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4. Discussion
Lors de cette primolocalisation de QTL, différents problèmes ont complexifié l’obtention des résultats. La première difficulté a consisté en la recherche de marqueurs polymorphes dans les familles du dispositif. En effet, les lignées utilisées pour générer les différentes familles présentent une faible diversité génétique ce qui a limité la disponibilité en marqueurs microsatellites informatifs. Les problèmes liés à l’existence de polymorphismes robertsoniens, ainsi qu’au statut semi-tétraploïde des salmonidés (Allendorf et Thorgaard, 1984), n’a pas facilité le travail de typage et de cartographie génétique mené à Jouy-en-Josas.
Ce protocole de détection de QTL a permis de mettre en évidence 18 QTL. C'est, à notre connaissance, la première fois chez un téléostéen que sont détectés des loci impliqués dans les capacités d'acclimatation à l'eau de mer. Cette étude a de plus confirmé l'importante sensibilité relative du sodium, comparée à celle du chlore plasmatique, pour décrire l'état osmotique du poisson. Parmi les loci détectés, les groupes de liaison RT4, RT5 et surtout RT10 et RT19 détectés comme portant les QTL dans les deux challenges et pour les deux ions, semblent jouer un rôle clé dans l'acclimatation du poisson à l'eau de mer. D'autres QTL de fort effet, comme ceux des groupes de liaison RT14, RT25 et RT26, ont été détectés pour un seul caractère plasmatique. Ceci sous-entend l'existence de mécanismes cellulaires propre à la sécrétion de chacun de ces ions. Il ne se dégage pas de l'analyse des résultats de provenance unique et claire des allèles aux QTL, en terme de lignée HR ou LR. Les origines grand-parentales sont plutôt locus dépendant.
Les niveaux de chlore et de sodium plasmatiques représentent plus de 90% de la teneur ionique du milieu intérieur d'un poisson. Ceci explique que ces deux paramètres soient utilisés pour déterminer l'état physiologique des poissons dans des conditions particulières de salinité. La corrélation entre les données de sodium et de chlore plasmatiques suite à un challenge hyperosmotique chez la truite arc-en-ciel évoluerait différemment en fonction de la salinité finale testée (Brard et al., données non publiées). Ceci pourrait expliquer qu’au seul regard des résultats univariés, un unique groupe de liaison, RT19, présente un QTL commun pour les deux ions. Les concentrations en ions chlorure et sodium présentent ici une corrélation significative positive modérée de 21%, et cela, pour les deux challenges. Il existe bien dans notre étude une relation entre les deux ions, et l'analyse conjointe des caractères, en précisant certains QTL détectés en analyse unicaractère et en en proposant d’autres, le confirment.
Chapitre III - Détection de QTL de l'acclimatation à l'eau de mer
Les challenges de salinité sont répétés deux fois à 14 jours d'intervalle. Ce type d'expérience n'a jamais été publié. C'est pourquoi, il est difficile d'expliquer que les valeurs plasmatiques et les QTL détectés soient différents. Les 14 jours séparant les deux challenges ne sont peut-être pas suffisants pour permettre une totale récupération de l'hématocrite sanguin, et des niveaux plasmatiques en ions et hormones. Il est également possible que les individus « se rappellent » le précédent challenge qui a eu lieu quelques jours avant, ce qui provoque un différentiel de réponse. Cela traduit le fait qu'il existe une différence entre les individus dans la capacité d’acclimatation à un nouvel environnement hyperosmotique et / ou à retrouver un état physiologique normal après un transfert de salinité. Les moyennes et écart- types bruts des niveaux de sodium du deuxième challenge sont plus importants que pour le premier. Cela peut venir du fait que 24 heures après le début du transfert, les poissons ne sont pas au même «stade» de réponse, supposant que nous ne regardons pas exactement les mêmes processus (réponse au stress vs acclimatation au nouvel environnement).
C'est la première fois qu'une étude aborde la question d’un lien entre morphologie branchiale et tolérance à la salinité. Si des études préliminaires (données non présentées ici) proposaient que les individus de la lignée LR possédaient des branchies plus développées que ceux de la lignée HR, les 7 QTL détectés ici ne permettent pas d'étayer cette hypothèse. De plus, parmi ces 7 QTL, 3 influent sur les caractères plasmatiques. Existe-t-il un rôle entre morphologie branchiale et capacité d'osmorégulation? Malheureusement, le sens des allèles aux QTL n'autorise pas la définition de liens entre les caractères. L'hypothèse la plus probable est alors que les QTL détectés aient de multiples gènes synténiques régulant les caractères morphologique (taille branchiale) et physiologique (concentration ionique). Cette étude nécessitera des investigations futures pour une meilleure compréhension de ces caractères.
Les difficultés présentées ci-dessus concernant l’interprétation des résultats argumentent qu’il est essentiel de croiser les résultats des analyses multivariées et unicaractères. Si 7 groupes de liaison présentent des résultats particulièrement intéressants en unicaractère (RT9, RT10, RT14, RT15, RT19, RT26 et RT27), en regardant les colocalisations et les niveaux de significativité, les analyses multivariées permettent de proposer de nouveaux QTL importants sur les groupes de liaison RT4 et RT23 et confirment ceux détectés sur RT10, RT14, RT19 et RT26.
Ce travail montre que les caractères liés à l’osmorégulation chez la truite arc-en-ciel sont sous la dépendance de quelques loci à effet « fort » et que 5 régions génomiques portées par les groupes de liaison RT4, RT10, RT14, RT19 et RT26, sont fortement associées à
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plusieurs de ces caractères. Si nous comparons ces résultats avec d’autres approches QTL menées chez la truite arc-en-ciel, nous pouvons constater quelques recouvrements intéressants. Tout d'abord, sur RT14 est mentionné la présence de QTL pour la maturation précoce de la truite par Zimmerman et al. (2004) alors que Nichols et al. (2008) identifient un locus proche de notre QTL pour sodium1 ayant un effet sur la variabilité phénotypique de 12 caractères (analyse multicaractère) liés à la smoltification de truites. Dans la même étude, un autre QTL pour ces 12 caractères est détecté sur RT8, à une position colocalisée avec un QTL que nous trouvons pour le chlore2. Enfin, il est intéressant de mettre en avant qu’un QTL détecté sur RT9 pour le poids branchial semble être très proche du locus codant pour GH1 (Growth Hormone 1).
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