VISÃO DE CASOS DE USO

5.11.1 Atores

Os principais atores que interagem com o Sistema são:

a) Pesquisador: é o especialista em biologia, bioinformática ou qualquer outra

área correlata e que, em decorrência de suas atividades em projetos genômicos, utilizará o Sistema como ferramenta auxiliar. Este usuário é um membro da Rede Biofoco e, por isso, possui cadastro regular no Sistema. Além de ser um usuário com amplos privilégios, é também o responsável por todas as atividades, a saber: manutenção dos cadastros, acompanhamento do sistema, emissão de relatórios gerenciais, implementação de melhorias, dentre outras.

b) Clock: aplicativo de agendamento de operações e responsável por executar a

lista de tarefas do Sistema e realizar consultas baseadas na wish list.

c) Servidor de e-mail: é o servidor para o qual o Clock enviará o resultado das

tarefas executadas, caso o Pesquisador tenha optado receber essa informação via e-mail.

d) Sistema Genoma: o Sistema BLOOM interagirá com este Sistema para

proporcionar ao Pesquisador obter o resultado de alinhamento pairwise, armazenado no BD pairwise XML. Mais especificamente, o Pesquisador acessa o Sistema Genoma, escolhe o item “Consulta”; escolhe o projeto, a biblioteca e a placa; escolhe o item “Análise de seqüência” e, por fim, clica no botão “Resultados do BLAST” para iniciar o acesso ao BLOOM.

e) BD pairwise XML: seu papel é fornecer os dados armazenados de

alinhamento pairwise de uma seqüência, obtidos do BLAST inicialmente no formato XML e normalizados para tabelas relacionais. Além disso, é a partir desses dados que serão realizadas as consultas baseadas na wish list do pesquisador. Somente o Pesquisador cadastrado pode ter acesso a este

banco de dados. Consulte mais informações no item Interações ou perspectivas do produto.

f) Módulo de anotação: seu papel é possibilitar a obtenção dos dados de

anotação de cada seqüência apresentada no resultado do alinhamento pairwise. Consulte mais informações no item Interações ou perspectivas do produto.

g) Aplicativo de alinhamento múltiplo: seu papel é possibilitar a construção do

alinhamento múltiplo entre as seqüências escolhidas pelo Pesquisador, quando da visualização gráfica do resultado do alinhamento pairwise. Consulte mais informações no item Interações ou perspectivas do produto.

h) Editor de alinhamento múltiplo: seu papel é possibilitar a manipulação

gráfica do resultado do alinhamento múltiplo. Consulte mais informações no item Interações ou perspectivas do produto.

i) Aplicativo de predição de estrutura secundária de proteína: seu papel é

possibilitar a predição da estrutura secundária da proteína correspondente à seqüência consenso daquelas escolhidas pelo Pesquisador, quando da visualização gráfica do resultado do alinhamento múltiplo. Consulte mais informações no item Interações ou perspectivas do produto.

j)

Interações ou perspectivas do produto.

No Diagrama de Classes, no entanto, esses atores não serão apresentados como classes, pois não foram identificados atributos específicos para cada um. [Booch et al, 2000] Além disso, embora atores sejam utilizados na modelagem, eles não são, de fato, parte da aplicação, ou seja, apenas interagem com os casos de uso, mas residem fora do sistema.

Aplicativo de árvore filogenética: seu papel é possibilitar a derivação da

árvore filogenética das seqüências escolhidas pelo Pesquisador, quando da visualização gráfica do resultado do alinhamento múltiplo. Consulte mais informações no item

5.11.2 Casos de uso do ator Pesquisador

a) Visualizar alinhamento pairwise: a partir dos dados de alinhamento pairwise,

obtidos do BD pairwise XML ou diretamenqte do Aplicativo de alinhamento pairwise, este caso de uso possibilita ao Pesquisador: obter os dados de anotação das seqüências envolvidas; filtrar o resultado, que pode conter dezenas ou centenas de hits, utilizando parâmetros específicos; e, principalmente, visualizar e manipular graficamente o conjunto resultante.

b) Construir alinhamento múltiplo: a partir da seleção de um subconjunto das

seqüências resultantes do alinhamento pairwise, este caso de uso possibilita ao Pesquisador construir e visualizar graficamente o alinhamento múltiplo entre essas.

c) Predizer estrutura secundária de proteína: a partir da seleção de um subconjunto

das seqüências resultantes do alinhamento múltiplo, este caso de uso possibilita ao Pesquisador executar a ferramenta que prediz e apresenta graficamente a estrutura secundária da proteína consenso, correspondente a cada uma das seqüências de aminoácidos escolhidas.

d) Derivar árvore filogenética: a partir da seleção de um subconjunto das seqüências

resultantes do alinhamento múltiplo, este caso de uso possibilita ao Pesquisador derivar e visualizar graficamente a árvore filogenética correspondente.

e) Manter wish list: este caso de uso permite ao pesquisador incluir, alterar, excluir e

consultar os assuntos de seu interesse, a partir do registros mantidos nessa lista.

f) Manter tarefa: este caso de uso permite ao pesquisador incluir, alterar, excluir e

consultar as tarefas a serem executadas automaticamente pelo Sistema.

Na Figura 5.11-1 a seguir, é apresentado o diagrama dos casos de usos do ator Pesquisador :

P redizer estrutura 2-ária de proteína

Sist ema G enoma

M ódulo de anot ação

A p licativo p red. est rut . 2-ária de p rot eína BD p airw ise X M L

Incluir tarefa

<<include>>

Visualizar alinhamento pairwise

Construir alinhamento múltiplo Derivar árvore filogenética

P esquisador

A p licat ivo de alinhament o múlt ip lo A p licativo de árvore filogenét ica

Manter wish list

Manter tarefa <<ext end>>

Figura 5.11-1 – Diagrama dos Casos de Uso do ator Pesquisador

5.11.3 Casos de uso do ator Clock

a) Executar tarefa: a partir dos dados da tarefa agendada, o Sistema a executa

automaticamente na data prevista, salva o resultado no BD pairwise XML e pode enviar, por email, um aviso ao pesquisador de que a tarefa foi cumprida.

b) Realizar consulta baseada na wish list: a partir dos dados constantes na wish list

de cada pesquisador, o Sistema periodica e automaticamente consulta o BD pairwise XML em busca de informações mais atualizadas que satisfaçam as preferências registradas. Em seguida, pode enviar ao pesquisador, por email, o resultado da consulta.

Na Figura 5.11-2 a seguir, é apresentado o diagrama dos casos de usos do ator Clock:

C lo c k S e r v id o r d e e - m a il E x e c u t a r t a r e f a R e a liz a r c o n s u lt a b a s e a d a n a w is h lis t B D p a ir w is e X M L A p lic a t iv o d e a lin h a m e n t o p a ir w is e

Figura 5.11-2 – Diagrama dos Casos de Uso do ator Clock

5.11.4 Prioridade dos casos de uso

Os casos de uso já levantados serão priorizados de acordo com os riscos, a necessidade dos usuários e a complexidade de desenvolvimento. A priorização dos casos de uso serve de entrada para a elaboração do plano de desenvolvimento de software. Serão utilizados os valores “1-Alto”, “2-Médio” e “3-Baixo” para qualificar os atributos riscos, necessidade e complexidade, conforme Tabela 5.11-1. A cada iteração é necessário rever a prioridade dos casos de uso.

Caso de Uso Necessidade Complexidade Risco

Visualizar alinhamento pairwise 1-Alta 1-Alta 1-Alto

Construir alinhamento múltiplo 1-Alta 1-Alta 2-Médio

Derivar árvore filogenética 2-Média 2-Média 2-Médio

Predizer estrutura secundária de proteína 2-Média 2-Média 2-Médio

3-Média 2-Média 3-Baixo

Manter wish list 3-Baixa 2-Média 3-Baixo

Realizar consulta baseada na wish list 3-Baixa 2-Média 3-Baixo

Incluir tarefa 3-Baixa 3-Baixa 3-Baixo

Manter tarefa 3-Baixa 3-Baixa 3-Baixo

Executar tarefa

5.11.5 Detalhamento de alguns casos de uso