Nasceu a 13 de Julho de 1886 na Atalaia (Vila Nova da Barquinha), filho de António Maldonado de Freitas e Maria da Nazaré Freitas. Formou-se na Escola Superior de Farmá- cia de Lisboa em 1908.
Casou primeiramente com uma senhora de Santarém da qual se viria a di- vorciar quando já vivia com a sua futura esposa, Maria Pereira de Sousa Freitas. Deste casamento nasceram António Maldonado de Freitas, Artur Maldonado de Freitas, João Maldonado de Freitas, Custódio Maldonado de Freitas e Maria Antónia Maldonado de Freitas.
Iniciou a sua actividade profissional aos 14 anos na farmácia Dionísio do Sardoal, como ajudante de farmácia. Daí transitou para a farmácia da Miseri- córdia de Castelo Branco. Em 1909 comprou uma farmácia em Óbidos, situada na Rua Direita. Tornou-se então farmacêutico (ou boticário) e adquiriu uma nova farmácia nas Caldas da Rainha em 1910, situada na Rua da Liberdade, onde fixou residência. Foi presidente da primeira comissão administrativa do Hospital de Dona Leonor (1919), nas Caldas da Rainha. A 13 de Abril de 1921 tornou-se sócio da empresa de Limas União Tomé Féteira, sendo gerente ad- ministrativo juntamente com Raul Tomé Féteira. Manteve-se sócio desta em- presa até 1924.
Era um republicano convicto, pelo que foi preso ainda durante a Monarquia. Teve uma acção destacada na proclamação da República nas Caldas da Rainha. Filiou-se no PRP em Maio de 1910 e transitou para o Partido Republicano de Reconstituição Nacional em 1920. Foi fundador do Partido Republicano Na- cionalista em 1923. Ainda ponderou integrar o Grupo Parlamentar de Acção Republicana em Janeiro de 1924, mas manter-se-ia no PRN até 1935, sendo membro da comissão municipal das Caldas da Rainha do PRN (1923-1926). No início dos anos trinta participou na Aliança Republicano Socialista, que fe- derou os partidos opositores da Ditadura.
Em 20 de Abril de 1911 fez parte duma comissão para a aprovação da Lei da Separação das Igrejas do Estado, a qual reuniu na residência de Francisco de Al- meida Grandela, na Foz do Arelho. Estiveram nessa reunião, entre outros, Afonso Costa, Ferreira do Amaral, Sebastião de Lima e Afonso Ferreira. Nos primeiros tempos da República teve um papel importante na dinamização do Centro Republicano Almirante Cândido dos Reis nas Caldas da Rainha.
Exerceu os cargos de presidente da Junta de Freguesia (1910), administrador de concelho (1911 e 1913-1914), vereador (1913) e presidente da Câmara Mu- nicipal das Caldas da Rainha (1919-1922), delegado do Serviço das Subsistências do Ministério da Agricultura (1920) e secretário e presidente da comissão con- celhia dos bens da Igreja.
Foi eleito deputado em 1919 e 1922 pelo círculo de Alcobaça, primeiro nas listas do Partido Republicano Português e depois nas listas do Partido Republi- cano de Reconstituição Nacional. Apresentou os seguintes projectos de Lei: 1922: 84-C; 92-B; 146-D; 284-B e 322-D; 1922-23: 428-B; 1923-24: 642-F; 1924- 25: 845-N; 845-º. Em 1921 e 1925 concorreu a deputado pelo PRRN e pelo PRN no círculo de Alcobaça, não tendo sido eleito. Nesta última eleição a as- sembleia de apuramento proclamou-o deputado, mas a comissão de verificação de poderes não confirmou a eleição. Colaborou e dirigiu o jornal Direito do Povo (1910-1911), fundou e dirigiu O Defensor (1.ª série: 1 de Dezembro de 1913 a 5 de Setembro de 1922; 2.ª série: 15 de Junho de 1923 a 17 de Julho de 1923; 3.ª série: 28 de Fevereiro de 1924 a 7 de Fevereiro de 1925) e O Regionalista (23 de Maio de 1920 a 7 de Fevereiro de 1925), este último ligado ao PRRN e ao PRN. Durante a «Ditadura de Pimenta de Castro» realizou-se uma procissão nas Cal- das da Rainha no dia 2 de Abril de 1915, a que Custódio Maldonado de Freitas e outros membros da Associação do Registo Civil se opuseram. Após a realização da procissão a sua casa foi atacada e vandalizada por uma multidão, tendo Cus- tódio Maldonado de Freitas defendido a sua residência com o uso de bombas preparadas por si na sua farmácia. Ele e a sua família conseguiram fugir, mas foi preso e levado para a prisão do Limoeiro em Lisboa, acusado de lançar bombas. Após revolução de 14 de Maio de 1915, que depôs Pimenta de Castro, Custódio Maldonado de Freitas foi libertado. Dirigiu-se para as Caldas da Rainha com duas dezenas de marinheiros que haviam estado na Rotunda e conquistou a cidade para o republicanismo do PRP. No final da I República conspirou em Coimbra a favor dos militares que prepararam o movimento do «28 de Maio de 1926», juntamente com José de Sousa e Nápoles, da União Liberal Republicana. No en- tanto, rapidamente passou para a oposição à Ditadura. Esteve envolvido na re- volta de Abril de 1931. No início deste mês o tenente-coronel Ultra Machado passou pela sua farmácia em direcção a Coimbra. Vinha com o intuito de preparar a revolta em Coimbra, simultaneamente à revolta das Ilhas. Custódio Maldonado de Freitas ajudou-o a sair das Caldas da Rainha, mas a polícia descobriu o seu envolvimento, pelo que foi preso passado uns dias. Custódio Maldonado de Freitas foi enviado para Lisboa, mas conseguiu fugir à polícia no dia 19 de Abril de 1931. Conseguiu estar escondido durante cerca de um ano em diversas casas em Lisboa com a ajuda de diversos amigos, entre os quais se contava João Lopes Soares. Acabaria por ser novamente preso em Abril de 1932, sendo-lhe fixada re- sidência obrigatória em Castro de Aire, após estar envolvido em diversas conspi- rações revolucionárias. Manteve-se sempre na oposição ao regime vigente e com intensa actividade política até à sua morte, pelo que foi constantemente vigiado
pelas autoridades e preso mais algumas vezes. A sua farmácia tornou-se no centro da oposição nas Caldas da Rainha durante várias décadas. Ainda se envolveu a 10 de Outubro de 1946 no frustrado «golpe da Mealhada», vindo a ser preso pela última vez em 1947/1948 no Aljube. Apoiou as candidaturas de Norton de Matos, Quintão Meireles, Cunha Leal e Humberto Delgado nas eleições para a presidência da República. Ao longo da sua vida defendeu intransigentemente a democracia e o apoio os mais pobres, tendo fundado nas Caldas da Rainha a «Escola dos Filhos do Povo Trabalhador» para lutar contra o analfabetismo.
Pertenceu à Carbonária e à Maçonaria, tendo sido iniciado na loja Fraternidade
de Óbidos, com o nome simbólico de Galeno (19 de Dezembro de 1909). Poste-
riormente passou para a loja Madrugada (1915), atingindo o 7.º RF. Após a ins- tauração da democracia em Portugal foi-lhe atribuído a Ordem da Liberdade.
Faleceu nas Caldas da Rainha a 15 de Abril de 1964.