Bibliotecas de cDNA

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Expressão gênica em bibliotecas de cDNA de pele de bovinos F2 (Holandês × Gir) infestados com o carrapato Riphicephalus (Boophilus) microplus

Expressão gênica em bibliotecas de cDNA de pele de bovinos F2 (Holandês × Gir) infestados com o carrapato Riphicephalus (Boophilus) microplus

As Etiquetas de Sequências Expressas (Expressed Sequence Tags – EST ) são geradas pelo sequenciamento parcial de transcritos isolados de mRNA que foram convertidos em cDNA. Em análises de EST , dois tipos de informações podem ser obtidos: sequência do transcrito e abundância do transcrito. O número de EST dentro dos grupos representa a abundância desse transcrito ou dessa espécie de mRNA em cada biblioteca. A redundância dos transcritos tem efeito direto na taxa de descoberta gênica, além de fornecer informações sobre a eficência do sequenciamento e a diversidade dos genes expressos no tecido. Nesse trabalho, procurou-se avaliar a redundância nas EST amostradas e o número esperado de novos genes em uma amostragem futura. As EST imativas de cobertura gênica indicam a presença de 401,8 (49%) genes únicos no grupo resistente (RES). Para o grupo de animais suscetível (SUS), essa EST imativa foi de 392,4 (40%) genes únicos. O número esperado de EST para descobrir um novo gene foi maior na RES (1,94%) que no SUS (1,66%). EST es resultados indicam que, para a descoberta de um novo gene, são necessárias 1,94 e 1,66 EST na RES e SUS, respectivamente. Isto indica maior número de genes redundantes na biblioteca RES e, provavelmente, uma nova amostragem de transcritos conduzirá a menor descoberta de novos genes. Além disto, os resultados sugerem que RES pode ter maior número de erros associados ao agrupamento feito pelo programa de clusterização podem estar inflacionando essas estimativas.
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Análise anatômica e molecular do albedo de frutos de Citrus sinensis (L.) Osbeck...

Análise anatômica e molecular do albedo de frutos de Citrus sinensis (L.) Osbeck...

A produção brasileira de laranjas destina-se à indústria de suco concentrado, principal produto citrícola, sendo o estado de São Paulo o maior produtor e exportador do país. Devido à diminuição da variabilidade genética causada pela multiplicação de plantas cítricas por enxertia, esta cultura se tornou alvo constante de inúmeras pragas e doenças. Dentre estas doenças que vem causando crescentes prejuízos para a citricultura brasileira destaca-se a pinta preta causada pelo fungo Guignardia citricarpa Kiely. O combate desta doença é feito por inúmeras pulverizações de fungicidas que aumenta significativamente o custo para os produtores. Uma possível alternativa para o combate a este patógeno seria a produção de plantas cítricas resistentes a doença, através de transformação gênica. Mas para isto, é necessário conhecer os mecanismos de respostas de defesa da planta e identificar quais genes podem estar relacionados com a defesa. Na tentativa de elucidar as respostas de defesa deste hospedeiro foram feitas análises anatômicas de frutos de laranja doce (Citrus sinensis Osbeck cv. Pêra) inoculados com o patógeno e análise transcricional de duas bibliotecas de cDNA, uma de albedo de frutos sadios(BAFS) e outra de albedo de frutos inoculados com o patógeno (BAFC). As análises anatômicas mostraram que os danos causados pelo patógeno na planta iniciam-se 24 horas após a inoculação com as lesões das células do epicarpo, e continuam gradativamente até 72 horas apresentando a diminuição na quantidade de amido e acúmulo de compostos fenólicos. Foi obtido 184 ESTs válidas da BAFS e 370 da BAF. A anotação e categorização destas sequencias apresentaram que o perfil transcricional encontrado nas duas bibliotecas foi semelhante, porém, na BAFC, foram encontrados transcritos pertencentes à defesa da planta como a catalase, a glutationa e monooxygenases. Está analise mostrou que a resposta de defesa da planta inicia-se com lesões nas células, que a interação é custo-intensiva (redução da reserva de amido) para o hospedeiro, e que a defesa da planta está relacionada a muitos genes de defesa.
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Análise genômica estrutural e funcional em bovinos Holandês x Gir infestados pelo Rhipicephalus (Boophilus) microplus

Análise genômica estrutural e funcional em bovinos Holandês x Gir infestados pelo Rhipicephalus (Boophilus) microplus

Objetivou-se, com o presente estudo, identificar genes relacionados com o status resistência/susceptibilidade ao R. (B.) microplus. Para tanto, realizou-se a análise por RT-qPCR de 11 genes identificados em duas bibliotecas de cDNA de pele de bovinos pertencentes a uma população F2, derivada do cruzamento entre animais das raças Holandês e Gir. Foi possível a detecção de diferenças de expressão dos genes PCOLCE, MGST3, SOD1, CYB5R1 e CFH, entre amostras de pele de animais resistentes e susceptíveis ao carrapato, sob infestação pelo referido parasita. Observou-se uma maior expressão de MGST3, SOD1 e CYB5R1 nos animais susceptíveis nas primeiras 24 horas após a infestação e de CYB5R1, nas primeiras 48 horas. Nos animais resistentes, observou-se maior expressão de PCOLCE e CFH nas primeiras 24 horas após a infestação. Tal regulação gênica indica que a infestação por carrapatos induz um complexo conjunto de respostas imunológicas no hospedeiro.
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Clonagem e caracterização do gene da enzima Δ6- dessaturase de ácido graxo e análise de parte do genoma funcional de Thalassiosira fluviatilis

Clonagem e caracterização do gene da enzima Δ6- dessaturase de ácido graxo e análise de parte do genoma funcional de Thalassiosira fluviatilis

Com o objetivo de isolar genes envolvidos na biossíntese de ácidos graxos essenciais a saúde humana, bem como iniciar estudos de genoma funcional de microalgas produtoras de ácidos graxos poliinsaturados ômega-3, duas bibliotecas de cDNA das diatomáceas T. fluviatilis e C. muelleri foram confeccionadas, sendo as respectivas diatomáceas selecionadas por produzirem altos perfis de LCPUFAs ômega-3. A partir do cDNA de T. fluviatilis um gene de Δ6-dessaturase foi clonado e seqüenciado e 1920 ESTs analisadas aplicando técnicas de bioinformática.

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ANÁLISE DA EXPRESSÃO DE GENES ENVOLVIDOS COM A RESPOSTA DE DEFESA DO FEIJOEIRO COMUM À FERRUGEM

ANÁLISE DA EXPRESSÃO DE GENES ENVOLVIDOS COM A RESPOSTA DE DEFESA DO FEIJOEIRO COMUM À FERRUGEM

serem ácidas e, ao contrário das quitinases de classe II e III, possuírem um domínio rico em cisteína, com função ainda desconhecida. MARGIS -PINHEIRO et al. (1991) compararam a seqüência da quitinase PR4 (255 resíduos de aminoácidos), proteína correspondente ao cDNA CHI isolado (GenBank P27054, 2e -76 ), com sua isoforma básica localizada no vacúolo (301 resíduos de aminoácidos). Esses autores mostraram que a homologia baseada no número de resíduos de aminoácidos idênticos, em posições similares nas duas isoformas, é somente de 41%. Em tabaco, a similaridade entre a PR-P ácida e as quitinases básicas é de 59% (LINTHORST et al., 1990). Além disso, PR4 também difere de outras quitinases ácidas conhecidas, como a PR3, também do feijoeiro (De TAPIA et al.,1986), por possuir um domínio amino-terminal rico em cisteína. A molécula precursora de PR4 apresenta um peptídeo sinal de 15 aminoácidos, característico de quitinases da classe IV (MARGIS -PINHEIRO et al., 1991).
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A conceptual and practical overview of cDNA microarray technology: implications for basic and clinical sciences

A conceptual and practical overview of cDNA microarray technology: implications for basic and clinical sciences

multiple paired comparisons based on the significant threshold of P < 0.05 and t-test threshold significance correction, respective- ly (25,26). In addition, the locally weighted linear regression (lowess) normalization method, frequently used for fluorescent ar- rays, accounts for decreasing variations of intensity hybridization signals and spatial location of spotted cDNA on the slide (27). After normalization, the simplest method to identify differences between patterns of gene expression is to use the ratio difference between a sample and its appropriate con- trol. In this case, an arbitrary limit is estab- lished and from this value it is possible to select the differentially expressed genes us- ing database software. For example, it is possible to establish a 2-fold threshold to identify genes with significant changes in expression level. During this process, the genes within this range will be selected and organized in tables located in the database. The genes meeting the selection criteria can be visualized from databases using software that shows self-organizing maps (28,29). Fur- thermore, these changes in the gene expres- sion profiles between distinct groups can be visualized in dendrograms based on hierar- chical clustering analysis (25,29,30). In this case, genes that are down-regulated are gen- erally shown in green and up-regulated genes are generally shown in red. As the gene regulation difference is more intense, so is its respective color. Software programs to analyze cDNA microarray data are available via the Internet.
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: Brapci ::

: Brapci ::

Para tanto, o governo do Distrito Federal deverá investir em infraestrutura tecnológica, no âmbito das bibliotecas. É notória a importância da biblioteca pública no apoio à educação continuada, à capacitação e ao treinamento dos usuários para o acesso e uso das novas tecnologias, como é o caso das bibliotecas públicas do município de São Paulo. Atualmente, a capital paulista possui um dos melhores sistemas de bibliotecas públicas constituídos no país. O Sistema é composto por 107 bibliotecas e reúne um acervo com mais de cinco milhões de documentos, incluindo livros, CDs, CD-ROMs, DVDs, jornais, revistas, entre outros. As bibliotecas estão informatizadas e contam com um catálogo coletivo online, que permite a realização de pesquisas em todas as bibliotecas do sistema, ou selecionar apenas uma. As bibliotecas recebem cerca de quatro milhões de consultas por ano. Vale destacar que uma das bibliotecas centrais desse Sistema é a Mário de Andrade, uma instituição tradicional e de vanguarda no país.
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Isolation and in silico characterization of cDNA encoding cyclophilin from etiolated Vigna mungo seedlings

Isolation and in silico characterization of cDNA encoding cyclophilin from etiolated Vigna mungo seedlings

Overall, a novel full-length cDNA (848 bp) containing 519 bp ORF encoding CyP has been isolated from the cDNA library generated from etiolated seedlings of V.  mungo. This gene was characterized using bioinformatics tools. It showed substantial homology to CyP genes from other legumes. The ORF encoded 172 amino acids polypeptide having a highly conserved functional site Trp128 and RSGKPLH (48-54) sequence conserved in CyPs of legumes. Phylogenetic analysis also predicted close relationship among CyP genes of V. mungo, V. radiata and P. vulgaris. The isolated novel gene will add to the resource of plant CyP genes for further use after investigation of its role.
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A growth hormone-based phylogenetic analysis of euteleostean fishes including a representative species of the Atheriniformes Order, Odontesthes argentinensis

A growth hormone-based phylogenetic analysis of euteleostean fishes including a representative species of the Atheriniformes Order, Odontesthes argentinensis

The amplification products did not demonstrate any sequence heterogeneity supporting the existence of two msGHs, as has been found in Tilapia nilotica (Ber and Dan- iel, 1993). The msGH cDNA contains an open reading frame of 615 nucleotides starting at the first ATG codon lo- cated at 109 nucleotides from the 5’ terminus of the mRNA and ending with a TGA stop codon, encoding a preprotein of 204 amino acids residues as shown in the Figure 1. The msGH mRNA 3’ untranslated region is 204 nucleotides long and it contains two polyadenylation consensus se- quences AATAAA.

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Teses e dissertações do Programa de Pós-graduação em História, Política e Bens Culturais (PPHPBC) do CPDOC/FGV defendidas em 2017

Teses e dissertações do Programa de Pós-graduação em História, Política e Bens Culturais (PPHPBC) do CPDOC/FGV defendidas em 2017

bibliotecas, apoiando-se no estudo de caso da Rede de Bibliotecas e Centros de Informação em Arte no Rio de Janeiro (REDARTE/RJ) e do Compartilhamento de Bibliotecas de Ensino Su- perio[r]

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Clonagem do cDNA da hormona prolactina de dourada(Sparus aurata)

Clonagem do cDNA da hormona prolactina de dourada(Sparus aurata)

Em relação aos tetrápodes obtivemos um grau de homologia entre os 41 e 49%, (Tabela 1-8, Resultados da Parte I), e os mesmos autores preconizam uma homologia entre 38 e 35%. Esta difer[r]

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Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional...

Métodos estatísticos para a análise de dados de cDNA microarray em um ambiente computacional...

Muitas vezes a quantidade de mRNA inicial obtida n˜ao ´e suficiente para a aplica¸c˜ao satisfat´oria do protocolo experimental e, assim, uma etapa de amplifica¸c˜ao dos mRNAs ´e necess´aria. Este procedimento experimental foi inicialmente proposto por Gelder et al. (1990) onde, uma vez extra´ıda a popula¸c˜ao de mol´eculas de RNAs das c´elulas de interesse, a etapa de transcri¸c˜ao reversa ´e feita com a utiliza¸c˜ao de um oligo dT contendo um s´ıtio de liga¸c˜ao para a enzima de transcri¸c˜ao T7 polimerase e sem a presen¸ca das bases marcadas por fluorescˆencia. Ap´os a constru¸c˜ao das mol´eculas de cDNA dupla fita, a rea¸c˜ao de amplifica¸c˜ao acontece na presen¸ca da enzima T7 RNA polimerase que realiza a c´opia de novas mol´eculas antisenso em rela¸c˜ao `as mol´eculas de mRNA originais. Se a quantidade de RNA produzido ainda n˜ao for suficiente, ´e poss´ıvel fazer ciclos de amplifica¸c˜ao adicionais utilizando-se iniciadores aleat´orios. Wang et al. (2000) propuseram uma modifica¸c˜ao do protocolo original explorando o efeito de troca de fita molde na extremidade 5’ da mol´ecula de mRNA, essa altera¸c˜ao garante que o cDNA dupla fita produzido ´e do mesmo tamanho do mRNA original. Algumas modifica¸c˜oes j´a foram propostas para estes procedimentos experimentais, entre os quais podemos citar Baugh et al. (2001) e Gomes et al. (2003). Esta ´ ultima foi proposta pelo grupo de trabalho do Prof. Luiz Fernando Lima Reis e este artigo mostra que o protocolo de amplifica¸c˜ao n˜ao introduz vi´eses sistem´aticos importantes aos dados.
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CDNA library from the Latex of Hevea brasiliensis

CDNA library from the Latex of Hevea brasiliensis

Latex from Hevea brasiliensis contains 30-50% (w/w) of natural rubber (cis-1,4-polyisoprene), the important raw material for many rubber industries. We have constructed a cDNA library from the latex of H. brasiliensis to investigate the expressed genes and molecular events in the latex. We analyzed 412 expressed sequence tags (ESTs). More than 90% of the EST clones showed homology to previously described sequences in public databases. Functional classification of the ESTs showed that the largest category were proteins of unknown function (30.1%), 11.4% of ESTs encoded for rubber synthesis- related proteins (RS) and 8.5% for defense or stress related proteins (DS). Those with no significant homology to known sequences (NSH) accounted for 8.7%, primary metabolism (PM) and gene expression and RNA metabolism were 7.8% and 6.6%, respectively. Other categories included, protein synthesis-related proteins (6.6%), chromatin and DNA metabolism (CDM 3.9%), energy metabolism (EM 3.4%), cellular transport (CT 3.2%), cell structure (CS 3.2%), signal transduction (ST 2.2%), secondary metabolism (SM 1.7%), protein fate (PF 2.2%), and reproductive proteins (RP 0.7%).
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: Brapci ::

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Resumo: O Sistema Estadual de Bibliotecas Públicas de São Paulo (SisEB) integra as bibliotecas públicas municipais e comunitárias vinculadas, existentes no Estado. Hoje, a rede é composta por aproximadamente 840 unidades, incluindo a Biblioteca de São Paulo (BSP) e a Biblioteca Parque Villa-Lobos (BVL). O SisEB é coordenado pela Unidade de Bibliotecas e Leitura (UBL), da Secretaria da Cultura do Estado de São Paulo, e atualmente tem a SP Leituras – Associação Paulista de Bibliotecas e Leitura, organização social de cultura, como parceira operacional. O SisEB tem como objetivo principal estimular e apoiar as bibliotecas públicas do Estado de São Paulo na democratização do acesso à informação, ao livro e à leitura. Suas ações são direcionadas para equipes e usuários de bibliotecas, para que elas sejam “bibliotecas vivas”, isto é, espaços de leitura, pontos de encontro de pessoas e de cultura, para formar cidadãos e estimular a relação com a comunidade. Dentre suas ações estão a integração das bibliotecas; assessoria técnica aos municípios para implantação e modernização das bibliotecas; capacitações presenciais e a distância das equipes; publicações destinadas aos usuários e profissionais; apoio à atualização dos acervos; e envio de mensagens e boletins de ações de advocacy para gestores e dirigentes municipais.
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as coleções da biblioteca central da Unisidade de Brasília :: Brapci ::

as coleções da biblioteca central da Unisidade de Brasília :: Brapci ::

[...] o estudo das coleções formadas por compra ou doação de bibliotecas pessoais, que chegaram íntegras, com a sua fisionomia própria, sendo mantidas assim em vez de se dissolverem no todo. Por quê? Porque o estudo de tais coleções vem a ser um instrumento útil para investigar a formação das mentalidades num dado momento histórico. A evolução da cultura de um homem se evidencia nos livros que leu. Através desta cultura é possível esclarecer a história intelectual de um período, pois a formação de uma biblioteca equivale geralmente à superposição progressiva de camadas de interesse, que refletem a época através da pessoa. (CÂNDIDO, 1990, p. 82).
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: Brapci ::

: Brapci ::

dados em 1890 com um serviço de extensão para a zona rural por meio de.. bibliotecas ambulantes, coordenado por agências estaduais de bibliotecas.[r]

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3 - BIBLI OTE CA UNI

3 - BIBLI OTE CA UNI

Aspectos do planejamento e construção de bibliotecas universitárias no Brasi In: SEMINÁRIO NACIONAL DE BIBLIOTECAS UNIVERSITÁRIAS. administração de emergências[r]

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Patrícia P Souza, Débora N Santos, Sérgio D J Pena, Glória R Franco+

Patrícia P Souza, Débora N Santos, Sérgio D J Pena, Glória R Franco+

Theoretical analysis and structural predictions - The full-length sequence of the SmRbAp48 cDNA is 1036 bp long, with an ORF of 927 bp which encodes a 308 aa pro- tein with a calculated molecular mass of 34,965 Da and estimated pI of 5.34 (Figs 1, 2). The sequence revealed a 5’ UTR of 85 bp and a poly-A tail of 36 bp. The putative ATG initiation codon was chosen due to the absence of an- other ATG codon on previous positions in the same frame. However, the context where this codon is present is not in agreement with the Kosak consensus sequence, that sig- nals the translation initiation in eukaryotes (Kosak 1987). The amino acid sequence of the SmRbAp48 translation product is rich in leucine (8.4%), aspartate (8.1%) and serine (8.1%), but very poor in tyrosine and glutamine (2.9%), tryptophan (2.3%) and cysteine (1.6%).
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Construção de cDNA infeccioso de Citrus Sudden death-associated virus

Construção de cDNA infeccioso de Citrus Sudden death-associated virus

Uma vez que vírus de plantas são rapidamente amplificados na mesma e acumulam níveis elevados de proteínas codificadas, vetores virais estão sendo utilizados com sucesso para a produção de proteínas recombinantes em plantas, além de serem utilizados como vetores de vírus para facilitar a introdução de novas características no hospedeiro. A análise em grande escala pode ser realizada para determinar as funções de genes baseados em ganho de estudos de função, eles mostram alta infectividade com tradução melhorada e seu processo de infecção é relativamente simples. Construção de um clone infeccioso de cDNA de um vírus de RNA é importante para a análise da biologia molecular deste vírus, incluindo a função do gene viral, expressão genômica, replicação e patogênese (Seo et. al., 2008).
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