HTLV est un virus ancien

Les mesures phylogénétiques indiquent que les premiers HTLV ont émergé il y a plus de 60 000 ans (Salemi, Desmyter et al. 2000). Des homologues simiens existent pour HTLV-1 et HTLV-2, respectivement STLV-1 et STLV-2, qu'on retrouve dans diverses espèces de singes africains et asiatiques. L'origine des STLV est encore plus ancienne, et semble remonter à près d'un million d'années (Salemi, Desmyter et al. 2000), indiquant que les STLV ont accompagné l'émergence d'Homo Sapiens. Ces datations doivent cependant être considérées avec précaution car bien que HTLV varie peu, son caractère viral rend difficile l'établissement d'une horloge moléculaire précise à cette échelle de temps. Il semble que l'origine de HTLV-1 soit associée à d'anciennes zoonoses entre singe et humain, chacune associé à l'émergence d'un des 4 sous-types de HTLV-1 connus (Vandamme, Salemi et al.

1998). HTLV-2 au contraire semble être issu d'un seul évènement de zoonose, les différents sous-types de HTLV-2 ayant émergé par séparation géographique de population infectées (Salemi, Vandamme et al. 1999). Il existe également un PTLV-L/STLV-3 chez certaines espèces de singe (Goubau, Van Brussel et al. 1994). L'identification d'un homologue humain, HTLV-3 (Calattini, Chevalier et al. 2005; Wolfe, Heneine et al. 2005), ainsi que d'un nouveau HTLV-4 vient d'être rapportée (Wolfe, Heneine et al. 2005).

26 La faible proportion de pathologies associées à HTLV, ainsi que leur occurrence tardive, associée à la faible évolution de HTLV, suggère que les pathologies dues au HTLV sont des "effets secondaires" apparus dans le contexte d'un allongement de l'espérance de vie humaine. Ainsi, la participation de ces pathologies à l'évolution contemporaine du HTLV est probablement marginale. Il est toutefois possible que les zoonoses initiales associées à l'émergence de HTLV aient été épidémiques à la manière du HIV et qu'elles aient été associées à des pathologies explosives et létales. Dans le contexte d'une coévolution hôte/virus, la sélection de HTLV marginalement pathogène a pu être associée à la co-sélection de certains caractères génétiques humains. Il est intriguant de constater que les premières migrations humaines hors du continent africain sont datées autour de 60 000 ans (Maca- Meyer, Gonzalez et al. 2001), correspondant à la datation actuelle du HTLV.

L'émergence du HTLV est-elle associée aux migrations humaines ? Un exemple intéressant est celui des différents HTLV présents dans les populations Amérindiennes. Par analyse phylogénétique, il a pu être montré que les souches de HTLV-2 qui y sont présentes sont issues d'au moins une migration via l'actuel détroit de Bering, il y a 15 000 à 30 000 ans, de populations asiatiques infectées (Vandamme, Bertazzoni et al. 2000), et ce en période interglaciaire lorsque ces régions bénéficiaient de climats moins rigoureux (Cavalli-Sforza, Menozzi et al. 1994). Par contre, les souches de HTLV-1 amérindiennes, apparentées à la souche 1a (ou transcontinentale) trouvée notamment en Afrique, suggèrent une introduction récente qui coïncide avec les migrations de populations africaines suite à la traite d'esclave (Van Dooren, Gotuzzo et al. 1998; Talarmin, Vion et al. 1999).

La dérivation de certaines sous-populations humaines pourrait-elle être décrite dans un cadre de co-évolution avec un HTLV ancestral particulièrement pathogène ? À ce titre, la population dite Caucasienne est la seule dans laquelle aucun HTLV n'a été identifié de manière endémique, à l'exception d'une population distincte de la région de Mashad, au nord de l'Iran (Meytes, Schochat et al. 1990).

27 introduit beaucoup plus récemment dans les populations humaines à partir de souches simiennes SIV (Korber, Muldoon et al. 2000). En fait, les souches de HIV qui constituent l'épidémie mondiale sont issues de zoonoses récentes, mais il est parfaitement vraisemblable que des passages de SIV entre le singe et l'homme se déroulent depuis longtemps dans des zones endémiques d'Afrique. Le caractère fortement pathogène du HIV est généralement associé à la "jeunesse" de ce virus. Ainsi, il est possible qu'au cours du temps, l'apparition stochastique de mutants HIV et la sélection de mutants à pathogénicité diminuée, permettant une plus grande dissémination, pourrait conduire à un scénario similaire à celui que l'on observe actuellement pour HTLV. Le taux d'évolution des PTLV est estimé aux alentours de 10^-6 nucléotides par site par an, au niveau du troisième codon (Salemi, Desmyter et al. 2000), alors qu'il est estimé à environ 10^-3 nucléotides par site par an pour HIV-1 (Leitner and Albert 1999). Pour comparaison, le taux de mutation des génomes de mammifères est estimé à environ 10^-9 par nucléotide par an (Kumar and Subramanian 2002). Ainsi, la mutation individuelle de chaque nucléotide du génome des PTLV s'étend sur 100 ans, contre un peu plus d'un mois pour HIV. HTLV apparaît donc un virus relativement invariant, alors qu'HIV varie constamment à l'échelle des générations humaines. Au-delà d'une pression de sélection sur l'effet pathogène, les différences de taux d'évolution entre HIV et HTLV sont également associées à la pression de sélection par le système immunitaire, et au mode et à la fréquence de réplication au sein de l'hôte. Concernant ce dernier point, la réplication résultante de HTLV paraît se dérouler principalement sous forme provirale, par division cellulaire (Wattel, Vartanian et al. 1995). La rétrotranscription reste cependant importante pour la réplication, comme l'indique la baisse de la charge provirale suite à un traitement à l'AZT (Taylor, Hall et al. 1999). HIV, qui peut provoquer l'apoptose des cellules qu'il infecte avant leur division (Goh, Rogel et al. 1998), se réplique principalement sous forme virale via la rétrotranscriptase (Perelson, Neumann et al. 1996). La différence de fidélité entre la rétrotranscriptase et la

28 DNA polymérase cellulaire va donc contribuer aux différences de taux de mutation entre ces deux virus (Overbaugh and Bangham 2001).