AULA – NOMENCLATURA SMILES E PLATAFORMAS SWISS ADME,
PKCSM E PROTEIN DATA BANK PÁG: 086/01
ELABORADO POR: VERIFICADO POR: APROVADO POR:
Charles Mendes Janaína Melo Flávia Morais
Avenida Mal. Mascarenhas de Morais, 4861, Imbiribeira, Recife-PE, CEP: 51.150-000 (81) 3035-7777/3212-7777 – contato@fps.edu.br
1. OBJETIVOS
• Conhecer as plataformas SwissADME e pkCSM com o intuito de verificar as propriedades ADMET dos fármacos;
• Associar a nomenclatura SMILES de moléculas orgânicas demonstrando como aplicá-las nas plataformas;
• Conhecer a plataforma PDB (Protein Data Bank) almejando acessar os mais diversos receptores farmacológicos e enzimas alvo para diversos fármacos.
2. MATERIAIS
• Plataformas SwissADME e pkCSM associadas à nomenclatura SMILES
• Plataforma PDB (Protein Data Bank).
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir moléculas de fármacos nas plataforma SwissADME;
• 3.2. Converter as moléculas para a nomenclatura SMILES;
• 3.3. Verificar as propriedades ADMET, bem como as propriedades físico-químicas, tais como logP, logS, área de superfície polar topológica (TPSA), número de ligações rotáveis e não rotáveis.
• 3.4. Buscar e analisar no Protein Data Bank alguns receptores e enzimas estudadas nas disciplinas de farmacologia.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
Tutor Apresentação do roteiro da aula prática aos estudantes Estudantes Realização das atividades propostas
Laboratorista Separação de equipamentos
AULA – SOFTWARES AVOGADRO E AUTODOCKTOOLS PÁG: 087/01
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1. OBJETIVOS
• Conhecer o software Avogadro e manipular a construção de moléculas de fármacos utilizados na terapêutica;
• Converter os arquivos dos fármacos obtidos no Avogadro para o formato PDB, de modo a manipular os fármacos no software AutoDockTools.
• Conhecer o software AutoDockTools almejando realizar a manipulação dos fármacos, preparando-os para ligação com as proteínas, enzimas e receptores farmacológicos.
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software AutoDockTools.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1 Construir moléculas de fármacos no Avogadro e converter os arquivos obtidos para o formato PDB;
• 3.2 Associar os arquivos obtidos ao software AutoDockTools em vista de verificar suas ligações com as proteínas, enzimas e receptores farmacológicos, e calcular as respectivas energias de ligação;
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
Tutor Apresentação do roteiro da aula prática aos estudantes Estudantes Realização das atividades propostas
Fazer os cálculos
Laboratorista Separação de equipamentos
AULA – SOFTWARE DISCOVERY STUDIO VISUALIZER PÁG: 088/01
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1. OBJETIVOS
• Conhecer o software Discovery Studio Visualizer buscando visualizar interações entre fármaco receptor, bem como analisar as superfícies aromáticas, H-bond, Charge, Hydrophobic, Ionizability dos receptores e fármacos.
• Analisar de modo específico como cada porção do fármaco se liga aos aminoácidos do receptor farmacológico ou enzimas.
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1 Construir modelos de interação entre o receptor/enzima com o fármaco a ser analisado.
• 3.2 Determinar os tipos de interações entre o fármaco em estudo e o receptor/enzima a serem analisados.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
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Laboratorista Separação de equipamentos
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTIPROLIFERATIVOS, UTILIZADOS NA TERAPIA ANTINEOPLÁSICA, COM A TOPOISOMERASE
IIα
PÁG: 089/01
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1. OBJETIVO
• Analisar a interação entre fármacos antiproliferativos, utilizados na terapia antineoplásica, com a topoisomerase IIα (5GWK) e com o dodecâmero de dupla fita de DNA (1G3X).
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir o arquivo pdbqt no AutoDockTools;
• 3.2. Executar o docking no AutoDockTools;
• 3.3. Escolher o ligante de menor energia;
• 3.4. Verificar o local de ligação do ligante com a proteína no AutoDockTools;
• 3.5. Verificar o local de ligação do ligante com a proteína no Discovery Studio Visualizer;
• 3.6. Analisar os tipos de ligação do ligante com a proteína e plotar o sistema de visualização 2D ligante-proteína.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
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Laboratorista Separação de equipamentos
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS HIPOLIPÊMICOS, UTILIZADOS NA TERAPIA PARA DISLIPIDEMIAS, COM A ENZIMA HMG-CoA
REDUTASE
PÁG: 090/01
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1. OBJETIVOS
• Analisar a interação entre fármacos hipolipêmicos, utilizados na terapia para dislipidemias, com a enzima HMG-COA redutase sem fármaco (1DQ8 / 1DQ9), com a sinvastatina (1HW9), atorvastatina (1HWK) e rosuvastatina (1HWL).
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir o arquivo pdbqt no AutoDockTools dos fármacos sinvastatina (1HW9), atorvastatina (1HWK) e rosuvastatina (1HWL) ;
• 3.2. Executar o docking no AutoDockTools;
• 3.3. Escolher o ligante de menor energia;
• 3.4. Verificar o local de ligação do ligante com a enzima HMG-COA redutase no AutoDockTools;
• 3.5. Verificar o local de ligação do ligante com a enzima no Discovery Studio Visualizer;
• 3.6. Analisar os tipos de ligação do ligante com a proteína e plotar o sistema de visualização 2D ligante-proteína.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS HIPOLIPÊMICOS, UTILIZADOS NA TERAPIA PARA DISLIPIDEMIAS, COM A ENZIMA HMG-CoA
REDUTASE
PÁG: 091/01
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5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
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Laboratorista Separação de equipamentos
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTIPARASITÁRIOS (BENZNIDAZOL), UTILIZADOS NA TERAPIA ANTITRIPANOSOMA, COM A
CISTEÍNA PROTEASE CRUZAÍNA
PÁG: 092/01
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1. OBJETIVOS
• Analisar a interação entre fármacos antiparasitários (benznidazol), utilizados na terapia antitripanossoma, com a cisteína protease cruzaína (1U9Q).
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir o arquivo pdbqt no AutoDockTools do fármaco benznidazol;
• 3.2. Executar o docking no AutoDockTools;
• 3.3. Escolher o ligante de menor energia;
• 3.4. Verificar o local de ligação do ligante com a cisteína protease cruzaína (1U9Q) no AutoDockTools;
• 3.5. Verificar o local de ligação do ligante com a enzima no Discovery Studio Visualizer;
• 3.6. Analisar os tipos de ligação do ligante com a proteína e plotar o sistema de visualização 2D ligante-proteína.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTIPARASITÁRIOS (BENZNIDAZOL), UTILIZADOS NA TERAPIA ANTITRIPANOSOMA, COM A
CISTEÍNA PROTEASE CRUZAÍNA
PÁG: 093/01
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Laboratorista Separação de equipamentos
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTI-INFLAMATÓRIOS, UTILIZADOS NA TERAPIA ANTI-INFLAMATÓRIA, COM A CICLOOXIGENASE
2 (1CX2)
PÁG: 094/01
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1. OBJETIVOS
• Analisar a interação entre fármacos inflamatórios, utilizados na terapia anti-inflamatória, com a ciclooxigenase 2 (1CX2), ligada ao rofecoxib (5KIR), celecoxib (3LN1) e naproxeno (3NT1).
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir o arquivo pdbqt no AutoDockTools dos fármacos rofecoxib (5KIR), celecoxib (3LN1) e naproxeno (3NT1);
• 3.2. Executar o docking no AutoDockTools;
• 3.3. Escolher o ligante de menor energia;
• 3.4. Verificar o local de ligação do ligante com a ciclooxigenase 2 (1CX2) no AutoDock Tools;
• 3.5. Verificar o local de ligação do ligante com a enzima no Discovery Studio Visualizer;
• 3.6. Analisar os tipos de ligação do ligante com a proteína e plotar o sistema de visualização 2D ligante-proteína.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTI-INFLAMATÓRIOS, UTILIZADOS NA TERAPIA ANTI-INFLAMATÓRIA, COM A CICLOOXIGENASE
2 (1CX2)
PÁG: 095/01
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AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTI-HIPERTENSIVOS, UTILIZADOS NA TERAPIA ANTI-HIPERTENSIVA, COM A ENZIMA CONVERSORA DE ANGIOTENSINA II (1O8A) E COM O RECEPTOR DE
ANGIOTENSINA II (4YAY)
PÁG: 096/01
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1. OBJETIVOS
• Analisar a interação entre fármacos hipertensivos, utilizados na terapia anti-hipertensiva, com a enzima conversora de angiotensina II (1O8A), ligada ao lisinopril (1O86) e captopril (1UZF).
• Analisar a interação entre fármacos hipertensivos, utilizados na terapia anti-hipertensiva, com o receptor de angiotensina II (4YAY) e receptor ligado ao bloqueador do receptor de angiotensina II olmesartana (4ZDU).
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir o arquivo pdbqt no AutoDockTools dos fármacos lisinopril (1O86), captopril (1UZF) e olmesartana (4ZDU).
• 3.2. Executar o docking no AutoDockTools;
• 3.3. Escolher o ligante de menor energia; visualização 2D ligante-proteína.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES
AULA – INTERAÇÃO ENTRE FÁRMACOS ANTI-HIPERTENSIVOS, UTILIZADOS NA TERAPIA ANTI-HIPERTENSIVA, COM A ENZIMA CONVERSORA DE ANGIOTENSINA II (1O8A) E COM O RECEPTOR DE
ANGIOTENSINA II (4YAY)
PÁG: 097/01
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5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
Tutor Apresentação do roteiro da aula prática aos estudantes Estudantes Realização das atividades propostas
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AULA – INTERAÇÃO ENTRE DIVERSOS TIPOS DE FÁRMACOS COM A
PROTEÍNA ALBUMINA (4OR0) PÁG: 098/01
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1. OBJETIVOS
• Analisar a interação entre diversos tipos de fármacos com a proteína albumina (4OR0).
2. MATERIAIS
• Software Avogadro;
• Software Discovery Studio Visualizer.
3. PROCEDIMENTO
• 3.1. Construir o arquivo pdbqt no AutoDockTools dos fármacos diversos;
• 3.2. Executar o docking no AutoDockTools;
• 3.3. Escolher o ligante de menor energia;
• 3.4. Verificar o local de ligação do ligante com a proteína albumina (4OR0) no AutoDock Tools;
• 3.5. Verificar o local de ligação do ligante com a enzima no Discovery Studio Visualizer;
• 3.6. Analisar os tipos de ligação do ligante com a proteína e plotar o sistema de visualização 2D ligante-proteína.
4. RESULTADOS e OBSERVAÇÕES 5. RESPONSABILIDADES
RESPONSÁVEL ATIVIDADE
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