesso em 16/06/2015).

[19] R. Pecora. Dynamic Light Scattering: Applications of Photon Correlation Spectros-

copy. en. Springer Science & Business Media, nov. de 2013. isbn: 9781461323891.

[20] Maxim V. Petoukhov e Dmitri I. Svergun. ŞApplications of small-angle X-ray scat- tering to biomacromolecular solutionsŤ. Em: The International Journal of Bioche-

mistry & Cell Biology 45.2 (fev. de 2013), pp. 429Ű437. issn: 1357-2725. doi: 10.

small-angle scattering data analysisŤ. Em: Journal of Applied Crystallography 45.2 (abr. de 2012), pp. 342Ű350. issn: 0021-8898. doi: 10.1107/S0021889812007662. (Acesso em 16/06/2015).

[23] Cristiano Luis Pinto Oliveira. ŞInvestigating Macromolecular Complexes in Solu- tion by Small Angle X-Ray ScatteringŤ. en. Em: Current Trends in X-Ray Crystal-

lography. Ed. por Annamalai Chandrasekaran. InTech, dez. de 2011. isbn: 978-953-

307-754-3. (Acesso em 16/06/2015).

[24] Gustavo M. Silva et al. ŞRedox Control of 20S Proteasome GatingŤ. Em: Antioxi-

dants & Redox Signaling 16.11 (jun. de 2012), pp. 1183Ű1194. issn: 1523-0864. doi:

10.1089/ars.2011.4210. url: http://online.liebertpub.com/doi/abs/10. 1089/ars.2011.4210 (acesso em 03/02/2015).

[25] D. I. Svergun. ŞDetermination of the regularization parameter in indirect-transform methods using perceptual criteriaŤ. Em: Journal of Applied Crystallography 25.4 (ago. de 1992), pp. 495Ű503. issn: 00218898. doi: 10.1107/S0021889892001663. (Acesso em 16/06/2015).

[26] D. I. Svergun. ŞRestoring Low Resolution Structure of Biological Macromolecules from Solution Scattering Using Simulated AnnealingŤ. Em: Biophysical Journal 76.6 (jun. de 1999), pp. 2879Ű2886. issn: 0006-3495. doi: 10.1016/S0006- 3495(99) 77443-6. (Acesso em 16/06/2015).

[27] D I Svergun, M V Petoukhov e M H Koch. ŞDetermination of domain structure of proteins from X-ray solution scattering.Ť Em: Biophys J 80.6 (jun. de 2001), pp. 2946Ű2953. issn: 0006-3495. (Acesso em 16/06/2015).

[28] D. Svergun, C. Barberato e M. H. J. Koch. ŞCRYSOL Ű a Program to Evaluate X-ray Solution Scattering of Biological Macromolecules from Atomic CoordinatesŤ. Em: Journal of Applied Crystallography 28.6 (dez. de 1995), pp. 768Ű773. issn: 0021- 8898. doi: 10.1107/S0021889895007047. url: http://scripts.iucr.org/cgi- bin/paper?S0021889895007047 (acesso em 16/06/2015).

[29] Dmitri I. Svergun e Michel H. J. Koch. ŞSmall-angle scattering studies of biological macromolecules in solutionŤ. en. Em: Rep. Prog. Phys. 66.10 (out. de 2003), p. 1735. issn: 0034-4885. doi: 10.1088/0034-4885/66/10/R05. (Acesso em 16/06/2015). [30] Giancarlo Tria et al. ŞAdvanced ensemble modelling of Ćexible macromolecules using

X-ray solution scatteringŤ. Em: IUCrJ 2.2 (mar. de 2015), pp. 207Ű217. issn: 2052- 2525. doi: 10.1107/S205225251500202X. url: http://scripts.iucr.org/cgi- bin/paper?S205225251500202X (acesso em 16/06/2015).

[31] Vladimir V. Volkov e Dmitri I. Svergun. ŞUniqueness of ab initio shape determina- tion in small-angle scatteringŤ. Em: Journal of Applied Crystallography 36.3 (jun. de 2003), pp. 860Ű864. issn: 0021-8898. doi: 10.1107/S0021889803000268. (Acesso em 16/06/2015).

[32] Allan M. Weissman, Nitzan Shabek e Aaron Ciechanover. ŞThe predator becomes the prey: regulating the ubiquitin system by ubiquitylation and degradationŤ. en. Em: Nat Rev Mol Cell Biol 12.9 (set. de 2011), pp. 605Ű620. issn: 1471-0072. doi: 10.1038/nrm3173. (Acesso em 16/06/2015).

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