Mes travaux de thèse ont débuté en octobre 2005 sous la direction du Professeur Eric Peyrin et la co-encadrante du Dr Corinne Ravelet. Je tiens également à exprimer ma gratitude au PROFESSEUR Eric Peyrin, mon directeur de thèse, pour la brillante étude qui m'a été consacrée durant ces trois années de thèse. Je tiens également à remercier mon « co-directeur » de thèse : Dr. Corinne Ravelet qui a été bien plus qu'une « codirectrice » durant ces trois années de thèse.
Je tiens ensuite à remercier notre technicienne Jennifer Fize pour son implication dans mon sujet de thèse et pour son amitié. Je tiens alors à la remercier pour son soutien et pour toutes ses petites anecdotes qui m'ont souvent permis de me reposer. Enfin, je voudrais souligner tous les moments inoubliables de ces trois années de thèse : ma première soirée foot, une grande victoire inoubliable (et je ne citerai pas de noms), la soirée karaoké où nous avons bien rigolé, n'est-ce pas ? c'est Jérôme ??, bien sûr la victoire de l'Italie à la Coupe du Monde et contre la France à l'Euro (petite dédicace à Eric) ....
Je garderai donc un bon souvenir de ces trois années de thèse passées au DPM, un laboratoire petit par la taille mais grand par les valeurs humaines. Enfin, je tiens à remercier mes proches : mes parents pour le soutien qu'ils m'ont apporté durant toutes ces années d'études, je leur serai toujours reconnaissant, mon frère et ma sœur qui m'ont souvent traité de "fou", allez donc loin mais ce qui m'a bien soutenu, ma petite Clara qui m'a fait plaisir de venir au monde lors de ma dernière année de thèse et pour toute la joie qu'elle m'apporte au quotidien et enfin mon deuxième filleul Jérémy, qui j'espère sera fier d'être sur son marraine.
ABREVIATIONS
PTAMERPTAMER
INTRODUCTION
La chiralité est une propriété inhérente à tous les systèmes biologiques, qui se manifeste dans la nature car de nombreuses formes asymétriques dites « chirales » sont présentes (coquilles d'escargot, mains, pieds d'un humain, etc.) et les molécules essentielles à la vie (acides aminés, glucides ) lipides, protéines, etc.) sont généralement également chiraux. La FDA (Food and Drug Administration) n'exige pas l'utilisation systématique d'un énantiomère pur, mais exige des études biologiques, pharmacologiques et toxicologiques très poussées pour les deux énantiomères avant de commercialiser un médicament sous forme de mélange racémique. Ainsi, des méthodes très efficaces ont été développées pour résoudre l’un des problèmes les plus difficiles pour un analyste, à savoir la dissolution des molécules chirales.
Parmi les substances chirales présentes dans les organismes vivants, les acides aminés revêtent une grande importance. De plus, en médecine légale, le taux de racémisation des acides aminés (notamment l'acide aspartique) est utilisé pour estimer l'âge des individus au moment du décès, puisqu'à la mort d'un individu les acides aminés en série L ont tendance à être convertis en D. -séquence d'acides aminés par transformation non enzymatique [6,7]. De eerste scheidingsbenadering, "indirect" genoemd, bestaat uit het laten reageren van het te analyseren molecuul, aanwezig in de vorm van een racemisch mengsel, met een enantiomeer zuiver reagens (derivatiseringsmiddel) om twee diastereo-isomeren te vormen, met verschillende fysisch-chemische caractéristiques. qui sont donc séparables dans un environnement achiral « classique ».
Aujourd'hui, l'utilisation d'approches analytiques « indirectes » est en déclin en raison du développement de nombreux sélecteurs chiraux capables de séparer « directement » différents énantiomères sans avoir besoin d'un agent dérivé. Au sein de l'équipe de chimie analytique du Département de Pharmacochimie Moléculaire (DPM), dirigée par le Professeur Eric Peyrin, un nouveau type de sélecteur chiral (séries d'aptamères ADN et ARN), qui appartient à la famille des sélecteurs dits « personnalisés » est depuis lors utilisé pour la séparation d’un énantiomère cible prédéterminé.
BIBLIOGRAPHIE
PARTIE
BIBLIOGRAPHIQUE
Les sélecteurs chiraux
Par ces études, il a été démontré que différentes molécules d’ARNs peuvent reconnaître la même molécule avec une spécificité et une sélectivité importantes
Les deux classes d'aptamères présentent des propriétés inhibitrices de l'activité de la transcriptase inverse polymérase du VIH-1 (Ki = 0,5 nM). L’un des exemples les plus frappants de spécificité de l’aptamère est sans aucun doute l’aptamère antithéophylline. Un pseudo-coin est constitué de l'interaction d'une boucle avec une séquence complémentaire située à l'extérieur de la boucle.
Cette différence de structure peut être attribuée à des changements conformationnels associés à la liaison de la thrombine à l'aptamère (162). L'aptamère sélectionné pour la L-arginine a pu subir 3 mutations (délétion, insertion et substitution) lors de la resélection à partir de la L-citrulline se liant à l'aptamère. La structure secondaire de cet aptamère présente des caractéristiques communes à l'aptamère spécifique de l'arginine et de la citrulline (Figures 25 et 27a).
Cette méthode permet la détection de la thrombine avec une limite de détection d'environ 10 nM. Cette méthode permet la détection de la thrombine avec une limite de détection de 3 nM. La liaison de la thrombine à l'aptamère conduit à une ouverture de la structure en « épingle à cheveux », libérant le bleu de méthylène intercalé.
Ce test a permis la détection de la thrombine avec une limite de détection de 10 nM. Cette méthode a permis la détection de la thrombine avec une limite de détection de 80 nM. Zheng et ses collègues ont également développé un « aptasensor » électrochimique ultrasensible qui permet la détection de la thrombine (188).
Un aptamère biotinylé spécifique de la thrombine est immobilisé sur un support modifié par l'avidine, puis la thrombine est fixée à l'aptamère. Ces aptamères modifiés présentent une augmentation de l'intensité de la fluorescence lors de la liaison à l'ATP. Ce test peut être appliqué à l’analyse d’une grande variété de molécules par simple remplacement de la séquence aptamère.
Il a également été utilisé pour la détection de l'adénosine et de la cocaïne dans le sérum humain par un test rapide sur bandelette où la nanoparticule biotinylée est spécifiquement liée à la bandelette sur laquelle elle est immobilisée. streptavidine [221]. Cet effet est probablement dû à une modification de la structure tertiaire active de l'aptamère. La détection de la thrombine repose donc uniquement sur les modifications de l'intensité du pic correspondant à l'aptamère libre.
La capacité de saturation (nombre de sites actifs) semble diminuer avec la perte de la conformation active de l'aptamère ou avec la dénaturation des nucléotides.
