Uma das principais características dos marcadores microssatélites é a facilidade de serem transferíveis entre espécies estreitamente relacionadas, diante disso, a genômica comparativa tornou-se uma importante estratégia para a utilização de informações genéticas entre diferentes espécies, revelando que o conteúdo e a forma de genes são, geralmente, conservados entre algumas espécies relacionadas (GALE; DEVOS, 1998).
A baixa taxa de transferabilidade (43,09%) dos marcadores de cacau quando amplificados em cupuaçu pode estar relacionada a diversos fatores, entre eles, a falha na padronização das temperaturas de anelamento dos primers. Foi baixa também a porcentagem de marcadores polimórficos, isso pode ser explicado pela escolha dos genitores do cruzamento que podem não ser tão contrastantes do ponto de vista da diversidade genética, visto que essa é uma das premissas para construção de mapas genéticos (CARNEIRO; VIEIRA, 2002). Os marcadores amplificados considerados polimórficos oriundos de T. cacao desse trabalho serão, posteriormente, utilizados para saturação do mapa genético de T.
grandiflorum, sendo assim, propomos que sejam realizadas novas amplificações a fim de
sanar qualquer dúvida quanto à integridade dos primers ou suas temperaturas de anelamento. Em contrapartida os marcadores de cupuaçu quando amplificados em cacau demonstraram alta taxa de transferabilidade. Esse fenômeno pode ser bem definido por alguns motivos como o fato de alguns deles serem oriundos de EST-SSRs que são marcadores que apresentam um maior nível de conservação das sequências de DNA, pertencentes às regiões transcritas dos genomas, entre espécies afins (GUPTA et al., 2003).
A literatura mostra T. cacao como uma espécie promissora quando relacionada a estudos envolvendo genômica comparativa com a espécie T. grandiflorum. As duas espécies mantêm um alto índice de regiões genéticas conservadas, devido a alta porcentagem de marcadores de cacau amplificados em cupuaçu. Kuhn et al. (2010), encontrou em seu trabalho 87% de transferabilidade de marcadores entre estas espécies.
Ainda segundo Kuhn et al. (2010), a conservação de sequências entre as duas espécies foi significativa e que a genômica comparativa entre cacau e cupuaçu pode levar a resultados promissores na busca de cultivares que apresentem diversas características de interesse agronômico.
O padrão de amplificação dos marcadores de cupuaçu nos genótipos de cacau indicou a presença de diferentes alelos nos variados genótipos, o que era esperado, uma vez, que se tratam de variedades de uma mesma espécie provenientes de clones geneticamente diferentes. Alguns marcadores utilizados na construção do mapa genético apresentaram distorção no padrão de segregação mendeliana, a literatura a respeito é bem diversa, alguns autores são a favor da inclusão de tais marcadores na construção de mapas (LEFEBVRE et al., 2002), outros preferem a exclusão total dos mesmos (BEARZOTI, 2000) por produzirem, em alguns casos, um falso positivo. Nesse trabalho estes marcadores foram incluídos no processo, visto que não foi constatada mudança significativa no resultado final. Foram realizados testes com as duas situações e ambas apresentaram resultados similares.
O mapa resultado desse trabalho cobriu uma região de 644,5 cM, valor que pode ser considerado razoável quando comparado ao primeiro mapa de ligação de T. cacao (LANAUD et al., 1995) que cobriu uma região de 759 cM com um número muito maior de marcadores e de diferentes tipos (193 locos incluindo isoenzimas, RFLP, sondas genômicas e RAPD) e para o mapa proposto foram utilizados apenas SSR genômicos e EST-SSR.
Por ter um número baixo de marcadores, este mapa precisa ser saturado, com no mínimo 100 marcadores, para que se tenha uma quantidade maior de informações e a formação de novos grupos de ligação, uma vez que, a espécie apresenta um conjunto de 10 cromossomos (ALVES, 2007), pois, do ponto de vista biológico, cada grupo de ligação deve representar um cromossomo da espécie. Segundo Liu, 1998, grupo de ligação é a representação estatística de um conjunto de locos herdados juntos. Diante disso tudo, esse mapa pode ser considerado o primeiro mapa genético parcial da população oriunda do cruzamento (CP174 x CP1074) da espécie T. grandiflorum e servirá como referência para trabalhos futuros envolvendo mapeamento genético da espécie.
Outro resultado originado a partir desse trabalho foi a possibilidade de localizar os marcadores específicos de T. grandiflorum sobre o mapa genético de T. cacao (ALLÈGRE et. al., 2011). Para isso foram utilizadas as informações do sequenciamento do genoma do cacau (ARGOUT et. al., 2010) disponíveis na plataforma Cocoagen DB do CIRAD. Dos 147 marcadores disponíveis 31 foram posicionados no mapa genético de referência do cacau (ALLEGRE et al., 2011) por apresentarem uma ou as duas sequências (foward e/ou reverse) similares com T. cacao. Isso vem provavelmente do fato de que a parte sequenciada do genoma do cacau representa somente 75% do total do seu genoma predito (ARGOUT, et al., 2010). Encontramos que a maioria dos marcadores SSR de cupuaçu de sequência genômica, obtidos pelo CPATU, não foram encontrados no genoma do cacau.
Além disso, comparando o resultado do posicionamento dos marcadores de cupuaçu no mapa do cacaueiro, a partir do blast no genoma do cacau e o resultado do mapeamento genético do cupuaçu (os 25 SSRs). Foram encontradas divergências quanto à posição de alguns marcadores. Exemplos disso, são os marcadores mTgM62, mTgM102 e mTgM134 comuns aos dois mapas, que podem ser visualizados em grupos de ligação diferentes entre o mapa genético do cupuaçuzeiro com CP174 x CP1074 e quando alinhado pelo posicionamento das sequências dos primers no mapa do cacaueiro utilizando o genoma. Assim os marcadores mTgM62 e mTgM102 se encontram respectivamente no mapa genético do cupuçuzeiro no grupo de ligação 1 e 3 (do cacaueiro) enquanto depois do blast no genoma do cacau se encontram no grupos 5 e 1. Isso pode se dar em decorrência de possíveis erros na genotipagem do marcador na população CP174 x CP1074, por isso sugerimos que seja realizada um controle nos dados de genotipagem obtidos ou uma nova genotipagem.
A baixa saturação do mapa também pode explicar esse efeito, pois como no mapa genético os marcadores estão posicionados na região telocêntrica dos cromossomos, ele pode mudar de posição em decorrência da adição de novos marcadores e ser visualizado no grupo de ligação correto.
Por ser uma análise baseada em microssatélites de cupuaçuzeiro provindos de ESTs, (marcadores do CENARGEN), e de regiões genômicas (marcadores do CPATU), os resultados foram divergentes. Assim, 20 sequências apresentaram 100% de similaridade (blasts dos dois primers), oito delas, de um total de 14, eram oriundas de ESTs que são sequências de regiões expressas conservadas conhecidas (GUPTA; RUSTGI, 2004), por isso tendem a se alinhar mais facilmente. Dos 135 marcadores de regiões genômicas apenas 12 (8,8%) foram encontrados no mapa físico do cacau.
Cada marcador alinhado com um ou dois primers ao genoma do cacaueiro permitiu também ter informações sobre os genes que codificam para algumas funções de acordo com os dados da Tabela 8 descrita nos resultados. Não foi identificada ligação entre estes marcadores SSRs de cupuaçuzeiro e regiões associadas à resistência à vassoura-de-bruxa do cacaueiro através do estudo de QTL com populações F2 (Scavina6 x ICS1) (SANTOS et al.,