NORMAS PARA TESES E DISSERTAÇÕES

(1)

SERVIÇO DE PÓS-GRADUAÇÃO

NORMAS PARA TESES E DISSERTAÇÕES

DEPÓSITO

O depósito da tese ou dissertação deve ser feito através do envio de um e-mail para a Secretaria do Programa (secccp[comp][mae][map][mat][mpem]@ime.usp.br) contendo:

● Uma cópia, em formato PDF, da tese ou dissertação;

● Formulário de depósito, sugestão de banca e autorização de divulgação na Biblioteca Digital, devidamente preenchido (ANEXO 1)

VERSÃO FINAL

A submissão da versão final (corrigida) da tese ou dissertação deve ser feita através do envio de um e-mail para a Secretaria do Programa contendo:

● Uma cópia, em formato PDF, da versão final da tese ou dissertação;

● Formulário de entrega de versão definitiva (ANEXO 2)

Os serviços de impressão e a encadernação dos exemplares da versão final da tese ou dissertação serão realizados gratuitamente pelo Instituto.

PADRÃO DO DOCUMENTO

A Comissão de Pós-Graduação do IME aprovou, em junho de 2007, que as teses e dissertações deverão seguir o formato padrão por ela definido.

Um modelo LaTeX para facilitar a aderência ao formato foi criado em 2007 e atualizado. O modelo está disponível em PDF usando dois tipos de referências bibliográficas que podem ser escolhidas de acordo com a vontade do aluno e seu orientador: alpha (ANEXO 3) e plainnat (ANEXO 4).

Os arquivos fonte podem ser obtidos (página mantida por Jesus Mena):

• Pacote completo com os arquivos LaTeX [ http://www.vision.ime.usp.br/~jmena/stuff/tese- exemplo]

Note que apesar de LaTeX ser recomendado pela alta qualidade da formatação do documento gerado, a sua utilização não é obrigatória. Os pontos obrigatórios são os destacados abaixo.

(2)

O formato padrão é composto de itens obrigatórios e opcionais, conforme segue:

CAPA - obrigatória

- o título da tese/dissertação e o nome do aluno devem obedecer as seguintes dimensões do visor (modelo da capa)

• o título da tese/dissertação deverá iniciar com letra maiúscula e o resto deverá ser em minúsculas, salvo nomes próprios

• o nome do aluno(a) deverá ser completo e sem abreviaturas

• explicitar se é uma tese ou dissertação. Para obtenção do título de doutor - tese. Para obtenção do título de mestre – dissertação

• explicitar o programa (Matemática, Matemática Aplicada, Estatística ou Ciência da Computação)

• informar o nome completo do orientador e do co-orientador se houver - se recebeu bolsa, indicar a(s) agência(s)

• colocar o mês e ano do depósito ou da entrega da versão corrigida

(3)

FOLHA DE ROSTO – obrigatória – tanto para a versão depositada quanto para versão corrigida

• o título da tese/dissertação deverá seguir o padrão da capa

• constar que esta trata-se da versão original

• constar que esta é uma versão corrigida e constar os nomes dos membros da banca

AGRADECIMENTOS – opcional (veja pag. i)

RESUMO – obrigatório (veja pag. iii)

ABSTRACT E TÍTULO EM INGLÊS DA TESE/DISSERTAÇÃO – obrigatório (veja pag. v)

SUMÁRIO – obrigatório (veja pag. vii)

LISTA DE ABREVIATURAS – opcional (veja pag. ix)

LISTA DE SÍMBOLOS – opcional (veja pag. xi)

LISTA DE FIGURAS – opcional (veja pag. xiii)

LISTA DE TABELAS – opcional (veja pag. xv)

REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS – obrigatório (veja pag. 11)

ÍNDICE REMISSIVO – opcional (veja pag. 12)

(4)

ANEXO 1

Formulário de depósito, sugestão de banca e autorização

para Biblioteca Digital

(5)

CPG

NOME: N.USP:

ORIENTADOR:

MAC MAE MAP MAT MPEM

ME DO DD CONSULTA: SIM NÃO

COMPOSIÇÃO DE COMISSÃO JULGADORA

TITULARES INSTITUIÇÃO SKYPE

1) (Presidente) E-MAIL

2) E-MAIL 3) E-MAIL 4) E-MAIL 5) E-MAIL

SUPLENTES INSTITUIÇÃO SKYPE

1) E-MAIL 2)

E-MAIL 3)

E-MAIL 4)

E-MAIL 5)

E-MAIL

DEPÓSITO - BANCA – AUTORIZAÇÕES Defesa Tese/Dissertação

UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO INSTITUTO DE MATEMÁTICA E ESTATÍSTICA

ENTREGAR NO MOMENTO DO DEPÓSITO AS SEGUINTES CÓPIAS: DIPLOMA (GRADUAÇÃO NO CASO DO MESTRADO;

GRADUAÇÃO E MESTRADO, NO CASO DO DOUTORADO), RG, CPF, CERTIDÃO DE NASCIMENTO

(EM ORDEM DE PREFERÊNCIA, COM NOME COMPLETO)

REGRAS PARA COMPOSIÇÃO DA BANCA (TITULARES E SUPLENTES). MESTRADO: 1 MEMBRO DO PROGRAMA, 1 FORA DO PROGRAMA E 1 EXTERNO AO PROGRAMA E À USP. DOUTORADO: 2 MEMBROS DO PROGRAMA, 2 FORA DO PROGRAMA E 1 EXTERNO AO PROGRAMA E À USP

(6)

DADOS DA TESE/DISSERTAÇÃO TÍTULO EM PORTUGUÊS

PALAVRAS-CHAVE EM PORTUGUÊS

TÍTULO EM INGLÊS

PALAVRAS-CHAVE EM INGLÊS

DE ACORDO.

OBSERVAÇÕES

São Paulo, / /

ORIENTADOR CANDIDATO

Segue arquivo com exemplar do trabalho apresentado pelo aluno e aprovado pelo orientador para efeito de depósito e posteriormente a versão corrigida a qual, com fundamento nas disposições da Lei n.o 9.610, de 19 de fevereiro de 1998, o aluno autoriza a Universidade de São Paulo a:

a) por meios eletrônicos, reproduzi-la, em particular mediante cópia digital, apenas para armazená-la permanentemente numa biblioteca digital de teses e dissertações aprovada pela CPG do IME da Universidade de São Paulo;

b) colocá-la ao alcance do público, por meios eletrônicos, em particular mediante acesso on-line pela Web;

c) permitir a quem a ela tiver acesso, por meios eletrônicos, em particular pela Internet, que a reproduza, dela extraindo cópia, gratuita ou onerosamente, a critério da Universidade de São Paulo, a quem caberá, também, estabelecer a quantia a ser paga. Se onerosamente, repartir-se-á, meio por meio, entre mim e a Universidade de São Paulo, a receita líquida, ou seja, o resultado da subtração em que minuendo é a quantia paga por quem extrair a cópia, e subtraendo são as despesas de manutenção da biblioteca digital, na proporção da parte representada pela minha dissertação/tese;

VERSÃO CORRIGIDA: deverá ser incluída na Biblioteca Digital USP até 30 dias após a defesa. Caso não seja feita a inclusão e não seja comunicado o atraso, será inserida a versão do depósito no sistema.

(7)

ANEXO 2

Formulário de entrega de versão definitiva de dissertação ou

tese

(8)

CPG

NOME: N.USP:

ORIENTADOR:

MAC MAE MAP MAT MPEM

MESTRADO DOUTORADO DOUTORADO DIRETO

São Paulo, / /

ORIENTADOR CANDIDATO

ENTREGA VERSÃO DEFINITIVA

DISSERTAÇÃO E TESE UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO INSTITUTO DE MATEMÁTICA E ESTATÍSTICA

À CPG

Senhor Presidente,

Encaminho a V.Sa. um exemplar da Dissertação/Tese do(a) aluno(a) ao qual foram incorporadas as correções sugeridas pelos membros da banca examinadora.

Solicito que, além da minha cópia, duas cópias sejam entregues na biblioteca, uma para o orientador e uma para o coorientador, caso haja.

Atenciosamente,

(9)

ANEXO 3

Modelo LaTeX - alpha

(10)

Título do trabalho a ser apresentado à CPG para a dissertação/tese

Nome completo do Autor

Dissertação/Tese apresentada Instituto de Matemática e Estatística ao

Universidade de São Paulo da obtenção do título para Mestre/Doutor em Ciências de

Programa: Nome do Programa

Orientador: Prof. Dr. Nome do Orientador Coorientador: Prof. Dr. Nome do Coorientador

Durante o desenvolvimento deste trabalho o autor recebeu auxílio nanceiro da CAPES/CNPq/FAPESP

São Paulo, fevereiro de 2011

(11)

Título do trabalho a ser apresentado à CPG para a dissertação/tese

Esta tese/dissertação trata-se da versão original do aluno (Nome Completo do Aluno).

(12)

Título do trabalho a ser apresentado à CPG para a dissertação/tese

Esta tese/dissertação contém as correções e alterações sugeridas pela Comissão Julgadora durante a defesa realizada por (Nome Completo do Aluno) em 14/12/2010.

O original encontra-se disponível no Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo.

Comissão Julgadora:

• Profa. Dra. Nome Completo (orientadora) - IME-USP [sem ponto nal]

• Prof. Dr. Nome Completo - IME-USP [sem ponto nal]

• Prof. Dr. Nome Completo - IMPA [sem ponto nal]

(13)

Agradecimentos

Agradecimentos ...

i

(14)

ii

(15)

Resumo

Resumo em português ...

Palavras-chave: palavra-chave1, palavra-chave2, palavra-chave3.

iii

(16)

iv

(17)

Abstract

Abstract ...

Keywords: keyword1, keyword2, keyword3.

v

(18)

vi

(19)

Sumário

Lista de Abreviaturas ix

Lista de Símbolos xi

Lista de Figuras xiii

Lista de Tabelas xv

1 Introdução 1

1.1 Considerações Preliminares . . . 1

1.2 Objetivos . . . 1

1.3 Contribuições . . . 2

1.4 Organização do Trabalho. . . 2

2 Conceitos 3 2.1 Fundamentos . . . 3

2.1.1 Ácidos Nucléicos . . . 3

2.1.2 Aminoácidos . . . 3

2.2 Exemplo de Código-Fonte em Java . . . 4

2.3 Algumas Referências . . . 4

3 Conclusões 7 3.1 Considerações Finais . . . 7

3.2 Sugestões para Pesquisas Futuras . . . 7

A Sequências 9

Referências Bibliográcas 11

Índice Remissivo 13

vii

(20)

viii SUMÁRIO

(21)

Lista de Abreviaturas

CFT Transformada contínua de Fourier (Continuous Fourier Transform) DFT Transformada discreta de Fourier (Discrete Fourier Transform)

EIIP Potencial de interação elétron-íon (Electron-Ion Interaction Potentials) STFT Tranformada de Fourier de tempo reduzido (Short-Time Fourier Transform)

ix

(22)

x LISTA DE ABREVIATURAS

(23)

Lista de Símbolos

ω Frequência angular ψ Função de análise wavelet Ψ Transformada de Fourier de ψ

xi

(24)

xii LISTA DE SÍMBOLOS

(25)

Lista de Figuras

2.1 Descrição da gura mostrada. . . 3

xiii

(26)

xiv LISTA DE FIGURAS

(27)

Lista de Tabelas

2.1 Códigos, abreviaturas e nomes dos aminoácidos. . . 4 A.1 Exemplo de tabela. . . 10

xv

(28)

xvi LISTA DE TABELAS

(29)

Capítulo 1

Introdução

Escrever bem é uma arte que exige muita técnica e dedicação. Há vários bons livros sobre como escrever uma boa dissertação ou tese. Um dos trabalhos pioneiros e mais conhecidos nesse sentido é o livro de Umberto Eco [Eco09] intitulado Como se faz uma tese; é uma leitura bem interessante mas, como foi escrito em 1977 e é voltado para teses de graduação na Itália, não se aplica tanto a nós.Para a escrita de textos em Ciência da Computação, o livro de Justin Zobel, Writing for Com- puter Science [Zob04] é uma leitura obrigatória. O livro Metodologia de Pesquisa para Ciência da Computação de Raul Sidnei Wazlawick [Waz09] também merece uma boa lida. Já para a área de Matemática, dois livros recomendados são o de Nicholas Higham, Handbook of Writing for Mathe- matical Sciences [Hig98] e o do criador do TEX, Donald Knuth, juntamente com Tracy Larrabee e Paul Roberts, Mathematical Writing [KLR96].

O uso desnecessário de termos em lingua estrangeira deve ser evitado. No entanto, quando isso for necessário, os termos devem aparecer em itálico.

Modos de citação:

indesejável: [AF83] introduziu o algoritmo ótimo.

indesejável: (Andrew e Foster, 1983) introduziram o algoritmo ótimo.

certo : Andrew e Foster introduziram o algoritmo ótimo [AF83].

certo : Andrew e Foster introduziram o algoritmo ótimo (Andrew e Foster, 1983).

certo : Andrew e Foster (1983) introduziram o algoritmo ótimo.

Uma prática recomendável na escrita de textos é descrever as legendas das guras e tabelas em forma auto-contida: as legendas devem ser razoavelmente completas, de modo que o leitor possa entender a gura sem ler o texto onde a gura ou tabela é citada.

1.1 Considerações Preliminares

Considerações preliminares¹. Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

1.2 Objetivos

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

1Nota de rodapé (não abuse).

1

(30)

2 INTRODUÇÃO 1.4

1.3 Contribuições

As principais contribuições deste trabalho são as seguintes:

• Item 1. Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

1.4 Organização do Trabalho

No Capítulo 2, apresentamos os conceitos ... Finalmente, no Capítulo 3 discutimos algumas conclusões obtidas neste trabalho. Analisamos as vantagens e desvantagens do método proposto ...

As sequências testadas no trabalho estão disponíveis no ApêndiceA.

(31)

Capítulo 2

Conceitos

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

2.1 Fundamentos

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

2.1.1 Ácidos Nucléicos

Na Figura2.1texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

TGCAUnião

Posição

4856 6425 7145 8880 9588

0.05

0.5

Figura 2.1: Descrição da gura mostrada.

2.1.2 Aminoácidos

Veja na Tabela 2.1... texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

3

(32)

4 CONCEITOS 2.3 Código Abreviatura Nome completo

A Ala Alanina

C Cys Cisteína

... ... ...

W Trp Tiptofano

Y Tyr Tirosina

Tabela 2.1: Códigos, abreviaturas e nomes dos aminoácidos.

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

2.2 Exemplo de Código-Fonte em Java

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

1 for ( i = 0 ; i < 2 0 ; i++)

2 {

3 // Comentário

4 System . out . p r i n t l n ( "Mensagem . . . " ) ;

5 }

2.3 Algumas Referências

É muito recomendável a utilização de arquivos bibtex para o gerenciamento de referências a trabalhos. Nesse sentido existem três plataformas gratuitas que permitem a busca de referências acadêmicas em formato bib:

• CiteULike (patrocinados por Springer):www.citeulike.org

• Coleção de bibliograa em Ciência da Computação:liinwww.ira.uka.de/bibliography

• Google acadêmico (habilitar bibtex nas preferências):scholar.google.com.br

Lamentavelmente, ainda não existe um mecanismo de vericação ou validação das informações nessas plataformas. Portanto, é fortemente sugerido validar todas as informações de tal forma que as entradas bib estejam corretas. Também, tome muito cuidado na padronização das referências bibliográcas: ou considere TODOS os nomes dos autores por extenso, ou TODOS os nomes dos autores abreviados. Evite misturas inapropriadas.

Exemplos de referências com a tag:

• @Book: [JW83].

@Book{JW82,

author = {Richard A. Johnson and Dean W. Wichern}, title = {Applied Multivariate Statistical Analysis}, publisher= {Prentice-Hall},

year = {1983}

}

• @Article: [MCCZCJ08].

(33)

2.3 ALGUMAS REFERÊNCIAS 5

@Article{MenaChalco08,

author = {Jesús P. Mena-Chalco and Helaine Carrer and Yossi Zana and Roberto M. Cesar-Jr.},

title = {Identification of protein coding regions using the modified {G}abor-wavelet transform},

journal = {IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics}, volume = {5},

pages = {198-207}, year = {2008}, }

• @InProceedings: [ACDS03].

@InProceedings{alves03:simi,

author = {Carlos E. R. Alves and Edson N. Cáceres and Frank Dehne and Siang W. Song},

title = {A Parallel Wavefront Algorithm for Efficient Biological Sequence Comparison},

booktitle= {ICCSA ’03: The 2003 International Conference on Computational Science and its Applications},

year = {2003}, pages = {249-258}, month = May,

publisher= {Springer-Verlag}

}

• @InCollection: [BM93].

@InCollection{bobaoglu93:concepts,

author = {Ozalp Babaoglu and Keith Marzullo},

title = {Consistent Global States of Distributed Systems: Fundamental Concepts and Mechanisms},

editor = {Sape Mullender}, booktitle= {Distributed Systems}, edition = {segunda},

year = {1993}, pages = {55-96}

}

• @Conference: [BMPS03].

@Conference{bronevetsky02,

author = {Greg Bronevetsky and Daniel Marques and Keshav Pingali and Paul Stodghill},

title = {Automated application-level checkpointing of {MPI} programs},

booktitle= {PPoPP ’03: Proceedings of the 9th ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming},

year = {2003}, pages = {84-89}

}

• @PhdThesis: [Gar01].

@PhdThesis{garcia01:PhD,

author = {Islene C. Garcia},

title = {Visões Progressivas de Computações Distribuídas},

school = {Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil}, year = {2001},

month = {Dezembro}

}

• @MastersThesis: [Sch03].

@MastersThesis{schmidt03:MSc, author = {Rodrigo M. Schmidt},

title = {Coleta de Lixo para Protocolos de \emph{Checkpointing}}, school = {Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil}, year = {2003},

month = Oct }

(34)

6 CONCEITOS 2.3

• @Techreport: [AER⁺99].

@Techreport{alvisi99:analysisCIC,

author = {Lorenzo Alvisi and Elmootazbellah Elnozahy and Sriram S. Rao and Syed A. Husain and Asanka Del Mel},

title = {An Analysis of Comunication-Induced Checkpointing},

institution= {Department of Computer Science, University of Texas at Austin}, year = {1999},

number = {TR-99-01}, address = {Austin, {USA}}

}

• @Manual: [Obj02].

@Manual{CORBA:spec,

title = {{CORBA v3.0 Specification}}, author = {{Object Management Group}}, month = Jul,

year = {2002},

note = {{OMG Document 02-06-33}}

}

• @Misc: [All03].

@Misc{gridftp,

author = {William Allcock},

title = {{GridFTP} protocol specification. {Global Grid Forum}

Recommendation ({GFD}.20)}, year = {2003}

}

• @Misc: para referência a artigo online [Fow04].

@Misc{fowler04:designDead, author = {Martin Fowler}, title = {Is Design Dead?}, year = {2004},

month = May,

note = {Último acesso em 30/1/2010},

howpublished= {\url{http://martinfowler.com/articles/designDead.html}}, }

• @Misc: para referência a página web [Fou].

@Misc{FSF:GNU-GPL,

author = {Free Software Foundation}, title = {GNU general public license}, note = {Último acesso em 30/1/2010},

howpublished= {\url{http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html}}, }

(35)

Capítulo 3

Conclusões

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto¹.

3.1 Considerações Finais

3.2 Sugestões para Pesquisas Futuras

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto...

1Exemplo de referência para página Web:www.vision.ime.usp.br/~jmena/stu/tese-exemplo

7

(36)

8 CONCLUSÕES

(37)

Apêndice A

Sequências

9

(38)

10 APÊNDICE A

Limiar MGWT AMI Spectrum de Fourier Características espectrais

Sn Sp AC Sn Sp AC Sn Sp AC Sn Sp AC

1 1.00 0.16 0.08 1.00 0.16 0.08 1.00 0.16 0.08 1.00 0.16 0.08 2 1.00 0.16 0.09 1.00 0.16 0.09 1.00 0.16 0.09 1.00 0.16 0.09 2 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 4 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 5 1.00 0.16 0.11 1.00 0.16 0.11 1.00 0.16 0.11 1.00 0.16 0.11 6 1.00 0.16 0.12 1.00 0.16 0.12 1.00 0.16 0.12 1.00 0.16 0.12 7 1.00 0.17 0.12 1.00 0.17 0.12 1.00 0.17 0.12 1.00 0.17 0.13 8 1.00 0.17 0.13 1.00 0.17 0.13 1.00 0.17 0.13 1.00 0.17 0.13 9 1.00 0.17 0.14 1.00 0.17 0.14 1.00 0.17 0.14 1.00 0.17 0.14 10 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 11 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 12 1.00 0.18 0.16 1.00 0.18 0.16 1.00 0.18 0.16 1.00 0.18 0.16 13 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 14 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 15 1.00 0.18 0.18 1.00 0.18 0.18 1.00 0.18 0.18 1.00 0.18 0.18 16 1.00 0.18 0.19 1.00 0.18 0.19 1.00 0.18 0.19 1.00 0.18 0.19 17 1.00 0.19 0.19 1.00 0.19 0.19 1.00 0.19 0.19 1.00 0.19 0.19 17 1.00 0.19 0.20 1.00 0.19 0.20 1.00 0.19 0.20 1.00 0.19 0.20 19 1.00 0.19 0.21 1.00 0.19 0.21 1.00 0.19 0.21 1.00 0.19 0.21 20 1.00 0.19 0.22 1.00 0.19 0.22 1.00 0.19 0.22 1.00 0.19 0.22

Tabela A.1: Exemplo de tabela.

(39)

Referências Bibliográcas

[ACDS03] Carlos E. R. Alves, Edson N. Cáceres, Frank Dehne e Siang W. Song. A parallel wavefront algorithm for ecient biological sequence comparison. Em ICCSA '03:

The 2003 International Conference on Computational Science and its Applications, páginas 249258. Springer-Verlag, Maio 2003. 5

[AER⁺99] Lorenzo Alvisi, Elmootazbellah Elnozahy, Sriram S. Rao, Syed A. Husain e Asanka Del Mel. An analysis of comunication-induced checkpointing. Relatório Técnico TR-99-01, Department of Computer Science, University of Texas at Austin, Austin, USA, 1999. 6

[All03] William Allcock. GridFTP protocol specication. Global Grid Forum recommendation (GFD.20), 2003. 6

[BM93] Ozalp Babaoglu e Keith Marzullo. Consistent global states of distributed systems:

Fundamental concepts and mechanisms. Em Sape Mullender, editor, Distributed Systems, páginas 5596. segunda edição, 1993. 5

[BMPS03] Greg Bronevetsky, Daniel Marques, Keshav Pingali e Paul Stodghill. Automated application-level checkpointing of MPI programs. Em PPoPP '03: Proceedings of the 9th ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming, páginas 8489, 2003. 5

[Eco09] Umberto Eco. Como se Faz uma Tese. Perspectiva, 22^o edição, 2009. Tradução Gilson Cesar Cardoso de Souza. 1

[Fou] Free Software Foundation. Gnu general public license.http://www.gnu.org/copyleft/

gpl.html. Último acesso em 30/1/2010. 6

[Fow04] Martin Fowler. Is design dead? http://martinfowler.com/articles/designDead.html, Maio 2004. Último acesso em 30/1/2010. 6

[Gar01] Islene C. Garcia. Visões Progressivas de Computações Distribuídas. Tese de Douto- rado, Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil, Dezembro 2001.

5

[Hig98] Nicholas J. Higham. Handbook of Writing for the Mathematical Sciences. SIAM:

Society for Industrial and Applied Mathematics, segunda edição, Agosto 1998. 1 [JW83] Richard A. Johnson e Dean W. Wichern. Applied Multivariate Statistical Analysis.

Prentice-Hall, 1983. 4

[KLR96] Donald E. Knuth, Tracy Larrabee e Paul M. Roberts. Mathematical Writing. The Mathematical Association of America, Setembro 1996. 1

[MCCZCJ08] Jesús P. Mena-Chalco, Helaine Carrer, Yossi Zana e Roberto M. Cesar-Jr. Identi- cation of protein coding regions using the modied Gabor-wavelet transform. IE- EE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 5:198207, 2008. 4

11

(40)

12 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS

[Obj02] Object Management Group. CORBA v3.0 Specication, Julho 2002. OMG Document 02-06-33. 6

[Sch03] Rodrigo M. Schmidt. Coleta de lixo para protocolos de Checkpointing. Dissertação de Mestrado, Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil, Outubro 2003. 5

[Waz09] Raul S. Wazlawick. Metodologia de Pesquisa em Ciencia da Computação. Campus, primeira edição, 2009. 1

[Zob04] Justin Zobel. Writing for Computer Science: The art of eective communication.

Springer, segunda edição, 2004. 1

(41)

Índice Remissivo

ácido

amino,3 nucléico,3 área do trabalho

fundamentos,3 genoma

projetos,1 nucleotídeos,3

13

(42)

ANEXO 4

Modelo LaTeX - plainnat

(43)

Título do trabalho a ser apresentado à CPG para a dissertação/tese

Nome completo do Autor

Dissertação/Tese apresentada Instituto de Matemática e Estatística ao

Universidade de São Paulo da obtenção do título para Mestre/Doutor em Ciências de

Programa: Nome do Programa

Orientador: Prof. Dr. Nome do Orientador Coorientador: Prof. Dr. Nome do Coorientador

Durante o desenvolvimento deste trabalho o autor recebeu auxílio nanceiro da CAPES/CNPq/FAPESP

São Paulo, fevereiro de 2010

(44)

Título do trabalho a ser apresentado à CPG para a dissertação/tese

Esta tese/dissertação trata-se da versão original do aluno (Nome Completo do Aluno).

(45)

Título do trabalho a ser apresentado à CPG para a dissertação/tese

Esta tese/dissertação contém as correções e alterações sugeridas pela Comissão Julgadora durante a defesa realizada por (Nome Completo do Aluno) em 14/12/2010.

O original encontra-se disponível no Instituto de Matemática e Estatística da Universidade de São Paulo.

Comissão Julgadora:

• Profa. Dra. Nome Completo (orientadora) - IME-USP [sem ponto nal]

• Prof. Dr. Nome Completo - IME-USP [sem ponto nal]

• Prof. Dr. Nome Completo - IMPA [sem ponto nal]

(46)

Agradecimentos

Agradecimentos ...

i

(47)

ii

(48)

Resumo

Resumo em português ...

Palavras-chave: palavra-chave1, palavra-chave2, palavra-chave3.

iii

(49)

iv

(50)

Abstract

Abstract ...

Keywords: keyword1, keyword2, keyword3.

v

(51)

vi

(52)

Sumário

Lista de Abreviaturas ix

Lista de Símbolos xi

Lista de Figuras xiii

Lista de Tabelas xv

1 Introdução 1

1.1 Considerações Preliminares . . . 1 1.2 Objetivos . . . 1 1.3 Contribuições . . . 1 1.4 Organização do Trabalho. . . 2

2 Conceitos 3

2.1 Fundamentos . . . 3 2.1.1 Ácidos Nucléicos . . . 3 2.1.2 Aminoácidos . . . 3 2.2 Exemplo de Código-Fonte em Java . . . 4 2.3 Algumas Referências . . . 4

3 Conclusões 7

3.1 Considerações Finais . . . 7 3.2 Sugestões para Pesquisas Futuras . . . 7

A Sequências 9

Referências Bibliográcas 11

Índice Remissivo 13

vii

(53)

viii SUMÁRIO

(54)

Lista de Abreviaturas

CFT Transformada contínua de Fourier (Continuous Fourier Transform) DFT Transformada discreta de Fourier (Discrete Fourier Transform)

EIIP Potencial de interação elétron-íon (Electron-Ion Interaction Potentials) STFT Tranformada de Fourier de tempo reduzido (Short-Time Fourier Transform)

ix

(55)

x LISTA DE ABREVIATURAS

(56)

Lista de Símbolos

ω Frequência angular ψ Função de análise wavelet Ψ Transformada de Fourier de ψ

xi

(57)

xii LISTA DE SÍMBOLOS

(58)

Lista de Figuras

2.1 Descrição da gura mostrada. . . 3

xiii

(59)

xiv LISTA DE FIGURAS

(60)

Lista de Tabelas

2.1 Códigos, abreviaturas e nomes dos aminoácidos. . . 4 A.1 Exemplo de tabela. . . 10

xv

(61)

xvi LISTA DE TABELAS

(62)

Capítulo 1

Introdução

Escrever bem é uma arte que exige muita técnica e dedicação. Há vários bons livros sobre como escrever uma boa dissertação ou tese. Um dos trabalhos pioneiros e mais conhecidos nesse sentido é o livro deEco (2009) intitulado Como se faz uma tese; é uma leitura bem interessante mas, como foi escrito em 1977 e é voltado para teses de graduação na Itália, não se aplica tanto a nós.

Para a escrita de textos em Ciência da Computação, o livro de Justin Zobel, Writing for Com- puter Science (Zobel,2004) é uma leitura obrigatória. O livro Metodologia de Pesquisa para Ciência da Computação deWazlawick(2009) também merece uma boa lida. Já para a área de Matemática, dois livros recomendados são o de Nicholas Higham, Handbook of Writing for Mathematical Scien- ces (Higham,1998) e o do criador do TEX, Donald Knuth, juntamente com Tracy Larrabee e Paul Roberts, Mathematical Writing (Knuth et al.,1996).

O uso desnecessário de termos em lingua estrangeira deve ser evitado. No entanto, quando isso for necessário, os termos devem aparecer em itálico.

Modos de citação:

indesejável: [AF83] introduziu o algoritmo ótimo.

indesejável: (Andrew e Foster, 1983) introduziram o algoritmo ótimo.

certo : Andrew e Foster introduziram o algoritmo ótimo [AF83].

certo : Andrew e Foster introduziram o algoritmo ótimo (Andrew e Foster, 1983).

certo : Andrew e Foster (1983) introduziram o algoritmo ótimo.

Uma prática recomendável na escrita de textos é descrever as legendas das guras e tabelas em forma auto-contida: as legendas devem ser razoavelmente completas, de modo que o leitor possa entender a gura sem ler o texto onde a gura ou tabela é citada.

1.1 Considerações Preliminares

Considerações preliminares¹. Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

1.2 Objetivos

1.3 Contribuições

As principais contribuições deste trabalho são as seguintes:

1Nota de rodapé (não abuse).

1

(63)

2 INTRODUÇÃO 1.4

1.4 Organização do Trabalho

No Capítulo 2, apresentamos os conceitos ... Finalmente, no Capítulo 3 discutimos algumas conclusões obtidas neste trabalho. Analisamos as vantagens e desvantagens do método proposto ...

As sequências testadas no trabalho estão disponíveis no ApêndiceA.

(64)

Capítulo 2

Conceitos

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

2.1 Fundamentos

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

2.1.1 Ácidos Nucléicos

Na Figura2.1texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

TGCAUnião

Posição

4856 6425 7145 8880 9588

0.05

0.5

Figura 2.1: Descrição da gura mostrada.

2.1.2 Aminoácidos

Veja na Tabela 2.1... texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

3

(65)

4 CONCEITOS 2.3 Código Abreviatura Nome completo

A Ala Alanina

C Cys Cisteína

... ... ...

W Trp Tiptofano

Y Tyr Tirosina

Tabela 2.1: Códigos, abreviaturas e nomes dos aminoácidos.

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

2.2 Exemplo de Código-Fonte em Java

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto.

1 for ( i = 0 ; i < 2 0 ; i++)

2 {

3 // Comentário

4 System . out . p r i n t l n ( "Mensagem . . . " ) ;

5 }

2.3 Algumas Referências

É muito recomendável a utilização de arquivos bibtex para o gerenciamento de referências a trabalhos. Nesse sentido existem três plataformas gratuitas que permitem a busca de referências acadêmicas em formato bib:

• CiteULike (patrocinados por Springer):www.citeulike.org

• Coleção de bibliograa em Ciência da Computação:liinwww.ira.uka.de/bibliography

• Google acadêmico (habilitar bibtex nas preferências):scholar.google.com.br

Lamentavelmente, ainda não existe um mecanismo de vericação ou validação das informações nessas plataformas. Portanto, é fortemente sugerido validar todas as informações de tal forma que as entradas bib estejam corretas. Também, tome muito cuidado na padronização das referências bibliográcas: ou considere TODOS os nomes dos autores por extenso, ou TODOS os nomes dos autores abreviados. Evite misturas inapropriadas.

Exemplos de referências com a tag:

• @Book: (Johnson e Wichern,1983).

@Book{JW82,

author = {Richard A. Johnson and Dean W. Wichern}, title = {Applied Multivariate Statistical Analysis}, publisher= {Prentice-Hall},

year = {1983}

}

• @Article: (Mena-Chalco et al.,2008).

(66)

2.3 ALGUMAS REFERÊNCIAS 5

@Article{MenaChalco08,

author = {Jesús P. Mena-Chalco and Helaine Carrer and Yossi Zana and Roberto M. Cesar-Jr.},

title = {Identification of protein coding regions using the modified {G}abor-wavelet transform},

journal = {IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics}, volume = {5},

pages = {198-207}, year = {2008}, }

• @InProceedings: (Alves et al.,2003).

@InProceedings{alves03:simi,

author = {Carlos E. R. Alves and Edson N. Cáceres and Frank Dehne and Siang W. Song},

title = {A Parallel Wavefront Algorithm for Efficient Biological Sequence Comparison},

booktitle= {ICCSA ’03: The 2003 International Conference on Computational Science and its Applications},

year = {2003}, pages = {249-258}, month = May,

publisher= {Springer-Verlag}

}

• @InCollection: (Babaoglu e Marzullo,1993).

@InCollection{bobaoglu93:concepts,

author = {Ozalp Babaoglu and Keith Marzullo},

title = {Consistent Global States of Distributed Systems: Fundamental Concepts and Mechanisms},

editor = {Sape Mullender}, booktitle= {Distributed Systems}, edition = {segunda},

year = {1993}, pages = {55-96}

}

• @Conference: (Bronevetsky et al.,2003).

@Conference{bronevetsky02,

author = {Greg Bronevetsky and Daniel Marques and Keshav Pingali and Paul Stodghill},

title = {Automated application-level checkpointing of {MPI} programs},

booktitle= {PPoPP ’03: Proceedings of the 9th ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming},

year = {2003}, pages = {84-89}

}

• @PhdThesis: (Garcia,2001).

@PhdThesis{garcia01:PhD,

author = {Islene C. Garcia},

title = {Visões Progressivas de Computações Distribuídas},

school = {Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil}, year = {2001},

month = {Dezembro}

}

• @MastersThesis: (Schmidt,2003).

@MastersThesis{schmidt03:MSc, author = {Rodrigo M. Schmidt},

title = {Coleta de Lixo para Protocolos de \emph{Checkpointing}}, school = {Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil}, year = {2003},

month = Oct }

(67)

6 CONCEITOS 2.3

• @Techreport: (Alvisi et al.,1999).

@Techreport{alvisi99:analysisCIC,

author = {Lorenzo Alvisi and Elmootazbellah Elnozahy and Sriram S. Rao and Syed A. Husain and Asanka Del Mel},

title = {An Analysis of Comunication-Induced Checkpointing},

institution= {Department of Computer Science, University of Texas at Austin}, year = {1999},

number = {TR-99-01}, address = {Austin, {USA}}

}

• @Manual: (Object Management Group,2002).

@Manual{CORBA:spec,

title = {{CORBA v3.0 Specification}}, author = {{Object Management Group}}, month = Jul,

year = {2002},

note = {{OMG Document 02-06-33}}

}

• @Misc: (Allcock,2003).

@Misc{gridftp,

author = {William Allcock},

title = {{GridFTP} protocol specification. {Global Grid Forum}

Recommendation ({GFD}.20)}, year = {2003}

}

• @Misc: para referência a artigo online (Fowler,2004).

@Misc{fowler04:designDead, author = {Martin Fowler}, title = {Is Design Dead?}, year = {2004},

month = May,

howpublished= {\url{http://martinfowler.com/articles/designDead.html}}, }

• @Misc: para referência a página web (Foundation,2007).

@Misc{FSF:GNU-GPL,

author = {Free Software Foundation}, title = {GNU general public license}, year = {2007},

howpublished= {\url{http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html}}, }

(68)

Capítulo 3

Conclusões

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto¹.

3.1 Considerações Finais

3.2 Sugestões para Pesquisas Futuras

Texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto texto...

1Exemplo de referência para página Web:www.vision.ime.usp.br/~jmena/stu/tese-exemplo

7

(69)

8 CONCLUSÕES

(70)

Apêndice A

Sequências

9

(71)

10 APÊNDICE A

Limiar MGWT AMI Spectrum de Fourier Características espectrais

Sn Sp AC Sn Sp AC Sn Sp AC Sn Sp AC

1 1.00 0.16 0.08 1.00 0.16 0.08 1.00 0.16 0.08 1.00 0.16 0.08 2 1.00 0.16 0.09 1.00 0.16 0.09 1.00 0.16 0.09 1.00 0.16 0.09 2 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 4 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 1.00 0.16 0.10 5 1.00 0.16 0.11 1.00 0.16 0.11 1.00 0.16 0.11 1.00 0.16 0.11 6 1.00 0.16 0.12 1.00 0.16 0.12 1.00 0.16 0.12 1.00 0.16 0.12 7 1.00 0.17 0.12 1.00 0.17 0.12 1.00 0.17 0.12 1.00 0.17 0.13 8 1.00 0.17 0.13 1.00 0.17 0.13 1.00 0.17 0.13 1.00 0.17 0.13 9 1.00 0.17 0.14 1.00 0.17 0.14 1.00 0.17 0.14 1.00 0.17 0.14 10 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 11 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 1.00 0.17 0.15 12 1.00 0.18 0.16 1.00 0.18 0.16 1.00 0.18 0.16 1.00 0.18 0.16 13 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 14 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 1.00 0.18 0.17 15 1.00 0.18 0.18 1.00 0.18 0.18 1.00 0.18 0.18 1.00 0.18 0.18 16 1.00 0.18 0.19 1.00 0.18 0.19 1.00 0.18 0.19 1.00 0.18 0.19 17 1.00 0.19 0.19 1.00 0.19 0.19 1.00 0.19 0.19 1.00 0.19 0.19 17 1.00 0.19 0.20 1.00 0.19 0.20 1.00 0.19 0.20 1.00 0.19 0.20 19 1.00 0.19 0.21 1.00 0.19 0.21 1.00 0.19 0.21 1.00 0.19 0.21 20 1.00 0.19 0.22 1.00 0.19 0.22 1.00 0.19 0.22 1.00 0.19 0.22

Tabela A.1: Exemplo de tabela.

(72)

Referências Bibliográcas

Allcock(2003) William Allcock. GridFTP protocol specication. Global Grid Forum recommendation (GFD.20), 2003. Citado na pág. 6

Alves et al.(2003) Carlos E. R. Alves, Edson N. Cáceres, Frank Dehne e Siang W. Song. A parallel wavefront algorithm for ecient biological sequence comparison. Em ICCSA '03: The 2003 International Conference on Computational Science and its Applications, páginas 249258.

Springer-Verlag. Citado na pág. 5

Alvisi et al.(1999) Lorenzo Alvisi, Elmootazbellah Elnozahy, Sriram S. Rao, Syed A. Husain e Asanka Del Mel. An analysis of comunication-induced checkpointing. Relatório Técnico TR-99- 01, Department of Computer Science, University of Texas at Austin, Austin, USA. Citado na pág.

6

Babaoglu e Marzullo(1993) Ozalp Babaoglu e Keith Marzullo. Consistent global states of distributed systems: Fundamental concepts and mechanisms. Em Sape Mullender, editor, Distributed Systems, páginas 5596. segunda edição. Citado na pág. 5

Bronevetsky et al.(2003) Greg Bronevetsky, Daniel Marques, Keshav Pingali e Paul Stodghill.

Automated application-level checkpointing of MPI programs. Em PPoPP '03: Proceedings of the 9th ACM SIGPLAN Symposium on Principles and Practice of Parallel Programming, páginas 8489. Citado na pág. 5

Eco(2009) Umberto Eco. Como se Faz uma Tese. Perspectiva, 22^o edição. Tradução Gilson Cesar Cardoso de Souza. Citado na pág. 1

Foundation(2007) Free Software Foundation. Gnu general public license. http://www.gnu.org/

copyleft/gpl.html, 2007. Último acesso em 30/1/2010. Citado na pág. 6

Fowler(2004) Martin Fowler. Is design dead? http://martinfowler.com/articles/designDead.html, Maio 2004. Último acesso em 30/1/2010. Citado na pág. 6

Garcia(2001) Islene C. Garcia. Visões Progressivas de Computações Distribuídas. Tese de Dou- torado, Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil. Citado na pág. 5

Higham(1998) Nicholas J. Higham. Handbook of Writing for the Mathematical Sciences. SIAM:

Society for Industrial and Applied Mathematics, segunda edição.Citado na pág. 1

Johnson e Wichern(1983) Richard A. Johnson e Dean W. Wichern. Applied Multivariate Sta- tistical Analysis. Prentice-Hall. Citado na pág. 4

Knuth et al.(1996) Donald E. Knuth, Tracy Larrabee e Paul M. Roberts. Mathematical Writing.

The Mathematical Association of America. Citado na pág. 1

Mena-Chalco et al.(2008) Jesús P. Mena-Chalco, Helaine Carrer, Yossi Zana e Roberto M. Cesar- Jr. Identication of protein coding regions using the modied Gabor-wavelet transform. IEE- E/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 5:198207.Citado na pág. 4

11

(73)

12 REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS

Object Management Group(2002) Object Management Group. CORBA v3.0 Specication, Julho 2002. OMG Document 02-06-33. Citado na pág. 6

Schmidt(2003) Rodrigo M. Schmidt. Coleta de lixo para protocolos de Checkpointing. Dissertação de Mestrado, Instituto de Computação, Universidade de Campinas, Brasil. Citado na pág. 5 Wazlawick(2009) Raul S. Wazlawick. Metodologia de Pesquisa em Ciencia da Computação. Cam-

pus, primeira edição. Citado na pág. 1

Zobel(2004) Justin Zobel. Writing for Computer Science: The art of eective communication.

Springer, segunda edição. Citado na pág. 1

(74)

Índice Remissivo

ácido

amino,3 nucléico,3 área do trabalho

fundamentos,3 genoma

projetos,1 nucleotídeos,3

13