PCR-Diagnóstico em Plantas com Sintomas da Doença da Tinta, em

Para se concretizar este objectivo utilizaram-se plantas de castanheiro que cresceram em terra vegetal inoculada com 0,5 % (v/v) de P. cinnamomi.

O inoculo de P. cinnamomi foi produzido em terra vegetal e vermiculite (1:1) esterilizada por autoclavagem (120 ºC, 1 hora) repetida às 48 e 96 horas a que se seguiu a inoculação com micélio de P. cinnamomi (80). Os sacos hermeticamente fechados foram homogeneizados a intervalos regulares durante um mês.

Para concretizar a técnica armadilha utilizou-se terra vegetal inoculada com

P. cinnamomi na qual tinham crescido plantas de castanheiro, na proporção (1:4) de

água destilada. Como tecido armadilha utilizaram-se discos de folha de castanheiro postos a flutuar na água (3 repetições) e radículas de cânhamo (uma repetição). Realizaram-se reacções PCR diagnóstico às 24, 48, 72 e 96 horas de ensaio.

Testes clássicos de detecção de Phytophthora em meio selectivo P10VPH foram realizados em todas as plantas de castanheiro que cresceram em terra vegetal inoculada com P. cinnamomi e nos tecidos vegetais (folhas de castanheiro e radículas de cânhamo às 24 horas de ensaio de detecção) do método armadilha.

3.11.2.1. Extracção do DNA dos Tecidos da Raiz de castanheiro

Em plantas de castanheiro que cresceram em substrato inoculado com

P. cinnamomi (80) e com sintomas da doença da tinta foram retiradas dos vasos e as

raízes lavadas em água corrente. De cada planta retiraram-se os tecidos radiculares, muitos deles já em avançado estado de degradação, para extracção do DNA. A extracção do DNA das raízes foi realizada utilizando o kit de extracção “DNeasy Plant Mini Kit”(Qiagen) seguindo as instruções do fabricante.

3.11.2.2. Extracção do DNA de Tecidos armadilha

Retiraram-se discos de folha de castanheiro e radículas de cânhamo (tecido armadilha) às 24, 48, 72 e 96 horas. Os discos de folha depois de cuidadosamente lavados em água destilada e estéril foram pesados e adiciona-se 10 µL de NaOH, 0,5 M por mg de tecido vegetal, macerando-se os tecidos num almofariz de porcelana. Depois de centrifugado a 13000 rpm durante 5 minutos retiram-se 5 µL para 495 µL de Tris HCl 200 mM, pH 8 e utiliza-se 1 µL por reacção PCR.

3.11.2.3. Extracção do DNA da Água do Solo (zoósporos)

Os zoósporos constituem em Phytophthora a principal unidade infecciosa característica biológica em que se baseiam os métodos armadilha de detecção. Considerando que estas unidades infecciosas se encontram na água e que irão deslocar-se para os tecidos vegetais, utilizou-se 1 mL desta solução para a extracção do DNA.

Por centrifugação ligeira separaram-se os restos de tecidos vegetais e outros constituintes orgânicos do solo. O sobrenadante é sujeito a uma centrifugação de 13000 rpm durante 10 minutos. O precipitado é ressuspenso em 30 µL de Tris HCl, 200 mM, pH 8 e colocado a 94 ºC durante 5 minutos. Depois de centrifugado a 13000 rpm utiliza-se 1 µL do sobrenadante por reacção PCR.

3.11.2.4. Condições Químicas e Físicas da PCR-Diagnóstico em Plantas com Sintomas da Doença da Tinta, em Tecidos Armadilha e Água do Solo (zoósporos)

As condições físicas e químicas da reacção de amplificação com a utilização de 1 uL da solução de DNA obtida das raízes de castanheiro, tecidos armadilha e água do solo foram determinadas empiricamente a partir do protocolo de reacção PCR em culturas puras de Phytophthora. Em todas as reacções PCR incluiu-se um controlo negativo (água em substituição do DNA) e um controlo positivo com a utilização de DNA extraído de uma cultura pura de P. cinnamomi.

Os fragmentos amplificados foram analisados por electroforese em TBE (Tris- Borato, 90mM; EDTA 2 mM pH 8,0) em géis de 1,5 % de agarose e visualizados por incorporação de 0,5 µg mL-1de Br Et e iluminação UV.

3.12. “Nested” PCR

A designação de “nested” PCR resulta do facto do fragmento amplificado por PCR numa primeira reacção PCR ser usado como molde para uma segunda reacção PCR, utilizando primers desenhados no interior do fragmento inicialmente amplificado.

O conhecimento da região rDNA no género Phytophthora permitiu o desenho de primers, no interior desta região, específicos para a identificação de determinadas espécies.

Cacciolla et al. (2001) utilizaram esta estratégica no desenho de primers específicos para P. cambivora e P. cinnamomi e que também será utilizado neste trabalho como método de detecção e identificação destas espécies obtidas em castanheiro.

Na primeira reacção PCR utilizam-se os primers DC6 (SCRI) e ITS4 (White et

al., 1990) e na segunda reacção PCR os primers desenhados por Cacciolla et al.

(2001): DC4 para a detecção específica de P. cambivora e DC9 para a detecção específica de P. cinnamomi. O primer reverso é para as duas espécies o primer DC5 já anteriormente desenhado no SCRI, baseado nas sequências da região ITS2 em mais de 20 espécies de Phytophthora (Bonants et al., 1999). Este primer desenhado no ITS2 permite segundo os autores anteriormente referidos discriminar este grupo de espécies.

Para a aplicação deste método utilizaram-se inicialmente as condições químicas e físicas da reacção PCR referidas por estes autores que foram ajustadas empiricamente para a obtenção de resultados de forma consistente.

3.13. “Multiplex” PCR

“Multiplex” PCR é uma variante da reacção PCR em que dois ou mais loci são amplificados simultaneamente.

Schubert et al. (1999) identificaram um fragmento amplificado por RAPD-PCR característico em P. cambivora e desenharam os primers CAMB3 e CAMB4. Este par de primers amplifica em P. cambivora um fragmento com 1105 pb. Estes primers serão utilizados neste trabalho em “multiplex” PCR com o par de primers Cin3/Cin1 para a detecção em simultâneo das duas espécies de Phytophthora associadas com a doença da tinta do castanheiro.

As condições químicas e físicas da reacção “multiplex” PCR foram experimentalmente determinadas utilizando-se culturas puras de P. cinnamomi e