Pesquisa bibliográfica de proteínas microbianas expressas na cavidade oral 26

 

Após a obtenção da lista das 419 bactérias identificadas na cavidade oral, foi feita uma

pesquisa bibliográfica usando o nome de cada uma dessas bactérias seguida da palavra

“proteom*” (Exemplo: “Klebsiella sp. OBRC7 proteom*”) no repositório de citações de

literatura bibliográfica PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827). Assim, foi

feito o levantamento da bibliografia publicada referente à identificação de proteínas em

estudos sobre estas bactérias.

Foi adicionada uma nova coluna na tabela do Microsoft Excel® 2010 (exportada do

HMP) com o título Pubmed , onde foram introduzidos os códigos dos artigos (através do

identificador presente no PubMed, o PMID ou PubMed identifier) resultantes da pesquisa

efetuada correspondente às bactérias presentes na Tabela 1 (Anexos). Uma vez que para a

mesma bactéria eram muitas vezes obtidos diversos artigos na pesquisa, houve necessidade de,

nesses casos, acrescentar linhas para a mesma bactéria de modo a que todos os códigos

correspondentes aos estudos sobre esse microrganismo se encontrassem todos na coluna com

o título “Pubmed” e numa célula individual.

Figura 5. Figura representativa da Tabela Base do Microsoft Excel

®

_{2010 com o nome das bactérias presentes}

na cavidade oral na coluna B e os artigos encontrados através da pesquisa presentes na coluna J. Como

exemplo, para Treponema denticola F0402 foram encontrados 3 artigos e por isso foram acrescentadas mais

linhas para essa mesma bactéria para os códigos dos artigos poderem estar todos presentes na coluna J e cada

um numa célula individualizada.  

Aos 186 estudos obtidos foi feita uma primeira seleção através da leitura dos seus

resumos para localizar os artigos em que fosse feita a identificação de proteínas. Com base

neste critério, os artigos que interessavam para este estudo foram marcados com a cor verde

na Tabela Base. Os artigos que não identificavam proteínas experimentalmente, fazendo

apenas a sua previsão com recurso a ferramentas bioinformáticas, bem como os estudos em

que as espécies/estirpes para as quais eram identificadas proteínas que não estivessem

relacionadas com a cavidade oral, foram marcados a vermelho, como exemplificado na figura

6.

Os 79 artigos assinalados a verde na Tabela Base foram então lidos de forma a

verificar a identificação das proteínas expressas pelas bactérias em estudo. Para tal, foi

acrescentada outra coluna à tabela com a designação “Código Proteína do artigo”, onde eram

anotados os códigos UniProt, ou seja os códigos correspondentes à Uniprot Knwoledgebase,

ferramenta bioinformática mencionada na Introdução Teórica (35).

Para se recorrer às funcionalidades do Microsoft Excel® 2010 é necessário que haja

uma célula por cada código de proteína identificada pelo que houve a necessidade de repetir

para um mesmo artigo tantas linhas na tabela como as proteínas identificadas por esse artigo.

Obteve-se então uma tabela com a estrutura apresentada na figura 7.

Figura 6. Tabela com os códigos PIMD dos artigos resultantes da pesquisa efetuada. Primeira seleção dos

artigos após a leitura dos seus resumos e atribuição de cor verde aos artigos a usar e de vermelho aos restantes.

No decorrer do trabalho, verificou-se que algumas das proteínas identificadas nos

artigos selecionados, eram expressas em bactérias cuja correspondência com a designação

presente na tabela inicial exportada do Human Microbiome Project (HMP) não era exata.

Uma vez que a nomenclatura das bactérias tem sofrido várias alterações recentes, o critério

para a inclusão ou não dessas proteínas na Tabela Base foi o facto de ter sido verificado na

literatura que a bactéria na qual foi identificada a proteína já ter sido descrita na cavidade oral.

Um exemplo é a Porphyromonas gingivalis W83 que não está presente na lista original de

bactérias (Tabela 1 secção Anexos) ao contrário de, por exemplo, Porphyromonas gingivalis

W50, que já se encontra. A decisão de incluir ambas as estirpes prende-se com o facto de, na

literatura, Porphyromanas gingivalis W83 também estar descrita como presente na cavidade

oral (37).

Nalguns artigos as proteínas identificadas nas bactérias não especificavam a estirpe, de

modo que, tal como na situação anterior, foi considerado que, se indubitavelmente a bactéria

estivesse na cavidade oral, ela seria acrescentada à lista ainda que apenas com o nome da

Figura 7. Figura representativa da Tabela Base do Microsoft Excel

®

_{2010 na qual foram ocultadas algumas}

colunas de modo a ser mais fácil a visualização da correspondência da bactéria ao artigo e ao código UniProt da

proteína identificada no mesmo. Para as proteínas identificadas num mesmo artigo essa linha foi repetida.

§ Bacillus cereus (foi adicionada à tabela uma linha com o nome da espécie porque o

artigo não apresentava informação sobre a estirpe da bactéria);

§ Bacillus cereus AH820;

§ Bacillus cereus ATTC 14579;

§ Bacteroidetes oral taxon 274 estirpe F0058;

§ Bacteroidetes sp. F0093;

§ Enterococcus faecalis (estirpe ATCC 47077 / OG1RF);

§ Enterococcus faecalis V583;

§ Fusobacterium nucleatum subsp. Nucleatum;

§ Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953;

§ Lactobacillus plantarum WCFS2;

§ Lactobacillus plantarum WCFS3;

§ Lactobacillus plantarum WCFS3;

§ Porphyromonas gingivalis (foi adicionada a tabela uma linha com o nome da espécie

porque o artigo não apresentava informação sobre a estirpe da bactéria);

§ Porphyromonas gingivalis (estirpe ATCC 33277 );

§ Porphyromonas gingivalis (W83);

§ Salmonella enterica (foi adicionada a tabela uma linha com o nome da espécie porque

o artigo não apresentava informação sobre a estirpe da bactéria);

§ Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport estirpe CVM36720;

§ Streptococcus agalactiae serotipo III (estirpe NEM316);

§ Streptococcus agalactiae serotipo V (estirpe ATCC BAA-611 / 2603 V/R);

§ Streptococcus gordonii (DL1);

§ Streptococcus mutans; (foi adicionada a tabela uma linha com o nome da espécie

porque o artigo não apresentava informação sobre a estirpe da bactéria);

§ Streptococcus mutans serotipo c (estirpe ATCC 700610 / UA159);

§ Streptococcus pneumoniae (estirpe ATCC BAA-255 / R6);

§ Streptococcus pneumoniae serotipo 4 (estirpe ATCC BAA-334 / TIGR4);

§ Streptococcus pyogenes; (foi adicionada a tabela uma linha com o nome da espécie

porque o artigo não apresentava informação sobre a estirpe da bactéria);

§ Streptococcus pyogenes serotipo M1;

§ Streptococcus pyogenes serotipo M1 ;

§ Streptococcus pyogenes serotipo M2;

§ Treponema denticola; (foi adicionada a tabela uma linha com o nome da espécie

porque o artigo não apresentava informação sobre a estirpe da bactéria);

Durante a identificação das proteínas microbianas para as bactérias presentes na

Tabela Base, verificou-se que, na grande maioria dos casos, estas se encontravam apenas

identificadas pelo nome do gene codificador dessa mesma proteína. Foi necessário então fazer

a conversão da identificação do gene para o código identificador das proteínas

correspondentes. Isto foi executado pela inserção deste identificador (nome do gene e da

bactéria correspondente) no portal Web da ferramenta bioinformática UniProtKB através do

link http://www.uniprot.org (35), obtendo-se então a conversão para o código UniProt

identificador da proteína em questão (figura 8). Esta conversão teve de ser realizada

individualmente para cada proteína. A título de exemplo, num estudo relativo a Streptococcus

mutans serotipo c (estirpe ATCC 700610/UA159) as proteínas identificadas para esta bactéria

estavam identificadas pelo nome do gene, ou seja, SMU_664. Esta designação foi então

inserida no portal web do UniProtKB no campo “Query” seguida do nome da bactéria

(SMU_664 AND Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610/UA159), resultando

na identificação do código UniProt correspondente (figura 8).

Figura 8. Figura obtida do portal Web da ferramenta bioinformática UniProtKB (http://www.uniprot.org)

representativa da conversão do nome do gene (SMU_664), relativo a uma proteína identificada de Streptococcus

3.3 Catalogação das proteínas microbianas com recurso ao programa

No documento OralOme : o contributo dos microrganismos revelado por estudos de proteómica (páginas 46-51)