Power (1997) foi um dos primeiros a criticar a explosão das atividades de auditoria e sugeriu que a auditoria nada mais era que um princípio constituinte da organização social. Ele argumentou que conferir tal prioridade à auditoria divide os indivíduos em dois grupos: os auditados, que não são confiáveis, aos olhos dos auditores, e os próprios auditores, que são confiáveis. O autor questiona, também, a genuína eficácia da auditoria de desempenho:
(...) a auditoria possui visões iludidas de controle e transparência que satisfazem a autoimagem dos gerentes, reguladores e políticos, mas que não são nem tão eficazes nem tão neutros quanto imaginado (POWER,1997, p.143).
Em pesquisas adicionais sobre auditoria de desempenho, em trabalho posterior, Power (2003a) sugere que estudos empíricos e analíticos sobre auditoria pressupõem que a qualidade não é observável e que outras proxies devem ser usadas, como tamanho do órgão de auditoria e anos de experiência dos profissionais. Assim, o autor assevera que auditar qualidade de políticas públicas, por exemplo, é considerada inerentemente difícil para os auditores, uma vez que eram estranhos ao processo de implementação da política pública.
Assim como Power, Aucoin (1997, p.12) expressou ceticismo sobre os benefícios para as Administrações Públicas derivados de auditorias de desempenho. Ele argumenta que é um “absurdo supor que toda a gama de atividades realizadas pelo governo possa ser objeto de análises, avaliações e auditorias”. Esse entendimento advém da premissa de que os auditores atendem aos testes de objetividade, e dificilmente permanecem independentes de preconceitos ou julgamentos partidários, políticos ou gerenciais.
Na opinião do autor, há distinções críticas entre as conclusões emanadas por auditorias de conformidade de transações financeiras e as conclusões provenientes de aplicação de estudos de ciências sociais sobre práticas de gestão, eficácia de programas e políticas de resultados, que seria o caso de auditorias de desempenho. Nessa mesma esteira, Sutherland (1999), igualmente cético, afirma que o Escritório do Auditor Geral do Canadá deve se limitar à auditoria de conformidade.
Vários estudos propõem que, ao realizar auditorias de desempenho, os auditores, para se legitimarem, extrapolam suas atribuições (MORIN, 2011). Baseado em suas pesquisas sobre auditoria de desempenho, Radcliffe (2008) sugere que os auditores de desempenho podem até apontar suas descobertas e sugerirem recomendações, que provavelmente seriam adotados pelos gestores. No entanto, o autor alerta que o trabalho dos auditores têm consequências esmagadoras, tanto para a verdade suas descobertas como para a potencialidade dos achados. Ele destaca que os resultados das auditorias podem se assemelhar aos interesses dos que estão no poder, embora isso possa não ser intencional, por meio de um fluxo confiável de diagnósticos gerenciais e um desenvolvimento do debate político. Ou seja, para o autor, a auditoria de desempenho pode ser mais política que técnica.
Gendron, Cooper e Townley (2007), em seu estudo sobre o Escritório do Auditor Geral de Alberta, Província canadense, concluiu que a capacidade do Escritório de influenciar o governo depende crucialmente da medida em que o relatório é consistente com discursos contemporâneos que circulam pela sociedade. Desde o início dos anos 90, a auditoria foi reconhecida em Alberta como proponente central da NPM. Na opinião dos autores, isso impõe problemas no que diz respeito à pedra angular da legitimidade da auditoria pública, principalmente quanto a sua independência do poder executivo. Eles afirmam que o Escritório agora pode ser mais poderoso, influenciando o governo, mas também se tornou mais vulnerável. Assim, por tornar-se centralmente envolvido na promoção e desenvolvimento de um estrutura de prestação de contas de desempenho, o Escritório pode ter se desqualificado, realizando auditorias em departamentos que implementaram a estrutura consistente com próprias recomendações. Tal conclusão dos autores infere que há o risco de os auditores passarem a emitir opinião sobre recomendações do próprio Escritório, podendo causar conflito de interesses.
Em outra pesquisa, English (2007) analisou a atuação de Auditores Australianos em processos referentes a Parcerias Público-Privadas (PPPs), que foram implementadas massivamente na Austrália de 1986 a 2006. Foi observado nessa pesquisa que a auditoria de desempenho na Austrália pode ter mais ligação com legitimação de políticas
governamentais do que com supervisão independente. O autor sugeriu que o dever de avaliação independente da auditoria foi inadequada em qualidade e quantidade, e foi impossível concluir se as PPPs australianas entregaram a transferência de risco acordada, bem como se a relação custo-benefício foi vantajosa.
Já Skærbæk (2009) examinou como o Escritório Nacional de Auditoria da Dinamarca passou a fazer o Exército Dinamarquês se tornar mais receptivo a uma prestação de contas de desempenho entre 1990 e 2007. Ele esclareceu os problemas que surgem quando os auditores adotam identidades duplas, ou seja, como modernizadores e auditores independentes, durante as auditorias de desempenho. Estes resultados são consistentes com os de Gendron, Cooper e Townley (2001), que concluíram que os auditores não podem afirmar que se comportam com independência quando envolvido em algo que se aproxima da atividade de consultoria proativa. Atuando em dois papéis simultaneamente, os auditores passam a legitimar a construção em que eles participaram.
Morin (2011) afirma que, embora existam poucos estudos sobre o assunto, tais pesquisas são muito reveladoras no que se refere ao papel em que os auditores governamentais devem exercer durante as auditorias de desempenho. Tradicionalmente, auditores gozavam de uma autoridade natural decorrente do status e do prestígio os quais são revestidos devido à credibilidade adquirida no papel tradicional de avaliação de regularidade e legalidade das operações dos Administradores. Contudo, eles agora julgam a qualidade da gestão dos auditados. Segundo a autora, a literatura destaca que os auditores de desempenho às vezes atuam como legitimadores das políticas públicas ao se tornarem cúmplices (indubitavelmente involuntários) dos Administradores por não divulgarem os seus segredos públicos ou por adotarem o discurso sobre o que é um bom gerenciamento, e eles podem, então, ultrapassar os limites de suas atribuições. A autora supõe que é questionável se o equilíbrio sobre os papéis dos auditores, pois podem auditar, no futuro, políticas públicas que outrora tenham sido recomendada por ele mesmo e prejudicar a sua independência, podendo desencadear uma crise de identidade causada pela migração de papéis dos auditores (MORIN, 2011).
O setor público deve considerar aspectos mais amplos da atividade, e a auditoria de desempenho é um processo que poderia ir além da abordagem tradicional de legalidade (GREVE; EJERSBO, 2005). Irawan e Mcintyre-Mills (2016) afirmam que a auditoria de desempenho é uma extensão da auditoria de conformidade em seus procedimentos e finalidades. Mas, no seu design atual, não vai longe o suficiente para estender o alcance do processo de auditoria.