Desapontado com o desfecho de sua incursão inglesa, Comenius chega em 1642 à Suécia. Acolhido pelo magnata Luís de Geer, de quem receberia mensalmente altas somas em
dinheiro, utilizados para sua manutenção e a das comunidades de exilados checos, Comenius se estabelece com a família na cidade de Elbing, que ironicamente era uma cidade alemã fronteiriça sob o domínio da Suécia. Após sua instalação, Comenius apresenta seu projeto de reforma universal ao chanceler sueco Oxenstiern, que não conseguindo ver muita serventia prática nos trabalhos pansóficos, obriga o gênio checo a se ocupar a contragosto com a redação de manuais escolares e organização de escolas. Embora insatisfeito por sua ocupação mais pragmática do que contemplativa, Comenius aproveita a calmaria da pátria sueca para aprofundar seus estudos.
Depois de seis anos de produção e percebendo que pouca ou nenhuma atenção a corte sueca prestava à causa checa, Comenius retorna a Lezno em 1648. Junto aos irmãos, tenta decidir os rumos a serem tomados pela congregação após a Paz de Westfália, que decreta o fim definitivo do sonho de reconhecimento do protestantismo boêmio. Também neste ano Comenius perde sua segunda esposa, Dorothea, que lhe deixa cinco filhos, entre eles três ainda pequenos.
Após contrair novo matrimônio com Johana Gajusová e se tornar o bispo geral dos Irmãos em 1649, recebe o convite do príncipe Jorge I Rakoczí da Transilvânia em 1650 para empreender reformas educacionais em seu reino. Optando por um caminho arriscado e que possivelmente poderia lhe custar a vida, Comenius se dirige à cidade de Saros-patak, na atual Hungria, passando por um breve trecho pela Morávia, naquele que foi seu último e derradeiro encontro com sua terra natal. Do ponto de vista político, cogitava-se na época o casamento de um dos filhos de Jorge I Rakoczí, Sigismund, com uma das filhas do eleitor Palatino Frederico V, chamada Henriqueta Maria, no qual Comenius se engajaria pessoalmente. Além disso, o território possuía uma importante comunidade dos Irmãos, que fora acolhida pelo calvinismo, o que em tempos de intolerância religiosa era extremamente importante para um grupo pequeno e perseguido. Uma outra razão, um pouco mais obscura, que parece ter sido decisiva para atrair Comenius ao território, foi a irrupção de novas luzes proféticas, trazidas por um pregador da cidade de Lednice, chamado Nicolau Drabík, cujas previsões prediziam a derrota final de Roma e dos Habsburgos conduzida por Jorge I Rakoczí, o rei que convidara Comenius. Embora suas previsões apocalípticas não tenham se confirmado “a influência do visionário parece ter sido considerável sobre um homem como Comenius, que se sabe ter sido particularmente sensível à inspiração profética” (CAULY, 1999, p. 277), o que provavelmente fez Comenius acreditar que o pequeno e periférico principado da Transilvânia seria “a nova sede da grande reforma que se aproximava, e parecia agora que se depositavam nela todas as
esperanças, tantas vezes goradas, que outrora se havia depositado na Suécia, nas Províncias Unidas e na Inglaterra” (CAULY, 1999, p. 278).
A estadia de Comenius, porém, seria marcada também por uma trágica dicotomia, pois se por um lado sua produção pedagógica fora muito fecunda, sobretudo devido à confecção do manual O mundo sensível em imagens (Orbis Pictus), revolucionário por ter sido considerado o primeiro manual escolar a empregar de forma didática o uso de ilustrações dos textos, todas suas esperanças, tanto em termos educacionais quanto políticos, parecem ter rapidamente se esvaído. Mal recebido pela nobreza, que não via com bons olhos sua proposta de democratização do ensino e por este mesmo motivo pouco se mobilizara para alterar a realidade precária das instituições escolares, hostilizado pelo clero protestante local, que considerou um verdadeiro sacrilégio o emprego de meios lúdicos como o teatro ou os jogos para fins educacionais, e incompreendido pelos professores que muitas vezes se recusavam a utilizar seu método, Comenius claramente passou a se tornar uma figura indesejável no país. Ao que tudo indica, a crença apaixonada de Comenius pelas profecias de Nicolau Drabík, levada insistentemente ao clero e sobretudo, à nobreza local, ajudou em grande parte a minar sua credibilidade como um pensador sério e metódico, e sua estadia que se encerraria em 1654, só não fora abreviada porque desde muito cedo Comenius contou com a simpatia da princesa Szuszanna Lorantffy.
Novamente em Lezno no ano de 1654, naquela que seria sua última passagem pela Polônia, Comenius se envolve em uma polêmica que por pouco não lhe custara a própria vida. Neste mesmo ano ascende ao trono da Suécia Carlos X Gustavo (Carlos X), determinado a praticar uma política expansionista, sobretudo sobre terras dominadas pelo catolicismo. Comenius viu-se então em uma situação delicada, tendo em vista que ele e boa parte dos irmãos eram exilados protestantes tolerados em solo católico: apoiar ou não a coligação protestante que se formava em torno da Suécia? Acabando por optar pela segunda alternativa, manifesta abertamente seu apoio às possíveis invasões. No ano de 1655, Carlos Gustavo se dirige com suas tropas para a Polônia, invadindo parcialmente o país, que ainda no mesmo ano efetua o contragolpe, derrubando as aspirações do invasor. Comenius, que tinha dirigido um escrito ao rei sueco, apoiando efusivamente sua incursão no país polonês, é acusado de traição pela nobreza católica, que, indignada, incendeia a cidade de Lezno. Comenius perde todos os seus bens (inclusive sua preciosa biblioteca) e é obrigado a fugir. Completamente pobre, doente e já com idade avançada, Comenius é obrigado a buscar novo refúgio no
exterior. Enquanto isso, os Irmãos Boêmios se dispersam por vários territórios, para finalmente desaparecerem alguns anos mais tarde.
Convidado por Laurent de Geer, filho de seu já falecido mecenas Luís de Geer, prontamente Comenius aceita aportar novamente nos Países Baixos. Instalado com sua família em uma casa confortável em Amsterdã e sem preocupações financeiras, Comenius dedicará seus últimos anos a promover a divulgação da paz como um dever ético universal.
Publica em 1657 um enorme compêndio chamado de Ópera Didactica Omnia, reunindo textos de mais de trinta anos de intensa produção. Paralelamente, desenvolve sua obra máxima, a Consultatio catholica de rerum humanarum Emendatione (Consulta universal sobre o melhoramento dos negócios humanos), iniciada ainda nos seus tempos na Suécia, que nunca chegaria a ser terminada e publicada integralmente.
Sem forças e gravemente enfermo devido a uma doença não identificada, no fatídico dia de 15 de novembro de 1670, morre Jan Amós Comenius, em território holandês, sendo enterrado na Igreja Valônica de Naarden, transmitindo ao futuro um grande e importante legado teológico-pedagógico, cuja essência ainda hoje nos parece inegavelmente atual.
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3. CAMINHOS DE UMA UTOPIA TEOLÓGICO-PEDAGÓGICA: A FORMAÇÃO