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Determinação dos genótipos do VHB por um método de sequenciação direta

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Academic year: 2021

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(1)Universidade de Aveiro Departamento de Biologia 2011. Paula Cristina da Silva Determinação dos genótipos do VHB por um Costa método de sequenciação direta.

(2) Universidade de Aveiro Departamento de Biologia 2011. Paula Cristina da Silva Determinação dos genótipos do VHB por um método de sequenciação direta Costa. Dissertação apresentada à Universidade de Aveiro para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Biologia Molecular e Celular, realizada sob a orientação científica da Doutora Lucinda Queirós, Médica, Chefe de Serviço de Imunohemoterapia, Laboratório de Agentes Transmissíveis, CRSP-IPS, e da Professora Doutora Adelaide Almeida, Professora Auxiliar do Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro.

(3) Dedico este trabalho aos meus filhos Inês e Duarte, pelo sofrimento que lhes causou a minha ausência. Ao meu marido e aos meus pais por toda a compreensão, apoio e incentivo..

(4) o júri presidente. Prof. Dra. Maria de Lourdes Gomes Pereira Professora Associada do Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro. Dra. Maria Lucinda de Magalhães Queirós Ribeiro Chefe de Serviço de Imunohemoterapia do Centro Regional de Sangue do Porto – Instituto Português do Sangue. Dr. Jorge Manuel Condeço Ribeiro Assistente Graduado de Saúde Pública do Centro Regional de Sangue do Porto – Instituto Português do Sangue. Prof. Dra. Adelaide Almeida Professora Auxiliar do Departamento de Biologia da Universidade de Aveiro.

(5) agradecimentos. À Dra. Lucinda Queirós, pela oportunidade que me deu em realizar este trabalho, pelo incentivo, acompanhamento e orientação prestados durante todo o processo de realização do mesmo. À Professora Dra. Adelaide Almeida, pela disponibilidade, orientação e pelas sugestões que contribuíram para o aperfeiçoamento desta dissertação. Às minhas colegas Ana e Manuela, pela colaboração e acompanhamento no trabalho, pela partilha do saber, mas acima de tudo pela amizade e carinho que sempre demonstraram e que tão importante foi para mim. Aos meus colegas do sector, pelo apoio e compreensão demonstrados ao longo da realização deste trabalho. A todos os que de alguma forma contribuíram para que este trabalho se tornasse realidade..

(6) palavras-chave. Vírus da Hepatite B, genética, complicações, tratamento antiviral, sequenciação directa, mutações.. resumo. Em Portugal desconhece-se com precisão a prevalência da Hepatite B, no entanto, é considerado um país de endemicidade baixa a intermédia. A influência dos genótipos do Vírus da Hepatite B (VHB) na infecção crónica tem sido mais intensamente estudada em populações onde a prevalência da doença é alta. Dos trabalhos publicados com a determinação dos genótipos em Portugal, poucos caracterizam a população de indivíduos infectados pelo VHB. Actualmente existe um grande interesse em identificar os genótipos do VHB mais prevalentes uma vez que estes podem influenciar na gravidade da doença, designadamente na evolução para as formas mais graves como cirrose e o carcinoma hepatocelular, e também na resposta ao tratamento antivírico, como é sugerido por estudos recentes. Foi definido como objectivo principal deste trabalho determinar os genótipos do vírus da Hepatite B nas amostras de doentes com Hepatite B crónica enviadas para estudo ao Centro Regional de Sangue do Porto pelos hospitais da zona Norte, que possuem protocolo para estudos analíticos por biologia molecular. Adicionalmente e como objectivo secundário, determinaram-se também as mutações que conferem resistência aos fármacos actualmente utilizados na terapêutica. Os genótipos foram determinados por um método de sequenciação directa ® ® usando o teste TRUGENE HBV Genotyping comercializado pela SIEMENS . Os resultados obtidos indicam que o genótipo D é o mais predominante (62%) seguido do genótipo A (32%). A prevalência de mutações que conferem resistência aos fármacos foi de 13,4%. Todas as mutações determinadas conferem resistência à lamivudina sendo também observadas resistências para o entecavir e adefovir. A predominância dos genótipos do presente trabalho coincidiu com a observada em outros estudos idênticos realizados em Portugal bem como com o está referido para o Sul da Europa ou base mediterrânea, na literatura consultada..

(7) keywords. Hepatitis B virus, Genetics, complications, antiviral treatment, direct sequencing, mutations.. abstract. In Portugal, the exact prevalence of Hepatitis B is unknown; however it has a low to medium level of endemicity. The influence of the Hepatitis B virus (HBV) genotypes on chronic infection has been vastly studied in populations with high prevalence. Of all the studies published in Portugal regarding the determination of genotypes, very few focus on the HBV infected population. Nowadays, there is great interest in identifying the most prevalent genotypes of HBV, once these may have an influence on the illness severity, mainly on its evolution towards more severe forms, like cirrhosis and hepatocellular carcinoma, as well as on the response to the antiviral treatment, as suggested in recent studies. The main purpose of this study is to determine the HBV genotypes in chronic HBV patients samples sent to the Centro Regional de Sangue do Porto by hospitals in the North region that have a bio-molecular analytical studies protocol. In addition, it has also been determined the mutations which offer resistance to drugs used in current therapy. The genotypes were determined through a direct sequencing method using the ® TRUGENE HBV Genotyping test developed by SIEMENS. The results show that genotype D is the most predominant (62%), followed by genotype A (32%). The prevalence of mutations that offer resistance to drugs was 13,4%. All determined mutations offer resistance to lamivudina. Resistance to entecavir and adefovir was also been observed. The genotype predominance of this study coincides with that observed in similar studies conducted in Portugal and with what is referred to in the literature for Southern Europe or Mediterranean base..

(8) ÍNDICE. LISTA DE ABREVIATURAS LISTA DE FIGURAS LISTA DE TABELAS. 1 – INTRODUÇÃO ………………………………………………………………………..…. 1. 1.1 – HEPATITE B ………………………………………………………….…….…... 1. 1.2 – EPIDEMIOLOGIA DA HEPATITE B ………………………………....…….…..... 2. 1.3 – VÍRUS DA HEPATITE B ……………………………………………………..…. 5. 1.3.1 - CARACTERIZAÇÃO DO VHB ….………………………………………. 5. 1.3.2 - REPLICAÇÃO E CICLO DE VIDA DO VHB ………………….………….. 7. 1.3.3 - VARIABILIDADE GENÉTICA DO VHB …………………………..………. 8. 1.3.3.1 – SUBTIPOS …………………………………………….…….. 8. 1.3.3.2 – GENÓTIPOS ……………………………………………....... 9. 1.3.4 – MUTAÇÕES NO GENOMA DO VHB ……………………….……...…... 12 1.3.4.1 - MUTAÇÕES NA REGIÃO S ………………………………….. 13. 1.3.4.2 - MUTAÇÕES NA REGIÃO PRÉ-CORE E CORE ……………..... 13. 1.3.4.3 - MUTAÇÕES NA REGIÃO X …………………………………. 13 1.3.4.4 - MUTAÇÕES NA REGIÃO P ………………………………..… 13. 1.4 – DIAGNÓSTICO ………………………………………………………………..... 14 1.5 - TRATAMENTO DOS DOENTES CRÓNICOS ………………………….………… 15 2 - OBJECTIVOS …………………………………….……………………………………... 20 3 – MATERIAIS E MÉTODOS ………………………..…………………………….…..... 21. 3.1 - IDENTIFICAÇÃO DA POPULAÇÃO EM ESTUDO E DA AMOSTRA ………….… 21 3.2 - METODOLOGIA …………………………………………………………..…….. 21. 3.2.1 - AMOSTRAS E CONTROLOS …………………………………….….….. 21. 3.2.2 - QUANTIFICAÇÃO DO ADN DO VHB ………………………………….. 21. 3.2.3 - GENOTIPAGEM DO VHB PELO TRUGENE ® HBV GENOTYPING ..….. 22. i.

(9) 4 – RESULTADOS ………………………………………………………………….……..… 28 4.1 - RESULTADOS DA DETERMINAÇÃO DOS GENÓTIPOS …………………......... 29 4.2 - COMPARAÇÃO DOS RESULTADOS COM OUTROS ESTUDOS …………......... 33 4.3 - RESULTADOS DA DETERMINAÇÃO DAS MUTAÇÕES ………………….…..…. 35 5 – DISCUSSÃO ………………….………………………………………………………..... 38 6 – CONCLUSÕES ………………………………………………………………………..... 44 7 – REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS …………………………………….……..….… 45. ii.

(10) LISTA DE ABREVIATURAS. aa. Aminoácidos. AASLD. American Association for the study of liver diseases. ACD. Anticoagulante citrato dextrose. AcHBc. Anticorpo contra o antigénio do core do VHB. AcHBe. Anticorpo contra antigénio “e” do VHB. AcHBs. Anticorpo contra o antigénio de superfície do VHB. ADN. Ácido desoxirribonucleico. ADV. Adefovir. AgHBc. Antigénio do core do VHB. AgHBe. Antigénio “e” do VHB. AgHBs. Antigénio de superfície do VHB. ALT. Alanina aminotransferases. ARN. Ácido ribonucleico. ARNm. Ácido ribonucleico mensageiro. ASIS. Aplicação de sistema de informação de sangue. cccDNA. Covalently closed circular DNA. CCH. Carcinoma hepatocelular. CMV. Citomegalovírus. CRSP. Centro Regional de Sangue do Porto. CV. Carga vírica. ddATP. Didesoxiadenosina trifosfato.. ddCTP. Didesoxicitidina trifosfato.. ddGTP. Didesoxiguanosina trifosfato. ddNTPS. Didesoxinucleótidos trifosfato. ddTTP. Didesoxitimidina trifosfato.. DGS. Direcção Geral da Saúde. EASL. European Association for the Study of the Liver. ECDC. European Centre for Disease Prevention and Control. EDTA. Ácido etilenodiamino tetra-acético. ETV. Entecavir. Gene Pol. Gene da polimerase. Gene S. Gene do antigénio de superfície (AgHBs). IFNα. Interferão α. IgHB. Imunoglobulinas específicas contra o vírus da Hepatite B. IOB. Infecção Oculta pelo vírus da hepatite B iii.

(11) IPS. Instituto Português do Sangue. LdT. Telvibudina. LMV. Lamivudina. mL. Mililitro. nt. Nucleotídeos. OMS. Organização Mundial de Saúde. pb. Pares de bases. PCR. Reacção em Cadeia da Polimerase. pegIFNα. Interferão peguilado. PNV. Plano Nacional de Vacinação. PQ. Padrão de quantificação. RFLP. Restriction fragment length polymorphism analysis. rt. Transcriptase reversa. TDF. Tenofovir. UI. Unidades Internacionais. UI/mL. Unidades Internacionais/mililitro. VHB. Vírus da Hepatite B. VHC. Vírus da Hepatite C. VIH. Vírus da imunodeficiência Humana. µL. Microlitros. iv.

(12) LISTA DE FIGURAS. Figura 1.. Prevalência da infecção pelo VHB no mundo ………………………. Figura 2.. Número de casos de hepatite B notificados à Direcção Geral de. 2. Saúde por anos ……………………………………………………….... 4. Figura 3.. Esquema representativo da estrutura do VHB …………………….... 5. Figura 4.. Estrutura e organização do genoma do vírus da hepatite B (Clements et al 2010 …………………………………………………... 6. Figura 5.. Representação do ciclo replicativo VHB …………………………….. 7. Figura 6.. Distribuição geográfica dos genótipos e subgenótipos do VHB (Schaefer, 2007) …………………………………………………..….... Figura 7.. Esquema representativo do gene da polimerase (gene Pol) do VHB (Sablon and Shapiro, 2005) …………………………………….. Figura 8.. 11. 18. Distribuição das amostras pelas causas que justificaram a não determinação do genótipo do VHB …………………………………... 28. Figura 9.. Distribuição das idades dos doentes em estudo …………………… 29. Figura 10.. Distribuição por sexo dos doentes estudados ………………………. Figura 11.. Distribuição dos genótipos das amostras com genotipagem determinada pelo Trugene ® HBV Genotyping …………………….. Figura 12.. 31. Distribuição da carga vírica (CV) das amostras pelos genótipos A e D ……………………………………………………………………….. Figura 14.. 30. Distribuição das idades dos doentes estudados pelos genótipos A e D ……………………………………………………………………….. Figura 13.. 30. 32. Distribuição da homologia obtida na genotipagem das amostras para os genótipos A e D ………………………………………………. 32. Figura 15.. Distribuição da homologia obtida na genotipagem dos controlos positivos (CP) inseridos nas diferentes séries de testes realizados. Figura 16.. 33. Comparação dos IC 95% para a prevalência dos genótipos D em 4 estudos ………………………………………………………………..... 34. v.

(13) Figura 17.. Comparação dos IC 95% para a prevalência dos genótipos A em 4 estudos …………………………………………………………………. Figura 18.. Distribuição do total das amostras com resistências aos fármacos: lamivudina (LMV), entecavir (ETV) e adefovir (ADF) ….. Figura 19.. 34. 36. Distribuição do total das amostras com resistências aos fármacos lamivudina (LMV), entecavir (ETV) e adefovir (ADF), pelos genótipos A e D ………………………………………………………. Figura 20.. Distribuição da frequência das mutações observadas na amostra. Figura 21.. Associação da mutação e respectiva(s) resistência(s) ao(s) fármaco(s) …………………………………………………………….. 36 37. 37. vi.

(14) LISTA DE TABELAS. Tabela 1.. Aminoácidos que especificam os Subtipos do AgHBs do VHB…………... 9. Tabela 2.. Genótipos do VHB (Adaptado Stuyver et al. 2001) …………………...…... 10. Tabela 3.. Localização das mutações de resistência associadas aos análogos de nucleosídeos/nucleotídeos nos domínios do gene Pol do VHB (Poordad and Chee, 2010) ……………………………………………………………..... Tabela 4.. Resumo dos Processos envolvidos na determinação dos Genótipos do VHB pelo Trugene ® HBV Genotyping ……………………………………... Tabela 5.. 19. 23. Programa de ciclos utilizados na amplificação por PCR e sequenciação CLIP no termociclador Perkin Elmer 9600 (Bula nº 10469332 Bula nº 10469332 Rev.A, 2008-06) ………………………………………….……..... Tabela 6.. 25. Total de amostras com genotipagem do VHB realizadas no CRSP no período do estudo …………………………………………………………….. 28. Tabela 7.. Caracterização da amostra submetida a genotipagem do VHB …………. 29. Tabela 8.. Características dos doentes estudados por genótipos ……………..…….. 31. Tabela 9.. Características dos doentes com genótipo A e D que possuem mutações que conferem resistências aos fármacos ……………………… 35. vii.

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Referências

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