Giroflier (maladie de Sumatra)

R. solanacearum attaque donc des espèces hôtes d’importance agronomique, horticole et vivrière dans de nombreux pays émergeants. L’impact ici est double, avec des aspects à la fois sociaux et économiques. Les plantes touchées sont détruites en seulement quelques semaines. La gamme d’hôtes étendue de certaines souches de R. solanacearum est le reflet d’une large base génétique, alors que les souches ayant une gamme d’hôtes restreinte sont le reflet d’une spécialisation d’adaptation à l’hôte. Les répertoires de gènes contrôlant ces caractéristiques de pathogénie sont encore mal décrits et de nombreuses interrogations subsistent quant aux mécanismes de spécificité d’hôte et de virulence.

6 Méthodes de lutte

Pour s’inscrire dans une logique de durabilité, une approche basée sur plusieurs méthodes de lutte semble être la meilleure stratégie pour réduire l’incidence ou la sévérité des attaques de R. solanacearum à l’échelle de la parcelle, de l’exploitation ou du territoire (Hartman & Elphinstone, 1994; Saddler, 2005). Les principales méthodes de lutte consistent à combiner de préférence l’utilisation de matériel végétal indemne de tout agent pathogène, si possible sélectionné pour développer un niveau acceptable de résistance, et de pratiquer des rotations culturales en alternant avec des espèces non hôtes de R. solanacearum (French, 1994; Lemaga, Kakuhenzire, et al., 2005; Saddler, 2005). À une échelle globale, la propagation de R. solanacearum s’est majoritairement faite par diffusion de plants ou parties de plants asymptomatiques (infections latentes), mais la continuité des territoires est cependant limitée par les frontières politiques de pays et les différentes mesures de contrôles sanitaires tendent à limiter la propagation de ce type d’agent pathogène.

L’utilisation de variétés résistantes adaptées reste la meilleure alternative pour lutter contre un agent pathogène (Boshou, 2005), en particulier s’agissant des bactéries qui résistent à la plupart des produits chimiques autorisés sur le marché (la législation européenne interdit l’usage des antibiotiques depuis des décennies). Cela est particulièrement vrai lorsqu’il s’agit de contrôler un organisme cumulant ces propriétés : bactérie, tellurique ou rhizosphérique et vasculaire. À ce jour, toutes les résistances opposables au flétrissement bactérien sont rarement d’héritabilité simple, et même dans le cas de résistance monogénique dominante au sens mendélien du terme, la génétique quantitative prouve que le caractère est gouverné par de nombreux QTLs à effets partiels ou majeurs (Thoquet, Oliver, et al., 1996). Cette nature polygénique des sources de résistance complique les schémas de sélection et la complication est encore accentuée par la forte interaction plante-pathogène-environnement qui fait que la propriété de résistance s’exprime ou non. Concernant les cultures de solanées, la littérature converge vers la sélection de résistance adaptée localement (French, 1994; Hayward, 1991), mais aucune résistance de type universelle n’est encore mise à la

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disposition par les généticiens et les sélectioneurs. Il existe néanmoins des variétés tolérantes produisant un rendement acceptable, mais possédant potentiellement au sein de leurs tissus la présence de l’organisme pathogène. Les résistances aux infections latentes sont une voie de recherche prometteuse et limiteraient la dispersion de R. solanacearum au plan du territoire. Hawaii7996, lignée utilisée dans nos expérimentations, est un bon exemple de lignée résistante (Wang, Olivier, et al., 2000), mais n’offre pas satisfaction dans la qualité du fruit (Prior, Grimault, et al., 1994; Wang, Hanson, et al., 1998). Quel que soit le niveau de résistance variétale disponible à opposer à R. solanacearum, la résistance doit donc être épaulée par des séries de mesures appropriées. Parmi celles-ci, les pratiques culturales, qui sont définies comme un ensemble de techniques agronomiques servant un objectif particulier de production conduisant à l’élaboration d’un itinéraire technique. La première de ses pratiques et de choisir des plants sains de l’organisme pathogène et de porter une préférence sur celles possédant une tolérance ou une résistance. Il est nécessaire de porter une attention particulière sur les autres sources de contamination, telles que : l’eau d’irrigation, le matériel agricole, les entrepôts de stockage et de transformation, les plantes de bordure de champ… (Janse, Araluppan, et al., 1998). Si l’organisme pathogène est déjà présent sur le territoire, la stratégie s’oriente sur des rotations culturales dont la présence limite l’incidence du flétrissement bactérien (Akiew & Trevorrow, 1994; French, 1994; Hartman & Elphinstone, 1994; Saddler, 2005), ainsi que sur l’élimination systématique des tous les hôtes de R. solanacearum à proximité. D’autres solutions consistent dans le décalage de l’itinéraire cultural dans le temps afin d’éviter les périodes sensibles, souvent liées à une forte chaleur et une forte humidité, ou encore de modifier la structure ou la composition du sol pour mettre en place un milieu défavorable à R. solanacearum (Lemaga, Kakuhenzire, et al., 2005; Saddler, 2005; Schönfeld, Gelsomino, et al., 2003; van Elsas, van Overbeek, van Bailey, et al., 2005).

La lutte chimique a rapidement été jugée inefficace pour contrôler le flétrissement bactérien, que ce soit par l’utilisation d’antibiotiques ou d’autres produits chimiques (Hartman & Elphinstone, 1994; Saddler, 2005). L’éradication complète de la faune et de la flore tellurique a été pratiquée, (Enfinger, McCarter, et al., 1979) mais ne satisfait pas à l’équilibre écologique, induisant généralement plus de problèmes que ces solutions n’en règlent. En Europe, l’utilisation de fumigants pour la désinfection des sols, fait face à une législation stricte visant à préserver la diversité faunistique et floristique du sol : le protocole de Montréal a conclu en 1987 à une restriction sur le bromure de méthyle et sa disparition en 2005.

La compétition bactérienne au sein même du sol peut servir les ambitieux projets de lutte biologique. Cette stratégie a suscité un grand intérêt ces dernières années (Akiew &

23 ŚĂƉŝƚƌĞ ϭ͗^ LJŶƚŚğƐĞ ď ŝď ůŝŽŐƌĂƉŚŝƋƵĞ ZĂůƐƚŽŶŝĂƐŽůĂŶĂĐĞ ĂƌƵŵĞ ƚůĞ ĨůĠƚƌŝƐƐĞ ŵĞ Ŷƚď ĂĐƚĠƌŝĞ Ŷ

Trevorrow, 1994; Hartman & Elphinstone, 1994; Saddler, 2005; Trigalet, Frey, et al., 1994).

Cette compétition peut s’exercer au niveau de la disponibilité des ressources alimentaires dans le sol, de la rhizosphère ou de la plante, ainsi que par la production de toxines, antibiotiques… La stimulation naturelle de la défense des plantes est aussi une voie biologique qui est explorée. Les résultats ont déçu sur le terrain en comparaison avec les études menées en laboratoire, mais ouvrent néanmoins de nouvelles opportunités pour le futur.

Peu de techniques sont utilisables pour lutter contre R. solanacearum une fois qu’il est présent à l’échelle de la parcelle ou du territoire. La prévention de son installation reste la meilleure alternative de lutte, mais demande un niveau poussé de surveillance. La détection de l’agent pathogène est donc nécessaire à tous les niveaux en éliminant tous les lots de plants contaminés et en émettant des avis défavorables pour l’utilisation de terres agricoles ou de sources d’irrigation pour un contexte de culture donné.

7 Taxonomie du complexe d’espèces

La description de divisions dans la phylogénie d’organisme est issue d’études menées sur le phénotype ou le génotype de ces organismes, ainsi que sur leurs « rapports » avec le taxon.

Cet ordre naturel tend à être représenté par la taxonomie, mais les avancées dans le savoir et les techniques remettent souvent en question des schémas pourtant bien établis. Ces nouvelles relations impliquent des évolutions des différents taxons, comme pour le cas de R. solanacearum pour qui plusieurs réorganisations ont eu lieu, tout comme pour la famille des Burkholderiaceae auxquels appartiennent le genre Ralstonia et l’espèce solanacearum.