DiagCORE Gastrointestinal Panel v2. Instruções de utilização PL /2018-PT

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DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

Instruções de utilização

PL-047-08/2018-PT

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2 DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização (CE) Ref.ª RP1: 210004

Agosto 2018

Este documento destina-se exclusivamente à analise de um cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 no analisador DiagCORE®_{. Nenhuma parte deste documento pode ser reproduzida ou transmitida seja} por que meio for, eletrónico ou mecânico, ou para qualquer fim, sem a autorização expressa por escrito da STAT-Dx Life, S.L.

Está disponível, mediante solicitação, uma versão impressa destas instruções de utilização. Estas instruções de utilização podem ser acedidas em http.support.qiagen.com.

STAT-Dx Life, S.L. Baldiri Reixac 4

08028 Barcelona, Espanha

Assistência técnica e ao cliente

Se for necessária assistência, contactar a assistência técnica da STAT-Dx utilizando as seguintes informações de contacto.

 Website: http.support.qiagen.com

Quando contactar a assistência técnica devido a um erro do analisador DiagCORE®_{ou do cartucho do} DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2, anotar os passos que levaram ao erro e eventual informação apresentada nas caixas de diálogo. Isto irá ajudar-nos a resolver o problema.

Quando ligar para a assistência técnica devido a um erro, tenha à mão as seguintes informações:  Número de série, tipo e versão do analisador (se aplicável)

 Código de erro (se aplicável)

 _{Dia e hora da primeira ocorrência do erro}

 Frequência da ocorrência do erro (ou seja, erro intermitente ou persistente)  _{Fotografia do erro, se possível}

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DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 3

Índice

Assistência técnica e ao cliente ... 2

Índice ... 3

Tabela de símbolos... 5

1 Informações sobre o DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ...6

1.1 Nome do produto e utilização prevista ... 6

1.2 Conteúdo da embalagem ... 7

1.3 Armazenamento e data de validade ... 7

2 Informações de segurança ...8

3 Contexto geral ...9

3.1 Descrição do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ... 9

3.2 Agentes patogénicos detetados... 10

3.3 Descrição do procedimento ... 12

3.4 Colheita de amostras e carregamento de cartuchos ... 12

3.5 Preparação da amostra, amplificação de ácido nucleico e deteção... 13

4 Materiais e equipamento necessários não fornecidos ... 14

5 Procedimento para amostras de fezes sem conservantes

em meio de transporte Cary Blair ... 15

5.1 Colheita, transporte e armazenamento de amostras ... 15

5.2 Carregamento de uma amostra no cartucho do

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ... 15

5.3 Ligação do analisador DiagCORE

®

_{... 19}

5.4 Realização de um teste ... 19

6 Controlo interno ... 23

7 Interpretação de resultados ... 24

7.1 Visualização dos resultados ... 24

7.1.1 Visualização de curvas de amplificação ... 25

7.1.2 Visualização de informações do teste ... 26

7.1.3 Pesquisar resultados de testes anteriores ... 28

(4)

7.1.5 Impressão de resultados ... 30

7.2 Interpretação de resultados ... 30

7.3 Interpretação do controlo interno ... 31

8 Instalação do ficheiro de definição do ensaio ... 32

9 Limitações do procedimento ... 34

10 Caraterísticas de desempenho. Desempenho clínico ... 36

11 Caraterísticas de desempenho. Desempenho analítico ... 39

11.1 Sensibilidade (limite de deteção) ... 39

11.2 Robustez do ensaio ... 41

11.3 Exclusividade (especificidade analítica) ... 41

11.4 Inclusividade (reatividade analítica) ... 43

11.5 Coinfeções ... 45

11.6 Substâncias interferentes ... 46

11.7 Transferência ... 48

11.8 Reprodutibilidade ... 48

11.9 Estabilidade da amostra ... 51

12 Referências ... 52

13 Apêndices ... 54

13.1 Informação sobre eliminação ... 54

13.2 Declaração de conformidade ... 54

13.3 Glossário ... 54

13.4 Marcas registadas e direitos de autor ... 55

13.5 Direitos de autor, declaração de exoneração de responsabilidade e garantia 55

13.6 Declaração de patente ... 55

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Tabela de símbolos

Os símbolos seguintes podem ser encontrados no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2, na embalagem e nestas instruções de utilização.

Descrição

Fabricante legal

Dispositivo médico de diagnóstico in vitro Marcação CE para conformidade europeia Referência

Limites de temperatura de armazenamento Consultar as instruções de utilização

Perigo para a saúde/perigoso para a camada de ozono

Data de validade (AAAA-MM-DD)

Código do lote Número de série Não reutilizar

Manter afastado da luz solar

Suficiente para <n> testes

Não utilizar se a embalagem estiver danificada

Corrosivo

n

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1

Informações sobre o DiagCORE® Gastrointestinal

Panel v2

1.1 Nome do produto e utilização prevista

O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 é um teste qualitativo destinado à análise de amostras de fezes sem conservantes em meio de transporte Cary Blair, colhidas em doentes em que se suspeita existir infeção gastrointestinal pela presença de ácidos nucleicos virais, parasíticos ou bacterianos. O ensaio foi concebido para utilização com o analisador DiagCORE®_{para extração de ácido nucleico integrado e} deteção através da análise de PCR multiplex em tempo real.

Os seguintes agentes patogénicos podem ser detetados e diferenciados com o DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2: Entamoeba histolytica, Cryptosporidium spp., Giardia lamblia, Cyclospora cayetanensis, Vibrio vulnificus, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Campylobacter spp. (Campylobacter jejuni, Campylobacter upsaliensis, Campylobacter coli), Salmonella spp., Clostridium difficile (tcdA/tcdB), Yersinia enterocolitica, E.coli enterotoxigénica (ETEC), E.coli enteropatogénica (EPEC), E.coli enteroagregativa (EAEC), E.coli produtora da toxina Shiga (STEC; (E. coli enteroemorrágica)), E.coli serotipo O157:H7 produtora da toxina Shiga (STEC); E.coli enteroinvasiva (EIEC)/Shigella, Plesiomonas shigelloides, Adenovírus humano F40/F41, Norovírus GI, Norovírus GII, Rotavírus A, Astrovírus, Sapovírus GI, GII, GIV,GV.

Os resultados do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 devem ser interpretados no contexto de todos os resultados clínicos e laboratoriais relevantes.

As características de desempenho do ensaio foram definidas unicamente para indivíduos com sintomas gastrointestinais.

O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 destina-se unicamente a utilização profissional e não deve ser utilizado autonomamente.

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1.2 Conteúdo da embalagem

DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 Referência

Número de testes

210004 6 Cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

6 cartuchos embalados individualmente contendo todos os reagentes necessários para a preparação da amostra, realização da análise de RT-PCR multiplex e controlo interno

Composição do cartucho:

O conteúdo do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 inclui: Etanol, isopropanol, enzimas, oligonucleótidos, tris-EDTA, azida de sódio, cloridrato de guanidina, tiocianato de guanidina, cloreto de guanidina, propilenoglicol, triton-x-100 e D-(+)-trealose di-hidratada.

Pipetas para transferência 6 pipetas para transferência embaladas individualmente para dispensa da amostra líquida no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

1.3 Armazenamento e data de validade

Os cartuchos do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 devem ser armazenados num local seco e limpo, à temperatura ambiente (15–25 °C). Não remover os cartuchos do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 ou as pipetas para transferência das respetivas embalagens individuais até à respetiva utilização. Nestas condições, os cartuchos DiagCORE®_{podem ser armazenados até a data de validade impressa na} embalagem individual. A data de validade também está incluída no código de barras do cartucho e é lida pelo analisador DiagCORE®_{quando o cartucho é inserido no instrumento para realização de um teste.}

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2

Informações de segurança

Usar sempre equipamento de proteção pessoal adequado, incluindo, mas não se limitando a luvas descartáveis sem pó, bata de laboratório e óculos de proteção. Proteger a pele, os olhos e as membranas mucosas. Mudar frequentemente de luvas ao manusear as amostras.

Manusear todas as amostras, cartuchos usados e pipetas para transferência como se fossem passíveis de transmissão de agentes infeciosos. Cumprir sempre as precauções de segurança, conforme descrito nas diretrizes relevantes, tais como a diretriz Protection of Laboratory Workers from Occupationally Acquired Infections (Proteção de técnicos laboratoriais de infeções ocupacionais), do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI), Diretrizes aprovadas M29, ou outros documentos apropriados fornecidos por:  _{OSHA: Occupational Safety and Health Administration (Estados Unidos da América)}

 ACGIH: American Conference of Government Industrial Hygienists (Estados Unidos da América)

 _{COSHH: Control of Substances Hazardous to Health (Controlo de substâncias perigosas para a saúde)} do Reino Unido

Seguir os procedimentos de segurança da sua instituição relativos ao manuseamento de amostras biológicas. Eliminar as amostras, os cartuchos DiagCORE®_{e as pipetas para transferência de acordo com a} legislação aplicável.

O cartucho DiagCORE®_{é um dispositivo fechado de utilização única, que contém todos os reagentes} necessários para a preparação da amostra e realização da análise de RT-PCR multiplex no analisador DiagCORE®_{. Não utilizar um cartucho DiagCORE}®_{depois da data de validade, se parecer estar} danificado ou se apresentar fugas. Os cartuchos usados ou danificados devem ser eliminados de acordo com todos os regulamentos e leis nacionais, estatais e locais, em matéria de saúde e segurança.

Cumprir os procedimentos laboratoriais normais para manter a área de trabalho limpa e sem contaminação. As diretrizes são descritas em publicações tais como Biosafety in Microbiological and Biomedical Laboratories (Biossegurança em Laboratórios Microbiológicos e Biomédicos) do Centers for Disease Control and Prevention (Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC) e do National Institutes of Health (Institudo Nacional de Saúde) (www.cdc.gov/od/ohs/biosfty/biosfty.htm).

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3

Contexto geral

3.1 Descrição do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

O cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 é um dispositivo de plástico descartável que permite a realização de ensaios moleculares totalmente automatizadas para a deteção de agentes patogénicos gastrointestinais. As principais características do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 incluem a compatibilidade com um tipo de amostra líquida, a contenção hermética de todos os reagentes pré-carregados necessários para a realização do teste e um funcionamento verdadeiramente simples. Todas as fases de preparação da amostra e de realização do ensaio são realizadas dentro do cartucho.

Todos os reagentes necessários para a completa execução de um teste são pré-carregados e encontram-se contidos no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. O utilizador não tem de entrar em contacto com e/ou manipular qualquer reagente. Durante o teste, os reagentes são manipulados no módulo analítico do analisador DiagCORE®_{por microfluidos operados pneumaticamente e não contactam diretamente com} os atuadores do analisador. O analisador possui filtros de entrada e de saída do ar, o que constitui uma proteção extra do ambiente. Depois do teste, o cartucho permanece sempre hermeticamente fechado, o que facilita significativamente a sua eliminação segura.

Dentro do cartucho, são realizadas automaticamente diversas etapas em sequência, utilizando pressão pneumática para transferir amostras e fluidos através da câmara de transferência para os destinos pretendidos.

Depois de o cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 com a amostra ter sido introduzido no analisador, ocorrem automaticamente as seguintes etapas do ensaio:

 Ressuspensão do controlo interno

 _{Lise celular através de meios mecânicos e químicos}  Purificação do ácido nucleico baseado na membrana

 Mistura do ácido nucleico purificado com reagentes de mistura principal liofilizados

 Transferência de alíquotas definidas de eluato/mistura principal para diferentes câmaras de reação  Realização da análise de PCR multiplex em tempo real dentro de cada câmara de reação. Um aumento

na fluorescência, que indica a deteção do analito alvo, é detetado diretamente no interior de cada câmara de reação.

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O modelo e as funcionalidades do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 são ilustrados abaixo.

Cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

3.2 Agentes patogénicos detetados

As infeções gastrointestinais agudas podem ser provocadas por diversos agentes patogénicos, nomeadamente parasitas, bactérias e vírus, e geralmente apresentam sinais e sintomas clínicos quase indistinguíveis. A determinação rápida e exata da presença ou ausência de potenciais agentes causadores ajuda a tomar decisões atempadas sobre o tratamento, o internamento hospitalar, o controlo da infeção e o regresso do doente ao trabalho e à vida familiar. Pode ser igualmente um importante suporte para a melhoria da gestão de antimicrobianos e outras importantes iniciativas de saúde pública.

O cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 permite a deteção e diferenciação de 24 agentes patogénicos de tipo parasítico, viral e bacteriano que provocam sintomas gastrointestinais. Para realizar o teste, é necessária uma amostra de pequeno volume e um tempo de execução mínimo, ficando os resultados disponíveis ao fim de cerca de uma hora.

Os agentes patogénicos que podem ser detetados e identificados com o DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 estão listados na Tabela 1.

Porta para zaragatoa Porta principal Código de barras para rastreabilidade Câmaras de reação

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DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 11 Tabela 1. Agentes patogénicos detetados pelo DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2

Agente patogénico Classificação (genótipo)

Entamoeba histolytica Parasita (ADN)

Cryptosporidium spp. Parasita (ADN)

Giardia lamblia Parasita (ADN)

Cyclospora cayetanensis Parasita (ADN)

Vibrio vulnificus Bactéria (ADN)

Vibrio parahaemolyticus Bactéria (ADN)

Vibrio cholerae Bactéria (ADN)

Campylobacter spp. (C. jejuni, C. upsaliensis, C. coli) Bactéria (ADN)

Salmonella spp. Bactéria (ADN)

Clostridium difficile (tcdA/tcdB) Bactéria (ADN)

Yersinia enterocolitica Bactéria (ADN)

E. coli enteroagregativa (EAEC) Bactéria (ADN)

E. coli enterotoxigénica (ETEC) Bactéria (ADN)

E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) Bactéria (ADN)

E. coli produtora de toxina Shinga (STEC) serotipo O157:H7 Bactéria (ADN)

E. coli enteropatogénica (EPEC) Bactéria (ADN)

E. coli enteroinvasiva (EIEC)/Shigella Bactéria (ADN)

Plesiomonas shigelloides Bactéria (ADN)

Adenovírus humano F40/F41 Adenovírus (ADN)

Norovírus GI Calicivírus (ARN)

Norovírus GII Calicivírus (ARN)

Rotavírus A Reovírus (ARN)

Astrovírus Astrovírus (ARN)

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3.3 Descrição do procedimento

Os testes de diagnóstico do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 são realizados no analisador DiagCORE®_{. As amostras são colhidas e carregadas manualmente no cartucho DiagCORE}®_:

• Inserindo o líquido na porta principal com uma pipeta para transferência, no caso de uma amostra em meio líquido.

Todas as etapas de preparação e análise da amostra são realizadas automaticamente pelo analisador DiagCORE®_.

3.4 Colheita de amostras e carregamento de cartuchos

A colheita de amostras e o seu carregamento posterior no cartucho DiagCORE®_{devem ser realizados por} pessoal com formação em manipulação segura de amostras biológicas.

Este procedimento envolve os passos que se seguem, que devem ser executados pelo utilizador: 1. É colhida uma amostra de fezes.

2. A amostra é colocada e ressuspensa num meio de transporte Cary Blair, de acordo com as instruções do fabricante.

Nota: Pode ser utilizada uma concentração ótima de 25-100 mg de fezes sem conservantes por ml de meio de transporte Cary Blair. A quantidade máxima é de 250 mg de fezes sem conservantes por ml de meio de transporte Cary Blair

3. A informação da amostra é escrita manualmente, ou é incluída numa etiqueta que é colada na parte superior de um cartucho DiagCORE®_.

(13)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 13 4. As fezes ressuspensas em meio de transporte Cary Blair (amostra líquida) são carregadas manualmente

no cartucho DiagCORE®_:

• 200 µl da amostra são transferidos para o cartucho DiagCORE®_{utilizando uma pipeta para} transferência.

Deve ser feita uma verificação visual da janela de inspeção de amostra (ver imagem abaixo), para confirmar se a amostra líquida foi carregada.

• O código de barras da amostra e o código QR do cartucho DiagCORE®_{são lidos no analisador} DiagCORE®_.

• O cartucho DiagCORE®_{é introduzido no analisador DiagCORE}®_. • O teste é iniciado no analisador DiagCORE®_.

3.5 Preparação da amostra, amplificação de ácido nucleico e deteção

A extração, amplificação e deteção de ácidos nucleicos na amostra são realizadas automaticamente pelo analisador DiagCORE®_.

5. A amostra líquida é homogeneizada e as células são lisadas na câmara de lise do cartucho DiagCORE®_{, que inclui um rotor que gira a alta velocidade e esferas de sílica que possibilitam uma} rutura celular eficaz.

6. Os ácidos nucleicos são purificados a partir da amostra lisada por ligação a uma membrana de sílica na câmara de purificação do cartucho DiagCORE®_{na presença de sais caotrópicos e álcool.}

7. Os ácidos nucleicos purificados são eluídos da membrana na câmara de purificação e são misturados com os agentes químicos de PCR liofilizados na câmara de química seca do cartucho DiagCORE®_. 8. A mistura de amostra e de reagentes PCR é dispensada nas câmaras de PCR do cartucho DiagCORE®

que contêm primers e sondas liofilizados, específicos para ensaios.

9. O analisador DiagCORE®_{cria os perfis de temperatura ótimos para realizar uma análise de RT-PCR} eficaz e realiza medições de fluorescência em tempo real para gerar curvas de amplificação.

10. O software do analisador DiagCORE®_{interpreta os dados resultantes e os controlos de processo,} produzindo um relatório de teste.

(14)

4

Materiais e equipamento necessários não

fornecidos

O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 é concebido para utilização com o analisador DiagCORE®_{. Antes} de iniciar um teste, assegurar a disponibilidade dos seguintes elementos:

 Analisador DiagCORE®_{(pelo menos um módulo operativo e um módulo analítico)}  Manual do utilizador do analisador DiagCORE® _(DiagCORE®_{Analyzer User Manual)}

 Ficheiro de software de definição do ensaio mais recente do DiagCORE® Gastrointestinal Panel instalado no módulo operativo

(15)

5

Procedimento para amostras de fezes sem

conservantes em meio de transporte Cary Blair

5.1 Colheita, transporte e armazenamento de amostras

A colheita de amostras e o seu carregamento posterior no cartucho DiagCORE®_{devem ser realizados por} pessoal com formação em manipulação segura de amostras biológicas.

Este procedimento envolve os passos que se seguem, que devem ser executados pelo utilizador. Siga os procedimentos abaixo:

Procedimento para amostras de fezes sem conservantes em meio de transporte Cary Blair:

1. Colher e ressuspender a amostra de fezes de acordo com os procedimentos recomendados pelo fabricante do meio de transporte Cary Blair.

5.2 Carregamento de uma amostra no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal

Panel v2

1. Abrir a embalagem de um cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 utilizando as zonas indicadas para rasgar nas laterais da embalagem.

IMPORTANTE

Usar sempre equipamento de proteção pessoal adequado, incluindo, mas não se limitando a luvas descartáveis sem pó, bata de laboratório e óculos de proteção.

(16)

Depois de a embalagem ser aberta, ela deverá ser introduzida no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 e carregada no analisador DiagCORE® _{no prazo de 120 minutos.}

2. Retirar o cartucho e posicioná-lo de modo a que o código QR na etiqueta fique voltado para si.

3. Escrever manualmente as informações da amostra ou colocar uma etiqueta com as informações da amostra na parte superior do cartucho DiagCORE®_{. Assegurar que a etiqueta fica devidamente} posicionada e não bloqueia a abertura da tampa.

4. Abrir a tampa da amostra 1 da porta para amostras líquidas na parte da frente do cartucho.

IMPORTANTE

Ter o cuidado de não inverter ou agitar o cartucho enquanto a tampa da porta principal está aberta. A porta principal contém esferas de sílica que são utilizadas na rutura da amostra, e essas esferas podem cair para fora do cartucho quando a tampa está aberta.

(17)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 17 5. Misturar muito bem as fezes no meio de transporte, por exemplo, agitando vigorosamente o tubo 3 vezes.

6. Abrir o tubo com a amostra que vai ser testada. Utilizar a pipeta para transferência fornecida para recolher fluido até à segunda linha de enchimento da pipeta (200 µl).

IMPORTANTE

Ter o cuidado de não deixar entrar ar na pipeta. Se entrar ar na pipeta, expelir cuidadosamente o fluido da amostra que se encontra dentro da pipeta novamente para dentro do tubo de amostra e voltar a aspirar o líquido.

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7. Transferir cuidadosamente 200 µl de volume de amostra para dentro da porta para amostras líquidas do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2, utilizando uma das pipetas para transferência de utilização única fornecidas.

8. Fechar firmemente a tampa da porta para amostras líquidas até ouvir um clique.

9. Confirmar visualmente se a amostra foi carregada olhando para a janela de inspeção de amostra do cartucho (ver imagem abaixo). Deverá ver-se uma mistura de amostra e de esferas de sílica.

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NOTA

Depois de a amostra ter sido introduzida no cartucho do DiagCORE®

Gastrointestinal Panel v2, o cartucho deve ser carregado no analisador DiagCORE® no prazo de 90 minutos.

Depois de a amostra ter sido introduzida no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2, o cartucho deve ser carregado no analisador DiagCORE®_{no prazo de 90 minutos.}

5.3 Ligação do analisador DiagCORE

®

1. Pressionar o botão On/Off (Ligar/desligar) na parte da frente do analisador para ligar a unidade.

NOTA

O botão de alimentação na parte de trás do módulo analítico deve estar na posição

"I". Neste caso, os indicadores de estado do analisador DiagCORE®_{ficam azuis.}

2. Esperar até surgir o ecrã Main (Principal) e os indicadores de estado do analisador DiagCORE®_ficarem verdes e pararem de piscar.

3. Iniciar sessão no analisador DiagCORE®_{introduzindo o nome de utilizador e a palavra-passe.}

NOTA

Será apresentado o ecrã Login (Iniciar sessão) se o controlo de acesso do utilizador estiver ativado. Se o controlo de acesso do utilizador estiver desativado, não será necessário qualquer nome e palavra-passe e será apresentado o ecrã Main (Principal).

4. Se o software com o ficheiro de definição do ensaio ainda não tiver sido instalado no analisador, seguir as instruções antes de realizar o teste (consultar a secção 9 deste documento para mais informação).

5.4 Realização de um teste

1. Pressionar o botão Run Test (Realizar teste) no canto superior direito do ecrã tátil do analisador DiagCORE®_.

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2. Quando solicitado, ler o código de barras de identificação da amostra no meio de transporte Cary Blair que contém a amostra, ou ler o código de barras com informações sobre a amostra que está colado na parte superior do cartucho DiagCORE®_{, utilizando o leitor de código de barras frontal, integrado no} analisador DiagCORE®_.

NOTA

É também possível introduzir a identificação da amostra utilizando o teclado virtual do ecrã tátil, pressionando o campo Sample ID (ID da amostra).

NOTA

Dependendo da configuração do sistema escolhida, a introdução da identificação do doente pode igualmente ser solicitada nesta altura.

NOTA

As instruções do analisador DiagCORE®_{são apresentadas na Instructions Bar} (Barra de instruções) na parte inferior do ecrã tátil.

3. Quando solicitado, ler o código de barras do cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 que vai ser utilizado. O analisador DiagCORE®_{reconhece automaticamente o ensaio a realizar, com base} no código de barras do cartucho.

NOTA

O analisador DiagCORE®_{não aceita cartuchos com data de validade caducada,} cartuchos usados anteriormente ou cartuchos para ensaios que não estejam instalados na unidade. Nestes casos, será apresentada uma mensagem de erro e o cartucho será rejeitado. Consultar o manual do utilizador do analisador DiagCORE®_{para mais informações.}

4. É apresentado o ecrã Confirm (Confirmar). Analisar as informações introduzidas e realizar as alterações necessárias, pressionando os campos relevantes no ecrã tátil e editando as informações. 5. Pressionar Confirm (Confirmar) quando todas as informações apresentadas estiverem corretas. Se

necessário, pressionar o campo apropriado para editar o respetivo conteúdo ou pressionar Cancel (Cancelar) para cancelar o teste.

(21)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 21 6. Assegurar que ambas as tampas da amostra estão bem fechadas. Quando a porta de entrada do

cartucho na parte superior do analisador DiagCORE®_{se abrir automaticamente, introduzir o cartucho} com o código de barras voltado para a esquerda e as câmaras de reação voltadas para baixo. Não há necessidade de empurrar o cartucho para dentro do analisador DiagCORE®_{. Posicionar} corretamente o cartucho na respetiva porta de entrada. O analisador DiagCORE®_moverá automaticamente o cartucho para dentro do módulo analítico.

7. Ao detetar o cartucho, o analisador DiagCORE®_{fechará automaticamente a tampa da porta de entrada} do cartucho e iniciará a execução do teste. Não é necessária qualquer outra ação do operador para iniciar o teste.

NOTA

O analisador DiagCORE®_{não aceitará um cartucho diferente do utilizado e lido} durante a configuração do teste. Se for introduzido um cartucho diferente do que foi lido, é gerado um erro e esse cartucho é ejetado automaticamente.

NOTA

Até esta altura, é possível cancelar a execução do teste, pressionando o botão Cancel (Cancelar) no canto inferior direito do ecrã.

NOTA

Dependendo da configuração do sistema, pode ser solicitado ao operador que reintroduza a respetiva palavra-passe para iniciar a execução do teste.

NOTA

A tampa da porta de entrada do cartucho fechará automaticamente após

30 segundos se não for colocado nenhum cartucho na porta. Se isso acontecer, repetir o procedimento a partir do passo 5.

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9. Depois de concluído o teste, é apresentado o ecrã Eject (Ejetar) e a barra Module Status (Estado do módulo) apresentará um dos seguintes resultados do teste:

TEST COMPLETED (Teste concluído) O teste foi concluído com êxito.

TEST FAILED (Teste falhou) Ocorreu um erro durante a execução do teste. TEST CANCELED (Teste cancelado) O utilizador cancelou o teste.

NOTA

Se o teste falhar, consultar a secção de resolução de problemas do manual do utilizador do analisador DiagCORE para saber quais são as razões possíveis e instruções sobre como proceder.

10. Pressionar Eject (Ejetar) para remover o cartucho e o eliminar como resíduo biológico perigoso em conformidade com todos os regulamentos e leis nacionais, estatais e locais, em matéria de saúde e segurança.

O cartucho deve ser removido quando a porta de entrada do cartucho se abrir e o cartucho for ejetado. Se o cartucho não for removido após 30 segundos, será automaticamente introduzido de novo no analisador e a tampa da porta de entrada do cartucho fecha-se. Se isto acontecer, pressione Eject (Ejetar) para abrir a tampa da porta de entrada do cartucho novamente e depois remover o cartucho.

NOTA

Os cartuchos usados devem ser eliminados.

Não é possível reutilizar cartuchos em testes cuja execução tenha sido iniciada, mas que posteriormente foram cancelados pelo operador, ou nos os quais tenha sido detetado um erro.

11. Depois da ejeção do cartucho, será apresentado o ecrã Results Summary (Resumo dos resultados). Consultar a secção Interpretação dos resultados para mais informações. Para executar outro teste, pressione Run Test (Executar teste).

NOTA

Para mais informações sobre a utilização do equipamento, consultar o manual do utilizador do analisador DiagCORE.

(23)

6

Controlo interno

O cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 inclui um controlo interno para todo o processo, que é o Schizosaccharomyces pombe titulado. A Schizosaccharomyces pombe é uma levedura (fungo), e está incluída no cartucho sob a forma seca, sendo reidratada após o carregamento da amostra. Este material de controlo interno verifica todas as etapas do processo da análise, incluindo a homogeneização da amostra, a lise de estruturas virais e celulares (através de rutura química e mecânica), a purificação do ácido nucleico, a transcrição reversa e a PCR em tempo real.

Um sinal positivo do controlo interno indica que todas as etapas do processamento realizadas pelo cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 foram bem-sucedidas.

Um sinal negativo do controlo interno não anula nenhum resultado positivo para alvos detetados e identificados, mas invalida todos os resultados negativos na análise. Consequentemente, o teste deve ser repetido se o sinal de controlo interno for negativo.

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7

Interpretação de resultados

7.1 Visualização dos resultados

O analisador DiagCORE®_{interpreta e guarda automaticamente os resultados do teste. Após a ejeção do} cartucho, o ecrã Results Summary (Resumo dos resultados) é apresentado automaticamente.

Exemplo de ecrã com apresentação de dados do teste no painel da esquerda e resumo do teste no painel principal.

A parte principal do ecrã apresenta duas listas e utiliza símbolos e códigos coloridos para indicar os resultados:

 A primeira lista inclui todos os agentes patogénicos detetados e identificados na amostra, precedidos por um sinal e apresentados a vermelho.

 A segunda lista inclui todos os agentes patogénicos analisados na amostra. Os agentes patogénicos detetados e identificados na amostra são precedidos por um sinal e apresentados a vermelho. Os agentes patogénicos analisados, mas não detetados são precedidos por um sinal e apresentados a verde.

Chamamos a atenção para o facto de os agentes patogénicos detetados e reconhecidos na amostra serem apresentados repetidamente em ambas as listas.

Se o teste não tiver sido concluído com sucesso, será apresentada a mensagem "Failed" (Com falha) seguida do código de erro específico.

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DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 25 São apresentadas as seguintes informações sobre o teste no lado esquerdo do ecrã:

 _{Sample ID (ID da amostra)}

 Patient ID (ID do doente) (se disponível)  Assay Type (Tipo de ensaio)

 Sample Type (Tipo de amostra)

Estão disponíveis mais informações sobre o ensaio, que dependem dos direitos de acesso do operador, nos separadores na parte inferior do ecrã (por ex. gráficos de amplificação e detalhes do teste).

Pode ser exportado um relatório com os dados do ensaio para um dispositivo de armazenamento USB externo. Introduzir o dispositivo de armazenamento USB numa das portas USB do analisador DiagCORE®_e pressionar Save Report (Guardar relatório) na barra inferior do ecrã. Este relatório pode ser exportado posteriormente, em qualquer altura, selecionando o teste na lista View Result (Ver resultados).

Pode também ser enviado um relatório para a impressora, pressionando o botão Print Report (Imprimir relatório) na barra inferior do ecrã.

7.1.1 Visualização de curvas de amplificação

Para ver as curvas de amplificação do teste relativas a agentes patogénicos detetados, pressionar o separador Amplification Curves (Curvas de amplificação).

Ecrã Amplification Curves (Curvas de amplificação) (Pathogens (Agentes patogénicos)).

As informações sobre os agentes patogénicos analisados e os controlos são apresentadas à esquerda e as curvas de amplificação são apresentadas no centro.

NOTA

Se o controlo de acesso do utilizador estiver ativado no analisador DiagCORE®_{, o ecrã} Amplification Curves (Curvas de amplificação) apenas está disponível para operadores com direitos de acesso.

Pressionar o separador Pathogens (Agentes patogénicos), à esquerda, para apresentar os gráficos que correspondem aos agentes patogénicos analisados. Para selecionar os agentes patogénicos que serão apresentados no gráfico de amplificação, pressionar o nome do agente patogénico. É possível selecionar

(26)

apenas um agente patogénico, vários agentes patogénicos ou nenhum agente patogénico. A cada agente patogénico da lista selecionada será atribuída uma cor correspondente à curva de amplificação associada a esse agente. Os agentes patogénicos não selecionados serão apresentados a cinzento.

Os valores de CT e de fluorescência de ponto final correspondentes são apresentados por baixo do nome de cada agente patogénico.

Pressionar o separador Controls (Controlos), à esquerda, para ver os controlos e selecionar os que são apresentados no gráfico de amplificação. Pressionar o círculo ao lado do nome do controlo para o selecionar ou anular a seleção.

Ecrã Amplification Curves (Curvas de amplificação) (Pathogens (Agentes patogénicos) e Controls (Controlos)).

O gráfico de amplificação apresenta a curva de dados dos agentes patogénicos ou dos controlos selecionados. Para alternar entre a escala logarítmica ou linear para o eixo Y, pressionar o botão, Lin ou Log, no canto inferior esquerdo do gráfico.

As escalas do eixo X e do eixo Y podem ser ajustadas utilizando os seletores cinzentos em cada eixo. Pressionar e manter pressionado um seletor e depois deslocá-lo para a localização pretendida no eixo. Mover um seletor para a origem do eixo para regressar aos valores predefinidos.

7.1.2 Visualização de informações do teste

Pressionar Test Details (Informações do teste) na Tab Menu Bar (Barra do separador de menu) na parte inferior do ecrã tátil para analisar mais detalhadamente os resultados. Deslizar o ecrã para baixo para ver o relatório completo.

São apresentadas as seguintes informações sobre o teste no centro do ecrã:  User ID (ID do utilizador)

 _{Cartridge serial number (Número de série do cartucho)}  Cartridge expiration date (Data de validade do cartucho)

(27)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 27  Test status (Estado do teste) (Concluído (Concluído), Failed (Com falha), Canceled by operator

(Cancelado pelo operador))

 Error code (Código de erro) (se aplicável)

 _{Test start date and time (Data e hora de início do teste)}  Test execution time (Tempo de realização do teste)  Assay name (Nome do ensaio)

 Test Result (Resultado do teste): Positivo (no caso de ter sido detetado/identificado pelo menos um agente patogénico gastrointestinal), negativo (no caso de não ter sido detetado nenhum agente patogénico gastrointestinal) ou com falha (ocorreu um erro ou o teste foi cancelado pelo utilizador)  Lista de analitos analisados no ensaio, com CT e fluorescência de ponto final no caso de o sinal ser

positivo

 Controlo interno, com CT e fluorescência de ponto final

Exemplo de ecrã com apresentação de Test Data (Dados do teste) no painel da esquerda e Test Details (Informações do teste) no painel principal.

(28)

7.1.3 Pesquisar resultados de testes anteriores

Para visualizar os resultados de testes anteriores guardados no repositório de resultados, pressionar View Results (Visualizar resultados) na barra do Main Menu (Menu principal).

Exemplo de lista View Results (Visualizar resultados).

Estão disponíveis as seguintes informações para cada teste executado:  Sample ID (ID da amostra)

 Assay Name (Nome do ensaio)  _{Operator ID (ID do operador)}

 Módulo analítico onde o teste foi executado  Data e hora de conclusão do teste

 Resultado do teste ((positive) positivo (pos), negative (negativo) (neg), failed (com falha) (fail) ou successful (bem-sucedido) (suc))

NOTA

Quando o controlo de acesso do utilizador está ativado no analisador DiagCORE® as informações para as quais o utilizador não tem direitos de acesso serão ocultadas com asteriscos.

(29)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 29 Selecionar um ou mais resultados de teste pressionando o círculo à esquerda da identificação da amostra.

Será apresentada uma marca de seleção ao lado dos resultados selecionados. Anular a seleção dos resultados do teste pressionando esta marca. Toda a lista de resultados pode ser selecionada pressionando o botão na linha superior.

Exemplo de seleção dos resultados do teste na lista View Results (Visualização de resultados). Pressionar em qualquer lugar na linha do teste para visualizar o resultado de um teste específico.

Pressionar um título da coluna (por exemplo, Sample ID (ID da amostra)) para ordenar a lista por ordem ascendente ou descendente, de acordo com esse parâmetro. A lista pode ser ordenada apenas de acordo com uma coluna de cada vez.

A coluna Result (Resultado) apresenta o resultado de cada teste: Nome Botão Descrição

Positive (Positivo)

pos Pelo menos um agente patogénico é positivo.

Negative (Negativo)

neg Não foram detetados analitos.

Failed (Com falha)

fail O teste falhou, seja porque ocorreu um erro, seja porque o teste foi cancelado pelo utilizador.

Successful (Bem-sucedido)

suc O teste foi positivo ou negativo, mas o utilizador não possui os direitos de acesso para visualizar os respetivos resultados.

(30)

Pressionar Print Report (Imprimir relatório) para imprimir o(s) relatório(s) com o(s) resultado(s) selecionado(s).

Pressionar Save Report (Guardar relatório) para guardar o(s) relatório(s) do(s) resultado(s) selecionado(s) em formato PDF num dispositivo de armazenamento USB externo.

Selecionar o tipo de relatório: Lista de testes ou relatórios de testes.

Pressionar o botão Search (Pesquisar) para pesquisar os resultados do teste por ID da amostra, ensaio e ID do operador. Introduzir a sequência de pesquisa, utilizando o teclado virtual, e pressionar Enter para iniciar a pesquisa. Apenas serão apresentados nos resultados os registos que incluam o texto de pesquisa. Se a lista de resultados tiver sido filtrada, a pesquisa apenas será aplicada à lista filtrada.

Pressionar e manter pressionado um título de uma coluna para aplicar um filtro com base nesse parâmetro. Para alguns parâmetros, por exemplo, o parâmetro Sample ID (ID da amostra), será apresentado o teclado virtual para que possa ser introduzida a sequência de pesquisa do filtro.

Para outros parâmetros, por exemplo, o parâmetro Assay (Ensaio), é apresentada uma caixa de diálogo com a lista de ensaios armazenados no repositório. Selecionar um ou mais ensaios para filtrar unicamente os testes realizados com os ensaios selecionados.

O símbolo à esquerda de um título de uma coluna indica que o filtro da coluna está ativo.

Um filtro pode ser removido pressionando o botão Remove Filter (Remover filtro) na barra de submenu.

7.1.4 Exportação de resultados para uma unidade USB

Em qualquer separador do ecrã de resultados do teste, selecionar Save Report (Guardar relatório) para exportar e guardar uma cópia dos resultados do teste em formato PDF numa unidade USB. A porta USB fica situada na parte da frente do instrumento.

7.1.5 Impressão de resultados

Selecionar Print Report (Imprimir relatório) para enviar uma cópia dos resultados do teste para a impressora.

7.2 Interpretação de resultados

Um resultado de um organismo gastrointestinal é interpretado como "Positivo" quando o ensaio de PCR correspondente é positivo, exceto nos casos da EPEC, da STEC e da STEC O157:H7

A interpretação de resultados da EPEC, da STEC e da STEC O157:H7 segue os raciocínios explicados nesta tabela:

(31)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 31 Resultado da EPEC Resultado da STEC stx1/stx2 Resultado da

STEC O157/H7 Descrição

Negative (Negativo) Negative (Negativo) Invalid (Inválido)

E. coli enteropatogénica (EPEC) não detetada e E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) stx1/stx2 não detetada

O Resultado do serotipo de E. coli O157:H7 não é aplicável quando não é detetada a STEC Positive (Positivo) Negative (Negativo) Invalid (Inválido)

E. coli enteropatogénica (EPEC) detetada e E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) stx1/stx2 não detetada

O Resultado do serotipo de E. coli O157:H7 não é aplicável quando não é detetada a STEC

Invalid (Inválido) Positive (Positivo) Negative (Negativo)

O resultado da EPEC não é aplicável (não é possível diferenciar a deteção da EPEC quando é detetada a STEC)

E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) stx1/stx2 detetada,

Invalid (Inválido) Positive (Positivo) Positive (Positivo)

O resultado da EPEC não é aplicável (não é possível diferenciar a deteção quando é detetada a STEC)

E. coli produtora de toxina Shiga (STEC) stx1/stx2 detetada, Serotipo STEC O157:H7 detetado

7.3 Interpretação do controlo interno

Resultado dos

controlos

Explicação Ação

Passed (Aprovado) O controlo interno foi amplificado com sucesso.

O teste foi executado com êxito e todos os resultados foram validados e podem ser reportados. Os agentes patogénicos detetados são comunicados como positivos e os agentes patogénicos não detetados são comunicados como negativos.

Failed (Com falha) O controlo interno falhou. Os agentes patogénicos detetados positivamente são comunicados, mas todos os resultados negativos (agentes patogénicos analisados, mas não detetados) são inválidos.

Repetir o teste utilizando um novo cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

(32)

8

Instalação do ficheiro de definição do ensaio

O ficheiro de definição do ensaio do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 tem de ser instalado no analisador DiagCORE®_{antes de executar os testes com os cartuchos do DiagCORE® Gastrointestinal Panel} v2.

Deve ser aplicado o mesmo procedimento quando é lançada uma nova versão do ensaio do DiagCORE® Gastrointestinal Panel.

NOTA

Os ficheiros de definição do ensaio estão disponíveis no website da STAT-Dx e também através dos revendedores/distribuidores da STAT-Dx.

O ficheiro de definição do ensaio (extensão .asy) deve ser guardado numa unidade USB antes da instalação no analisador DiagCORE®_{. Esta unidade USB deve ser formatada} com um sistema de ficheiros FAT32.

Para importar novos ensaios da unidade USB para o analisador DiagCORE®_{devem ser executados os} seguintes passos:

1. Inserir a unidade USB com o ficheiro de definição do ensaio na porta USB do analisador DiagCORE®_.

2. Pressionar o botão Options (Opções) e depois o botão Assay Management (Gestão de ensaios). É apresentado o ecrã Assay Management (Gestão de ensaios) na área de conteúdos do ecrã (ver captura de ecrã abaixo).

(33)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 33 3. Pressionar o ícone Import (Importar) no canto inferior esquerdo do ecrã.

4. Selecionar o ficheiro da unidade USB correspondente ao ensaio a ser importado. 5. Será apresentada uma caixa de diálogo para confirmar a transferência do ficheiro.

6. Pode ser apresentada uma caixa de diálogo para substituir a versão atual por uma nova. Pressionar yes (sim) para substituir.

7. O ensaio ficará ativo pressionando o botão "Assay Active" (Ensaio ativo) (ver captura de ecrã abaixo).

8. Atribuir o ensaio ativo ao utilizador pressionando o botão Options (Opções) e depois o botão User Management (Gestão de utilizadores). Selecionar o utilizador ao qual deve ser dada autorização para executar o ensaio. Depois, selecionar Assign Assays (Atribuir ensaios) em User Options (Opções de utilizador). Ativar o ensaio e pressionar o botão Save (Guardar).

(34)

9

Limitações do procedimento

 _{Os resultados do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 não se destinam a serem utilizados como base} única de diagnóstico, tratamento ou outras decisões de tratamento de doentes.

 Os resultados positivos não excluem a coinfeção por organismos não incluídos no DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. O agente detetado pode não ser a causa definitiva da doença.

 Os resultados negativos não eliminam a possibilidade de infeção do trato gastrointestinal. Nem todos os agentes de infeção gastrointestinal aguda são detetados por este ensaio e a sensibilidade em alguns quadros clínicos pode ser diferente da descrita no folheto informativo da embalagem.

 Um resultado negativo com o DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 não exclui a natureza infeciosa da síndrome. Os resultados negativos num ensaio podem ter origem em diversos fatores e suas combinações, incluindo erros de manipulação de amostras, variação nas sequências do ácido nucleico alvo do ensaio, infeção por organismos não incluídos no ensaio, níveis de organismos incluídos abaixo do limite de deteção do ensaio e utilização de certos medicamentos, terapias ou agentes.

 O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 não se destina a analisar amostras diferentes das descritas nestas instruções de utilização. As características de desempenho do teste foram definidas apenas com amostras de fezes sem conservantes ressuspensas em meio de transporte Cary Blair, de indivíduos com sintomas gastrointestinais agudos.

 O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 destina-se a ser utilizado em conjunto com culturas padrão para recuperação de organismos, serotipagem e/ou testes de suscetibilidade antimicrobiana, quando aplicável.

 Os resultados do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 devem ser interpretados por um profissional de saúde com formação, no contexto de todos os resultados clínicos, laboratoriais e epidemiológicos relevantes.

 O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 só pode ser utilizado com o analisador DiagCORE®_.

 _{O DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 é um ensaio qualitativo e não fornece um valor quantitativo} dos organismos detetados.

 _{Os ácidos nucleicos parasíticos, virais e bacterianos podem persistir in vivo, mesmo que o organismo} não seja viável ou infecioso. A deteção de um marcador alvo não implica que o organismo correspondente seja o agente causador da infeção ou dos sintomas clínicos.

 A deteção de ácidos nucleicos virais, parasíticos e bacterianos depende da colheita, manuseamento, transporte, armazenamento e carregamento adequados da amostra no cartucho do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. Operações inadequadas em qualquer uma das fases anteriormente referidas podem provocar resultados incorretos, incluindo resultados falsos positivos ou falsos negativos.

(35)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 35  A sensibilidade e a especificidade do ensaio para os organismos específicos e para todos os

organismos combinados, são parâmetros de desempenho intrínseco de um dado ensaio e não variam em função da prevalência. Pelo contrário, os valores preditivos negativos e positivos de um resultado de um teste dependem da prevalência da doença/organismo. De notar que uma maior prevalência favorece o valor preditivo positivo dos resultados de um teste, enquanto uma menor prevalência favorece o valor preditivo negativo desses mesmos resultados.

(36)

10

Caraterísticas de desempenho.

Desempenho clínico

Foi realizado um estudo clínico com o objetivo de avaliar o desempenho do ensaio do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 para marcação CE.

O estudo foi concebido segundo um esquema observacional e retrospetivo, no qual eram utilizadas amostras clínicas que tinham sobrado e tinham sido obtidas em indivíduos com sinais e sintomas de infeção gastrointestinal. Foi pedido aos centros que participaram que analisassem amostras retrospetivas congeladas, de acordo com um protocolo e com instruções específicas de cada centro.

As amostras elegíveis foram fezes sem conservantes ou fezes em meio de transporte Cary Blair obtidas em doentes em que se suspeitava existir uma infeção gastrointestinal, e que apresentavam síndrome gastrointestinal clínico com qualquer um dos sinais e sintomas típicos, nomeadamente diarreia, vómitos, dor abdominal e/ou febre.

Participaram no estudo um (1) laboratório hospitalar e as instalações do fabricante.

Foram testadas ao todo 361 amostras clínicas pelo referido laboratório hospitalar e pelas instalações do fabricante, tendo cada um deles testado 235 e 126 amostras, respetivamente. A maioria das amostras negativas (N=88) inscritas no estudo foram testadas nas instalações do fabricante. Todas as amostras tinham sido testadas anteriormente com diferentes métodos moleculares, incluindo o Painel de parasitas entéricos BD MAX™ (todos os parasitas), o ensaio do Allplex™ Gastrointestinal Panel (painéis 1-3) e o ensaio do Filmarray™ Gastrointestinal Panel. Se houvesse resultados discordantes, as amostras eram testadas novamente com um dos métodos acima referidos (maioritariamente utilizando o ensaio do Filmarray™ Gastrointestinal Panel), e era aplicada a regra de 2 em cada 3: o resultado obtido por 2 métodos era aceite como resultado verdadeiro. Antes da realização do teste, as amostras ressupensas em Cary Blair tinham estado guardadas a -80 °C.

Todos os métodos de teste foram aplicados de acordo com as instruções dos respetivos fabricantes. Das 361 amostras inscritas, 5 foram excluídas do estudo, o que resultou em 356 amostras para avaliação e análise. Estas 356 amostras proporcionaram um total de 546 resultados avaliáveis. Destes resultados, o DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 detetou corretamente 425 agentes patogénicos (resultados verdadeiros positivos), enquanto 91 resultados foram verdadeiros negativos. O DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 falhou na deteção de 9 agentes patogénicos (falsos negativos), enquanto detetou 21 agentes patogénicos que não tinham sido encontrados por nenhum dos métodos comparativos (falsos positivos). Digno de nota é o facto de 2 resultados falsos positivos dizerem respeito a amostras que eram totalmente negativas com os métodos comparativos.

As caraterísticas de desempenho do estudo clínico do ensaio e cada um dos respetivos agentes patogénicos são apresentados na tabela 1.

(37)

DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização 37 Tabela 1. Sensibilidade (PPA) e especificidade (NPA) clínicas e intervalos de confiança de 95%

da globalidade do ensaio do DiagCORE Gastrointestinal Panel v2, assim como de cada um dos organismos do painel.

TP/TP

+FN

Sensibili-

dade

IC de 95%

TN/TN

+FP

ficidade

Especi-

IC de 95%

Total

425/

434 97,9%

96,1% 98,9% 91/93

97,8%

92,5% 99,4%

Vírus

Adenovírus _24/24 100% 86,2% 100% 332/333 99,7% 98,3% 99,9% Astrovírus _8/8 _100,0% _{67,6% 100,0% 348/348} _100,0% _{98,9% 100,0%} Norovírus GI 5/5 100,0% 56,6% 99,5% 349/351 99,4% 97,9% 99,8% Norovírus GII _29/30 _96,7% _{83,3% 99,4% 323/327} _98,8% _{96,9% 99,5%} Rotavírus 29/30 96,7% 83,3% 99,4% 327/327 100,0% 98,8% 100,0% Sapovírus _11/11 _100,0% _{74,1% 100,0% 345/345} _100,0% _{98,9% 100,0%}

E. coli diarreiogénica

E.coli O157:H7 _2/2 _100,0% _{34,2% 100,0% 354/354} _100,0% _{98,9% 100,0%} E. coli enteroagregativa 26/27 96,3% 81,7% 99,3% 328/330 99,4% 97,8% 99,8% E. coli enteroinvasiva/Shi gella 24/25 96,0% 80,5% 99,3% 331/332 99,7% 98,3% 99,9% E. coli enteropatogénica 54/54 100,0% 93,4% 100,0% 300/302 99,3% 97,6% 99,8% E. coli enterotoxigénica 18/20 90,0% 69,9% 97,2% 337/338 99,7% 98,3% 99,9% E. coli enteroemorrágica (STEC) 23/23 100,0% 85,7% 100,0% 333/333 100,0% 98,9% 100,0%

Bactérias

Clostridium difficile 39/39 100,0% 91,0% 100,0% 315/317 99,4% 97,7% 99,8% Campylobacter spp. _45/47 _95,7% _{85,8% 98,8%} _307/311 _98,7% _{96,7% 99,5%} Plesiomonas shigelloides 1/1 100,0% 20,7% 100,0% 355/355 100,0% 98,9% 100,0% Salmonella spp. 7/7 100,0% 64,6% 100,0% 349/349 100,0% 98,9% 100,0% Vibrio cholera 2/2 100,0% 34,2% 100,0% 354/354 100,0% 98,9% 100,0% Yersinia enterocolitica 7/7 100,0% 64,6% 100,0% 349/349 100,0% 98,9% 100,0%

Parasitas

Cryptosporidium 16/16 100,0% 80,6% 100,0% 339/340 99,7% 98,4% 99,9% Cyclospora cayetanensis 0 NA NA NA 355/356 99,7% 98,4% 99,9% Entamoeba histolytica 18/18 100,0% 82,4% 100,0% 338/338 100,0% 98,9% 100,0% Giardia lamblia _37/38 _97,4% _{86,5% 99,5%} _319/319 _100,0% _{98,8% 100,0%} Houve 8 amostras que falharam no primeiro teste. A repetição do teste de sete (7) dessas amostras foi concluída com êxito. O teste de uma amostra teve de ser repetido duas vezes. A taxa de êxito do primeiro teste foi 97,7% (343/351), e a taxa de êxito após a repetição do teste foi 99,7%.

(38)

38 DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização Conclusão

Nesta avaliação, o ensaio do DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 demonstrou ter excelentes características de desempenho clínico. A sensibilidade e especificidade globais do ensaio foram de 97,9% (intervalo de confiança de 95% entre 96,1% e 98,9%) e 97,8% (intervalo de confiança de 95% entre 92,5% e 99,4%) respetivamente.

O ensaio demonstrou um excelente desempenho para todos os agentes patogénicos e categorias de organismos individualmente, incluindo os parasitas, que é mais fácil não serem detetados num laboratório clínico devido à sua complexidade e à competência que é necessária para efetuar o diagnóstico.

(39)

11

Caraterísticas de desempenho.

Desempenho analítico

11.1 Sensibilidade (limite de deteção)

A sensibilidade analítica ou limite de deteção (Limit of Detection, LoD) é definida como a menor concentração na qual ≥95% das amostras analisadas geram um resultado positivo.

O LoD do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 foi determinado por analito utilizando estirpes selecionadas que representam cada um dos agentes patogénicos que é possível detetar com o DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. Uma matriz de amostra de fezes simulada (amostra negativa ressuspensa em meio de transporte Copan Cary Blair) foi contaminada com um ou mais agentes patogénicos e testada em 20 modelos de replicação.

Os valores individuais do LoD de cada alvo do DiagCORE® Gastrointestinal Panelv2 são apresentados na tabela abaixo.

Tabela 1. Valores do LoD obtidos para as diferentes estirpes alvo gastrointestinais testadas no DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

Agente patogénico

Estirpe Fonte Concentração Taxa de

deteção

Norovírus GI n/a Amostra clínica 1,0E-31 _20/20

Norovírus GII n/a Amostra clínica 1,0E-51 _19/20

Rotavírus

WA (TC-adaptado) ATCC VR-2018 44,24 TCID50/ml 19/20

WA Zeptometrix

NATGIP-BIO 1,0E-51 19/20

Astrovírus n/a Amostra clínica 1,0E-41 _19/20

Cryptosporidium

parvum Isolado Iowa

Transmitido pela água P102C 0,06 oócitos/ml 19/20 Entamoeba histolytica HM-1: IMSS (cidade do

México 1967) ATCC 30459 0,008 células/ml 20/20

Giardia lamblia WB (Bethesda) ATCC 30957 0,03 células/ml 20/20

Cyclospora cayetanensis n/a gDNA2 ATCC PRA-3000SD 3 cópias genómicas/µl 20/20 Vibrio

parahaemolyticus EB 101 ATCC 17802 > 0,0003 CFU/ml 19/20

Clostridium difficile

Toxinotipo XXII A+B+ ATCC BAA-1814 > 0,005 CFU/ml 19/20

NAP1 ZeptoMetrix

NATGIP-BIO 1,0E-41 19/20 Toxinotipo 0 A+B+,

90556-M6S ATCC 9689 > 0,003 CFU/ml 20/20 Vibrio vulnificus 329 [CDC B3547] ATCC 33817 > 0,001 CFU/ml 20/20 EPEC

stx- stx2- eae+ ATCC 33780 > 0,01 CFU/ml 20/20

n/a ZeptoMetrix

NATGIP-BIO 1,0E-2 1 20/20

(40)

40 DiagCORE Gastrointestinal Panel v2 – Instruções de Utilização Agente

patogénico

Estirpe Fonte Concentração Taxa de

deteção coli NCTC 11366 Produto ZeptoMetrix Custom 1,0E-41 _19/20 Campylobacter jejuni

n/a ATCC BAA-1234 > 0,003 CFU/ml 19/20

n/a ATCC 49349 > 0,001 CFU/ml 19/20

Campylobacter upsaliensis

NCTC 11541 (C231) ATCC 43954 > 0,001 CFU/ml 20/20 Sandstedt e Ursing ATCC BAA-1059 > 0,008 CFU/ml 20/20 Yersinia enterocolitica Estirpe NTCC 11175 subespécie Enterocolítica (Schleifstein e Coleman) ATCC 700822 > 0,001 CFU/ml 20/20 Estirpe 33114 ATCC 9610 > 0,5 CFU/ml 20/20 ETEC

ETEC H10407. Serotipo

O78:H11 ATCC 35401 > 0,001 CFU/ml 20/20 E.coli O115:H5 sth+ SSI 82174 3.2E-81 _20/20

EIEC

EIEC Fr 1368 (ipaH) SSI 82171 7.9E-91 _20/20

EIEC: O29: NM

(migula, Castellan) ATCC 43892 > 0,0001 CFU/ml 20/20 Shigella sonnei

WRAIR I virulenta ATCC 29930 > 0,001 CFU/ml 19/20 Z004 Zeptometrix _NATGIP-BIO 1,0E-31 _19/20

STEC

O22 (stx1-stx2) SSI 91350 5.0E-81 _20/20

O26:H11 Microbiologics

01100 840 CFU/ml 19/20

EAEC

O111a. 111b: K58:H21;

CDC3250-76 ATCC 29552 > 0,001 CFU/ml 19/20 EAEC Zeptometrix _NATGIP-BIO 3.2E-41 _19/20

Salmonella enterica

Serovar Enteritidis ATCC BAA-1045 > 0,002 CFU/ml 19/20 Serovar Enteritidis,

CDC K-1891 ATCC 13076 0,4 CFU/ml 20/20

Plesiomonas shigelloides

Bader ATCC 14029 > 0,005 CFU/ml 19/20 Z130 ZeptoMetrix _NATGIP-BIO 3.2E-31 _20/20

Sapovírus GI.1 n/a Amostra clínica 3.2E-51 _19/20

Vibrio cholerae Pacini 1854. serotipo _O1 CECT 514 (ATCC ₁₄₀₃₅₎ 1,0E-71 _20/20

STEC O157:H7

O157:H7 SSI 82169 7.9E-8 1 _20/20

O157:H7 Microbiologics

0617 940 CFU/ml 20/20

Adenovírus F 40/41 Tak (73-3544) ATCC VR-930 1,1 TCID50/ml 20/20 Dugan ATCC VR-931 0,002 TCID50/ml 19/20 1_{Diluição relativa da concentração de stock.}

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11.2 Robustez do ensaio

A verificação do desempenho robusto do ensaio foi avaliada através da análise do desempenho do controlo interno em amostras clínicas de fezes. Foram analisadas 30 amostras de fezes individuais sem conservantes em meio de transporte Cary Blair negativas para todos os agentes patogénicos que é possível detetar com o DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

Todas as amostras testadas apresentavam um resultado positivo e um desempenho válido para o controlo interno do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2.

11.3 Exclusividade (especificidade analítica)

Foi realizado o estudo de exclusividade através de análise in silico e de testes in vitro, para avaliar a especificidade analítica do DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2 em termos de agentes patogénicos gastrointestinais ou organismos não intestinais que não são abrangidos pelo painel. Estes organismos incluíam espécimes que estão relacionados com, mas são diferentes de, organismos do painel gastrointestinal, ou que podem estar presentes em amostras colhidas na população de teste pretendida. Os organismos selecionados são clinicamente relevantes (porque colonizam o trato gastrointestinal ou causam sintomas gastrointestinais), são flora cutânea comum ou contaminantes laboratoriais, ou são microrganismos pelos quais grande parte da população pode ter sido infetada.

As amostras foram preparadas através da incorporação dos organismos com potencial de reação cruzada na matriz da amostra de fezes simulada com a concentração mais elevada que possa existir no organismo, de preferência 106_{CFU/ml no caso dos alvos bacterianos, 10}6_{células/ml no caso dos alvos parasíticos} e 105_TCID₅₀_{/ml no caso dos alvos virais.}

Tabela 1. Lista de agentes patogénicos de especificidade analítica testados.

Tipo Agente patogénico

Bactérias Abiotrophia defectiva Acinetobacter baumannii Aeromonas hydrophila Arcobacter cryaerophilus Bifidobacterium bifidum Campylobacter fetus Campylobacter gracilis Campylobacter helveticus Campylobacter hominis Campylobacter lari Campylobacter mucosalis Campylobacter rectus Chlamydia trachomatis

Clostridium difficile não toxigénico Clostridium histolyticum Clostridium perfringens Clostridium septicum Clostridium tetani Corynebacterium genitalium Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae

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Tipo Agente patogénico

Enterococcus faecalis Enterococcus faecium Escherichia fergusonii Escherichia hermannii Escherichia vulneris Faecalibacterium prausnitzii Gardnerella vaginalis Haemophilus influenzae Helicobacter pylori Klebsiella pneumoniae Listeria monocytogenes Proteus mirabilis Proteus vulgaris Pseudomonas aeruginosa Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Streptococcus agalactiae Streptococcus pyogenes Parasitas Babesia microti Blastocystis hominis Giardia muris Toxoplasma gondii Trichomonas tenax Vírus Adenovírus B3 Adenovírus C:2 Adenovírus E: 4a Bocavírus Tipo 1 Coronavírus 229E Coxsackievírus B3 Citomegalovírus Enterovírus 6 (Echovírus) Enterovírus 68

Herpes simplex Tipo 2 Rinovírus 1A

Foi observada reatividade cruzada no caso dos designs com Campylobacter spp. (C. coli, C. jejuni e C. upsaliensis) em comparação com Campylobacter rectus e Campylobacter helveticus

O resto dos agentes patogénicos apresentou um resultado negativo, não tendo sido observada reatividade cruzada relativamente a organismos testados no DiagCORE® Gastrointestinal Panel.

Foi realizada a análise in silico para todos os modelos de primer/sonda incluídos no DiagCORE® Gastrointestinal Panel v2. Foi previsto um certo nível de reatividade cruzada com o design da STEC stx2 , através de análise de sequência, da estirpe Citrobacter freundii portadora de toxinas de tipo Shiga.